BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281B08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,324,319 - 116,442,210
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG546164, Gadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneRbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281B08.bB6Ng01-281B08.g
ACCGA080650GA080651
length1,143526
definitionB6Ng01-281B08.b B6Ng01-281B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,441,071 - 116,442,210)(116,324,319 - 116,324,850)
sequence
gaattctccatcctacatttgtgagataggtttctagcaccttttgttgt
tgttgctgctgctgtctttttattcatttattttgacaaaagggacagtc
actggcctgaagtgatgcctcagcccttaacatcgctggcttcctttgca
gaggacctgggttctattcccagcactcacatggctgctcacaaccatct
gtgaccccagtcatagaggatcagatgctctctcctgtctttcatggcca
ctgcacataaatgctgcatgaacacacatgcaggcaaaacactcagacat
acaaatatattttaaaggccggtgaaggctttatctctgagcatcataga
atcaaaaacttatagctactgtctaaaacaatccgtattatttcttttct
tgttgacatgacaaacatcttttaaaagcccactgaaggaatgaagagct
taccttgggacctagcagggaggtgtggtccattgtggtgggtaggcatg
gttataaagagatgtttcacttgtgacaggactgtgagcatctggccaca
gtacccctgcagtcagaggacaggaacaggtgaatgtccctcaactcaac
atttctcttttattagcttggggctcttggctatggggtggtgtcactca
cattcaaagcaggtctttccttctcagttaagcccctctgggaattccgt
cacagatgtatccagaggtgtctcctaggtgacaccaaacaaagtaagtt
gaaaatgaagatagaccctcacaatcttcaaataaaacaacgagaaccca
ttgatagccaaagtcaagtgttggtctgtctgtcaggaagcatgtctcct
gacttcattacacaaaacccaggagacacacccgaagaaacactgacagc
catcataggaaagggagcgtgaggcaagaggctaaggattaaataaaggc
gttcccccaaggatgtctttgagttttgaaaatgtttcaaaatcatttgc
aatggacactcaacaagccaggtttggaagtagaagaaacaaacagctac
cactggtctgcagccccctagaatgcctcttgtgtactgaaagaatgatg
gctattttcatgacaacaacattccttcattaagccatatttc

catgctagtgccagcagtgggggtggctttctctcttcctgatttcagtg
accgtgcagcttactctaggcagaggaaaggctggaaatccccacccagg
cttactagagtccatattccttttctacttgctcagtgtacctccgagac
atgttcctaacctctctccacctcttatttaaagtgcttgataagtgaca
aaaactgtcttaaatgatgtcacatgtgtcccttctaaactcttatctgt
gtttctaggcacaagttgtccactcagcatctctctcctgtgtcctccag
tggtaaagtcttcacaaacagagactatattcagagagtgagtttcttct
gaagggaacctggcattgcttatctcaaagataactgtttgctttgcctt
ttgatcaatatgacagtaatccctgggggtgggggtggggtggacatatt
caacataatgacagaataaaagtgggaaagagttagcatgtggccatgca
tcttggaaagaggatggtgagactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116441071_116442210
seq2: B6Ng01-281B08.b_46_1188 (reverse)

seq1  GAAATTATGGCTTAATGGAGG-ATGTTGTTGGTCATG-AAATAG-CATCA  47
      |||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||| |||||
seq2  GAAA-TATGGCTTAATGAAGGAATGTTGTT-GTCATGAAAATAGCCATCA  48

seq1  -TCTTTCAGTACACCAAGAGGCA-TCTAGGGGGCTGCAGACCAGTGGTAG  95
       |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCAGTACA-CAAGAGGCATTCTAGGGGGCTGCAGACCAGTGGTAG  97

seq1  CTGGTTTGTTC-TCTACTTCCAAACCTTGGCTTG-TGAGTGTCCATTGCA  143
      ||| ||  ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTTTCTTCTACTTCCAAACC-TGGCTTGTTGAGTGTCCATTGCA  146

seq1  AATGATTTTGAAACATTTTCAAAACTCAAAGACATCCTTGGGGGAACGCC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTTGAAACATTTTCAAAACTCAAAGACATCCTTGGGGGAACGCC  196

seq1  TTTATTTAATCCTTAGCCTCTTGCCTCACGCTCCCTTTCCTATGATGGCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAATCCTTAGCCTCTTGCCTCACGCTCCCTTTCCTATGATGGCT  246

seq1  GTCAGTGTTTCTTCGGGTGTGTCTCCTGGGTTTTGTGTAATGAAGTCAGG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTTTCTTCGGGTGTGTCTCCTGGGTTTTGTGTAATGAAGTCAGG  296

seq1  AGACATGCTTCCTGACAGACAGACCAACACTTGACTTTGGCTATCAATGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGCTTCCTGACAGACAGACCAACACTTGACTTTGGCTATCAATGG  346

seq1  GTTCTCGTTGTTTTATTTGAAGATTGTGAGGGTCTATCTTCATTTTCAAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCGTTGTTTTATTTGAAGATTGTGAGGGTCTATCTTCATTTTCAAC  396

seq1  TTACTTTGTTTGGTGTCACCTAGGAGACACCTCTGGATACATCTGTGACG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTGTTTGGTGTCACCTAGGAGACACCTCTGGATACATCTGTGACG  446

seq1  GAATTCCCAGAGGGGCTTAACTGAGAAGGAAAGACCTGCTTTGAATGTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGAGGGGCTTAACTGAGAAGGAAAGACCTGCTTTGAATGTGA  496

seq1  GTGACACCACCCCATAGCCAAGAGCCCCAAGCTAATAAAAGAGAAATGTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACCACCCCATAGCCAAGAGCCCCAAGCTAATAAAAGAGAAATGTT  546

seq1  GAGTTGAGGGACATTCACCTGTTCCTGTCCTCTGACTGCAGGGGTACTGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGAGGGACATTCACCTGTTCCTGTCCTCTGACTGCAGGGGTACTGT  596

seq1  GGCCAGATGCTCACAGTCCTGTCACAAGTGAAACATCTCTTTATAACCAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGATGCTCACAGTCCTGTCACAAGTGAAACATCTCTTTATAACCAT  646

seq1  GCCTACCCACCACAATGGACCACACCTCCCTGCTAGGTCCCAAGGTAAGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCCACCACAATGGACCACACCTCCCTGCTAGGTCCCAAGGTAAGC  696

seq1  TCTTCATTCCTTCAGTGGGCTTTTAAAAGATGTTTGTCATGTCAACAAGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTCCTTCAGTGGGCTTTTAAAAGATGTTTGTCATGTCAACAAGA  746

seq1  AAAGAAATAATACGGATTGTTTTAGACAGTAGCTATAAGTTTTTGATTCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATAATACGGATTGTTTTAGACAGTAGCTATAAGTTTTTGATTCT  796

seq1  ATGATGCTCAGAGATAAAGCCTTCACCGGCCTTTAAAATATATTTGTATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCTCAGAGATAAAGCCTTCACCGGCCTTTAAAATATATTTGTATG  846

seq1  TCTGAGTGTTTTGCCTGCATGTGTGTTCATGCAGCATTTATGTGCAGTGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGTTTTGCCTGCATGTGTGTTCATGCAGCATTTATGTGCAGTGG  896

seq1  CCATGAAAGACAGGAGAGAGCATCTGATCCTCTATGACTGGGGTCACAGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAAGACAGGAGAGAGCATCTGATCCTCTATGACTGGGGTCACAGA  946

seq1  TGGTTGTGAGCAGCCATGTGAGTGCTGGGAATAGAACCCAGGTCCTCTGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTGAGCAGCCATGTGAGTGCTGGGAATAGAACCCAGGTCCTCTGC  996

seq1  AAAGGAAGCCAGCGATGTTAAGGGCTGAGGCATCACTTCAGGCCAGTGAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGCCAGCGATGTTAAGGGCTGAGGCATCACTTCAGGCCAGTGAC  1046

seq1  TGTCCCTTTTGTCAAAATAAATGAATAAAAAGACAGCAGCAGCAACAACA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTTTGTCAAAATAAATGAATAAAAAGACAGCAGCAGCAACAACA  1096

seq1  ACAAAAGGTGCTAGAAACCTATCTCACAAATGTAGGATGGAGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGTGCTAGAAACCTATCTCACAAATGTAGGATGGAGAATTC  1143


seq1: chr9_116324319_116324850
seq2: B6Ng01-281B08.g_68_599

seq1  GAATTCCATGCTAGTGCCAGCAGTGGGGGTGGCTTTCTCTCTTCCTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTAGTGCCAGCAGTGGGGGTGGCTTTCTCTCTTCCTGATT  50

seq1  TCAGTGACCGTGCAGCTTACTCTAGGCAGAGGAAAGGCTGGAAATCCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACCGTGCAGCTTACTCTAGGCAGAGGAAAGGCTGGAAATCCCCA  100

seq1  CCCAGGCTTACTAGAGTCCATATTCCTTTTCTACTTGCTCAGTGTACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTTACTAGAGTCCATATTCCTTTTCTACTTGCTCAGTGTACCTC  150

seq1  CGAGACATGTTCCTAACCTCTCTCCACCTCTTATTTAAAGTGCTTGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACATGTTCCTAACCTCTCTCCACCTCTTATTTAAAGTGCTTGATAA  200

seq1  GTGACAAAAACTGTCTTAAATGATGTCACATGTGTCCCTTCTAAACTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAAACTGTCTTAAATGATGTCACATGTGTCCCTTCTAAACTCTT  250

seq1  ATCTGTGTTTCTAGGCACAAGTTGTCCACTCAGCATCTCTCTCCTGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTTTCTAGGCACAAGTTGTCCACTCAGCATCTCTCTCCTGTGTC  300

seq1  CTCCAGTGGTAAAGTCTTCACAAACAGAGACTATATTCAGAGAGTGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTGGTAAAGTCTTCACAAACAGAGACTATATTCAGAGAGTGAGTT  350

seq1  TCTTCTGAAGGGAACCTGGCATTGCTTATCTCAAAGATAACTGTTTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGAAGGGAACCTGGCATTGCTTATCTCAAAGATAACTGTTTGCTT  400

seq1  TGCCTTTTGATCAATATGACAGTAATCCCTGGGGGTGGGGGTGGGGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTGATCAATATGACAGTAATCCCTGGGGGTGGGGGTGGGGTGGA  450

seq1  CATATTCAACATAATGACAGAATAAAAGTGGGAAAGAGTTAGCATGTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCAACATAATGACAGAATAAAAGTGGGAAAGAGTTAGCATGTGGC  500

seq1  CATGAATCTTGGAGAGAGGTTGGTGAGACTGC  532
      |||| |||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CATGCATCTTGGAAAGAGGATGGTGAGACTGC  532


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |