BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284N22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 110,452,463 - 110,586,572
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSetd2, Nradd, Nbeal2, Ccdc12
Upstream geneFbxw15, EG382106, E330001B16Rik, C85627, EG382109, 1700124P09Rik, Spink8, 3000002C10Rik, Nme6, Camp, Cdc25a, LOC100043782, Mtap4, LOC100049540, Dhx30, Smarcc1, Rn4.5s-ps2, Cspg5, Tmem103, Scap, Ptpn23, Ngp, Klhl18, Kif9
Downstream genePthr1, Myl3, 9430025E04Rik, LOC665549, Tessp2, 1700036D21Rik, Tessp3, BC107230, 1700112C13Rik, Tsp50, Tmie, Als2cl, Gm590, Tdgf1, Lrrc2, Rtp3, ENSMUSG00000057802, Ltf, Ccrl2, LOC100039275, Lrrfip2, Mlh1, Epm2aip1, Lba1, Dclk3, LOC620615, Stac
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284N22.bB6Ng01-284N22.g
ACCGA083465GA083466
length1,0371,105
definitionB6Ng01-284N22.b B6Ng01-284N22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,585,525 - 110,586,572)(110,452,463 - 110,453,580)
sequence
gaattcaagtgtgacggggatccttaccccaggtacctggtcagactcga
ggggcaacgccccccccccccccacacacacacacacataccaggtttga
gagggtacagctttctggagaaaagcccagaatgcttttggattcttaga
gggcaaggttggaagggggcaatggcacacagacccagaacaaggaaggg
atggtattgacagcatgacaagaggcagtggctctctaggtggctgggga
gagtctctaaagtacacctcccttgtcctgcctgttaaagaatgaatggg
aggggcagggggcagagggagggcagaacagggaacaactggtacagatg
ggtgagcacacgtcctttccagtgcccaggacttcaccctccccagcagc
agcaggaaataaccaactggaaggttaggcagagggcacagcacaaacca
cagccccctttccctttccagggagccagactagaccatttcacctgggc
agcccagaactgaggctctgaactcccaaactcctgacgggcttctcctt
acaggaagccctgaggcatacaggaagcctacacctcaggcttggactga
ggtgaggacaaggaaaaccttataccaatccgcacccatgttggggttgc
aagcaaactgcaggaccctttttgggacaggtggccctggcggtacttca
gcagggacacttgaggcttaagtaaggggaccaggtccactgtcccatgc
acaccttctgctccatgatgcctactatgggaatgcttactggaatcctg
gccaaggttcaaatcctgctgcccaacagtgatgggccaggctcatacct
gactcttgtgctatttttcctagggagtcacaccacccacccagcacctt
gggttcaataaaactcaagagagcggccgtgcatggtgcacatgcctttt
aatcccagcacttggaggcagagccagtgatttctgaattcgagcagctg
tctacaagtgagttcagactgccaggctatacagaga
gaattccatattgcatgagagaagaggaagaccagaaatccccttagatg
aggaacaaagaggccatacacatatttctgatgattcagaagtggtattt
ccttatgatttgaacttgaccatggaagacagtgatggtataacctacac
cttaaaatgtgatagtagtggaaatgctccagagattgtatctactgtcc
atgaagactattctggatcttctgcaagttcaagcgatgaaagtgattct
gaagatacagagtctgatgatagcagtattccaagaaaccgactccagtc
tgttgtggttgtgccaaagaattctactttgcccatggaagagacaagtc
cctgttcttctcggagcagtcagagctacaaacattattctgaccgctgg
gaagatggattagagaccaggagacatgcatatgaggaagagtatgagag
taaaggctgttctcaaactgaaaaatacttccttcataaaggaacagaga
gaagtgcagaaagttgttattcacagtttggcaggaaagcagataatcac
ctgcctgacattgctcatgctcagagtgacggggttgatagtacaagtca
gacagactcgagatctgaccatctaggtcacctgaatccagaggacacat
taagagccaaaacatctaggccacaagagctaccagtttattctgacgat
tttgaagatctcccaaataagtctcggcagcagatgattttctctaatcg
gccagatagtagtagactaggaaaaacagagctgagtttttcttcctctt
gtgacatttcccgaatggatggcttgcactcatcagaagagctcagaaac
ctagggtgggacttttcccaacaggaaaggcccaccaccacataccagca
gcctgacagcagctatggaacctgtggtacacataagtatcaacaagtac
tgaacactatggtggggacccataattactgcaaggcaatggctatggga
tccagatcagcagtagacctccaggactggctgctatgatcgatcaaggc
aagtaacagattctctaacagacgatcgtgaagagaggaacatggatcaa
gcgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_110585525_110586572
seq2: B6Ng01-284N22.b_45_1081 (reverse)

seq1  TCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGG  50
      ||||||||||| |||||| |||   |||||||| ||||||||   |||| 
seq2  TCTCTGTATAG-CCTGGCAGTC--TGAACTCAC-TTGTAGAC--AGCTG-  43

seq1  CCTCGAATTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATT-A  99
       ||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||| |
seq2  -CTCGAATTCAGAAATC--ACTGGCTCTGCCT-CCAAGTGCTGGGATTAA  89

seq1  AAGGCATGTGCCACCATGCCCGGCCGCTCTCTTGAGTTTTATTGAA-CCA  148
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGGCATGTG-CACCATGCACGGCCGCTCTCTTGAGTTTTATTGAACCCA  138

seq1  AGGTGCTGGGTGGGTGGTGGTGACTCCCTAGGAAAAATAGCACAAGAGTC  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGGGTGGGTGGT-GTGACTCCCTAGGAAAAATAGCACAAGAGTC  187

seq1  AGGTATGAGCCTGGCCCATCACTGTTGGGCAGCAGGATTTGAACCTTGGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGAGCCTGGCCCATCACTGTTGGGCAGCAGGATTTGAACCTTGGC  237

seq1  CAGGATTCCAGTAAGCATTCCCATAGTAGGCATCATGGAGCAGAAGGTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTCCAGTAAGCATTCCCATAGTAGGCATCATGGAGCAGAAGGTGT  287

seq1  GCATGGGACAGTGGACCTGGTCCCCTTACTTAAGCCTCAAGTGTCCCTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGACAGTGGACCTGGTCCCCTTACTTAAGCCTCAAGTGTCCCTGC  337

seq1  TGAAGTACCGCCAGGGCCACCTGTCCCAAAAAGGGTCCTGCAGTTTGCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTACCGCCAGGGCCACCTGTCCCAAAAAGGGTCCTGCAGTTTGCTT  387

seq1  GCAACCCCAACATGGGTGCGGATTGGTATAAGGTTTTCCTTGTCCTCACC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCCAACATGGGTGCGGATTGGTATAAGGTTTTCCTTGTCCTCACC  437

seq1  TCAGTCCAAGCCTGAGGTGTAGGCTTCCTGTATGCCTCAGGGCTTCCTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCAAGCCTGAGGTGTAGGCTTCCTGTATGCCTCAGGGCTTCCTGT  487

seq1  AAGGAGAAGCCCGTCAGGAGTTTGGGAGTTCAGAGCCTCAGTTCTGGGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAGCCCGTCAGGAGTTTGGGAGTTCAGAGCCTCAGTTCTGGGCT  537

seq1  GCCCAGGTGAAATGGTCTAGTCTGGCTCCCTGGAAAGGGAAAGGGGGCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTGAAATGGTCTAGTCTGGCTCCCTGGAAAGGGAAAGGGGGCTG  587

seq1  TGGTTTGTGCTGTGCCCTCTGCCTAACCTTCCAGTTGGTTATTTCCTGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGTGCTGTGCCCTCTGCCTAACCTTCCAGTTGGTTATTTCCTGCT  637

seq1  GCTGCTGGGGAGGGTGAAGTCCTGGGCACTGGAAAGGACGTGTGCTCACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGGGAGGGTGAAGTCCTGGGCACTGGAAAGGACGTGTGCTCACC  687

seq1  CATCTGTACCAGTTGTTCCCTGTTCTGCCCTCCCTCTGCCCCCTGCCCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTACCAGTTGTTCCCTGTTCTGCCCTCCCTCTGCCCCCTGCCCCT  737

seq1  CCCATTCATTCTTTAACAGGCAGGACAAGGGAGGTGTACTTTAGAGACTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCATTCTTTAACAGGCAGGACAAGGGAGGTGTACTTTAGAGACTC  787

seq1  TCCCCAGCCACCTAGAGAGCCACTGCCTCTTGTCATGCTGTCAATACCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGCCACCTAGAGAGCCACTGCCTCTTGTCATGCTGTCAATACCAT  837

seq1  CCCTTCCTTGTTCTGGGTCTGTGTGCCATTGCCCCCTTCCAACCTTGCCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTTGTTCTGGGTCTGTGTGCCATTGCCCCCTTCCAACCTTGCCC  887

seq1  TCTAAGAATCCAAAAGCATTCTGGGCTTTTCTCCAGAAAGCTGTACCCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAATCCAAAAGCATTCTGGGCTTTTCTCCAGAAAGCTGTACCCTC  937

seq1  TCAAACCTGGTATGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGCGTTGCCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCTGGTATGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGCGTTGCCCC  987

seq1  TCGAGTCTGACCAGGTACCTGGGGTAAGGATCCCCGTCACACTTGAATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGTCTGACCAGGTACCTGGGGTAAGGATCCCCGTCACACTTGAATTC  1037

seq1: chr9_110452463_110453580
seq2: B6Ng01-284N22.g_68_1172

seq1  GAATTCCATATTGCATGAGAGAAGAGGAAGACCAGAAATCCCCTTAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATTGCATGAGAGAAGAGGAAGACCAGAAATCCCCTTAGATG  50

seq1  AGGAACAAAGAGGCCATACACATATTTCTGATGATTCAGAAGTGGTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAAAGAGGCCATACACATATTTCTGATGATTCAGAAGTGGTATTT  100

seq1  CCTTATGATTTGAACTTGACCATGGAAGACAGTGATGGTATAACCTACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGATTTGAACTTGACCATGGAAGACAGTGATGGTATAACCTACAC  150

seq1  CTTAAAATGTGATAGTAGTGGAAATGCTCCAGAGATTGTATCTACTGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATGTGATAGTAGTGGAAATGCTCCAGAGATTGTATCTACTGTCC  200

seq1  ATGAAGACTATTCTGGATCTTCTGCAAGTTCAAGCGATGAAAGTGATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGACTATTCTGGATCTTCTGCAAGTTCAAGCGATGAAAGTGATTCT  250

seq1  GAAGATACAGAGTCTGATGATAGCAGTATTCCAAGAAACCGACTCCAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATACAGAGTCTGATGATAGCAGTATTCCAAGAAACCGACTCCAGTC  300

seq1  TGTTGTGGTTGTGCCAAAGAATTCTACTTTGCCCATGGAAGAGACAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGTTGTGCCAAAGAATTCTACTTTGCCCATGGAAGAGACAAGTC  350

seq1  CCTGTTCTTCTCGGAGCAGTCAGAGCTACAAACATTATTCTGACCGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTTCTCGGAGCAGTCAGAGCTACAAACATTATTCTGACCGCTGG  400

seq1  GAAGATGGATTAGAGACCAGGAGACATGCATATGAGGAAGAGTATGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGATTAGAGACCAGGAGACATGCATATGAGGAAGAGTATGAGAG  450

seq1  TAAAGGCTGTTCTCAAACTGAAAAATACTTCCTTCATAAAGGAACAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCTGTTCTCAAACTGAAAAATACTTCCTTCATAAAGGAACAGAGA  500

seq1  GAAGTGCAGAAAGTTGTTATTCACAGTTTGGCAGGAAAGCAGATAATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCAGAAAGTTGTTATTCACAGTTTGGCAGGAAAGCAGATAATCAC  550

seq1  CTGCCTGACATTGCTCATGCTCAGAGTGACGGGGTTGATAGTACAAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGACATTGCTCATGCTCAGAGTGACGGGGTTGATAGTACAAGTCA  600

seq1  GACAGACTCGAGATCTGACCATCTAGGTCACCTGAATCCAGAGGACACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACTCGAGATCTGACCATCTAGGTCACCTGAATCCAGAGGACACAT  650

seq1  TAAGAGCCAAAACATCTAGGCCACAAGAGCTACCAGTTTATTCTGACGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCCAAAACATCTAGGCCACAAGAGCTACCAGTTTATTCTGACGAT  700

seq1  TTTGAAGATCTCCCAAATAAGTCTCGGCAGCAGATGATTTTCTCTAATCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGATCTCCCAAATAAGTCTCGGCAGCAGATGATTTTCTCTAATCG  750

seq1  GCCAGATAGTAGTAGACTAGGAAAAACAGAGCTGAGTTTTTCTTCCTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATAGTAGTAGACTAGGAAAAACAGAGCTGAGTTTTTCTTCCTCTT  800

seq1  GTGACATTTCCCGAATGGATGGCTTGCACTCATCAGAAGAGCTCAGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATTTCCCGAATGGATGGCTTGCACTCATCAGAAGAGCTCAGAAAC  850

seq1  CTAGGGTGGGACTTTTCCCAACAGGAAAGGCCCACCACCACATACCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGTGGGACTTTTCCCAACAGGAAAGGCCCACCACCACATACCAGCA  900

seq1  GCCTGACAGCAGCTATGGAACCTGTGGTACACATAAGTATCAACAAAGTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCCTGACAGCAGCTATGGAACCTGTGGTACACATAAGTATCAAC-AAGTA  949

seq1  CTGAACACTATGGT-GGGACCCATAATTACTGGCAAGGCAATGGCTATTG  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  CTGAACACTATGGTGGGGACCCATAATTACT-GCAAGGCAATGGCTA-TG  997

seq1  GGATCCAAGATCAGCAGGTAGACCTCCAGGAACTGGGCTTGCTTATGATC  1049
      |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||   ||| |||||||
seq2  GGATCC-AGATCAGCA-GTAGACCTCCAGG-ACTGG--CTGC-TATGATC  1041

seq1  GAATCCAAGGGCAAGTACCAGATTCTCTAACAGACGATCGTGAAGAAGAG  1099
      | |||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  G-ATC--AAGGCAAGTAACAGATTCTCTAACAGACGATCGTGAAG-AGAG  1087

seq1  GAACATTGGGATCAA-CGAA  1118
      ||||||  ||||||| ||||
seq2  GAACAT--GGATCAAGCGAA  1105