BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283H13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 86,929,456 - 87,081,116
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyb5r4, LOC666777, LOC244958, LOC100039510
Upstream gene2610018I03Rik, Pgm3, Rwdd2, Mod1, Prss35, Snap91, C030002E08Rik
Downstream gene4922501C03Rik, LOC671706, Tbx18, LOC671731, LOC100039580, LOC384962
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283H13.bB6Ng01-283H13.g
ACCGA082424GA082425
length1,1701,112
definitionB6Ng01-283H13.b B6Ng01-283H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,079,944 - 87,081,116)(86,929,456 - 86,930,572)
sequence
gaattcattttcctcccagatgtcccaccttccattccctgtctgaacca
taggccatcagttttttaattgacaggtgatgcatccatacgatacacaa
gctattctctctacagggaattagctgtcttgaataagccaaagtggaaa
agagacaaggtaattcttcatggagaaacagactggtaaatactcagcta
atgccacattcacccactgaacgacaaaggaccaatccaaaagtagagta
ctaggcttagaatatagagtccactgctgtgctaccatgaatgtgcccag
ttttgtctgaccttggaagcttggcatcaggctaggttaattcttaggtg
aggagggaatatcaccacaagctacagccttgaagcctagtggaattgcc
acccttggggtttagaaattttttggtcccttgtgacccatgaacagaaa
ttttatattctgtatcttagacttgtaatatcaagggaccaaaaaaaatg
tcttctagttctataggtctgtagatggagatgactttccccaagactca
ctaacatctggcttagatggctaaaataatgacaatatgcagcttggagt
tgatactgtaatggattgcaacgctagcattttgaaataactttatttta
catggaggatgagctaggccaaggaagacagggaagaaaggctgctggct
ctcaatatgtccatatcttgtctctggaaactagttctgtgttacctttc
atgacaaaggggactttggcagatgagatcaggaagagacctgacatgag
ttatcctcggtaatccaatgtaaccaccagagtcttggcaaggaggacac
agggccgtcagaggcagaaaagcaaaagaagagctcacagtgacatgagg
tcacgatccacagattgagccacctgtagaaactgatgaaggcagaaaat
agatttttccagagcctcctatgttagctttctctgaaagaaattaatga
aaagtgtatttgggctcatgggtttcagagacctcaaatccatggtcatt
ttggtgcatctttctggcccagtggaagttacagcatgaactgcagagtg
tatagaagagagactgcctcacctcatggtgaccaggccagatggtcagc
aacgaactcagcttccaaag
gaattcaacctgaaaccctcttcctaccgacacaggtcagttgttaggac
acccaaggaagtaagtcagaaataaagggcagttgtgctgttgagctatg
ctatgcctgtccagagttgtgataatcgtgtcttgaattttagagaaatg
agattgacttgaatacctaagtttaaaatggcactattaaaagcagccat
gcggaactgggagtgaaccagtgagaactgtgttttagaaaggaaaaaat
agaagcacataaaattaaaagcttgttatatgaagagctcagtaggtaag
acagggaaactgcagggaacatgagatcaaagagcagagcttacacagaa
taaatatggtgcatagagaacacatgcacaagacatggaatctccctgcc
taaggcttgtaagcagacttctagaaggaagtcacagtgagagtgaggga
gaggcagtgcatgaaggtgatacagaattagtgaaaggcagatgtctaaa
gtttagcaagttcagcaaaccccagacaagaccaataaacagcataacat
gtaaaacatggaatgtatacacccagagaaggtgaagagtagccagaggg
agactcaccgacccagcagggctcttagacagcagctagcttggtgctgg
ctactgcagctgaactcccaaccaacagcagaggctaaaagcagaatgaa
ttgtgctttgaaaatgttaaggaaaaacaactgtcgtcttaaatcactgt
gtagaaaagttaaaacagatgtacactagaccatcaaaagaccaaagccc
ctcccctggagggtagaaccaggatgaggaaatggagatttcagcctaag
ccctaatcataaaggactaaattataaacactgctccttttctctgctgg
ttcagggaaggcagcatttttcttaggaaaaagagatatgagcttttaga
aacaaaaataaaaaacctccctttcctattccatctttattctgacatga
tactgaggcagcgtgataatagcttggaaatagcagagttttaatagaca
gattgggtcagtctcatctctgctactagactggtttctaaggtaccagt
tcatagatggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_87079944_87081116
seq2: B6Ng01-283H13.b_45_1214 (reverse)

seq1  CTTTGGGAAGCTGGGTCTCGTTGCTGACCCTTCTGTGCCCTGGTCACCAT  50
      |||| |||||||| || ||||||||||||    | || ||||||||||||
seq2  CTTT-GGAAGCTGAGT-TCGTTGCTGACC---ATCTGGCCTGGTCACCAT  45

seq1  GAGGTGA-GCAGTCTCCTTCTCTATACACTCTTGCAG-TCATGCTGT-AC  97
      ||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||||||||| ||
seq2  GAGGTGAGGCAGTCT-CTCTTCTATACACTC-TGCAGTTCATGCTGTAAC  93

seq1  TTCCACTGGCCCAGAAAGGATGCACC-AAATGACCATGGATTTGAGGTCT  146
      ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGGGCCAGAAA-GATGCACCAAAATGACCATGGATTTGAGGTCT  142

seq1  CTGAAA-CCATGAGCCCAAATACACTTTTCATTAATTTCTTTCAGAGAAA  195
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACCCATGAGCCCAAATACACTTTTCATTAATTTCTTTCAGAGAAA  192

seq1  GCTAACATAGGAGGCTCTGGAAAAATCTATTTTCTTGCCTTCATCAGTTT  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTAACATAGGAGGCTCTGGAAAAATCTATTTTC-TGCCTTCATCAGTTT  241

seq1  CTACAGGTGGCTCAATCTGTGGATCGTGACCTCATGTCACTGTGAGCTCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGTGGCTCAATCTGTGGATCGTGACCTCATGTCACTGTGAGCTCT  291

seq1  TCTTTTGC-TTTCTGCCTCTGACGGCCCTGTGTCCTCCTTGCCAAGACTC  344
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGCTTTTCTGCCTCTGACGGCCCTGTGTCCTCCTTGCCAAGACTC  341

seq1  TGGTGGTTACATTGGATTACCGAGGATAACTCATGTCAGGTCTCTTCCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTACATTGGATTACCGAGGATAACTCATGTCAGGTCTCTTCCTG  391

seq1  ATCTCATCTGCCAAAGTCCCCTTTGTCATGAAAGGTAACACAGAACTAGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCTGCCAAAGTCCCCTTTGTCATGAAAGGTAACACAGAACTAGT  441

seq1  TTCCAGAGACAAGATATGGACATATTGAGAGCCAGCAGCCTTTCTTCCCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGACAAGATATGGACATATTGAGAGCCAGCAGCCTTTCTTCCCT  491

seq1  GTCTTCCTTGGCCTAGCTCATCCTCCATGTAAAATAAAGTTATTTCAAAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCTTGGCCTAGCTCATCCTCCATGTAAAATAAAGTTATTTCAAAA  541

seq1  TGCTAGCGTTGCAATCCATTACAGTATCAACTCCAAGCTGCATATTGTCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGCGTTGCAATCCATTACAGTATCAACTCCAAGCTGCATATTGTCA  591

seq1  TTATTTTAGCCATCTAAGCCAGATGTTAGTGAGTCTTGGGGAAAGTCATC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAGCCATCTAAGCCAGATGTTAGTGAGTCTTGGGGAAAGTCATC  641

seq1  TCCATCTACAGACCTATAGAACTAGAAGACATTTTTTTTGGTCCCTTGAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTACAGACCTATAGAACTAGAAGACATTTTTTTTGGTCCCTTGAT  691

seq1  ATTACAAGTCTAAGATACAGAATATAAAATTTCTGTTCATGGGTCACAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAGTCTAAGATACAGAATATAAAATTTCTGTTCATGGGTCACAAG  741

seq1  GGACCAAAAAATTTCTAAACCCCAAGGGTGGCAATTCCACTAGGCTTCAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAAAAAATTTCTAAACCCCAAGGGTGGCAATTCCACTAGGCTTCAA  791

seq1  GGCTGTAGCTTGTGGTGATATTCCCTCCTCACCTAAGAATTAACCTAGCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGCTTGTGGTGATATTCCCTCCTCACCTAAGAATTAACCTAGCC  841

seq1  TGATGCCAAGCTTCCAAGGTCAGACAAAACTGGGCACATTCATGGTAGCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCAAGCTTCCAAGGTCAGACAAAACTGGGCACATTCATGGTAGCA  891

seq1  CAGCAGTGGACTCTATATTCTAAGCCTAGTACTCTACTTTTGGATTGGTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTGGACTCTATATTCTAAGCCTAGTACTCTACTTTTGGATTGGTC  941

seq1  CTTTGTCGTTCAGTGGGTGAATGTGGCATTAGCTGAGTATTTACCAGTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCGTTCAGTGGGTGAATGTGGCATTAGCTGAGTATTTACCAGTCT  991

seq1  GTTTCTCCATGAAGAATTACCTTGTCTCTTTTCCACTTTGGCTTATTCAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCCATGAAGAATTACCTTGTCTCTTTTCCACTTTGGCTTATTCAA  1041

seq1  GACAGCTAATTCCCTGTAGAGAGAATAGCTTGTGTATCGTATGGATGCAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTAATTCCCTGTAGAGAGAATAGCTTGTGTATCGTATGGATGCAT  1091

seq1  CACCTGTCAATTAAAAAACTGATGGCCTATGGTTCAGACAGGGAATGGAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTCAATTAAAAAACTGATGGCCTATGGTTCAGACAGGGAATGGAA  1141

seq1  GGTGGGACATCTGGGAGGAAAATGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGACATCTGGGAGGAAAATGAATTC  1170

seq1: chr9_86929456_86930572
seq2: B6Ng01-283H13.g_63_1174

seq1  GAATTCAACCTGAAACCCTCTTCCTACCGACACAGGTCAGTTGTTAGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCTGAAACCCTCTTCCTACCGACACAGGTCAGTTGTTAGGAC  50

seq1  ACCCAAGGAAGTAAGTCAGAAATAAAGGGCAGTTGTGCTGTTGAGCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGAAGTAAGTCAGAAATAAAGGGCAGTTGTGCTGTTGAGCTATG  100

seq1  CTATGCCTGTCCAGAGTTGTGATAATCGTGTCTTGAATTTTAGAGAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTGTCCAGAGTTGTGATAATCGTGTCTTGAATTTTAGAGAAATG  150

seq1  AGATTGACTTGAATACCTAAGTTTAAAATGGCACTATTAAAAGCAGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGACTTGAATACCTAAGTTTAAAATGGCACTATTAAAAGCAGCCAT  200

seq1  GCGGAACTGGGAGTGAACCAGTGAGAACTGTGTTTTAGAAAGGAAAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAACTGGGAGTGAACCAGTGAGAACTGTGTTTTAGAAAGGAAAAAAT  250

seq1  AGAAGCACATAAAATTAAAAGCTTGTTATATGAAGAGCTCAGTAGGTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACATAAAATTAAAAGCTTGTTATATGAAGAGCTCAGTAGGTAAG  300

seq1  ACAGGGAAACTGCAGGGAACATGAGATCAAAGAGCAGAGCTTACACAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAAACTGCAGGGAACATGAGATCAAAGAGCAGAGCTTACACAGAA  350

seq1  TAAATATGGTGCATAGAGAACACATGCACAAGACATGGAATCTCCCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGGTGCATAGAGAACACATGCACAAGACATGGAATCTCCCTGCC  400

seq1  TAAGGCTTGTAAGCAGACTTCTAGAAGGAAGTCACAGTGAGAGTGAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTTGTAAGCAGACTTCTAGAAGGAAGTCACAGTGAGAGTGAGGGA  450

seq1  GAGGCAGTGCATGAAGGTGATACAGAATTAGTGAAAGGCAGATGTCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGTGCATGAAGGTGATACAGAATTAGTGAAAGGCAGATGTCTAAA  500

seq1  GTTTAGCAAGTTCAGCAAACCCCAGACAAGACCAATAAACAGCATAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCAAGTTCAGCAAACCCCAGACAAGACCAATAAACAGCATAACAT  550

seq1  GTAAAACATGGAATGTATACACCCAGAGAAGGTGAAGAGTAGCCAGAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACATGGAATGTATACACCCAGAGAAGGTGAAGAGTAGCCAGAGGG  600

seq1  AGACTCACCGACCCAGCAGGGCTCTTAGACAGCAGCTAGCTTGGTGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCACCGACCCAGCAGGGCTCTTAGACAGCAGCTAGCTTGGTGCTGG  650

seq1  CTACTGCAGCTGAACTCCCAACCAACAGCAGAGGCTAAAAGCAGAATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCAGCTGAACTCCCAACCAACAGCAGAGGCTAAAAGCAGAATGAA  700

seq1  TTGTGCTTTGAAAATGTTAAGGAAAAACAACTGTCGTCTTAAATCACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTTGAAAATGTTAAGGAAAAACAACTGTCGTCTTAAATCACTGT  750

seq1  GTAGAAAAGTTAAAACAGATGTACACTAGACCATCAAAAGACCAAAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAAGTTAAAACAGATGTACACTAGACCATCAAAAGACCAAAGCCC  800

seq1  CTCCCCTGGAGGGTAGAACCAGGATGAGGAAATGGAGATTTCAGCCTAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTGGAGGGTAGAACCAGGATGAGGAAATGGAGATTTCAGCCTAAG  850

seq1  CCCTAATCATAAAGGACTAAATTATAAACACTGCTCCTTTTCTCTGCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATCATAAAGGACTAAATTATAAACACTGCTCCTTTTCTCTGCTGG  900

seq1  TTCAGGGAAGGCAGCATTTTTCTTAGGAAAAGAAGATATGAGCTTTTAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGAAGGCAGCATTTTTCTTAGGAAAAAGAGATATGAGCTTTTAGA  950

seq1  AACAAAA--TAAAAACCT-CCTTTCCTATTCCATCTTTATTCCTGACAAT  997
      |||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  AACAAAAATAAAAAACCTCCCTTTCCTATTCCATCTTTATT-CTGAC-AT  998

seq1  GATTACTGAGGCAGCGTGATAATAGCTTTGGAAATAGCAGAGTTTT-ATA  1046
      || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  GA-TACTGAGGCAGCGTGATAATAGC-TTGGAAATAGCAGAGTTTTAATA  1046

seq1  GACAGATTTGGGTTCAAGTCTCATCTCTGCTACTTAGACCTTGTTTTCTT  1096
      |||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||  || ||||| 
seq2  GACAGA-TTGGGT--CAGTCTCATCTCTGCTAC-TAGAC--TGGTTTCTA  1090

seq1  AGGTACCAG-TCATAGATGGTA  1117
      ||||||||| ||||||||||||
seq2  AGGTACCAGTTCATAGATGGTA  1112