BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293D15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 78,059,873 - 78,188,738
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041074, Gsta1, LOC666367, LOC100042295, LOC666373, LOC100042314, Omt2a, EG666383, Omt2b, Gsta2
Upstream gene2310046A06Rik, 5730403I07Rik, Lrrc1, Klhl31, Gclc, LOC100042212, Elovl5, Gcm1, LOC666353, Fbxo9, Ick, C920006O11Rik, Gsta4
Downstream geneDppa5, 2410146L05Rik, LOC666408, LOC100042356, LOC666419, E330016A19Rik, Mto1, Eef1a1, Slc17a5, Cd109, LOC384957, EG666456
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293D15.bB6Ng01-293D15.g
ACCGA089660GA089661
length1,1271,162
definitionB6Ng01-293D15.b B6Ng01-293D15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,059,873 - 78,061,001)(78,187,592 - 78,188,738)
sequence
gaattcaattcccagcaaccacatgatgtttcacaaccatctgtagtggg
atctgatgccctcttctggtgtgtctgaaggcattttcttaatcgagtct
cctccaatgaccctaacttacatcaagttgtcacaaaccagccaacacag
accctcaaatgaataggtaatcctttggggcaaatgtaaaattctggtct
tttcctcctatgttgattgtctctggtagacaagagttgcactcagagtt
gtcatcctaactgggttggatccagaggatctggctagaaccaggcaaag
aaaactcagagaaagctcaccccaagctctgcttttcctcagcatgcagt
cactcacatgctatctgacctgtctgggaacagtatttcctgcactcttt
gttaagacatgaaactccccagtcaggtctggcaacgttcacagggacaa
acgggataaagaagtctgagtatttactaagtgaccacactctgggtgtg
acctcttgggctttctcctgtgcagtttatccccatgagataagctgcct
cagaacagcagcccacactgctctgcaagccaaggccaggcagggcgtgc
atcgcgtgaaagagtgttgtgaccattgcctttggctttttcatttagta
tttatgacaagtgactttccctgtggcttgggaggtttgggagggcacac
aatcaatcagacttttacctagcaaccactctcagaaactcacctcatgt
accatgagagttactttaggaacttcccacttgaaatgacatcagctaga
agccctgttgaaactgctctccatttctttcccaactacccatggaagcg
atcagtgtagctatacatgaggctactatgaatcttaatgggaagtaaaa
atgtcaatgaaaagtaggatggggggggtcggtgcagaaagaatcaaagt
tgaagagttgcattaagttaaaatgaaactattttcagttgaagtttgcc
agggattatgtaagttctctttctggtgctggggactgaacatgaaaggc
ctcgaatgtgtttgcctgtacacctaccactgctctaagttcaaggcacc
agaaacaccaattttcaatcttactca
gaattcactttgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccacctgcc
tctgcctcccgagtgctgggaataaaggcgtgtgccaccacgccaggctc
tacagttaaatttaaaacacccaccacaaatgagaggcctgacacaaaag
gttgtaacaaaagacctgttgaaacggaacaacactcagtaatcaaatga
gtttcccatgactatcaaacggcaggcacagggctgtcgggagagtataa
gtggtgaataagagagagctcacatcctcaggcagcctccatgtctgtga
gcttcagctttcagtgtgagtggcccaggtgaggaggggacagcagcatt
cagcagctaaatgctttcctttcaagcttttgagcagaaaatgcaggtag
gctttagtgctgccctctagcggcgactctggggaaacacctcccaggtc
acacaggggggctcagcagttaaagatgcctggggatgaagtggtggaca
ctgctggctggagatcaggtcctcagatagcagcagaatgggaggcttaa
aggatgaagtggcatcccgggagggccgctggtgttctcccgaagtgtca
tggccacgtgtttacctcagctgtggaatcgcaccttctccattcctaaa
agataagggcttcctttggatcctttctgaatgaaggagaacataggaca
gagacactttagagcggttccccaagtgaatgctttaaataaacacataa
ttggcttcagagtccatatgacagcgttgtggctgggggatatgtgctaa
gccactggggtgctgagttcagcacaagaggaaggcagggatggggccat
ctgcacagaagccttcctcttctgagtcccatagtgactgggaaggcagt
gggtggggctgttagaagagcaaggctcaacccttgcagatgccatgtgc
ctgaaggatgggccattgggcatcactctcaccatcgaactcacccccca
ccagcccatcaacattcagcccccatctgtgatgactgctgtgtgatcct
gtaccctctctgaagctgtgcaagtttgctgaatgccttctatttatgtt
ggccctattcatcctggaattcttgtcaggttatggagcaatcagcaaac
aatcttacacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_78059873_78061001
seq2: B6Ng01-293D15.b_46_1172

seq1  GAATTCAATTCCCAGCAACCACATGATGTTTCACAACCATCTGTAGTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCCAGCAACCACATGATGTTTCACAACCATCTGTAGTGGG  50

seq1  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGGCATTTTCTTAATCGAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGGCATTTTCTTAATCGAGTCT  100

seq1  CCTCCAATGACCCTAACTTACATCAAGTTGTCACAAACCAGCCAACACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAATGACCCTAACTTACATCAAGTTGTCACAAACCAGCCAACACAG  150

seq1  ACCCTCAAATGAATAGGTAATCCTTTGGGGCAAATGTAAAATTCTGGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAAATGAATAGGTAATCCTTTGGGGCAAATGTAAAATTCTGGTCT  200

seq1  TTTCCTCCTATGTTGATTGTCTCTGGTAGACAAGAGTTGCACTCAGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCTATGTTGATTGTCTCTGGTAGACAAGAGTTGCACTCAGAGTT  250

seq1  GTCATCCTAACTGGGTTGGATCCAGAGGATCTGGCTAGAACCAGGCAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTAACTGGGTTGGATCCAGAGGATCTGGCTAGAACCAGGCAAAG  300

seq1  AAAACTCAGAGAAAGCTCACCCCAAGCTCTGCTTTTCCTCAGCATGCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAGAGAAAGCTCACCCCAAGCTCTGCTTTTCCTCAGCATGCAGT  350

seq1  CACTCACATGCTATCTGACCTGTCTGGGAACAGTATTTCCTGCACTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACATGCTATCTGACCTGTCTGGGAACAGTATTTCCTGCACTCTTT  400

seq1  GTTAAGACATGAAACTCCCCAGTCAGGTCTGGCAACGTTCACAGGGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGACATGAAACTCCCCAGTCAGGTCTGGCAACGTTCACAGGGACAA  450

seq1  ACGGGATAAAGAAGTCTGAGTATTTACTAAGTGACCACACTCTGGGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGATAAAGAAGTCTGAGTATTTACTAAGTGACCACACTCTGGGTGTG  500

seq1  ACCTCTTGGGCTTTCTCCTGTGCAGTTTATCCCCATGAGATAAGCTGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTGGGCTTTCTCCTGTGCAGTTTATCCCCATGAGATAAGCTGCCT  550

seq1  CAGAACAGCAGCCCACACTGCTCTGCAAGCCAAGGCCAGGCAGGGCGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAGCAGCCCACACTGCTCTGCAAGCCAAGGCCAGGCAGGGCGTGC  600

seq1  ATCGCGTGAAAGAGTGTTGTGACCATTGCCTTTGGCTTTTTCATTTAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCGTGAAAGAGTGTTGTGACCATTGCCTTTGGCTTTTTCATTTAGTA  650

seq1  TTTATGACAAGTGACTTTCCCTGTGGCTTGGGAGGTTTGGGAGGGCACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGACAAGTGACTTTCCCTGTGGCTTGGGAGGTTTGGGAGGGCACAC  700

seq1  AATCAATCAGACTTTTACCTAGCAACCACTCTCAGAAACTCACCTCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCAGACTTTTACCTAGCAACCACTCTCAGAAACTCACCTCATGT  750

seq1  ACCATGAGAGTTACTTTAGGAACTTCCCACTTGAAATGACATCAGCTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAGAGTTACTTTAGGAACTTCCCACTTGAAATGACATCAGCTAGA  800

seq1  AGCCCTGTTGAAACTGCTCTCCATTTCTTTCCCAACTACCCATGGAAGCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGTTGAAACTGCTCTCCATTTCTTTCCCAACTACCCATGGAAGCG  850

seq1  ATCAGTGTAGCTATACATGAGGCTACTATGAATCTTAATGGGAAGTAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGTAGCTATACATGAGGCTACTATGAATCTTAATGGGAAGTAAAA  900

seq1  ATGTCAATGAAAAAGTAGGATGGGGGGGGTCGGTGCAGAAAGAATCAAAG  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAATG-AAAAGTAGGATGGGGGGGGTCGGTGCAGAAAGAATCAAAG  949

seq1  TTGAAGAGTTGCATTAAGTTAAAATGAAACTA-TTTCAGTTGAAAGTTTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TTGAAGAGTTGCATTAAGTTAAAATGAAACTATTTTCAGTTG-AAGTTTG  998

seq1  CCAGGGAATTATGTAAG-TCTCTTTCTGGTGCTGGGGACTGAACAATGAA  1048
      |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAGGG-ATTATGTAAGTTCTCTTTCTGGTGCTGGGGACTGAAC-ATGAA  1046

seq1  GGGCCTCGAATGTGTTTGCCCGGTACA-CTACCACTGCTCTAAGTCCAAA  1097
       ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| 
seq2  AGGCCTCGAATGTGTTTG-CCTGTACACCTACCACTGCTCTAAGTTCAAG  1095

seq1  GCACCAGAAACACCATTTTTCATCTTTACTCA  1129
      ||||||||||||||| ||||||   |||||||
seq2  GCACCAGAAACACCAATTTTCAATCTTACTCA  1127

seq1: chr9_78187592_78188738
seq2: B6Ng01-293D15.g_65_1226 (reverse)

seq1  TAGTG--AGATTGTTTGCTGATGGTTCCATAACCTGACAAGA---TCAGG  45
      |||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    ||||
seq2  TAGTGTAAGATTGTTTGCTGATTGCTCCATAACCTGACAAGAATTCCAGG  50

seq1  ATG-ATAGG--CAACATAAATAGAA-GCA-TCAGC-AACTTGCACAGCCT  89
      ||| |||||  |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||
seq2  ATGAATAGGGCCAACATAAATAGAAGGCATTCAGCAAACTTGCACAG-CT  99

seq1  TCAGAGA-GGTACAGGGATCACACAGCAGTCATCACAGATGGGGGCTGAA  138
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGGGTACA-GGATCACACAGCAGTCATCACAGATGGGGGCTGAA  148

seq1  TTGTGATGGGCTGGT-GGGGGTGAGTTCGATGGTGAGAGTGATG-CCAAT  186
      |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTGATGGGCTGGTGGGGGGTGAGTTCGATGGTGAGAGTGATGCCCAAT  198

seq1  GG-CCATCCTTCAGGCACATGGCATCTGCAAGGTTTGAGCC-TGCTC-TC  233
      || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||
seq2  GGCCCATCCTTCAGGCACATGGCATCTGCAAGGGTTGAGCCTTGCTCTTC  248

seq1  TAACAGCCCCACCCACTGCCTTCCCAGTCACTATGGGACTCAGAAGAGGA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCCCCACCCACTGCCTTCCCAGTCACTATGGGACTCAGAAGAGGA  298

seq1  AGGCTTCTGTGCAGATGGCCCCATCCCTGCCTTCCTCTTGTGCTGAACTC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGTGCAGATGGCCCCATCCCTGCCTTCCTCTTGTGCTGAACTC  348

seq1  AGCACCCCAGTGGCTTAGCACATATCCCCCAGCCACAACGCTGTCATATG  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCCAGTGGCTTAGCACATATCCCCCAGCCACAACGCTGTCATATG  398

seq1  GACTCTGAAGCCAATTATGTGTTTATTTAAAGCATTCACTTGGGGAACCG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGAAGCCAATTATGTGTTTATTTAAAGCATTCACTTGGGGAACCG  448

seq1  CTCTAAAGTGTCTCTGTCCTATGTTCTCCTTCATTCAGAAAGGATCCAAA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGTGTCTCTGTCCTATGTTCTCCTTCATTCAGAAAGGATCCAAA  498

seq1  GGAAGCCCTTATCTTTTAGGAATGGAGAAGGTGCGATTCCACAGCTGAGG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCCTTATCTTTTAGGAATGGAGAAGGTGCGATTCCACAGCTGAGG  548

seq1  TAAACACGTGGCCATGACACTTCGGGAGAACACCAGCGGCCCTCCCGGGA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACGTGGCCATGACACTTCGGGAGAACACCAGCGGCCCTCCCGGGA  598

seq1  TGCCACTTCATCCTTTAAGCCTCCCATTCTGCTGCTATCTGAGGACCTGA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTTCATCCTTTAAGCCTCCCATTCTGCTGCTATCTGAGGACCTGA  648

seq1  TCTCCAGCCAGCAGTGTCCACCACTTCATCCCCAGGCATCTTTAACTGCT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCCAGCAGTGTCCACCACTTCATCCCCAGGCATCTTTAACTGCT  698

seq1  GAGCCCCCCTGTGTGACCTGGGAGGTGTTTCCCCAGAGTCGCCGCTAGAG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCCCCTGTGTGACCTGGGAGGTGTTTCCCCAGAGTCGCCGCTAGAG  748

seq1  GGCAGCACTAAAGCCTACCTGCATTTTCTGCTCAAAAGCTTGAAAGGAAA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCACTAAAGCCTACCTGCATTTTCTGCTCAAAAGCTTGAAAGGAAA  798

seq1  GCATTTAGCTGCTGAATGCTGCTGTCCCCTCCTCACCTGGGCCACTCACA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAGCTGCTGAATGCTGCTGTCCCCTCCTCACCTGGGCCACTCACA  848

seq1  CTGAAAGCTGAAGCTCACAGACATGGAGGCTGCCTGAGGATGTGAGCTCT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGCTGAAGCTCACAGACATGGAGGCTGCCTGAGGATGTGAGCTCT  898

seq1  CTCTTATTCACCACTTATACTCTCCCGACAGCCCTGTGCCTGCCGTTTGA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATTCACCACTTATACTCTCCCGACAGCCCTGTGCCTGCCGTTTGA  948

seq1  TAGTCATGGGAAACTCATTTGATTACTGAGTGTTGTTCCGTTTCAACAGG  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGGGAAACTCATTTGATTACTGAGTGTTGTTCCGTTTCAACAGG  998

seq1  TCTTTTGTTACAACCTTTTGTGTCAGGCCTCTCATTTGTGGTGGGTGTTT  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTTACAACCTTTTGTGTCAGGCCTCTCATTTGTGGTGGGTGTTT  1048

seq1  TAAATTTAACTGTAGAGCCTGGCGTGGTGGCACACGCCTTTATTCCCAGC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTAACTGTAGAGCCTGGCGTGGTGGCACACGCCTTTATTCCCAGC  1098

seq1  ACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTC  1148

seq1  TACAAAGTGAATTC  1147
      ||||||||||||||
seq2  TACAAAGTGAATTC  1162