BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277C11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 99,165,638 - 99,312,343
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCep70, D9Ertd280e, Mras
Upstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123, Pik3cb, LOC100040442, LOC100040757, EG623459
Downstream geneLOC623534, Armc8, Dbr1, A4gnt, Dzip1l, Cldn18, EG667429, Sox14, LOC667456, 4930519F24Rik, LOC100040590
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277C11.bB6Ng01-277C11.g
ACCGA077748GA077749
length1,079607
definitionB6Ng01-277C11.b B6Ng01-277C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,165,638 - 99,166,713)(99,311,737 - 99,312,343)
sequence
gaattctctgtagaactcatagtccacttatgtagcactcccagatcaga
cttcatcttgtacataatttgtagtattctttttgtagcccataaagact
gttaaagatttcagagtactctgcatggagctaagacagccttgttcaag
tctcatagtgccttgtgcatttctcatagtgaacctgtatggagttcatt
gccatgatagtgacctgtgtagaattcaatacatctccactgagtttata
tcacgtatgactaaagctcatcatgtatctgtttagactttataatccca
agtacacatcttacagtgcacacacacactcacctctccttttgtgtgtg
tgtctgatttgtattgaacttataatgtatctatataactcatagtgtcc
tttataaactcatagtgtacccctgaatagttcaggatggtcttgattaa
aggacatatgatatctgtgagctcatagtatccttgatggaccccaagtg
ccctgtacagagctcttagtgccctgaatagagttcacagtgcgtgtgat
ttagagctcatcctggagtatgtagaccacactgcatccttatataagct
tacaaggttctgtagagatgccacagtctcctctgtatatctcccagtac
acttatatgcagcacacagtcctggcagggatctcatattgcatgtatgt
tcatctcttaggacactttatagatgtcataaggggcctctttaataaaa
gtcacaatgtcttatatgtagattacagtcccctgtgctgtttagcgctc
acagtgtcctccttacagagctcataatgtcttatatggagtcgtaatgc
tcacgtgtagagacccatttctacctgttaaacgctcatattggaaatgt
attgatttcattatgcctatgaggtcatagttcccattatgaatcttagt
accctatgtagaggtttcagtggccagtatagatatcatatttccctttc
tatggttatattaccttgaccatgtgcagtaagcccttgtgagacaagat
cataagtgggttttgtacagagccataga
gaattcccttgacacagcttttggctgtactagttaaagaccggtactgt
ggtgtgaataagatcagacctggcgtgtagttgctgttcagtgaatacca
cttgaacagcaatcatctctgggtggtgagaccatgcgtgacaaagctca
ctcatacttctttgccttgtttcattttcagatctactgttgggagtctg
tgttcctctataagacacaaactcgtatttcttcccaactcagaaaagaa
agcccatgagtattttctcctagttcaaaagttaaagatccttccctcat
tccgtgtgtctttcttccctaggcctgactaccagaaacatggcgaccag
cgctgttccaagtgaaaaccttcccacatataaactagtagtggtgggag
atggtggtgtgggcaagagtgcgctcactattcagtttttccagaagatc
tttgtgcctgactacgaccccaccattgaagactcctacctgaagcatac
agagattgacaatcagtgggccatcttggatggtgagacctgatgacaag
tcttgcatggggtgggtcgttatgtggggaagatcatgggaatttgagag
gtcttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_99165638_99166713
seq2: B6Ng01-277C11.b_43_1121

seq1  GAATTCTCTGTAGAACTCATAGTCCACTTATGTAGCACTCCCAGATCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTAGAACTCATAGTCCACTTATGTAGCACTCCCAGATCAGA  50

seq1  CTTCATCTTGTACATAATTTGTAGTATTCTTTTTGTAGCCCATAAAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTTGTACATAATTTGTAGTATTCTTTTTGTAGCCCATAAAGACT  100

seq1  GTTAAAGATTTCAGAGTACTCTGCATGGAGCTAAGACAGCCTTGTTCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGATTTCAGAGTACTCTGCATGGAGCTAAGACAGCCTTGTTCAAG  150

seq1  TCTCATAGTGCCTTGTGCATTTCTCATAGTGAACCTGTATGGAGTTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAGTGCCTTGTGCATTTCTCATAGTGAACCTGTATGGAGTTCATT  200

seq1  GCCATGATAGTGACCTGTGTAGAATTCAATACATCTCCACTGAGTTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGATAGTGACCTGTGTAGAATTCAATACATCTCCACTGAGTTTATA  250

seq1  TCACGTATGACTAAAGCTCATCATGTATCTGTTTAGACTTTATAATCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTATGACTAAAGCTCATCATGTATCTGTTTAGACTTTATAATCCCA  300

seq1  AGTACACATCTTACAGTGCACACACACACTCACCTCTCCTTTTGTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACATCTTACAGTGCACACACACACTCACCTCTCCTTTTGTGTGTG  350

seq1  TGTCTGATTTGTATTGAACTTATAATGTATCTATATAACTCATAGTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGATTTGTATTGAACTTATAATGTATCTATATAACTCATAGTGTCC  400

seq1  TTTATAAACTCATAGTGTACCCCTGAATAGTTCAGGATGGTCTTGATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAACTCATAGTGTACCCCTGAATAGTTCAGGATGGTCTTGATTAA  450

seq1  AGGACATATGATATCTGTGAGCTCATAGTATCCTTGATGGACCCCAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATATGATATCTGTGAGCTCATAGTATCCTTGATGGACCCCAAGTG  500

seq1  CCCTGTACAGAGCTCTTAGTGCCCTGAATAGAGTTCACAGTGCGTGTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTACAGAGCTCTTAGTGCCCTGAATAGAGTTCACAGTGCGTGTGAT  550

seq1  TTAGAGCTCATCCTGGAGTATGTAGACCACACTGCATCCTTATATAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCTCATCCTGGAGTATGTAGACCACACTGCATCCTTATATAAGCT  600

seq1  TACAAGGTTCTGTAGAGATGCCACAGTCTCCTCTGTATATCTCCCAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGTTCTGTAGAGATGCCACAGTCTCCTCTGTATATCTCCCAGTAC  650

seq1  ACTTATATGCAGCACACAGTCCTGGCAGGGATCTCATATTGCATGTATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATATGCAGCACACAGTCCTGGCAGGGATCTCATATTGCATGTATGT  700

seq1  TCATCTCTTAGGACACTTTATAGATGTCATAA-GGGCCTCTTTAATAAAA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCATCTCTTAGGACACTTTATAGATGTCATAAGGGGCCTCTTTAATAAAA  750

seq1  GTCACAATGTCTTATATGTAGATTACAGTCCCCTGTGCTGTTTAGCGCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAATGTCTTATATGTAGATTACAGTCCCCTGTGCTGTTTAGCGCTC  800

seq1  ACAGTGTCCTCCTTACAGAGCTCATAATGTCTTATATGGAGTCGTAATGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTCCTCCTTACAGAGCTCATAATGTCTTATATGGAGTCGTAATGC  850

seq1  TCACGTGTAGAGACCCATTTCTACCTGTTAAACGCTCATATTGGAAATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTGTAGAGACCCATTTCTACCTGTTAAACGCTCATATTGGAAATGT  900

seq1  ATTGATTTCATTATGCCCTATGAGGTCATAGTTCCCATTATGAATCTTAG  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTCATTATG-CCTATGAGGTCATAGTTCCCATTATGAATCTTAG  949

seq1  TACCCTATGTAGAGGTTTCAGTGGCCAGTATAGATATCATATTTCCCTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTATGTAGAGGTTTCAGTGGCCAGTATAGATATCATATTTCCCTTT  999

seq1  CTATGGTTATATTACCTTGAACCATGTGCAGTAAAGCCCTGTGAG--CAG  1047
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||   ||
seq2  CTATGGTTATATTACCTTG-ACCATGTGCAGTAAGCCCTTGTGAGACAAG  1048

seq1  ATCAT-AGTGGGTTTTGTACAGAG-CATAGA  1076
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCATAAGTGGGTTTTGTACAGAGCCATAGA  1079

seq1: chr9_99311737_99312343
seq2: B6Ng01-277C11.g_68_674 (reverse)

seq1  CTAAAACCTCTCAAATTCCCCTGATCTTCCCCACATAACGACCCACCCCA  50
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACCTCTCAAATTCCCATGATCTTCCCCACATAACGACCCACCCCA  50

seq1  TGCAAGACTTGTCATCAGGTCTCACCATCCAAGATGGCCCACTGATTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGACTTGTCATCAGGTCTCACCATCCAAGATGGCCCACTGATTGTC  100

seq1  AATCTCTGTATGCTTCAGGTAGGAGTCTTCAATGGTGGGGTCGTAGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTGTATGCTTCAGGTAGGAGTCTTCAATGGTGGGGTCGTAGTCAG  150

seq1  GCACAAAGATCTTCTGGAAAAACTGAATAGTGAGCGCACTCTTGCCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAGATCTTCTGGAAAAACTGAATAGTGAGCGCACTCTTGCCCACA  200

seq1  CCACCATCTCCCACCACTACTAGTTTATATGTGGGAAGGTTTTCACTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATCTCCCACCACTACTAGTTTATATGTGGGAAGGTTTTCACTTGG  250

seq1  AACAGCGCTGGTCGCCATGTTTCTGGTAGTCAGGCCTAGGGAAGAAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCGCTGGTCGCCATGTTTCTGGTAGTCAGGCCTAGGGAAGAAAGAC  300

seq1  ACACGGAATGAGGGAAGGATCTTTAACTTTTGAACTAGGAGAAAATACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGAATGAGGGAAGGATCTTTAACTTTTGAACTAGGAGAAAATACTC  350

seq1  ATGGGCTTTCTTTTCTGAGTTGGGAAGAAATACGAGTTTGTGTCTTATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTTTCTTTTCTGAGTTGGGAAGAAATACGAGTTTGTGTCTTATAG  400

seq1  AGGAACACAGACTCCCAACAGTAGATCTGAAAATGAAACAAGGCAAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACACAGACTCCCAACAGTAGATCTGAAAATGAAACAAGGCAAAGAA  450

seq1  GTATGAGTGAGCTTTGTCACGCATGGTCTCACCACCCAGAGATGATTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGTGAGCTTTGTCACGCATGGTCTCACCACCCAGAGATGATTGCT  500

seq1  GTTCAAGTGGTATTCACTGAACAGCAACTACACGCCAGGTCTGATCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGTGGTATTCACTGAACAGCAACTACACGCCAGGTCTGATCTTAT  550

seq1  TCACACCACAGTACCGGTCTTTAACTAGTACAGCCAAAAGCTGTGTCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACCACAGTACCGGTCTTTAACTAGTACAGCCAAAAGCTGTGTCAAG  600

seq1  GGAATTC  607
      |||||||
seq2  GGAATTC  607