BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276J21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,341,207 - 116,518,421
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneEG546164, Gadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276J21.bB6Ng01-276J21.g
ACCGA077355GA077356
length1,1851,000
definitionB6Ng01-276J21.b B6Ng01-276J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,341,207 - 116,342,376)(116,517,425 - 116,518,421)
sequence
gaattcttgaccccttaatctggttaaggcaggattatggatgactttgt
ggaaggtctttagtgattgaaaataaatgttggaacataatttctgctct
gattcgacccagttttagaccatgaaggatagaagacaaagagctcaata
atcagttaattggccagccacaagcaagcagaggctgtcatgtccaccaa
catgaaagtgacacggaccaatgcgtaaacagaaaggcttcgttggatgt
cttgtcctccaaggaatgtataggacatggtgatgctgaacaggcaaaac
ccgggaacacctcctacttggcattgctttttgaaaaataacgctgctta
cctatttatagcttgcctagtggggactgggcctgcctctctttgtcaac
atagggcagttaattccaagaaacctctcagaaatggaatttaatcagtc
ccatccaggttctgaatatataaaacatgatcagcatgttcaggtggtta
aattgctcgtgtgatactattttgtaggactctcactattttgtattttg
aaatacattacttggacaggagcacagacccccatatttgtatgatttaa
agaacaataataaaatgcttaatgaattccaagttagctcctgggaatgt
ctatcctgaccctgctaccttctcgtagaaataagtgttgtgcaaaatga
taataagcactattctttctccccttttatgctaattgtttataagctcc
taagcatctcattctgttttacgactttctacagtgacatgttttataat
gtattcgctttcactttgttctgctgctgcttcacacagggtctgtactc
cctgcttttctattgctgtgataaaagagtataaccaaaaagccactttg
ggggagaagagtttgtttttagtctatgggatccagatacaacaatttct
gaacctgtggggtagcgacacccattggggggtcgccatattaaatatcc
tggcatatcagatatttataattcataacagtagtaggattaccagctaa
taggtagcaatggaaataaattattggtttggggtccaccacaaccctga
ggaaactgtataaaggctccacagcataggaaggttgagaaacccattgt
tcgaggagacttagggatagccaaggagaggcatg

gaattctctctaccagatctgaaataaaggattctccctccctacatttt
cttcagatgacgttattcctaggcagaaagatcaggatgtccctctgaat
ggttttgctgacacgaggcatatgccagccaagttctcagagtcatcttc
ttttcaggaacacaacccactctttcagcaccatggagacaaacatggtt
ctcaaacctctgcctatgctgcaaggcctcttccagactaacagctgctc
tcctgtagtgtctgccatcaaatctaatgattggtgttcaatcctgggaa
ccatgtgatggcgggagagaactgaggtctgtgatttgttctctgtcctc
ctcgtgaatactgctgactgtatacactaacatgcacacacacacacaca
cacacacacacattacacaatacactcacacacagacacattcatacaca
catgcactcacacccagacatacccagacacactcatacatagacacaca
cactttcacacacacatgcattcacacacatacatagacaaatacacaca
aataagcatgcacacacaaagacagacagaccacagacacactcacatac
atgcacacacaaacacacagaccacagtcacactgacatacatgcacaca
cacagacacacaaaaacatagtcacatacacacagatgcacacatgcaca
tagacacagacagacacacacagagacatacattacccacaaacacacac
acacattcatgtatacatattcacacacacatagacacatatatatgcac
tcacacacacatgcactcatacaccccaatcgatgtaacttaaaactgaa
atcatttagttgattttttttctagacagccaacacatgtacgtcttagt
aacaatcatcctacatgactgtctagtgtcaccttctggaagatgttttc
taccctttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgatgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116341207_116342376
seq2: B6Ng01-276J21.b_47_1231

seq1  GAATTCTTGACCCCTTAATCTGGTTAAGGCAGGATTATGGATGACTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGACCCCTTAATCTGGTTAAGGCAGGATTATGGATGACTTTGT  50

seq1  GGAAGGTCTTTAGTGATTGAAAATAAATGTTGGAACATAATTTCTGCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCTTTAGTGATTGAAAATAAATGTTGGAACATAATTTCTGCTCT  100

seq1  GATTCGACCCAGTTTTAGACCATGAAGGATAGAAGACAAAGAGCTCAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGACCCAGTTTTAGACCATGAAGGATAGAAGACAAAGAGCTCAATA  150

seq1  ATCAGTTAATTGGCCAGCCACAAGCAAGCAGAGGCTGTCATGTCCACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTAATTGGCCAGCCACAAGCAAGCAGAGGCTGTCATGTCCACCAA  200

seq1  CATGAAAGTGACACGGACCAATGCGTAAACAGAAAGGCTTCGTTGGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGTGACACGGACCAATGCGTAAACAGAAAGGCTTCGTTGGATGT  250

seq1  CTTGTCCTCCAAGGAATGTATAGGACATGGTGATGCTGAACAGGCAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCTCCAAGGAATGTATAGGACATGGTGATGCTGAACAGGCAAAAC  300

seq1  CCGGGAACACCTCCTACTTGGCATTGCTTTTTGAAAAATAACGCTGCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGAACACCTCCTACTTGGCATTGCTTTTTGAAAAATAACGCTGCTTA  350

seq1  CCTATTTATAGCTTGCCTAGTGGGGACTGGGCCTGCCTCTCTTTGTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTATAGCTTGCCTAGTGGGGACTGGGCCTGCCTCTCTTTGTCAAC  400

seq1  ATAGGGCAGTTAATTCCAAGAAACCTCTCAGAAATGGAATTTAATCAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCAGTTAATTCCAAGAAACCTCTCAGAAATGGAATTTAATCAGTC  450

seq1  CCATCCAGGTTCTGAATATATAAAACATGATCAGCATGTTCAGGTGGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAGGTTCTGAATATATAAAACATGATCAGCATGTTCAGGTGGTTA  500

seq1  AATTGCTCGTGTGATACTATTTTGTAGGACTCTCACTATTTTGTATTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTCGTGTGATACTATTTTGTAGGACTCTCACTATTTTGTATTTTG  550

seq1  AAATACATTACTTGGACAGGAGCACAGACCCCCATATTTGTATGATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATTACTTGGACAGGAGCACAGACCCCCATATTTGTATGATTTAA  600

seq1  AGAACAATAATAAAATGCTTAATGAATTCCAAGTTAGCTCCTGGGAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAATAATAAAATGCTTAATGAATTCCAAGTTAGCTCCTGGGAATGT  650

seq1  CTATCCTGACCCTGCTACCTTCTCGTAGAAATAAGTGTTGTGCAAAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTGACCCTGCTACCTTCTCGTAGAAATAAGTGTTGTGCAAAATGA  700

seq1  TAATAAGCACTATTCTTTCTCCCCTTTTATGCTAATTGTTTATAAGCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGCACTATTCTTTCTCCCCTTTTATGCTAATTGTTTATAAGCTCC  750

seq1  TAAGCATCTCATTCTGTTTTACGACTTTCTACAGTGACATGTTTTATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATCTCATTCTGTTTTACGACTTTCTACAGTGACATGTTTTATAAT  800

seq1  GTATTCGCTTTCACTTTGTTCTGCTGCTGCTTCACACAGGGTCTGTACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCGCTTTCACTTTGTTCTGCTGCTGCTTCACACAGGGTCTGTACTC  850

seq1  CCTGCTTTTCTATTGCTGTGATAAAAGAGTATAACC-AAAAGCCACTTTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTGCTTTTCTATTGCTGTGATAAAAGAGTATAACCAAAAAGCCACTTTG  900

seq1  GGGAGAAAGAGTTTGTTTTTAGTCTAT-GGATCCAGATACAACAA-TTCT  947
      |||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GGGGAGAAGAGTTTGTTTTTAGTCTATGGGATCCAGATACAACAATTTCT  950

seq1  GAACCTGT-GGGTAGCGACA-CCATT-GGGGGTCG-CATATTAAATATCC  993
      |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GAACCTGTGGGGTAGCGACACCCATTGGGGGGTCGCCATATTAAATATCC  1000

seq1  T-GCATATCAGATATTTATAATTCATAACAGTAGTAGAATTA-CAGCT-A  1040
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
seq2  TGGCATATCAGATATTTATAATTCATAACAGTAGTAGGATTACCAGCTAA  1050

seq1  TAGGTAGCAAT-GAAATAGAATTA-TGGTTTGGGGT-CACCACAA-CCTG  1086
      ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TAGGTAGCAATGGAAATA-AATTATTGGTTTGGGGTCCACCACAACCCTG  1099

seq1  AGG-AACTGTATTAAAGGGT-CACAGCATTAGGAAGGTTGAGAA--CCAT  1132
      ||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||  ||||
seq2  AGGAAACTGTA-TAAAGGCTCCACAGCA-TAGGAAGGTTGAGAAACCCAT  1147

seq1  TGTTCCAGAGGAGACTTAAGGATAGC--AAGAGAGGCATG  1170
      |||||  ||||||||||| |||||||  | ||||||||||
seq2  TGTTC--GAGGAGACTTAGGGATAGCCAAGGAGAGGCATG  1185


seq1: chr9_116517425_116518421
seq2: B6Ng01-276J21.g_70_1069 (reverse)

seq1  CACACACA-CACACACACACACACACACACACACACACACACAAA-GGTA  48
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACACACATCACACACACACACACACACACACACACACACACAAAGGGTA  50

seq1  GAAAACATCTTCCAGAAGGTGACACTAGACAGTCATGTAGGATGA-TGTT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAACATCTTCCAGAAGGTGACACTAGACAGTCATGTAGGATGATTGTT  100

seq1  ACTAAGACGTACATGTGTTGGCTGTCTAGAAAAAAAATCAACTAAATGAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGACGTACATGTGTTGGCTGTCTAGAAAAAAAATCAACTAAATGAT  150

seq1  TTCAGTTTTAAGTTACATCGATTGGGGTGTATGAGTGCATGTGTGTGTGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTTAAGTTACATCGATTGGGGTGTATGAGTGCATGTGTGTGTGA  200

seq1  GTGCATATATATGTGTCTATGTGTGTGTGAATATGTATACATGAATGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATATATGTGTCTATGTGTGTGTGAATATGTATACATGAATGTGT  250

seq1  GTGTGTGTTTGTGGGTAATGTATGTCTCTGTGTGTGTCTGTCTGTGTCTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTTTGTGGGTAATGTATGTCTCTGTGTGTGTCTGTCTGTGTCTA  300

seq1  TGTGCATGTGTGCATCTGTGTGTATGTGACTATGTTTTTGTGTGTCTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGTGTGCATCTGTGTGTATGTGACTATGTTTTTGTGTGTCTGTG  350

seq1  TGTGTGCATGTATGTCAGTGTGACTGTGGTCTGTGTGTTTGTGTGTGCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCATGTATGTCAGTGTGACTGTGGTCTGTGTGTTTGTGTGTGCAT  400

seq1  GTATGTGAGTGTGTCTGTGGTCTGTCTGTCTTTGTGTGTGCATGCTTATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGAGTGTGTCTGTGGTCTGTCTGTCTTTGTGTGTGCATGCTTATT  450

seq1  TGTGTGTATTTGTCTATGTATGTGTGTGAATGCATGTGTGTGTGAAAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATTTGTCTATGTATGTGTGTGAATGCATGTGTGTGTGAAAGTG  500

seq1  TGTGTGTCTATGTATGAGTGTGTCTGGGTATGTCTGGGTGTGAGTGCATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTATGTATGAGTGTGTCTGGGTATGTCTGGGTGTGAGTGCATG  550

seq1  TGTGTATGAATGTGTCTGTGTGTGAGTGTATTGTGTAATGTGTGTGTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGAATGTGTCTGTGTGTGAGTGTATTGTGTAATGTGTGTGTGTG  600

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGCATGTTAGTGTATACAGTCAGCAGTATTCACGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGCATGTTAGTGTATACAGTCAGCAGTATTCACGAG  650

seq1  GAGGACAGAGAACAAATCACAGACCTCAGTTCTCTCCCGCCATCACATGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAGAGAACAAATCACAGACCTCAGTTCTCTCCCGCCATCACATGG  700

seq1  TTCCCAGGATTGAACACCAATCATTAGATTTGATGGCAGACACTACAGGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGATTGAACACCAATCATTAGATTTGATGGCAGACACTACAGGA  750

seq1  GAGCAGCTGTTAGTCTGGAAGAGGCCTTGCAGCATAGGCAGAGGTTTGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTGTTAGTCTGGAAGAGGCCTTGCAGCATAGGCAGAGGTTTGAG  800

seq1  AACCATGTTTGTCTCCATGGTGCTGAAAGAGTGGGTTGTGTTCCTGAAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGTTTGTCTCCATGGTGCTGAAAGAGTGGGTTGTGTTCCTGAAAA  850

seq1  GAAGATGACTCTGAGAACTTGGCTGGCATATGCCTCGTGTCAGCAAAACC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGACTCTGAGAACTTGGCTGGCATATGCCTCGTGTCAGCAAAACC  900

seq1  ATTCAGAGGGACATCCTGATCTTTCTGCCTAGGAATAACGTCATCTGAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGGGACATCCTGATCTTTCTGCCTAGGAATAACGTCATCTGAAG  950

seq1  AAAATGTAGGGAGGGAGAATCCTTTATTTCAGATCTGGTAGAGAGAATTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTAGGGAGGGAGAATCCTTTATTTCAGATCTGGTAGAGAGAATTC  1000


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |