BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271O11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 30,821,961 - 30,965,709
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbtb44, BC038156, St14, Aplp2
Upstream geneSnx19, LOC666478, Adamts15, Adamts8
Downstream geneEG638580, EG666539, Prdm10, Nfrkb, Tmem45b, LOC666558, EG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271O11.bB6Ng01-271O11.g
ACCGA073864GA073865
length8881,045
definitionB6Ng01-271O11.b B6Ng01-271O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,821,961 - 30,822,845)(30,964,668 - 30,965,709)
sequence
gaattctctcccctttccccactcctctctctctctctctctctctctct
ctctctctctctctctctctctctctccctctctctctctctctcaagtc
tctccttgaccataattaccatcctcctgtctcagtctcctaaatatgga
cactgccggcacatgctaccaggcctgggttaagagttctatcttacaat
tcctactaacaaatgatattggaaatctgttactgttcatagagccacaa
tcagagtggtaagaaaaagaaggagttgtctgagcccagggagaggtgga
gccatgggggtcgggcatccaacagggatgtcagtcataaagaagtgtag
ctgcatatggcagaagcagagctgaatgcagagagagtgggggagtgctg
aagaccacaccttccttcttctctctctccccctgccccctccctcctac
ttgaatttttggtatttttcatgagcaagtttacaaatccaggtctttgt
tcctctttctcttcttgcccctaagagcttcatttctactgtccctgaaa
tcgaggaaggttagcatagatcaattgtccagtctgccatgatgctaaag
cttcctgtcactaatcgggcagagggtcatgggcctagaattccggtact
cattccacagaagattgtaagtttaaggtcagcctgtacaactttacatg
actattgtttcaaataaaatcttaaaaaaaaaaaaaagaagcaagatagt
ttagcagttttaagagacgtattgtttgtgcagaggaccttgacttggct
tcccaacaccaacactgggtcccacataaccatctggtaactctagttgc
aggggatctgatgtccctcttctgacttccactggtat
gaattcctcttactatagtagagatagaaagtgaaatgattcaaaggtgt
gtagttatagttgtgtataatgagtcctctagagatggacgatgtgtcct
ataaagtcaggcagtaggcaggagctagacatagacaggaagtgggttgc
aggctggagggctcttgccaggtcttaggtctgggatgacaagaattggc
ctttctcaaagtactggtcctgtgcctagacccacttctaaaactcgctt
atctgttccctgttgtgcttttgttagatgagctccttcaggaacagcga
gcggatatggaccaatttacctcctccatctcagagaaccctgtggatgt
ccgggtgagctctgaggagagtgaggagatcccgccgttccaccctctcc
atcccttcccatccttgtctgagaatgaaggtatgtatggtcctcagagc
cgttcctaggagcagagaagaagagcataaagttagaaaatggaatgcat
ttcttcaaacctgattgcactagggaggttgtggtgttgtgagaggcggg
aaagggaaggcatgggttccctaagcactcacttcctgtgtgcaggtgct
gtgctggattctgtgaggaagtaacactcttcagtatcattaggaagtca
ggaatatctctcacgttctgtagcaagccttttgcttgtgtgatgtccct
tacacggaggggtccctttgagctgaacagaacctttatgttggttattt
tacatcattatcttttcctaatagtcttgggaggcagattagggggaaag
gctaaagcagtgccctgactggctcagggtcccgtctctgaagtgagttg
ggtgagaagttgtatcctttgattcataggcatgtttttctttggtgatt
cttggtatctaaaagtgtccctggaaatcatgagtctgtaccaaaataaa
cagctgctgagaacttgtgcccttagactagtttgtataatcagatttca
ttttccctgcttattctgatggcgaagggtggtaaggaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_30821961_30822845
seq2: B6Ng01-271O11.b_48_935

seq1  GAATTCTCTCCCCTTTCCCCACTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCCCTTTCCCCACTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCAAGTC  100

seq1  TCTCCTTGACCATAATTACCATCCTCCTGTCTCAGTCTCCTAAATATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGACCATAATTACCATCCTCCTGTCTCAGTCTCCTAAATATGGA  150

seq1  CACTGCCGGCACATGCTACCAGGCCTGGGTTAAGAGTTCTATCTTACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCGGCACATGCTACCAGGCCTGGGTTAAGAGTTCTATCTTACAAT  200

seq1  TCCTACTAACAAATGATATTGGAAATCTGTTACTGTTCATAGAGCCACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTAACAAATGATATTGGAAATCTGTTACTGTTCATAGAGCCACAA  250

seq1  TCAGAGTGGTAAGAAAAAGAAGGAGTTGTCTGAGCCCAGGGAGAGGTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTGGTAAGAAAAAGAAGGAGTTGTCTGAGCCCAGGGAGAGGTGGA  300

seq1  GCCATGGGGGTCGGGCATCCAACAGGGATGTCAGTCATAAAGAAGTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGGGGTCGGGCATCCAACAGGGATGTCAGTCATAAAGAAGTGTAG  350

seq1  CTGCATATGGCAGAAGCAGAGCTGAATGCAGAGAGAGTGGGGGAGTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATATGGCAGAAGCAGAGCTGAATGCAGAGAGAGTGGGGGAGTGCTG  400

seq1  AAGACCACACCTTCCTTCTTCTCTCTCTCCCCCTGCCCCCTCCCTCCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCACACCTTCCTTCTTCTCTCTCTCCCCCTGCCCCCTCCCTCCTAC  450

seq1  TTGAATTTTTGGTATTTTTCATGAGCAAGTTTACAAATCCAGGTCTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTTTGGTATTTTTCATGAGCAAGTTTACAAATCCAGGTCTTTGT  500

seq1  TCCTCTTTCTCTTCTTGCCCCTAAGAGCTTCATTTCTACTGTCCCTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTCTCTTCTTGCCCCTAAGAGCTTCATTTCTACTGTCCCTGAAA  550

seq1  TCGAGGAAGGTTAGCATAGATCAATTGTCCAGTCTGCCATGATGCTAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGAAGGTTAGCATAGATCAATTGTCCAGTCTGCCATGATGCTAAAG  600

seq1  CTTCCTGTCACTAATCGGGCAGAGGGTCATGGGCCTAGAATTCCGGTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTCACTAATCGGGCAGAGGGTCATGGGCCTAGAATTCCGGTACT  650

seq1  CATTCCACAGAAGATTGTAAGTTTAAGGTCAGCCTGGACAACTTTACATG  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTCCACAGAAGATTGTAAGTTTAAGGTCAGCCTGTACAACTTTACATG  700

seq1  ACTATTGTTTCAAAATAAAAATCTT-AAAAAAAAAAAAAGAAGCAAGATA  749
      ||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGTTTCAAA--TAAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAGCAAGATA  748

seq1  GTTTAGCAG-TTTAAGAGACGTATTGTTTGTGCAGAGGACCTGGACTTGG  798
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTTAGCAGTTTTAAGAGACGTATTGTTTGTGCAGAGGACCTTGACTTGG  798

seq1  C-TCCCAACACCAACACTGGGTCCCACATAACCATCT-GTAACTCTAGTT  846
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTCCCAACACCAACACTGGGTCCCACATAACCATCTGGTAACTCTAGTT  848

seq1  GCAGGGGATCTGATGT-CCTCTTCTGACTTCCACTGGTAT  885
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGATCTGATGTCCCTCTTCTGACTTCCACTGGTAT  888

seq1: chr9_30964668_30965709
seq2: B6Ng01-271O11.g_65_1109 (reverse)

seq1  TTTTTTATCCTTACCACCC-TCACCATCAGAAATAGCAGG--AAATAGAA  47
      |||||| |||||||||||| || |||||||||  ||||||  ||||  ||
seq2  TTTTTTTTCCTTACCACCCTTCGCCATCAGAATAAGCAGGGAAAATGAAA  50

seq1  TCTGATTATACAAACTAGTCTTAGGGCACAAG-TCTCAGCAGCTTGTTTA  96
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TCTGATTATACAAACTAGTCTAAGGGCACAAGTTCTCAGCAGC-TGTTTA  99

seq1  TTTTTGGTACAGACTCATGATTTCCAGGGACACTTTTAGATACCAAGAAT  146
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTGGTACAGACTCATGATTTCCAGGGACACTTTTAGATACCAAGAAT  148

seq1  CACC-AAGAAAAACATGCCTATGAATCAAAGGATACAACTTCTCACCCAA  195
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAAGAAAAACATGCCTATGAATCAAAGGATACAACTTCTCACCCAA  198

seq1  CTCACTTCAGAGACGGGACCCTGAGCCAGTCAGGGCACTGCTTTAGCCTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCAGAGACGGGACCCTGAGCCAGTCAGGGCACTGCTTTAGCCTT  248

seq1  TCCCCCTAATCTGCCTCCCAAGACTATTAGGAAAAGATAATGATGTAAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCTAATCTGCCTCCCAAGACTATTAGGAAAAGATAATGATGTAAAA  298

seq1  TAACCAACATAAAGGTTCTGTTCAGCTCAAAGGGACCCCTCCGTGTAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAACATAAAGGTTCTGTTCAGCTCAAAGGGACCCCTCCGTGTAAGG  348

seq1  GACATCACACAAGCAAAAGGCTTGCTACAGAACGTGAGAGATATTCCTGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCACACAAGCAAAAGGCTTGCTACAGAACGTGAGAGATATTCCTGA  398

seq1  CTTCCTAATGATACTGAAGAGTGTTACTTCCTCACAGAATCCAGCACAGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAATGATACTGAAGAGTGTTACTTCCTCACAGAATCCAGCACAGC  448

seq1  ACCTGCACACAGGAAGTGAGTGCTTAGGGAACCCATGCCTTCCCTTTCCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCACACAGGAAGTGAGTGCTTAGGGAACCCATGCCTTCCCTTTCCC  498

seq1  GCCTCTCACAACACCACAACCTCCCTAGTGCAATCAGGTTTGAAGAAATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCACAACACCACAACCTCCCTAGTGCAATCAGGTTTGAAGAAATG  548

seq1  CATTCCATTTTCTAACTTTATGCTCTTCTTCTCTGCTCCTAGGAACGGCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCATTTTCTAACTTTATGCTCTTCTTCTCTGCTCCTAGGAACGGCT  598

seq1  CTGAGGACCATACATACCTTCATTCTCAGACAAGGATGGGAAGGGATGGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACCATACATACCTTCATTCTCAGACAAGGATGGGAAGGGATGGA  648

seq1  GAGGGTGGAACGGCGGGATCTCCTCACTCTCCTCAGAGCTCACCCGGACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGGAACGGCGGGATCTCCTCACTCTCCTCAGAGCTCACCCGGACA  698

seq1  TCCACAGGGTTCTCTGAGATGGAGGAGGTAAATTGGTCCATATCCGCTCG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGGGTTCTCTGAGATGGAGGAGGTAAATTGGTCCATATCCGCTCG  748

seq1  CTGTTCCTGAAGGAGCTCATCTAACAAAAGCACAACAGGGAACAGATAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCTGAAGGAGCTCATCTAACAAAAGCACAACAGGGAACAGATAAG  798

seq1  CGAGTTTTAGAAGTGGGTCTAGGCACAGGACCAGTACTTTGAGAAAGGCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTTTAGAAGTGGGTCTAGGCACAGGACCAGTACTTTGAGAAAGGCC  848

seq1  AATTCTTGTCATCCCAGACCTAAGACCTGGCAAGAGCCCTCCAGCCTGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTGTCATCCCAGACCTAAGACCTGGCAAGAGCCCTCCAGCCTGCA  898

seq1  ACCCACTTCCTGTCTATGTCTAGCTCCTGCCTACTGCCTGACTTTATAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTTCCTGTCTATGTCTAGCTCCTGCCTACTGCCTGACTTTATAGG  948

seq1  ACACATCGTCCATCTCTAGAGGACTCATTATACACAACTATAACTACACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCGTCCATCTCTAGAGGACTCATTATACACAACTATAACTACACA  998

seq1  CCTTTGAATCATTTCACTTTCTATCTCTACTATAGTAAGAGGAATTC  1042
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAATCATTTCACTTTCTATCTCTACTATAGTAAGAGGAATTC  1045