BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284F06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,884,171 - 29,037,183
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnt
Upstream geneOpcml, LOC625222
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284F06.bB6Ng01-284F06.g
ACCGA083058GA083059
length1,1361,081
definitionB6Ng01-284F06.b B6Ng01-284F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,884,171 - 28,885,310)(29,036,098 - 29,037,183)
sequence
gaattcatatctcctagtgtccccacagccatcatactatcttaaggcag
cccatcacttatatgttggtgatgatgctcatacaaatgaacactgcact
gctgtcatataaaagtcatctgcatggcacataatgtatggcacttgaaa
atgaccatatagctttgtatcactggcctatgtatctaccataatataat
tttcccattgtctcggagtactatacctatataacattttctgcaaatac
tgtacctccatactggccacagattctgagagatcctgcttaccacataa
ttatttatattcagcgcatggggaatgattggcctagactatccagtttt
ctgatacctctatggcatccaaacacttatgatgcagtgatgattaagca
gcttgcagctttatctacttcattttctagtcctggataccatggtagcc
tagggccatgggatgctccacacctccactcttcttggagattagaatcc
catgcttaaagaaaggtagtgcagagtgatgtggctgttcaggtcagcca
cacagaatatagagaagcactcactggcacatgaaataatgtcggctatc
acatacctctaacgatgtcacctactctacatgttagataaatggttctg
actgacaaattcaccgttttgaagcacatggcttttagtcttcattgtgt
gtgaacacaaattctcagataatccaggatctggtggcttctcatcaagc
tctatgagaaatctctccttttccagtaagttctgttcctccatacatga
agaaatgtgaacacagggaacagaagtgatgtgtccatccaaactagaag
ctgctacaagtagacaccaaatgaactgcttcacctcccggctgcttcta
aaaatttcagtgcacaggcttttttttttctttctgaaaacagcctctat
gtctgcagttccaatgctgaaaaaaacatccgttgtatgggttgctcccc
cagctactgtacctgcaactcatgtgcaaaatgtccccatttatgcaaag
cacattcatggagctataggagctgagcctcattcctgtagctgaacaac
tgatgtgacagaatggggaacgcattcgagctcaaa
gaattccagcacttgggaggcagaggcaggcagatttctgagttcgagga
cagccagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
gtgttagatttccttaatgtaattgtgaactgggatcacaacccagctcc
aggatattgcttcaagtaggatgtagtgccagcatttattctggacttca
tagtcagagcagacatgcaaaaccaaggttcttataaagctgtgctctct
agggtatggcaatggagagacggcccaaggcacatcaatctatttagaaa
tgccctaatcctttggagagagtgtgtgatcttgcatgtgtgctggtcat
atgattgctttgggctttccttccaggcctactcagtttggaagcttggt
gcttaataagttgaactgtccatctgagtggcatttgaagtcagaggagg
ccacggatatgaaatcatctgcccttgcccactggcctcctatcagttgt
gttgtctgtaaccatcaggacacactgcactggtgaccagggtgctttgc
tagtacagtgggctatgtctaaatcatcagaaatattacagaaattattt
ttgtcttttccagtactcaatgtgcctggatttcctttctggtacccaaa
ttatcacatctatgttcttaaatgaatacttgagtacttgagacaactct
acaaaaaacaaaaaacaaaaaacaaaaaacaaaaacaaaaacaaaacaaa
aaaaaaccacttggattgtgctcatgtcaggctagtctggggagtttttg
catttaatagtgcctgtgaatatagttttgcaaagaaattaaacttcatg
ctgttcccctaagagaaaagccaactgtataacacaagtgtattgtttgt
ttttttttttttttgaaacttgtctgctttgtttgtgggactggtaggac
ctccctctaaaaagaaaccaaatggaaacaggatcagacttttgctatgg
tacttgtggtggatgaaataagacagacctgaaacttccacccagagatg
ctagcagaccatcacaagcctggatgccaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28884171_28885310
seq2: B6Ng01-284F06.b_48_1183

seq1  GAATTCATATCTCCTAGTGTCCCCACAGCCATCATACTATCTTAAGGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATCTCCTAGTGTCCCCACAGCCATCATACTATCTTAAGGCAG  50

seq1  CCCATCACTTATATGTTGGTGATGATGCTCATACAAATGAACACTGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCACTTATATGTTGGTGATGATGCTCATACAAATGAACACTGCACT  100

seq1  GCTGTCATATAAAAGTCATCTGCATGGCACATAATGTATGGCACTTGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCATATAAAAGTCATCTGCATGGCACATAATGTATGGCACTTGAAA  150

seq1  ATGACCATATAGCTTTGTATCACTGGCCTATGTATCTACCATAATATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCATATAGCTTTGTATCACTGGCCTATGTATCTACCATAATATAAT  200

seq1  TTTCCCATTGTCTCGGAGTACTATACCTATATAACATTTTCTGCAAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCATTGTCTCGGAGTACTATACCTATATAACATTTTCTGCAAATAC  250

seq1  TGTACCTCCATACTGGCCACAGATTCTGAGAGATCCTGCTTACCACATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTCCATACTGGCCACAGATTCTGAGAGATCCTGCTTACCACATAA  300

seq1  TTATTTATATTCAGCGCATGGGGAATGATTGGCCTAGACTATCCAGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATATTCAGCGCATGGGGAATGATTGGCCTAGACTATCCAGTTTT  350

seq1  CTGATACCTCTATGGCATCCAAACACTTATGATGCAGTGATGATTAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATACCTCTATGGCATCCAAACACTTATGATGCAGTGATGATTAAGCA  400

seq1  GCTTGCAGCTTTATCTACTTCATTTTCTAGTCCTGGATACCATGGTAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGCTTTATCTACTTCATTTTCTAGTCCTGGATACCATGGTAGCC  450

seq1  TAGGGCCATGGGATGCTCCACACCTCCACTCTTCTTGGAGATTAGAATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCCATGGGATGCTCCACACCTCCACTCTTCTTGGAGATTAGAATCC  500

seq1  CATGCTTAAAGAAAGGTAGTGCAGAGTGATGTGGCTGTTCAGGTCAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTAAAGAAAGGTAGTGCAGAGTGATGTGGCTGTTCAGGTCAGCCA  550

seq1  CACAGAATATAGAGAAGCACTCACTGGCACATGAAATAATGTCGGCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATATAGAGAAGCACTCACTGGCACATGAAATAATGTCGGCTATC  600

seq1  ACATACCTCTAACGATGTCACCTACTCTACATGTTAGATAAATGGTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCTCTAACGATGTCACCTACTCTACATGTTAGATAAATGGTTCTG  650

seq1  ACTGACAAATTCACCGTTTTGAAGCACATGGCTTTTAGTCTTCATTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACAAATTCACCGTTTTGAAGCACATGGCTTTTAGTCTTCATTGTGT  700

seq1  GTGAACACAAATTCTCAGATAATCCAGGATCTGGTGGCTTCTCATCAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACACAAATTCTCAGATAATCCAGGATCTGGTGGCTTCTCATCAAGC  750

seq1  TCTATGAGAAATCTCTCCTTTTCCAGTAAGTTCTGTTCCTCCATACATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGAAATCTCTCCTTTTCCAGTAAGTTCTGTTCCTCCATACATGA  800

seq1  AGAAATGTGAACACAGGGAACAGAAGTGATGTGTCCATCCAAACTAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTGAACACAGGGAACAGAAGTGATGTGTCCATCCAAACTAGAAG  850

seq1  CTGCTACAAGTAGACACCAAATGAACTGCTTCACCT-CCGGCTGCTTCTA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGCTACAAGTAGACACCAAATGAACTGCTTCACCTCCCGGCTGCTTCTA  900

seq1  AAAATTTCAGTGCACAGGCTTTTTTTTTTCTTTCTGAAAACAGCCTCTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAGTGCACAGGCTTTTTTTTTTCTTTCTGAAAACAGCCTCTAT  950

seq1  GTCTGCAGTTCCAATGCTG-AAAAAACATCCGTTGTAT-GGTTGCTCCCC  997
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTCTGCAGTTCCAATGCTGAAAAAAACATCCGTTGTATGGGTTGCTCCCC  1000

seq1  CAGCTACTGTACCTGCAACTCATGTGCAAAATGTCCCCATTTATGCAAAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTGTACCTGCAACTCATGTGCAAAATGTCCCCATTTATGCAAAG  1050

seq1  CACA-TCATGGAAGCTAATAGGAGCTGGAGCCTCATTCCCTGTAGCTGAA  1096
      |||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |
seq2  CACATTCATGG-AGCT-ATAGGAGCT-GAGCCTCATT-CCTGTAGCTG-A  1095

seq1  ACAACCTGATGTTGACAGAATGGGG-ACGCATTTTCGAGCTCAAA  1140
      |||| |||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||
seq2  ACAA-CTGATG-TGACAGAATGGGGAACGCA--TTCGAGCTCAAA  1136

seq1: chr9_29036098_29037183
seq2: B6Ng01-284F06.g_67_1147 (reverse)

seq1  GTTGGCAT-CAAGCTTGTGATGTTCCTGCCTTAGCATCTTCTGGGTTGAA  49
      |||||||| || |||||||||| | ||||  ||||||| ||||||| |||
seq2  GTTGGCATCCAGGCTTGTGATGGT-CTGC--TAGCATC-TCTGGGTGGAA  46

seq1  GGTTCAGGTCTGTTCTATTTCATCCACCACAAGTTACCATAGCAAAAGTC  99
      | |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGTCTGTCTTATTTCATCCACCACAAG-TACCATAGCAAAAGTC  95

seq1  TGATCCTGTTTCCATTTGGTTTCTTTTTAGAGGGAGGTCCTTACCAGTCC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGATCCTGTTTCCATTTGGTTTCTTTTTAGAGGGAGGTCC-TACCAGTCC  144

seq1  CACAAACAAAGCAGACAAGTTTCAAAAAAAAAAAAACAAAACAAATACAC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||
seq2  CACAAACAAAGCAGACAAGTTTCAAAAAAAAAAAAAAACAAACAATACAC  194

seq1  TTGTGTTATACAGTTGGCTTTTCTCTTAGGGGAACAGCATGAAGTTTAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTATACAGTTGGCTTTTCTCTTAGGGGAACAGCATGAAGTTTAAT  244

seq1  TTCTTTGCAAAACTATATTCACAGGCACTATTAAATGCAAAAACTCCCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGCAAAACTATATTCACAGGCACTATTAAATGCAAAAACTCCCCA  294

seq1  GACTAGCCTGACATGAGCACAATCCAAGTGGTTTTTTTTTGTTTTGTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGCCTGACATGAGCACAATCCAAGTGGTTTTTTTTTGTTTTGTTTT  344

seq1  TGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTAGAGTTGTCTCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTAGAGTTGTCTCAA  394

seq1  GTACTCAAGTATTCATTTAAGAACATAGATGTGATAATTTGGGTACCAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCAAGTATTCATTTAAGAACATAGATGTGATAATTTGGGTACCAGA  444

seq1  AAGGAAATCCAGGCACATTGAGTACTGGAAAAGACAAAAATAATTTCTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATCCAGGCACATTGAGTACTGGAAAAGACAAAAATAATTTCTGT  494

seq1  AATATTTCTGATGATTTAGACATAGCCCACTGTACTAGCAAAGCACCCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCTGATGATTTAGACATAGCCCACTGTACTAGCAAAGCACCCTG  544

seq1  GTCACCAGTGCAGTGTGTCCTGATGGTTACAGACAACACAACTGATAGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGTGCAGTGTGTCCTGATGGTTACAGACAACACAACTGATAGGA  594

seq1  GGCCAGTGGGCAAGGGCAGATGATTTCATATCCGTGGCCTCCTCTGACTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTGGGCAAGGGCAGATGATTTCATATCCGTGGCCTCCTCTGACTT  644

seq1  CAAATGCCACTCAGATGGACAGTTCAACTTATTAAGCACCAAGCTTCCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCCACTCAGATGGACAGTTCAACTTATTAAGCACCAAGCTTCCAA  694

seq1  ACTGAGTAGGCCTGGAAGGAAAGCCCAAAGCAATCATATGACCAGCACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTAGGCCTGGAAGGAAAGCCCAAAGCAATCATATGACCAGCACAC  744

seq1  ATGCAAGATCACACACTCTCTCCAAAGGATTAGGGCATTTCTAAATAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGATCACACACTCTCTCCAAAGGATTAGGGCATTTCTAAATAGAT  794

seq1  TGATGTGCCTTGGGCCGTCTCTCCATTGCCATACCCTAGAGAGCACAGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGCCTTGGGCCGTCTCTCCATTGCCATACCCTAGAGAGCACAGCT  844

seq1  TTATAAGAACCTTGGTTTTGCATGTCTGCTCTGACTATGAAGTCCAGAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGAACCTTGGTTTTGCATGTCTGCTCTGACTATGAAGTCCAGAAT  894

seq1  AAATGCTGGCACTACATCCTACTTGAAGCAATATCCTGGAGCTGGGTTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGGCACTACATCCTACTTGAAGCAATATCCTGGAGCTGGGTTGT  944

seq1  GATCCCAGTTCACAATTACATTAAGGAAATCTAACACTTTTTTTTTTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAGTTCACAATTACATTAAGGAAATCTAACACTTTTTTTTTTTTT  994

seq1  TTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTCGAACTCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTCGAACTCAG  1044

seq1  AAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGAATTC  1086
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGAATTC  1081