BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277G23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 114,739,299 - 114,872,169
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCmtm8, Gpd1l
Upstream geneClasp2, Ubp1, Fbxl2, Susd5, EG665719, 4921528I07Rik, Bcl2a1c, 4930520O04Rik, Crtap, Glb1, Ccr4, Trim71, LOC100043808, Cnot10, LOC665772, Dync1li1, Cmtm6, Cmtm7
Downstream geneLOC100043813, Osbpl10, LOC100043812, Stt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164, Gadl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277G23.bB6Ng01-277G23.g
ACCGA077956GA077957
length1,116543
definitionB6Ng01-277G23.b B6Ng01-277G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,871,054 - 114,872,169)(114,739,299 - 114,739,847)
sequence
gaattcaaggccatccccacctacatagggagttcaaggtcagactggga
tatatgagaccttgcttaagaaaaagaaaaaaagaaggaaggtaagaagg
aaaggaaaagaaaaactacagaaggattccactcccttctgtgtcaaagg
aatgaacatacagaccaagaacttggtcaaactcaacaaggaccttatta
tagcccattggcggccctgggaatctttatctttccacattggaagacac
aggacctgcaagtgagctcagcaggtgaacttaccaccaagctggacagc
tcagtttcactgaccctggggacccacttgatgaaaggagagaaatttag
gtataaattttttgcagcctatttttaataatggttcaaccgtccctcca
tcccacaacagcaaaagtagtggaagagaaaagttattaggatgtggggg
aagtgaacctgacctggtcaacaatagttctttgggacagagctcgatct
ttgacagcagttcagtcctttagcaaacaccagattcaactctgtggcta
cagaccagctctctcggcaggcagacaccaggcccgaaccagcagctgtc
gttcaatcctgaagaaaccatcaagctcaccaatggacctgaggtgaggc
ctcagaactggcaagctgctgcaggaacctcacgagcagttcttgggcaa
gtttctctcaatggcagagtgaccagagttgagctcaacaatgctatgta
aggcgaaccaatacacgtgtgtcattagcaaagaataacgaggcggagca
aaccaaaccaatgctcagtgctcgtttcccactgtctgtgggggtcatag
ctatactccttcatcatgagtcctttcatgggtctgctatacccaaacat
cctttcacctgtgagccccagcaaaacaacatttgacataattaactttc
cacttcaaggactgtctcccatagtgtcctctgatagacacacacaacta
aatagaataataactttttatatttatttttccccaaaagtttcagctat
tgagggcataaatgaacactagaagcccagttccttggggttgaagcctg
gccttgtgtccatcca
tgttccgttctacctcctctcccagttcctaaaaaaaaaaaaatatatat
atatatatagttattttattaatattattgttattattgttattccgaag
gagtgtttttatgtagcaaacgatgaccttgaactctgaggccctcttcc
tctgcttgcatctccgagctgcaccaccctgctaggcctaaggtacccat
tgctaaaggcatgccagaaaagccctcaggcaactgcactacatctccag
cacacccctgccttcttttcaagattaaacaattctctctaaccacagga
ctggaaaacggcaccatggaaacgctagctacctattcaataagtaaata
aataaataactaatgccagcaggtgaaaaggttgcctgcagtttgggagc
agcactaaatgagttcacccagaccagtagctcctccaaatgggagggac
aaagagaggacgctggagactcgacctccagtgctcactgtgtgggcctg
gtgagatggagcagtgccgaaaaccatcctgagggggtggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_114871054_114872169
seq2: B6Ng01-277G23.b_48_1163 (reverse)

seq1  TGGATGG-CACAA-GCCAGGCTTCAAACCCCAGGGACCTTGGGCTTCTAG  48
      ||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||| ||  |||||||||||
seq2  TGGATGGACACAAGGCCAGGCTTCAACCCCAAGGAAC--TGGGCTTCTAG  48

seq1  TGTTCATTTATGCCCTCAATAAGCTTGAACTTTTGGGGAAAAAT-AATAT  97
      |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTCATTTATGCCCTCAAT-AGCTGAAACTTTTGGGGAAAAATAAATAT  97

seq1  -AAAAGTTA-TATTCTATTTAGTTGTGTGTGTCTATCAGAGGACAACTAT  145
       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAAAGTTATTATTCTATTTAGTTGTGTGTGTCTATCAGAGGAC-ACTAT  146

seq1  GGGAGACAGTCCTTTGAAGTGGAAAGTTAATTATGTCAAATGTTGTTTTG  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAGTCC-TTGAAGTGGAAAGTTAATTATGTCAAATGTTGTTTTG  195

seq1  CTGGGGCTCACAGGTGAAAGGATGTTTGGGTATAGCAGACCCATGAAAGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCTCACAGGTGAAAGGATGTTTGGGTATAGCAGACCCATGAAAGG  245

seq1  ACTCATGATGAAGGAGTATAGCTATGACCCCCACAGACAGTGGGAAACGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGATGAAGGAGTATAGCTATGACCCCCACAGACAGTGGGAAACGA  295

seq1  GCACTGAGCATTGGTTTGGTTTGCTCCGCCTCGTTATTCTTTGCTAATGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAGCATTGGTTTGGTTTGCTCCGCCTCGTTATTCTTTGCTAATGA  345

seq1  CACACGTGTATTGGTTCGCCTTACATAGCATTGTTGAGCTCAACTCTGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGTGTATTGGTTCGCCTTACATAGCATTGTTGAGCTCAACTCTGGT  395

seq1  CACTCTGCCATTGAGAGAAACTTGCCCAAGAACTGCTCGTGAGGTTCCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGCCATTGAGAGAAACTTGCCCAAGAACTGCTCGTGAGGTTCCTG  445

seq1  CAGCAGCTTGCCAGTTCTGAGGCCTCACCTCAGGTCCATTGGTGAGCTTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTTGCCAGTTCTGAGGCCTCACCTCAGGTCCATTGGTGAGCTTG  495

seq1  ATGGTTTCTTCAGGATTGAACGACAGCTGCTGGTTCGGGCCTGGTGTCTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTCTTCAGGATTGAACGACAGCTGCTGGTTCGGGCCTGGTGTCTG  545

seq1  CCTGCCGAGAGAGCTGGTCTGTAGCCACAGAGTTGAATCTGGTGTTTGCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCGAGAGAGCTGGTCTGTAGCCACAGAGTTGAATCTGGTGTTTGCT  595

seq1  AAAGGACTGAACTGCTGTCAAAGATCGAGCTCTGTCCCAAAGAACTATTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACTGAACTGCTGTCAAAGATCGAGCTCTGTCCCAAAGAACTATTG  645

seq1  TTGACCAGGTCAGGTTCACTTCCCCCACATCCTAATAACTTTTCTCTTCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCAGGTCAGGTTCACTTCCCCCACATCCTAATAACTTTTCTCTTCC  695

seq1  ACTACTTTTGCTGTTGTGGGATGGAGGGACGGTTGAACCATTATTAAAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTTTGCTGTTGTGGGATGGAGGGACGGTTGAACCATTATTAAAAA  745

seq1  TAGGCTGCAAAAAATTTATACCTAAATTTCTCTCCTTTCATCAAGTGGGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCAAAAAATTTATACCTAAATTTCTCTCCTTTCATCAAGTGGGT  795

seq1  CCCCAGGGTCAGTGAAACTGAGCTGTCCAGCTTGGTGGTAAGTTCACCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGTCAGTGAAACTGAGCTGTCCAGCTTGGTGGTAAGTTCACCTG  845

seq1  CTGAGCTCACTTGCAGGTCCTGTGTCTTCCAATGTGGAAAGATAAAGATT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCACTTGCAGGTCCTGTGTCTTCCAATGTGGAAAGATAAAGATT  895

seq1  CCCAGGGCCGCCAATGGGCTATAATAAGGTCCTTGTTGAGTTTGACCAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGCCGCCAATGGGCTATAATAAGGTCCTTGTTGAGTTTGACCAAG  945

seq1  TTCTTGGTCTGTATGTTCATTCCTTTGACACAGAAGGGAGTGGAATCCTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGTCTGTATGTTCATTCCTTTGACACAGAAGGGAGTGGAATCCTT  995

seq1  CTGTAGTTTTTCTTTTCCTTTCCTTCTTACCTTCCTTCTTTTTTTCTTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTTTTTCTTTTCCTTTCCTTCTTACCTTCCTTCTTTTTTTCTTTT  1045

seq1  TCTTAAGCAAGGTCTCATATATCCCAGTCTGACCTTGAACTCCCTATGTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGCAAGGTCTCATATATCCCAGTCTGACCTTGAACTCCCTATGTA  1095

seq1  GGTGGGGATGGCCTTGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGATGGCCTTGAATTC  1116

seq1: chr9_114739299_114739847
seq2: B6Ng01-277G23.g_64_612

seq1  GAATTCTGTTCCGTTCTACCTCCTCTCCCAGTTCCTAAAAAAAAAAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCCGTTCTACCTCCTCTCCCAGTTCCTAAAAAAAAAAAAAT  50

seq1  ATATATATATATATAGTTATTTTATTAATATTATTGTTATTATTGTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATAGTTATTTTATTAATATTATTGTTATTATTGTTATT  100

seq1  CCGAAGGAGTGTTTTTATGTAGCAAACGATGACCTTGAACTCTGAGGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGGAGTGTTTTTATGTAGCAAACGATGACCTTGAACTCTGAGGCCC  150

seq1  TCTTCCTCTGCTTGCATCTCCGAGCTGCACCACCCTGCTAGGCCTAAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCTGCTTGCATCTCCGAGCTGCACCACCCTGCTAGGCCTAAGGT  200

seq1  ACCCATTGCTAAAGGCATGCCAGAAAAGCCCTCAGGCAACTGCACTACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTGCTAAAGGCATGCCAGAAAAGCCCTCAGGCAACTGCACTACAT  250

seq1  CTCCAGCACACCCCTGCCTTCTTTTCAAGATTAAACAATTCTCTCTAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCACACCCCTGCCTTCTTTTCAAGATTAAACAATTCTCTCTAACC  300

seq1  ACAGGACTGGAAAACGGCACCATGGAAACGCTAGCTACCTATTCAATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTGGAAAACGGCACCATGGAAACGCTAGCTACCTATTCAATAAG  350

seq1  TAAATAAATAAATAACTAATGCCAGCAGGTGAAAAGGTTGCCTGCAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATAAATAACTAATGCCAGCAGGTGAAAAGGTTGCCTGCAGTTT  400

seq1  GGGAGCAGCACTAAATGAGTTCACCCAGACCAGTAGCTCCTCCAAATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGCACTAAATGAGTTCACCCAGACCAGTAGCTCCTCCAAATGGG  450

seq1  AGGGACAAAGAGAGGACGCTGGAGACTCGACCTCCAGTGCTCACTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAAAGAGAGGACGCTGGAGACTCGACCTCCAGTGCTCACTGTGTG  500

seq1  GGCCTGGTGAGATGGAGCAGTGCCGAAAACCATCCTGAGGGGGTGGAGA  549
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGTGAGATGGAGCAGTGCCGAAAACCATCCTGAGGGGGTGGAGA  549