BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294I07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 20,393,957 - 20,575,392
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2210010B09Rik, 5730577I03Rik, Fbxl12, Ubl5, Pin1, Olfm2, Col5a3
Upstream geneZfp75, EG624341, LOC665751, Olfr857, Olfr858-ps1, Olfr58, Olfr859, Olfr860, GA_x5J8B7W6RL5-13004417-13003354, Olfr862, Olfr77, EG665823, Olfr863-ps1, Olfr864-ps1, Olfr865-ps1, Olfr866, Olfr867, Olfr868, Olfr869, Olfr870, Olfr871, Olfr872, Olfr39, Olfr873, Olfr18, Zfp560, 4921534A09Rik, EG624824, Zfp26, Zfp426, 5730601F06Rik, 7030419G21Rik, LOC100041205
Downstream geneRdh8, A230050P20Rik, Angptl6, Ppan, Eif3s4, Dnmt1, Edg5, Mrpl4, Icam1, Icam4, Icam5, Glp1, B230118G17Rik, Raver1, Tyk2, Cdc37, Pde4a, Keap1, Edg8, Atg4d, BC021438, Cdkn2d, Ap1m2, Slc44a2, Ilf3, Qtrt1, Dnm2, Tmed1, AB124611, Carm1, Yipf2, 1810026J23Rik, EG666043, Smarca4, Ldlr, Spc24, Ankrd25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294I07.bB6Ng01-294I07.g
ACCGA090624GA090625
length1,170971
definitionB6Ng01-294I07.b B6Ng01-294I07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,393,957 - 20,395,125)(20,574,420 - 20,575,392)
sequence
gaattcacagaaatctgcttcccatgtgcaagtgctgggattgaaggttt
gtgccagcatgcctggcaagttgtgtgtgtattgcagcaagctaaggtgc
taagtgactagcacacaggtagcagaggcagcatggctaagatggatggg
caaagggtggttgacatccagggaagagcagaggcgtagtgtgagtctgt
aattctactcaaaatgctatgcaattttatatgaaaactttctggaaact
ttatatttcatattttcaggacagggtaggtaatatataattaaacacag
acagcaaaacctgaataagtggggctcttaatgcattttaattttctgta
gtaattcataaaatactgtactatatgaatgccagtcaccctgttggaag
catcaattattagctgggcatggtggctctagtccttgggaggcagaggc
agatgcgcctttatgcgtttaaggccaactatatagtgagttccaggata
gccagtgctacataatgagaccatgtctcaaaataaataaaagtgtaaac
ttatttatttattaacatatgtgagtatgctgtcattgacataccagaag
agggcattgaatcctactacagatgtttatgagccatcatgtgaatgctg
ggaattgaattcaggacctctagaagagcagtgttcttaaccgctgagcc
atctctccaactcccaaaataagtaaattttaaaaattaaatatattgag
ttggggttgagctgggtgttctctgcaggaggcggtcattctcgtccttt
gacattcaaaaccccagtgagcaggaagtttaaccccccatagagagtct
gatactatgtagcctgctatttgaaagtaaaattgtctgtgtttcacttt
actttctatttgacttgagtattggtgttttcttagaatgtatatgatta
ttaaattggagtgtctcaaatcagcagtaattaatcctcaaggcatagaa
gaagcagtatttgcttgtttcaacctcttctgaaataattgccctgcttt
cattagaagcaacgtggtcctggcgtggtgaaactgtctttaatgaaaca
ttccagaggccacagcagctttttgtgaagttgaaggtcatgtgtgagac
acaattccgagttcaacagc
gaattcagctcttctgtgggtttcctgcctctgtgggatgtggctgcctc
tgactttggtcagacgaaccaaaagtttgggtttgaactcggctccatct
gctttagcagctgaagttgtgaggtgggaaggaagctgaagggagcccca
catgggctccttggtgctgaggctctgaggccattctgtttatccccagg
gactccagatccagggtcacgtgactctgactattctttctcccttgtag
ggggagagtgtggagagcccagctccctctgtctgttcaccccaggtggt
atacccagttgtctgctagctcccccctccatccaactgtccattgtcca
cctcacccccagacctccatgcagtagacttttaactcagagctggtgaa
gccccacccctgcctctccacccctccaccaggccttttggtgctattcc
tttccatagttgagcactggatacctcctgatccctgcctgggacccttc
cctcgcatacttcttctttctttgagtaaaagaagtaaagcaagatcaaa
gggggcgccctccctgagctgcgccttccttctgcttccttgacccagtg
ctgcacaatctcctctccctactctgccccactcctgtgcccccaagcct
tcaggggaccaagatgttgggcataaatcaggatcctacatggtgctgcc
ctgctcataactgggaactgtatgaaagggggaatgaatggtctgtggtc
tattaatttgcttccttctgaaagaagtctggggtacggtgagagattcc
agaaaggatctgtaccctcccttacctacgcggctctcctccccaggaca
cagggcaaaatcgccatctcagaataaaccaggaactgtgctcttcttct
ccttttctctttaaaatgattcattgttgggagaggggaatgctcagctg
tgctgtgaaggccataaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_20393957_20395125
seq2: B6Ng01-294I07.b_48_1217

seq1  GAATTCACAGAAATCTGCTTCCCATGTGCAAGTGCTGGGATTGAAGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAAATCTGCTTCCCATGTGCAAGTGCTGGGATTGAAGGTTT  50

seq1  GTGCCAGCATGCCTGGCAAGTTGTGTGTGTATTGCAGCAAGCTAAGGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGCATGCCTGGCAAGTTGTGTGTGTATTGCAGCAAGCTAAGGTGC  100

seq1  TAAGTGACTAGCACACAGGTAGCAGAGGCAGCATGGCTAAGATGGATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGACTAGCACACAGGTAGCAGAGGCAGCATGGCTAAGATGGATGGG  150

seq1  CAAAGGGTGGTTGACATCCAGGGAAGAGCAGAGGCGTAGTGTGAGTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGTGGTTGACATCCAGGGAAGAGCAGAGGCGTAGTGTGAGTCTGT  200

seq1  AATTCTACTCAAAATGCTATGCAATTTTATATGAAAACTTTCTGGAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTACTCAAAATGCTATGCAATTTTATATGAAAACTTTCTGGAAACT  250

seq1  TTATATTTCATATTTTCAGGACAGGGTAGGTAATATATAATTAAACACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTCATATTTTCAGGACAGGGTAGGTAATATATAATTAAACACAG  300

seq1  ACAGCAAAACCTGAATAAGTGGGGCTCTTAATGCATTTTAATTTTCTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAAACCTGAATAAGTGGGGCTCTTAATGCATTTTAATTTTCTGTA  350

seq1  GTAATTCATAAAATACTGTACTATATGAATGCCAGTCACCCTGTTGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCATAAAATACTGTACTATATGAATGCCAGTCACCCTGTTGGAAG  400

seq1  CATCAATTATTAGCTGGGCATGGTGGCTCTAGTCCTTGGGAGGCAGAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATTATTAGCTGGGCATGGTGGCTCTAGTCCTTGGGAGGCAGAGGC  450

seq1  AGATGCGCCTTTATGCGTTTAAGGCCAACTATATAGTGAGTTCCAGGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGCCTTTATGCGTTTAAGGCCAACTATATAGTGAGTTCCAGGATA  500

seq1  GCCAGTGCTACATAATGAGACCATGTCTCAAAATAAATAAAAGTGTAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGCTACATAATGAGACCATGTCTCAAAATAAATAAAAGTGTAAAC  550

seq1  TTATTTATTTATTAACATATGTGAGTATGCTGTCATTGACATACCAGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTATTAACATATGTGAGTATGCTGTCATTGACATACCAGAAG  600

seq1  AGGGCATTGAATCCTACTACAGATGTTTATGAGCCATCATGTGAATGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTGAATCCTACTACAGATGTTTATGAGCCATCATGTGAATGCTG  650

seq1  GGAATTGAATTCAGGACCTCTAGAAGAGCAGTGTTCTTAACCGCTGAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGAATTCAGGACCTCTAGAAGAGCAGTGTTCTTAACCGCTGAGCC  700

seq1  ATCTCTCCAACTCCCAAAATAAGTAAATTTTAAAAATTAAATATATTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCAACTCCCAAAATAAGTAAATTTTAAAAATTAAATATATTGAG  750

seq1  TTGGGGTTGAGCTGGGTGTTCTCTGCAGGAGGCGGTCATTCTCGTCCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTTGAGCTGGGTGTTCTCTGCAGGAGGCGGTCATTCTCGTCCTTT  800

seq1  GACATTCAAAACCCCAGTGAGCAGGAAGTTTAACCCCCCATAGAGAGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCAAAACCCCAGTGAGCAGGAAGTTTAACCCCCCATAGAGAGTCT  850

seq1  GATACTATGTAGCCTGCTATTTGAAAGTAAAATTGTCTGTGTTTCACTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTATGTAGCCTGCTATTTGAAAGTAAAATTGTCTGTGTTTCACTTT  900

seq1  ACTTTCTATTTGACTTGAGTATTGGTGTTTTCTTAGAATGTATATGATTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTATTTGACTTGAGTATTGGTGTTTTCTTAGAATGTATATGATTA  950

seq1  TT-AATTGGAGTGTCTCAAATCAGCAGTAATTAATCCTCAGGGCATAGAA  999
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAAATTGGAGTGTCTCAAATCAGCAGTAATTAATCCTCAAGGCATAGAA  1000

seq1  GAGGCAGTATTTGCTTG-TTCAACCTC-TCTGAAATAATTGCCCTGCTTT  1047
      || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTATTTGCTTGTTTCAACCTCTTCTGAAATAATTGCCCTGCTTT  1050

seq1  CATTAGAAGC-ACGTGGT-CTTGCGTGGTGAACCTGTCTTTAATTGAAAC  1095
      |||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CATTAGAAGCAACGTGGTCCTGGCGTGGTGAAACTGTCTTTAA-TGAAAC  1099

seq1  ATTCAGGAGGCACACAGGCAGCTTTTTGTGAGTTTGAAGTCCATGTGT-A  1144
      ||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||  ||||||| |
seq2  ATTCCAGAGGC-CACA-GCAGCTTTTTGTGAAGTTGAAGGTCATGTGTGA  1147

seq1  GACAC-ATATCGAGTTCCACAACAGC  1169
      ||||| ||  ||||||   |||||||
seq2  GACACAATTCCGAGTT---CAACAGC  1170

seq1: chr9_20574420_20575392
seq2: B6Ng01-294I07.g_66_1036 (reverse)

seq1  ATG-TTCTGGCCTTCACA-CACATGCTGTGGCATTCCCC-CTCCCAACAA  47
      ||| || ||||||||||| |||| ||||  ||||||||| |||||||| |
seq2  ATGTTTATGGCCTTCACAGCACA-GCTG-AGCATTCCCCTCTCCCAAC-A  47

seq1  ATGAATCATTTTAAAGAGAAAAAGAGAAGAAGAGCACAGTTCCTTGGTTT  97
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGAATCATTTTAAAGAGAAAAGGAGAAGAAGAGCACAGTTCC-TGGTTT  96

seq1  ATTCTTGAGATGGCGATTTTGCCCTGTGTCCTGGGGAGGAGAGCCGCGTA  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTC-TGAGATGGCGATTTTGCCCTGTGTCCTGGGGAGGAGAGCCGCGTA  145

seq1  GGTAAGGGAGGGTACAGATCC-TTCTGGAATCTCTCACCGTACCCCAGAC  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGGAGGGTACAGATCCTTTCTGGAATCTCTCACCGTACCCCAGAC  195

seq1  TTCCTTCAGAAGGAAGCAAATTAAATAGACCACAGACCATTCATTCCCCC  246
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCAGAAGGAAGCAAATT-AATAGACCACAGACCATTCATTCCCCC  244

seq1  TTTCATACAGTTCCCAGTTATGAGCAGGGCAGCACCATGTAGGATCCTGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATACAGTTCCCAGTTATGAGCAGGGCAGCACCATGTAGGATCCTGA  294

seq1  TTTATGCCCAACATCTTGGTCCCCTGAAGGCTTGGGGGCACAGGAGTGGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCCCAACATCTTGGTCCCCTGAAGGCTTGGGGGCACAGGAGTGGG  344

seq1  GCAGAGTAGGGAGAGGAGATTGTGCAGCACTGGGTCAAGGAAGCAGAAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTAGGGAGAGGAGATTGTGCAGCACTGGGTCAAGGAAGCAGAAGG  394

seq1  AAGGCGCAGCTCAGGGAGGGCGCCCCCTTTGATCTTGCTTTACTTCTTTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGCAGCTCAGGGAGGGCGCCCCCTTTGATCTTGCTTTACTTCTTTT  444

seq1  ACTCAAAGAAAGAAGAAGTATGCGAGGGAAGGGTCCCAGGCAGGGATCAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGAAAGAAGAAGTATGCGAGGGAAGGGTCCCAGGCAGGGATCAG  494

seq1  GAGGTATCCAGTGCTCAACTATGGAAAGGAATAGCACCAAAAGGCCTGGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATCCAGTGCTCAACTATGGAAAGGAATAGCACCAAAAGGCCTGGT  544

seq1  GGAGGGGTGGAGAGGCAGGGGTGGGGCTTCACCAGCTCTGAGTTAAAAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGTGGAGAGGCAGGGGTGGGGCTTCACCAGCTCTGAGTTAAAAGT  594

seq1  CTACTGCATGGAGGTCTGGGGGTGAGGTGGACAATGGACAGTTGGATGGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCATGGAGGTCTGGGGGTGAGGTGGACAATGGACAGTTGGATGGA  644

seq1  GGGGGGAGCTAGCAGACAACTGGGTATACCACCTGGGGTGAACAGACAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGAGCTAGCAGACAACTGGGTATACCACCTGGGGTGAACAGACAGA  694

seq1  GGGAGCTGGGCTCTCCACACTCTCCCCCTACAAGGGAGAAAGAATAGTCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTGGGCTCTCCACACTCTCCCCCTACAAGGGAGAAAGAATAGTCA  744

seq1  GAGTCACGTGACCCTGGATCTGGAGTCCCTGGGGATAAACAGAATGGCCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACGTGACCCTGGATCTGGAGTCCCTGGGGATAAACAGAATGGCCT  794

seq1  CAGAGCCTCAGCACCAAGGAGCCCATGTGGGGCTCCCTTCAGCTTCCTTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTCAGCACCAAGGAGCCCATGTGGGGCTCCCTTCAGCTTCCTTC  844

seq1  CCACCTCACAACTTCAGCTGCTAAAGCAGATGGAGCCGAGTTCAAACCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCACAACTTCAGCTGCTAAAGCAGATGGAGCCGAGTTCAAACCCA  894

seq1  AACTTTTGGTTCGTCTGACCAAAGTCAGAGGCAGCCACATCCCACAGAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTGGTTCGTCTGACCAAAGTCAGAGGCAGCCACATCCCACAGAGG  944

seq1  CAGGAAACCCACAGAAGAGCTGAATTC  973
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAACCCACAGAAGAGCTGAATTC  971