BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282L10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 73,915,032 - 74,041,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr72
Upstream geneRab27a, 2410004A20Rik, BC003885, EG436081, Unc13c
Downstream geneNr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1, BC031353, Arpp19, LOC100040812, Myo5a, LOC677501
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282L10.bB6Ng01-282L10.g
ACCGA081860GA081861
length1,1071,136
definitionB6Ng01-282L10.b B6Ng01-282L10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,040,084 - 74,041,202)(73,915,032 - 73,916,143)
sequence
gaattccacatctagatactgaaaatcaaaaccaagatttcaaagaggta
tgagggtccagtgcagtgttacccataacaacagagatgagaaaacctag
atttcattgacagatgaaaggatgaagaaaaacattctagatagctgtga
caaaataatattcatccctagaaggaaattctgcaacagatgactgaaca
aaacaaaacaaaaatttcccccaaaacaaagaccttgtggaaataatgtt
gaataacaaaagccaaacagaaaaaatatggcatggttgctcttaaaaga
gacctaaaacaatcacttccacagaacccaggtgtaaagtcatgatagcc
taaaggtgggctgggataagctattaatcaatggaaagtaagtttttacc
cagcaaactgaatacgctctaggatccactgctaagcattttgtttagat
agctttatttggtagtaattggtaatgagtgcaacaaaaggacaagtcca
agttctaacactacctgtatagacagctatttgtcatagctccttactat
atttactaactcagtggttaagagtagtagtggctcttccagaggacctg
ggagttgagtgtttaggataaatttgtctaaaactatgaagtaatggatg
cagatggtagaaccctctctagttgtattcacatctcattaacacctgcc
ctagctccacatttatattcttatcttttagacttgttccccacagcaaa
atgttacttacatatcaagattggctgttataacctgtgctctagagagc
ataggcccttccatggcctagattggctcccatatcacctcagatttgac
tctacaatctgtgtccatagctttagccaaattcataataaacactcaac
tccctggtcctctggaagaacagctattgctcttatccaatgaatcatct
tttcagcccctggccttttctttagatatggtctatctcttttctctgta
tgcaatctgcatgagtcctgtctctgtgaaattcctagtgtctatggtgt
gggcacacaagtagagatcatgagtatgaggatgattttctgctactacc
ccactac

gaattccctatggcttcatgtcctttgctgaatacattatgaacaggttc
taacgtttcctttgtcgtgttcaactacccaatgagaacatctgctagcc
tccttgacccaggaaatccatccctgtacaagagtctcagactggacatt
tctaaagattcctgaaattaaacacatgccttccacccgccagtgaactg
catggaaattcaggctaccatggggctttactaaggtatgtggtttacct
gacagtcagttttcctgtatttataaacatggaacaggaaacagtaagaa
caaaaaaaattgaacagaaaatatgtaaatatgggtcactgagtaataca
gaggcagagaatcaacctgctccagaaacgagagtcgggggtcttcaaca
tagccatcccacaatcccctttactgaagcccactcccataattcccatc
actgaagtccactcccacaagctcttttgctaaaggccaccatgaggaaa
acttctccctggagaatcaaagattaatcagggtcaaagaaatgtaacac
ccagaagttataaggcccctgcttacagaccagaatggagtgtctgggat
ccagaatttttatttcagagactgcaatcctgatttcaaaacctgcagaa
gacatccaagaagtcctcagccctactacctccaattcatgtacgagggc
acagacagaaaggatttggtctagagtccagggcaggccttagtcgaagt
ttaaaagaagtatcaataactatgaacatcttatagatgatagttgaccc
ctagtaaaattaaatttactttatgcaactgataacagcaggtttttaat
ccagacctgttgaaatttatggcaccatgataaatacactgacattcttt
ccctgttggaaacctgagagcaatgctcgttttttctgtcattaagggag
tccatgggggacatttccctctgctcacagccttggtacacattatgaaa
ccaatacacaaggttgaccctttctcaaaaattgtatcaattctttttta
aatggaagaatagattattattgaatatacaataaccaatttcaactggc
ctgttcattaagtacgtacatttaggtcaccctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_74040084_74041202
seq2: B6Ng01-282L10.b_47_1153 (reverse)

seq1  GTAGTGGGGTTAGTAAGGCAGAAAATTCATTCTTCAATACTCATTGAATC  50
      ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||   ||||||||   |||
seq2  GTAGTGGGG-TAGTA--GCAGAAAA-TCATCCT--CATACTCAT--GATC  42

seq1  TCTAC-TGTGTGCCCCACACCATAGACACTAGGAATTTCAACAAGAGACA  99
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TCTACTTGTGTG-CCCACACCATAGACACTAGGAATTTCA--CAGAGACA  89

seq1  GGACTCATGCAGATTGCATACAGAGAAAAGAGATAGACCATATCTTAAAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  GGACTCATGCAGATTGCATACAGAGAAAAGAGATAGACCATATCT--AAA  137

seq1  GAAAAGGCCAGGGGCTGAAAAGATGATTCATTGGATAAGAGCAATAGCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCCAGGGGCTGAAAAGATGATTCATTGGATAAGAGCAATAGCTG  187

seq1  TTCTTCCAGAGGACCAGGGAGTTGAGTGTTTATTATGAATTTGGCTAAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAGAGGACCAGGGAGTTGAGTGTTTATTATGAATTTGGCTAAAG  237

seq1  CTATGGACACAGATTGTAGAGTCAAATCTGAGGTGATATGGGAGCCAATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGACACAGATTGTAGAGTCAAATCTGAGGTGATATGGGAGCCAATC  287

seq1  TAGGCCATGGAAGGGCCTATGCTCTCTAGAGCACAGGTTATAACAGCCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCATGGAAGGGCCTATGCTCTCTAGAGCACAGGTTATAACAGCCAA  337

seq1  TCTTGATATGTAAGTAACATTTTGCTGTGGGGAACAAGTCTAAAAGATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATATGTAAGTAACATTTTGCTGTGGGGAACAAGTCTAAAAGATAA  387

seq1  GAATATAAATGTGGAGCTAGGGCAGGTGTTAATGAGATGTGAATACAACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAATGTGGAGCTAGGGCAGGTGTTAATGAGATGTGAATACAACT  437

seq1  AGAGAGGGTTCTACCATCTGCATCCATTACTTCATAGTTTTAGACAAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGTTCTACCATCTGCATCCATTACTTCATAGTTTTAGACAAATT  487

seq1  TATCCTAAACACTCAACTCCCAGGTCCTCTGGAAGAGCCACTACTACTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTAAACACTCAACTCCCAGGTCCTCTGGAAGAGCCACTACTACTCT  537

seq1  TAACCACTGAGTTAGTAAATATAGTAAGGAGCTATGACAAATAGCTGTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACTGAGTTAGTAAATATAGTAAGGAGCTATGACAAATAGCTGTCT  587

seq1  ATACAGGTAGTGTTAGAACTTGGACTTGTCCTTTTGTTGCACTCATTACC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGTAGTGTTAGAACTTGGACTTGTCCTTTTGTTGCACTCATTACC  637

seq1  AATTACTACCAAATAAAGCTATCTAAACAAAATGCTTAGCAGTGGATCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTACCAAATAAAGCTATCTAAACAAAATGCTTAGCAGTGGATCCT  687

seq1  AGAGCGTATTCAGTTTGCTGGGTAAAAACTTACTTTCCATTGATTAATAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGTATTCAGTTTGCTGGGTAAAAACTTACTTTCCATTGATTAATAG  737

seq1  CTTATCCCAGCCCACCTTTAGGCTATCATGACTTTACACCTGGGTTCTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCCAGCCCACCTTTAGGCTATCATGACTTTACACCTGGGTTCTGT  787

seq1  GGAAGTGATTGTTTTAGGTCTCTTTTAAGAGCAACCATGCCATATTTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGATTGTTTTAGGTCTCTTTTAAGAGCAACCATGCCATATTTTTT  837

seq1  CTGTTTGGCTTTTGTTATTCAACATTATTTCCACAAGGTCTTTGTTTTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGCTTTTGTTATTCAACATTATTTCCACAAGGTCTTTGTTTTGG  887

seq1  GGGAAATTTTTGTTTTGTTTTGTTCAGTCATCTGTTGCAGAATTTCCTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTTTTGTTTTGTTTTGTTCAGTCATCTGTTGCAGAATTTCCTTC  937

seq1  TAGGGATGAATATTATTTTGTCACAGCTATCTAGAATGTTTTTCTTCATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATGAATATTATTTTGTCACAGCTATCTAGAATGTTTTTCTTCATC  987

seq1  CTTTCATCTGTCAATGAAATCTAGGTTTTCTCATCTCTGTTGTTATGGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATCTGTCAATGAAATCTAGGTTTTCTCATCTCTGTTGTTATGGGT  1037

seq1  AACACTGCACTGGACCCTCATACCTCTTTGAAATCTTGGTTTTGATTTTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGCACTGGACCCTCATACCTCTTTGAAATCTTGGTTTTGATTTTC  1087

seq1  AGTATCTAGATGTGGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTAGATGTGGAATTC  1107


seq1: chr9_73915032_73916143
seq2: B6Ng01-282L10.g_66_1201

seq1  GAATTCCCTATGGCTTCATGTCCTTTGCTGAATACATTATGAACAGGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTATGGCTTCATGTCCTTTGCTGAATACATTATGAACAGGTTC  50

seq1  TAACGTTTCCTTTGTCGTGTTCAACTACCCAATGAGAACATCTGCTAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGTTTCCTTTGTCGTGTTCAACTACCCAATGAGAACATCTGCTAGCC  100

seq1  TCCTTGACCCAGGAAATCCATCCCTGTACAAGAGTCTCAGACTGGACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGACCCAGGAAATCCATCCCTGTACAAGAGTCTCAGACTGGACATT  150

seq1  TCTAAAGATTCCTGAAATTAAACACATGCCTTCCACCCGCCAGTGAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGATTCCTGAAATTAAACACATGCCTTCCACCCGCCAGTGAACTG  200

seq1  CATGGAAATTCAGGCTACCATGGGGCTTTACTAAGGTATGTGGTTTACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAATTCAGGCTACCATGGGGCTTTACTAAGGTATGTGGTTTACCT  250

seq1  GACAGTCAGTTTTCCTGTATTTATAAACATGGAACAGGAAACAGTAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCAGTTTTCCTGTATTTATAAACATGGAACAGGAAACAGTAAGAA  300

seq1  CAAAAAAAATTGAACAGAAAATATGTAAATATGGGTCACTGAGTAATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAATTGAACAGAAAATATGTAAATATGGGTCACTGAGTAATACA  350

seq1  GAGGCAGAGAATCAACCTGCTCCAGAAACGAGAGTCGGGGGTCTTCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGAATCAACCTGCTCCAGAAACGAGAGTCGGGGGTCTTCAACA  400

seq1  TAGCCATCCCACAATCCCCTTTACTGAAGCCCACTCCCATAATTCCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCATCCCACAATCCCCTTTACTGAAGCCCACTCCCATAATTCCCATC  450

seq1  ACTGAAGTCCACTCCCACAAGCTCTTTTGCTAAAGGCCACCATGAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTCCACTCCCACAAGCTCTTTTGCTAAAGGCCACCATGAGGAAA  500

seq1  ACTTCTCCCTGGAGAATCAAAGATTAATCAGGGTCAAAGAAATGTAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCCCTGGAGAATCAAAGATTAATCAGGGTCAAAGAAATGTAACAC  550

seq1  CCAGAAGTTATAAGGCCCCTGCTTACAGACCAGAATGGAGTGTCTGGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGTTATAAGGCCCCTGCTTACAGACCAGAATGGAGTGTCTGGGAT  600

seq1  CCAGAATTTTTATTTCAGAGACTGCAATCCTGATTTCAAAACCTGCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATTTTTATTTCAGAGACTGCAATCCTGATTTCAAAACCTGCAGAA  650

seq1  GACATCCAAGAAGTCCTCAGCCCTACTACCTCCAATTCATGTACGAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCCAAGAAGTCCTCAGCCCTACTACCTCCAATTCATGTACGAGGGC  700

seq1  ACAGACAGAAAGGATTTGGTCTAGAGTCCAGGGCAGGCCTTAGTCGAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGAAAGGATTTGGTCTAGAGTCCAGGGCAGGCCTTAGTCGAAGT  750

seq1  TTAAAAGAAGTATCAATAACTATGAACATCTTATAGATGATAGTTGACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAAGTATCAATAACTATGAACATCTTATAGATGATAGTTGACCC  800

seq1  CTAGTAAAATTAAATTTACTTTATGCAACTGATAACAGCAGGTTTTTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAAAATTAAATTTACTTTATGCAACTGATAACAGCAGGTTTTTAAT  850

seq1  CCAGACCTGTTGAAATTTATGGCACCATGATAAATACACTGACATTC-TT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAGACCTGTTGAAATTTATGGCACCATGATAAATACACTGACATTCTTT  900

seq1  CCCTGTTGGAAACCTGAGAGCAATGCTCG-TTTTTCTGTCATT-AGGGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CCCTGTTGGAAACCTGAGAGCAATGCTCGTTTTTTCTGTCATTAAGGGAG  950

seq1  TCCAT-GGGGACATTTCCCTCTGCTCACAGC--TTGTACACATTATGAAC  994
      ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| 
seq2  TCCATGGGGGACATTTCCCTCTGCTCACAGCCTTGGTACACATTATGAAA  1000

seq1  CCAATACACAAG--TGACC--TTCTCAAAAATTGTATC-ATTCTTTT---  1036
      ||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||| ||||||||   
seq2  CCAATACACAAGGTTGACCCTTTCTCAAAAATTGTATCAATTCTTTTTTA  1050

seq1  AATG--AG-ATAGATTATTATTGAATATAC-ATA--CAA-TTCAACTG--  1077
      ||||  || ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||  
seq2  AATGGAAGAATAGATTATTATTGAATATACAATAACCAATTTCAACTGGC  1100

seq1  CTGTTCATTAGGTACCTACATT--AGTCACCCCTCAG  1112
      |||||||||| |||| ||||||   |||| |||||||
seq2  CTGTTCATTAAGTACGTACATTTAGGTCA-CCCTCAG  1136


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |