BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292J19
Chromosome4 (Build37)9 (Build37)
Map Location 16,402,847 - 16,403,99376,375,569 - 76,376,552
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040095, LOC633695, Calb1, Decr1, Nbn, Osgin2, Ripk2, LOC667150, LOC383994
Downstream geneLOC100040154, LOC667212, LOC100040173
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292J19.bB6Ng01-292J19.g
ACCGA089206GA089207
length1,1391,167
definitionB6Ng01-292J19.b B6Ng01-292J19.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,402,847 - 16,403,993)(76,375,569 - 76,376,552)
sequence
gaattccccgaatgtatgaaacttgcaagcattgcccacccaagttcact
gaacactgacctatgcaatgtacaagaaaatggttataacaaatagcaca
tttctgctttatggggcaacctggcttcaattaaagcccatgtgcccagt
gctaaatgatataattaataacagtgatcaaggctgaaatatttcaaacg
atcaccttcattttatacttcttacaaggacagaaccttaaaagcaagaa
cacgagttacatctgtctatatctctatgcagagaagtccacatatttct
gcctacaacacattcaattgtaaaggggattatttacttaagccagaaac
tcaataggaagttgatcaagatcagaagaattatccctgttgaccatatt
agcggctcttctgttgatgtgctaaaacaccataaccaaggcaacttata
aaaagatcttattttaacgtacagttccagagaattagattcaataatac
tgggactgcagggcagcaagcatcagtctcacagggtggaaaggaagcta
agagatcatttcttaaacctcaagcatgaaggagagagagcaaaccagga
aaaagcaaggcttacattcccaaagcccataaccagtgccacacttaggc
aagcaagaccacacccaaaccttcccaggtagcagcaccaaacgggtacc
atcttttcaaatgtctgagcctatggggatcatttctcattcaaaccact
acagctgtacttcaaaggacatctttaatagaatctcaattccaaagtaa
aattcattggaatacaaagaaaaattaataagagttttagcatatttcta
tcttcacagagatgtgaagattcatgtacatctgcaaactcataaaagta
tctagaattttattgcttaaaagtcattatatctccaacaaaagatataa
ttttatgactttttccttttgttttcccctttggttttcaggcagggttt
cttctgtgtagccctggctggctgaaactctgtagatcaaggctggcctc
aagtcagaaatctgctgacttcccaagtgctgggatgaaggcatgcacct
ccactgcccggccctatgacttttcctgtcatggatctt
gaattctactctggtaaaagctgtatgatcctttgggtaaaaaaaaaatc
taaggttttgtgaggattctgaattcattgtctttgttttaaagcatcct
gttgggtgaccgttggctgagctgtttaggcaggggaagggtggagtgtg
ttggtggtgactggccagctggtaaaaatcacagcactcaagagggagaa
gcataagaagttcaaggccattgtaggctacatagtaagtacagggccag
cctaggctacaagtttctgggtggtgtcagttctgctggctggggacaat
actttggattaacgtcattcgattctcaagaatttgagatacagaacggt
gatgccagccttggtgatccaccacagggttttagaatttgaaggtgtgt
gatagtcaaagaatgcatttctcaagagtcttgtgtgctgctggtagtac
tggatgaggacacacacttgataatgtttaacaagtccttgtactttgtg
cttgaatgtcatgaagctcaaaacatgacaactacctcaagcacttcttg
gcagcacgtgcttatcaaaatcacctgagagtttctgggctgtagaagaa
atcaaacaagccaagagctacagttctcatagataaaagaatagcatctg
tattcggttcctttccttagtgtggctacattaaataaatcacccctcta
tgattttcactatactagtctttttaattgatatactgaggcagtgactg
aacttacttttttaggggtactaggtccagatcttacactaacaacttca
gcgataagaacagtgaacacagaaccaattagatatatgtgagtgataga
attaattactcttgagaaaatttcgcatgaggttatggaaagataaaggg
gagagaaagacattgaaccaatgacttcatggttagtaatttggaatggt
gtggttagatgatataacatttacctttactgagaaaaacaaatctaatc
ctctagttaggaaagtagaggttttgtagctcagtgaagatgtattaaag
tttaaggatctctttggggaacatttccaggtggtgaatgtattaggagg
ctttccagaacatgaacacagagaatggtgggaacagtgctttattcatt
ctgaccagtaagaattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_16402847_16403993
seq2: B6Ng01-292J19.b_44_1182 (reverse)

seq1  AAGATTCATGACAGAAAAAGTCATA-GGCCGGGCAGTGGAGGTGCACGCC  49
      ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGATCCATGACAGGAAAAGTCATAGGGCCGGGCAGTGGAGGTGCATGCC  50

seq1  TTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGGCAGATTTCTGACTTTGAGGCCAGC  99
       || |||||||||||||||| |   ||||||||||||| |||||||||||
seq2  -TTCATCCCAGCACTTGGGAAGTCAGCAGATTTCTGAC-TTGAGGCCAGC  98

seq1  C-TGATCTACAGAGTTTCAGGCCAGCCAGGGCTACACAG-AGAAACCCTG  147
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTGATCTACAGAGTTTCA-GCCAGCCAGGGCTACACAGAAGAAACCCTG  147

seq1  CCTTGAAAAACCAAAGGGGAAAAACAAAAGGAAAAAGTCATAAAATTAAT  197
      |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCT--GAAAACCAAAGGGG-AAAACAAAAGGAAAAAGTCATAAAATT-AT  193

seq1  ATCTTTTTGTTGGAGATATAATGACTTTTAAGCAAATAAAAATTCTAGAT  247
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  ATC-TTTTGTTGGAGATATAATGACTTTTAAGCAA--TAAAATTCTAGAT  240

seq1  ACTTTTATTGAGTTTGCAGATGTACATGAATCTTCACATCTCTGTGAAGA  297
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTA-TGAGTTTGCAGATGTACATGAATCTTCACATCTCTGTGAAGA  289

seq1  TAGAAATATGCTAAAACTCTTATTAATTTTTCTTTGTATTCCAATGAATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATATGCTAAAACTCTTATTAATTTTTCTTTGTATTCCAATGAATT  339

seq1  TTACTTTGGAATTGAGATTCTATTAAAGATGTCCTTTGAAGTACAGCTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTGGAATTGAGATTCTATTAAAGATGTCCTTTGAAGTACAGCTGT  389

seq1  AGTGGTTTGAATGAGAAATGATCCCCATAGGCTCAGACATTTGAAAAGAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTGAATGAGAAATGATCCCCATAGGCTCAGACATTTGAAAAGAT  439

seq1  GGTACCCGTTTGGTGCTGCTACCTGGGAAGGTTTGGGTGTGGTCTTGCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCCGTTTGGTGCTGCTACCTGGGAAGGTTTGGGTGTGGTCTTGCTT  489

seq1  GCCTAAGTGTGGCACTGGCTATGGGCTTTGGGAATGTAAGCCTTGCTTTT  547
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGTGTGGCACTGGTTATGGGCTTTGGGAATGTAAGCCTTGCTTTT  539

seq1  TCCTGGTTTGCTCTCTCTCCTTCATGCTTGAGGTTTAAGAAATGATCTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTTTGCTCTCTCTCCTTCATGCTTGAGGTTTAAGAAATGATCTCT  589

seq1  TAGCTTCCTTTCCACCCTGTGAGACTGATGCTTGCTGCCCTGCAGTCCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCCTTTCCACCCTGTGAGACTGATGCTTGCTGCCCTGCAGTCCCA  639

seq1  GTATTATTGAATCTAATTCTCTGGAACTGTACGTTAAAATAAGATCTTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATTGAATCTAATTCTCTGGAACTGTACGTTAAAATAAGATCTTTT  689

seq1  TATAAGTTGCCTTGGTTATGGTGTTTTAGCACATCAACAGAAGAGCCGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTTGCCTTGGTTATGGTGTTTTAGCACATCAACAGAAGAGCCGCT  739

seq1  AATATGGTCAACACTGATAATTCTTCTGATCTTGATCAACTTCCTATTGA  797
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGTCAACAGGGATAATTCTTCTGATCTTGATCAACTTCCTATTGA  789

seq1  GTTTCTGGCTTAAGTAAATAATCCCCTTTACAATTGAATGTGTTGTAGGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGCTTAAGTAAATAATCCCCTTTACAATTGAATGTGTTGTAGGC  839

seq1  AGAAATATGTGGACTTCTCTGCATAGAGATATAGACAGATGTAACTTGTG  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAAATATGTGGACTTCTCTGCATAGAGATATAGACAGATGTAACTCGTG  889

seq1  TTCTTGCTTTTAAGGTTCTGTCCTTCTAAGAAGTATAAAATGAAGGTGAT  947
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTTTTAAGGTTCTGTCCTTGTAAGAAGTATAAAATGAAGGTGAT  939

seq1  CGTTTGAAATATTTCAGCCTTGATCACTGTTATTAATTATATCATTTAGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGAAATATTTCAGCCTTGATCACTGTTATTAATTATATCATTTAGC  989

seq1  ACTGGGCACATGGGCTTTAATTGAAGCCAGGTTGCCCCATAAAGCAGAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCACATGGGCTTTAATTGAAGCCAGGTTGCCCCATAAAGCAGAAA  1039

seq1  TGTGCTATTTGTTATAACCATTTTCTTGTACATTGCATAGGTCTGTGTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTGCTATTTGTTATAACCATTTTCTTGTACATTGCATAGGTCAGTGTTC  1089

seq1  AGTGAATTTGACTGGGCAATGGTTGCAAGTTTCAAACATTCACTGAATTC  1147
      |||||| |||  ||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||
seq2  AGTGAACTTGGGTGGGCAATGCTTGCAAGTTTCATACATTCGGGGAATTC  1139

seq1: chr9_76375569_76376552
seq2: B6Ng01-292J19.g_222_1229

seq1  ACTGGCCAGCTGGTAAAAATCACAGCACTCAAGAGGGAGAAGCATAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCAGCTGGTAAAAATCACAGCACTCAAGAGGGAGAAGCATAAGAA  50

seq1  GTTCAAGGCCATTGTAGGCTACATAGTAAGTACAGGGCCAGCCTAGGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGCCATTGTAGGCTACATAGTAAGTACAGGGCCAGCCTAGGCTA  100

seq1  CAAGTTTCTGGGTGGTGTCAGTTCTGCTGGCTGGGGACAATACTTTGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTCTGGGTGGTGTCAGTTCTGCTGGCTGGGGACAATACTTTGGAT  150

seq1  TAACGTCATTCGATTCTCAAGAATTTGAGATACAGAACGGTGATGCCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGTCATTCGATTCTCAAGAATTTGAGATACAGAACGGTGATGCCAGC  200

seq1  CTTGGTGATCCACCACAGGGTTTTAGAATTTGAAGGTGTGTGATAGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGATCCACCACAGGGTTTTAGAATTTGAAGGTGTGTGATAGTCAA  250

seq1  AGAATGCATTTCTCAGGAGTCTTGTGTGCTGCTGGTAGTACTGGATGAGG  300
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCATTTCTCAAGAGTCTTGTGTGCTGCTGGTAGTACTGGATGAGG  300

seq1  ACACACACTTGATAATGTTTAACAAGTCCTTGTACTTTGTGCTTGAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTTGATAATGTTTAACAAGTCCTTGTACTTTGTGCTTGAATGT  350

seq1  CATGAAGCTCAAAACATGACAACTACCTCAAGCACTTCTTGGCAGCACGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGCTCAAAACATGACAACTACCTCAAGCACTTCTTGGCAGCACGT  400

seq1  GCTTATCAAAATCACCTGAGAGTTTCTGGGCTGTAGAAGAAATCAAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCAAAATCACCTGAGAGTTTCTGGGCTGTAGAAGAAATCAAACAA  450

seq1  GCCAAGAGCTACAGTTCTCATAGATAAAAGAATAGCATCTGTATTCGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGCTACAGTTCTCATAGATAAAAGAATAGCATCTGTATTCGGTT  500

seq1  CCTTTCCTTAGTGTGGCTACATTAAATAAATCACCCCTCTATGATTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTAGTGTGGCTACATTAAATAAATCACCCCTCTATGATTTTCA  550

seq1  CTATACTAGTCTTTTTAATTGATATACTGAGGCAGTGACTGAACTTACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTAGTCTTTTTAATTGATATACTGAGGCAGTGACTGAACTTACTT  600

seq1  TTTTAGGGGTACTAGGTCCAGATCTTACACTAACAACTTCAGCGATAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGGGTACTAGGTCCAGATCTTACACTAACAACTTCAGCGATAAGA  650

seq1  ACAGTGAACACAGAACCAATTAGATATATGTGAGTGATAGAATTAATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAACACAGAACCAATTAGATATATGTGAGTGATAGAATTAATTAC  700

seq1  TCTTGAGAAAATTTCGCATGAGGTTATGGAAAGATAAAGGGGAGAGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGAAAATTTCGCATGAGGTTATGGAAAGATAAAGGGGAGAGAAAG  750

seq1  ACATTGAACAAATGACTTCATGGTTAGTAATTT-GAAT-GTGTGGTTAGA  798
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  ACATTGAACCAATGACTTCATGGTTAGTAATTTGGAATGGTGTGGTTAGA  800

seq1  TGATAATAACA-TTACC-TTACTGAG-AAAACAAATCTAAT-CTCTAGTT  844
      |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TGAT-ATAACATTTACCTTTACTGAGAAAAACAAATCTAATCCTCTAGTT  849

seq1  AGG-AAGTAGAGG-TTTGTAGCTCAGTTGAAGATGTATT-AAGTTT-AGG  890
      ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||
seq2  AGGAAAGTAGAGGTTTTGTAGCTCAG-TGAAGATGTATTAAAGTTTAAGG  898

seq1  A--TCTTTGGG--ACA-TTCCAG--TGTGAATGTA-TAGAAG--CTTCCA  930
      |  ||||||||  ||| ||||||   ||||||||| ||| ||   |||||
seq2  ATCTCTTTGGGGAACATTTCCAGGTGGTGAATGTATTAGGAGGCTTTCCA  948

seq1  G-ACATGAACAGAG---ATTGTGG--ACAGTGCTTTATTCTTTCTGGCCA  974
      | ||||||||| ||   || ||||  |||||||||||||| ||||| |||
seq2  GAACATGAACACAGAGAATGGTGGGAACAGTGCTTTATTCATTCTGACCA  998

seq1  GTAAGAATTC  984
      ||||||||||
seq2  GTAAGAATTC  1008