BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290F10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,368,269 - 116,500,454
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290F10.bB6Ng01-290F10.g
ACCGA087504GA087505
length593897
definitionB6Ng01-290F10.b B6Ng01-290F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,368,269 - 116,368,867)(116,499,560 - 116,500,454)
sequence
tgatgaatccacttgaaaatcttcaagacttctaatggtggatttttctt
gtggagagccagaagaaatgccagggtctactagattggcaggggaatac
aacttgctctgtctcttgctgtgactgagaaaccagcagcagaagtgccc
tagccagcatttgtcctctcaatgcattgaggaaaagccaattcaatgtc
aagttgaaccatcacctctatatgaccctaactagttttaatcttctgaa
agaaagacctggatagctgccctttctcagtcctgaagggaccgaagctg
atgtgcagcctctcagtaaagggctactcggatgcactcttacaggacgg
gaaattgacagcacagaacgctctcagaagagcctgctcttggggagcct
taagacaatttttcaatcttggtaaatgtggataaaggcaagttccttcc
agactcttctggcctttgctacgattgtatcttgacacttaagaccatct
tttctcaaaaggacttctgctgttctattaactgtaatggtgtgatcgag
agtggggagaagagagagcaaatcagagaatgagggtgtgtgt

gggtgctgggagagaagagccaagcttgttgtcatcaagaatctgcctct
gggggctgagcttgcagctggctgagtcatagtcattcctgccccaaatc
ccccaccgaagtgcgtgctcacgcctaacttggcaaggctgtcacttctt
caggctttcccctggaaagtctgtcacaggagcacctagccttcgcttta
tccagagataatagtcttcagagtcttaaatcctcatggcaccggcttac
ttagcataatctgcccttaattttcagatcttcctattacattttctgtg
acaagagcaaccagaaaggtattcctgcctagtgctgactgtcaggatgt
gctgaacagagctgctctcagactataaaactctttaccattctttcagt
attgtgaagtgacataatgttgaatcaccaagtgtatcgggtagtcttcc
ctacaaggaaatcagaggctctgtgcagacaaagatggaaggtgcacaag
acaggctggggtgtgggtgcagttggtaaagtgctgtactgcagagacca
ggacttgagttcatatcttagaagtcacatactaaaagccaggtgtggtg
atgcattcttttaattacaacagagggactctgaggctttctgctgaatc
tctgggccagtcagcctactctgcttggcatttccaaaccagggataggc
actgcctctcaaaatggcagggagtgttgcaagaatgataactgaggcta
cctttttgtatgtacacatgtgcagatatgtgcacacacatacctgcatg
agcacatgcctccacacacagagacatgcacaaaatgtctgaaaaaatca
taaaaattcaatttgatgacatgtttatcattattgtggtgtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116368269_116368867
seq2: B6Ng01-290F10.b_43_641

seq1  GAATTCTGATGAATCCACTTGAAAATCTTCAAGACTTCTAATGGTGGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATGAATCCACTTGAAAATCTTCAAGACTTCTAATGGTGGATT  50

seq1  TTTCTTGTGGAGAGCCAGAAGAAATGCCAGGGTCTACTAGATTGGCAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTGGAGAGCCAGAAGAAATGCCAGGGTCTACTAGATTGGCAGGG  100

seq1  GAATACAACTTGCTCTGTCTCTTGCTGTGACTGAGAAACCAGCAGCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAACTTGCTCTGTCTCTTGCTGTGACTGAGAAACCAGCAGCAGAA  150

seq1  GTGCCCTAGCCAGCATTTGTCCTCTCAATGCATTGAGGAAAAGCCAATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTAGCCAGCATTTGTCCTCTCAATGCATTGAGGAAAAGCCAATTC  200

seq1  AATGTCAAGTTGAACCATCACCTCTATATGACCCTAACTAGTTTTAATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAAGTTGAACCATCACCTCTATATGACCCTAACTAGTTTTAATCT  250

seq1  TCTGAAAGAAAGACCTGGATAGCTGCCCTTTCTCAGTCCTGAAGGGACCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAGAAAGACCTGGATAGCTGCCCTTTCTCAGTCCTGAAGGGACCG  300

seq1  AAGCTGATGTGCAGCCTCTCAGTAAAGGGCTACTCGGATGCACTCTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATGTGCAGCCTCTCAGTAAAGGGCTACTCGGATGCACTCTTACA  350

seq1  GGACGGGAAATTGACAGCACAGAACGCTCTCAGAAGAGCCTGCTCTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGGAAATTGACAGCACAGAACGCTCTCAGAAGAGCCTGCTCTTGGG  400

seq1  GAGCCTTAAGACAATTTTTCAATCTTGGTAAATGTGGATAAAGGCAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTAAGACAATTTTTCAATCTTGGTAAATGTGGATAAAGGCAAGTT  450

seq1  CCTTCCAGACTCTTCTGGCCTTTGCTACGATTGTATCTTGACACTTAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGACTCTTCTGGCCTTTGCTACGATTGTATCTTGACACTTAAGA  500

seq1  CCATCTTTTCTCAAAAGGACTTCTGCTGTTCTATTAACTGTAATGGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTTTCTCAAAAGGACTTCTGCTGTTCTATTAACTGTAATGGTGTG  550

seq1  ATCGAGAGTGGGGAGAAGAGAGAGCAAATCAGAGAATGAGGGTGTGTGT  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAGAGTGGGGAGAAGAGAGAGCAAATCAGAGAATGAGGGTGTGTGT  599


seq1: chr9_116499560_116500454
seq2: B6Ng01-290F10.g_81_977 (reverse)

seq1  CCCCCACACCACAATAATGAT-AACATGTCATC-AATTGAATTTTTATGA  48
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCCCACACCACAATAATGATAAACATGTCATCAAATTGAATTTTTATGA  50

seq1  TTTTTTCAGACATTTTGTGCATGTCTCTGTGTGTGGAGGCATGTGCTCAT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCAGACATTTTGTGCATGTCTCTGTGTGTGGAGGCATGTGCTCAT  100

seq1  GCAGGTATGTGTGTGCACATATCTGCACATGTGTACATACAAAAAGGTAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTATGTGTGTGCACATATCTGCACATGTGTACATACAAAAAGGTAG  150

seq1  CCTCAGTTATCATTCTTGCAACACTCCCTGCCATTTTGAGAGGCAGTGCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTTATCATTCTTGCAACACTCCCTGCCATTTTGAGAGGCAGTGCC  200

seq1  TATCCCTGGTTTGGAAATGCCAAGCAGAGTAGGCTGACTGGCCCAGAGAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTGGTTTGGAAATGCCAAGCAGAGTAGGCTGACTGGCCCAGAGAT  250

seq1  TCAGCAGAAAGCCTCAGAGTCCCTCTGTTGTAATTAAAAGAATGCATCAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGAAAGCCTCAGAGTCCCTCTGTTGTAATTAAAAGAATGCATCAC  300

seq1  CACACCTGGCTTTTAGTATGTGACTTCTAAGATATGAACTCAAGTCCTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGGCTTTTAGTATGTGACTTCTAAGATATGAACTCAAGTCCTGG  350

seq1  TCTCTGCAGTACAGCACTTTACCAACTGCACCCACACCCCAGCCTGTCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCAGTACAGCACTTTACCAACTGCACCCACACCCCAGCCTGTCTT  400

seq1  GTGCACCTTCCATCTTTGTCTGCACAGAGCCTCTGATTTCCTTGTAGGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCTTCCATCTTTGTCTGCACAGAGCCTCTGATTTCCTTGTAGGGA  450

seq1  AGACTACCCGATACACTTGGTGATTCAACATTATGTCACTTCACAATACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTACCCGATACACTTGGTGATTCAACATTATGTCACTTCACAATACT  500

seq1  GAAAGAATGGTAAAGAGTTTTATAGTCTGAGAGCAGCTCTGTTCAGCACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATGGTAAAGAGTTTTATAGTCTGAGAGCAGCTCTGTTCAGCACA  550

seq1  TCCTGACAGTCAGCACTAGGCAGGAATACCTTTCTGGTTGCTCTTGTCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACAGTCAGCACTAGGCAGGAATACCTTTCTGGTTGCTCTTGTCAC  600

seq1  AGAAAATGTAATAGGAAGATCTGAAAATTAAGGGCAGATTATGCTAAGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGTAATAGGAAGATCTGAAAATTAAGGGCAGATTATGCTAAGTA  650

seq1  AGCCGGTGCCATGAGGATTTAAGACTCTGAAGACTATTATCTCTGGATAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGTGCCATGAGGATTTAAGACTCTGAAGACTATTATCTCTGGATAA  700

seq1  AGCGAAGGCTAGGTGCTCCTGTGACAGACTTTCCAGGGGAAAGCCTGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAGGCTAGGTGCTCCTGTGACAGACTTTCCAGGGGAAAGCCTGAAG  750

seq1  AAGTGACAGCCTTGCCAAGTTAGGCGTGAGCACGCACTTCGGTGGGGGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACAGCCTTGCCAAGTTAGGCGTGAGCACGCACTTCGGTGGGGGAT  800

seq1  TTGGGGCAGGAATGACTATGACTCAGCCAGCTGCAAGCTCAGCCCCCAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCAGGAATGACTATGACTCAGCCAGCTGCAAGCTCAGCCCCCAGA  850

seq1  GGCAGATTCTTGATGACAACAAGCTTGGCTCTTCTCTCCCAGCACCC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTCTTGATGACAACAAGCTTGGCTCTTCTCTCCCAGCACCC  897


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |