BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277P04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,324,319 - 116,465,523
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG546164, Gadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneRbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277P04.bB6Ng01-277P04.g
ACCGA078327GA078328
length1,159615
definitionB6Ng01-277P04.b B6Ng01-277P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,464,378 - 116,465,523)(116,324,319 - 116,324,933)
sequence
gaattcatcctctcctggtggcaactttgtcaaatgccagttcttctgct
agaaatgatgaaataaataccatttctgcctttgagacgtttcagtgaag
aagtaaactacaaacacatgcgcacaggcacattaagaagaaccggcctt
gggaggctccagctcttggaatctctgctgacttatgcttgaattctaaa
caatagtctgcagtgtaagggtgctggggattttagtaggaaggtgccta
gctcctaaataggttcccctggattttctttgctgcttatctgaaggaaa
gcatgcaaaacaggttgagattgaagctcacacacatcagcctgagtaac
cacaaggctctgtctccctctctccttagtccccagcctcctttgttttc
ttcctctctactggctctctccttactttaaacattatggagaacaatcg
caaagacgaatagagtccttgtgtttagagagcttatatgcaggcagatt
tgtgctcagcttccttgaagatgatgggaaaacacaggagcaactctcct
gcctgtgggcaaagggacagatggaagctagggagagcaggaccagtgag
aaactaaggcttcgtagggtaacaacattcaagacaggtgtggggcctca
gtgaggacctggttctcattatcttatccccactttttgtctaggacaag
ataacggatctatagtgctggaaaaggcaggaggtgaatgaagcattcca
agcaacatggctgtcagctgtggttgaacactgtagcaggctaaaggagt
ttccaatatctttcatttagatgattgttttaaaagtgctataaatcatt
gcatgctctcatgtaagtcacttcaatggagaattgggtctcaagacccc
aatacacagactgcatgtcacaggcagatcatttaagagctttaggtctt
ggaaggatagctctgtgggtacatgttttgttatgcagcatgatgggcct
acccttcagacccttagcacccatggtgaaaatccaggtgtagcttacat
taccagccacaccacccactggggacagaggggacacacaagatcactgg
gacttgctgggcttgtcaggcccagcttcaagttcagaggagagaactct
gttctcaag

gaattccatgctagtgccagcagtgggggtggctttctctcttcctgatt
tcagtgaccgtgcagcttactctaggcagaggaaaggctggaaatcccca
cccaggcttactagagtccatattccttttctacttgctcagtgtacctc
cgagacatgttcctaacctctctccacctcttatttaaagtgcttgataa
gtgacaaaaactgtcttaaatgatgtcacatgtgtcccttctaaactctt
atctgtgtttctaggcacaagttgtccactcagcatctctctcctgtgtc
ctccagtggtaaagtcttcacaaacagagactatattcagagagtgagtt
tcttctgaagggaacctggcattgcttatctcaaagataactgtttgctt
tgccttttgatcaatatgacagtaatccctgggggtgggggtggggtgga
catattcaacataatgacagaataaaagtgggaaagagttagcatgtggc
catgaatcttggagagaggttggtgagactgctcacttcaggtatacacg
gtcagtgtcctgtaagggtcttgtcatcttgacccaagccagggtcatcc
agaaagaacctaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116464378_116465523
seq2: B6Ng01-277P04.b_46_1204 (reverse)

seq1  CTTGAG-ACAGAG-TCTCT-CTCTGAACCTGGAGCTGGG-CTGGCA--GC  44
      |||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||| ||   |
seq2  CTTGAGAACAGAGTTCTCTCCTCTGAACTTGAAGCTGGGCCTGACAAGCC  50

seq1  CAGCAAGTCCCAGTGATCTTTGTGTGTCCCCTCTGTCCCCAGT-GGTGGT  93
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCAAGTCCCAGTGATC-TTGTGTGTCCCCTCTGTCCCCAGTGGGTGGT  99

seq1  GTTGCTGGTAATGTAAGCTACACTTGGATTTTCA-CATGGGTGCT-AGGG  141
      || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GTGGCTGGTAATGTAAGCTACACCTGGATTTTCACCATGGGTGCTAAGGG  149

seq1  TCTGAA-GGTAGG-CCATCATGCTTGCATAAC-AAACATGTACCCACAGA  188
      |||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGGTAGGCCCATCATGC-TGCATAACAAAACATGTACCCACAGA  198

seq1  GCTATCCTTCCAAGACCT-AAGCTCTT-AATGATCTGCCTGTGACATGCA  236
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCTTCCAAGACCTAAAGCTCTTAAATGATCTGCCTGTGACATGCA  248

seq1  GTCTGTGTATTGGGGTCTTGAGACCCAATTCTCCATTGAAGTGACTTACA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTATTGGGGTCTTGAGACCCAATTCTCCATTGAAGTGACTTACA  298

seq1  TGAGAGCATGCAATGATTTATAGCACTTTTAAAACAATCATCTAAATGAA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCATGCAATGATTTATAGCACTTTTAAAACAATCATCTAAATGAA  348

seq1  AGATATTGGAAACTCC-TTAGCCTGCTACAGTGTTCAACCACAGCTGACA  385
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTGGAAACTCCTTTAGCCTGCTACAGTGTTCAACCACAGCTGACA  398

seq1  GCCATGTTGCTTGGAATGCTTCATTCACCTCCTGCCTTTTCCAGCACTAT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTGCTTGGAATGCTTCATTCACCTCCTGCCTTTTCCAGCACTAT  448

seq1  AGATCCGTTATCTTGTCCTAGACAAAAAGTGGGGATAAGATAATGAGAAC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCGTTATCTTGTCCTAGACAAAAAGTGGGGATAAGATAATGAGAAC  498

seq1  CAGGTCCTCACTGAGGCCCCACACCTGTCTTGAATGTTGTTACCCTACGA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCTCACTGAGGCCCCACACCTGTCTTGAATGTTGTTACCCTACGA  548

seq1  AGCCTTAGTTTCTCACTGGTCCTGCTCTCCCTAGCTTCCATCTGTCCCTT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAGTTTCTCACTGGTCCTGCTCTCCCTAGCTTCCATCTGTCCCTT  598

seq1  TGCCCACAGGCAGGAGAGTTGCTCCTGTGTTTTCCCATCATCTTCAAGGA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACAGGCAGGAGAGTTGCTCCTGTGTTTTCCCATCATCTTCAAGGA  648

seq1  AGCTGAGCACAAATCTGCCTGCATATAAGCTCTCTAAACACAAGGACTCT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGCACAAATCTGCCTGCATATAAGCTCTCTAAACACAAGGACTCT  698

seq1  ATTCGTCTTTGCGATTGTTCTCCATAATGTTTAAAGTAAGGAGAGAGCCA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTCTTTGCGATTGTTCTCCATAATGTTTAAAGTAAGGAGAGAGCCA  748

seq1  GTAGAGAGGAAGAAAACAAAGGAGGCTGGGGACTAAGGAGAGAGGGAGAC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGGAAGAAAACAAAGGAGGCTGGGGACTAAGGAGAGAGGGAGAC  798

seq1  AGAGCCTTGTGGTTACTCAGGCTGATGTGTGTGAGCTTCAATCTCAACCT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTTGTGGTTACTCAGGCTGATGTGTGTGAGCTTCAATCTCAACCT  848

seq1  GTTTTGCATGCTTTCCTTCAGATAAGCAGCAAAGAAAATCCAGGGGAACC  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCATGCTTTCCTTCAGATAAGCAGCAAAGAAAATCCAGGGGAACC  898

seq1  TATTTAGGAGCTAGGCACCTTCCTACTAAAATCCCCAGCACCCTTACACT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGGAGCTAGGCACCTTCCTACTAAAATCCCCAGCACCCTTACACT  948

seq1  GCAGACTATTGTTTAGAATTCAAGCATAAGTCAGCAGAGATTCCAAGAGC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTATTGTTTAGAATTCAAGCATAAGTCAGCAGAGATTCCAAGAGC  998

seq1  TGGAGCCTCCCAAGGCCGGTTCTTCTTAATGTGCCTGTGCGCATGTGTTT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCTCCCAAGGCCGGTTCTTCTTAATGTGCCTGTGCGCATGTGTTT  1048

seq1  GTAGTTTACTTCTTCACTGAAACGTCTCAAAGGCAGAAATGGTATTTATT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTACTTCTTCACTGAAACGTCTCAAAGGCAGAAATGGTATTTATT  1098

seq1  TCATCATTTCTAGCAGAAGAACTGGCATTTGACAAAGTTGCCACCAGGAG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATTTCTAGCAGAAGAACTGGCATTTGACAAAGTTGCCACCAGGAG  1148

seq1  AGGATGAATTC  1146
      |||||||||||
seq2  AGGATGAATTC  1159


seq1: chr9_116324319_116324933
seq2: B6Ng01-277P04.g_64_678

seq1  GAATTCCATGCTAGTGCCAGCAGTGGGGGTGGCTTTCTCTCTTCCTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTAGTGCCAGCAGTGGGGGTGGCTTTCTCTCTTCCTGATT  50

seq1  TCAGTGACCGTGCAGCTTACTCTAGGCAGAGGAAAGGCTGGAAATCCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACCGTGCAGCTTACTCTAGGCAGAGGAAAGGCTGGAAATCCCCA  100

seq1  CCCAGGCTTACTAGAGTCCATATTCCTTTTCTACTTGCTCAGTGTACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTTACTAGAGTCCATATTCCTTTTCTACTTGCTCAGTGTACCTC  150

seq1  CGAGACATGTTCCTAACCTCTCTCCACCTCTTATTTAAAGTGCTTGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACATGTTCCTAACCTCTCTCCACCTCTTATTTAAAGTGCTTGATAA  200

seq1  GTGACAAAAACTGTCTTAAATGATGTCACATGTGTCCCTTCTAAACTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAAACTGTCTTAAATGATGTCACATGTGTCCCTTCTAAACTCTT  250

seq1  ATCTGTGTTTCTAGGCACAAGTTGTCCACTCAGCATCTCTCTCCTGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTTTCTAGGCACAAGTTGTCCACTCAGCATCTCTCTCCTGTGTC  300

seq1  CTCCAGTGGTAAAGTCTTCACAAACAGAGACTATATTCAGAGAGTGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTGGTAAAGTCTTCACAAACAGAGACTATATTCAGAGAGTGAGTT  350

seq1  TCTTCTGAAGGGAACCTGGCATTGCTTATCTCAAAGATAACTGTTTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGAAGGGAACCTGGCATTGCTTATCTCAAAGATAACTGTTTGCTT  400

seq1  TGCCTTTTGATCAATATGACAGTAATCCCTGGGGGTGGGGGTGGGGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTGATCAATATGACAGTAATCCCTGGGGGTGGGGGTGGGGTGGA  450

seq1  CATATTCAACATAATGACAGAATAAAAGTGGGAAAGAGTTAGCATGTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCAACATAATGACAGAATAAAAGTGGGAAAGAGTTAGCATGTGGC  500

seq1  CATGAATCTTGGAGAGAGGTTGGTGAGACTGCTCACTTCAGGTATACACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATCTTGGAGAGAGGTTGGTGAGACTGCTCACTTCAGGTATACACG  550

seq1  GTCAGTGTCCTGTTAGGGTCTTGTCATCTTGACCCAAGCCAGGGTCATCC  600
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTCCTGTAAGGGTCTTGTCATCTTGACCCAAGCCAGGGTCATCC  600

seq1  AGAAAGAACCTAGAG  615
      |||||||||||| ||
seq2  AGAAAGAACCTAAAG  615


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |