BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295A07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,501,257 - 27,619,126
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041202, Opcml
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295A07.bB6Ng01-295A07.g
ACCGA090997GA090998
length1,1741,117
definitionB6Ng01-295A07.b B6Ng01-295A07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,617,952 - 27,619,126)(27,501,257 - 27,502,365)
sequence
gaattcctagtattcactgtgtttcagcttatctgtgtcaccttaacctc
acccagagaacctggcatcactcctttccaaacttacacgggaacatagg
agagagtctcacagtcagccaacaccatttgcttctcattaaaaacaagc
caaagacattagaaagcgaaaggagttttctgccttttataattcttagg
accgtttcattctcaagtcctggttataggaaggagactcttcaaagtga
ctcaaaattctcaaaaatctcaaaattttactgtcataactgagcctata
tctctgtagctatctacaactttccagtttttagattctgctcttcggtt
tgagtttagatacctgccaataggaaccttgtcagaactgtcaggttcac
tcctgactagccccaagctgttagaacagagtcagaatctgcctcaagga
cagtttcgggaatgggttggctcatgatgaccccacacacaatgagtaca
ccagcttagtgaaacattctcgtgttataatagggtaagacccctctatc
tgctttacccctgatacactaacacagaaaaaagccatactagtctgcct
actagcattgtgaagtacattctcatttctgtacagtattcaacagaaaa
catctggaaaggtgaagaattctgtaatctgggttctggatgaaataatt
atcctgtgaaagagatgagacaacccgaagcttcttggagtccacacata
tcataagttcaagtttgatgataccctaaaagaagtctgcctttgactag
ctagaagaagacacctcacatcagttagaagggttgctaagataccatgc
tgtctgtttaaaatcagagcctcagctctcagcagtgatttcgtccccca
ggggacatttggctatctatgtctagagatgttcttggctgccacagttc
aagaggtgctactggcgtctggtgggtagaggcccaaggttgcttcgaaa
catagtccaacccacaggaacagttttaacacaatcgagaatcctgtgta
agaaagacaagtggttcaaagagcccatagccacaggatgtaaggagaat
aagtcagacaccaaatccttaacattagaaaggttaaccttaaagggacg
actagcttggccactggatagcgt

gaattcaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacactggaaggatagttagctagatagacagatagatacagacatcagc
gtacacagagccacacatacattgattatggttggtttgttttagtttcc
tggagtcctacatcctggaggtctctgtacgttcattgtgtagcaggctc
caaacatccactcctgaaaggcagtgtgggctgtgttctcctgagacact
ggctgattatatgtttgaagtggcatctggaagaaataggggggctttag
gtgcaggttgttgtaagagctttattggggtatcagcatttgatgggttt
ctttatagtggcattaagtgaattggcatgtcataaactgtcccgtgggg
tgtcttggaggtgagaaacatcagaaataaaggaaacctatctatctcat
atacagtccagctggcattttcttcaaaatttaaccctctcgggtactca
ggttggtatgcttctcattcagtctaacatgccccagtgttgaaactgct
acagaggcaatgaaggttgagaaattttagaaagcagaatgtttgggtaa
caacaactcctactaattctagacacctgtaaagaatcccttttgagaag
ccaccctctaggttttcaggtaacctttactcttggagaggttttgagaa
tcatgcagacatcttaactactttgtgactttgtgcgttagccagctttt
cattactatagtaagattctcaagacacttaatgaaggaagagataaagc
ttattgggacttacagttttggaagatttacttcaagattaagtagtctt
agttttggagttctggggtgacagctctcatggccagaatgtgtggaaga
gagattctatcatcttcatgaactagggagcaaacagtggaaaaagagga
ctctatccccacagtccctgcagtgaccctaatgactagagcatgtattt
tctaagctctaattcccaaaggttacatttgcttctcagtaattacaacc
ctagtgaacctggcttttattgcaaggtcccccttggaagacactcaact
gccaaaacaggtagcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27617952_27619126
seq2: B6Ng01-295A07.b_48_1221 (reverse)

seq1  ACGCTATCCAGTTTGCAAAGCTGGGTCTGTCCTTT-AGGTACACTGTTCT  49
      ||||||||||| | || |||||  |||   ||||| ||||  ||  ||||
seq2  ACGCTATCCAG-TGGCCAAGCT-AGTCGTCCCTTTAAGGTTAACCTTTCT  48

seq1  AATTGTTATGATTTTGTGTCTTGACTTTATTCTCCTTACATCCCTGT-GC  98
      |||  | | ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||
seq2  AATGTTAAGGATTTGGTGTC-TGAC-TTATTCTCCTTACAT-CCTGTGGC  95

seq1  TAT-GGCTCTTTTGAACCACTTGTC-TTCTTACACAGGATTCTCGATTGT  146
      ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGGGCTC-TTTGAACCACTTGTCTTTCTTACACAGGATTCTCGATTG-  143

seq1  TGTTAAAACTGTT-CTGTGGGTTGGACTATGTTTCGAAGCAACCTT-GGC  194
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTTAAAACTGTTCCTGTGGGTTGGACTATGTTTCGAAGCAACCTTGGGC  193

seq1  CTCTACCCACCAGACGCCAGTAGCACCTCTTGAACTGTGGCAGCCAAGAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCCACCAGACGCCAGTAGCACCTCTTGAACTGTGGCAGCCAAGAA  243

seq1  CATCTCTAGACATAGATAGCCAAATGTCCCCTGGGGGACGAAATCACTGC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTAGACATAGATAGCCAAATGTCCCCTGGGGGACGAAATCACTGC  293

seq1  TGAGAGCTGAGGCTCTGATTTTAAACAGACAGCATGGTATCTTAGCAACC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCTGAGGCTCTGATTTTAAACAGACAGCATGGTATCTTAGCAACC  343

seq1  CTTCTAACTGATGTGAGGTGTCTTCTTCTAGCTAGTCAAAGGCAGACTTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAACTGATGTGAGGTGTCTTCTTCTAGCTAGTCAAAGGCAGACTTC  393

seq1  TTTTAGGGTATCATCAAACTTGAACTTATGATATGTGTGGACTCCAAGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGGTATCATCAAACTTGAACTTATGATATGTGTGGACTCCAAGAA  443

seq1  GCTTCGGGTTGTCTCATCTCTTTCACAGGATAATTATTTCATCCAGAACC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCGGGTTGTCTCATCTCTTTCACAGGATAATTATTTCATCCAGAACC  493

seq1  CAGATTACAGAATTCTTCACCTTTCCAGATGTTTTCTGTTGAATACTGTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTACAGAATTCTTCACCTTTCCAGATGTTTTCTGTTGAATACTGTA  543

seq1  CAGAAATGAGAATGTACTTCACAATGCTAGTAGGCAGACTAGTATGGCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGAGAATGTACTTCACAATGCTAGTAGGCAGACTAGTATGGCTT  593

seq1  TTTTCTGTGTTAGTGTATCAGGGGTAAAGCAGATAGAGGGGTCTTACCCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTGTTAGTGTATCAGGGGTAAAGCAGATAGAGGGGTCTTACCCT  643

seq1  ATTATAACACGAGAATGTTTCACTAAGCTGGTGTACTCATTGTGTGTGGG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAACACGAGAATGTTTCACTAAGCTGGTGTACTCATTGTGTGTGGG  693

seq1  GTCATCATGAGCCAACCCATTCCCGAAACTGTCCTTGAGGCAGATTCTGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCATGAGCCAACCCATTCCCGAAACTGTCCTTGAGGCAGATTCTGA  743

seq1  CTCTGTTCTAACAGCTTGGGGCTAGTCAGGAGTGAACCTGACAGTTCTGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCTAACAGCTTGGGGCTAGTCAGGAGTGAACCTGACAGTTCTGA  793

seq1  CAAGGTTCCTATTGGCAGGTATCTAAACTCAAACCGAAGAGCAGAATCTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTCCTATTGGCAGGTATCTAAACTCAAACCGAAGAGCAGAATCTA  843

seq1  AAAACTGGAAAGTTGTAGATAGCTACAGAGATATAGGCTCAGTTATGACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGGAAAGTTGTAGATAGCTACAGAGATATAGGCTCAGTTATGACA  893

seq1  GTAAAATTTTGAGATTTTTGAGAATTTTGAGTCACTTTGAAGAGTCTCCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTTTGAGATTTTTGAGAATTTTGAGTCACTTTGAAGAGTCTCCT  943

seq1  TCCTATAACCAGGACTTGAGAATGAAACGGTCCTAAGAATTATAAAAGGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAACCAGGACTTGAGAATGAAACGGTCCTAAGAATTATAAAAGGC  993

seq1  AGAAAACTCCTTTCGCTTTCTAATGTCTTTGGCTTGTTTTTAATGAGAAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTCCTTTCGCTTTCTAATGTCTTTGGCTTGTTTTTAATGAGAAG  1043

seq1  CAAATGGTGTTGGCTGACTGTGAGACTCTCTCCTATGTTCCCGTGTAAGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTGTTGGCTGACTGTGAGACTCTCTCCTATGTTCCCGTGTAAGT  1093

seq1  TTGGAAAGGAGTGATGCCAGGTTCTCTGGGTGAGGTTAAGGTGACACAGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGGAGTGATGCCAGGTTCTCTGGGTGAGGTTAAGGTGACACAGA  1143

seq1  TAAGCTGAAACACAGTGAATACTAGGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGAAACACAGTGAATACTAGGAATTC  1174


seq1: chr9_27501257_27502365
seq2: B6Ng01-295A07.g_64_1180

seq1  GAATTCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  50

seq1  CACACTGGAAGGATAGTTAGCTAGATAGACAGATAGATACAGACATCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGAAGGATAGTTAGCTAGATAGACAGATAGATACAGACATCAGC  100

seq1  GTACACAGAGCCACACATACATTGATTATGGTTGGTTTGTTTTAGTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAGAGCCACACATACATTGATTATGGTTGGTTTGTTTTAGTTTCC  150

seq1  TGGAGTCCTACATCCTGGAGGTCTCTGTACGTTCATTGTGTAGCAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCTACATCCTGGAGGTCTCTGTACGTTCATTGTGTAGCAGGCTC  200

seq1  CAAACATCCACTCCTGAAAGGCAGTGTGGGCTGTGTTCTCCTGAGACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCCACTCCTGAAAGGCAGTGTGGGCTGTGTTCTCCTGAGACACT  250

seq1  GGCTGATTATATGTTTGAAGTGGCATCTGGAAGAAATAGGGGGGCTTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATTATATGTTTGAAGTGGCATCTGGAAGAAATAGGGGGGCTTTAG  300

seq1  GTGCAGGTTGTTGTAAGAGCTTTATTGGGGTATCAGCATTTGATGGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGTTGTTGTAAGAGCTTTATTGGGGTATCAGCATTTGATGGGTTT  350

seq1  CTTTATAGTGGCATTAAGTGAATTGGCATGTCATAAACTGTCCCGTGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAGTGGCATTAAGTGAATTGGCATGTCATAAACTGTCCCGTGGGG  400

seq1  TGTCTTGGAGGTGAGAAACATCAGAAATAAAGGAAACCTATCTATCTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGGAGGTGAGAAACATCAGAAATAAAGGAAACCTATCTATCTCAT  450

seq1  ATACAGTCCAGCTGGCATTTTCTTCAAAATTTAACCCTCTCGGGTACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTCCAGCTGGCATTTTCTTCAAAATTTAACCCTCTCGGGTACTCA  500

seq1  GGTTGGTATGCTTCTCATTCAGTCTAACATGCCCCAGTGTTGAAACTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTATGCTTCTCATTCAGTCTAACATGCCCCAGTGTTGAAACTGCT  550

seq1  ACAGAGGCAATGAAGGTTGAGAAATTTTAGAAAGCAGAATGTTTGGGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGCAATGAAGGTTGAGAAATTTTAGAAAGCAGAATGTTTGGGTAA  600

seq1  CAACAACTCCTACTAATTCTAGACACCTGTAAAGAATCCCTTTTGAGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACTCCTACTAATTCTAGACACCTGTAAAGAATCCCTTTTGAGAAG  650

seq1  CCACCCTCTAGGTTTTCAGGTAACCTTTACTCTTGGAGAGGTTTTGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCTAGGTTTTCAGGTAACCTTTACTCTTGGAGAGGTTTTGAGAA  700

seq1  TCATGCAGACATCTTAACTACTTTGTGACTTTGTGCGTTAGCCAGCTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAGACATCTTAACTACTTTGTGACTTTGTGCGTTAGCCAGCTTTT  750

seq1  CATTACTATAGTAAGATTCTCAAGACACTTAATGAAGGAAGAGATAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTATAGTAAGATTCTCAAGACACTTAATGAAGGAAGAGATAAAGC  800

seq1  TTATTGGGACTTACAGTTTTGGAAGATTTACTTCAAGATTAAGTAGTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGGACTTACAGTTTTGGAAGATTTACTTCAAGATTAAGTAGTCTT  850

seq1  AGTTTTGGAGTTCTGGGGTGACAGCTCTCATGGCCAGAATGTGTGGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGGAGTTCTGGGGTGACAGCTCTCATGGCCAGAATGTGTGGAAGA  900

seq1  GAGATTCTATCATC-TCATGAACTAGGGAGCAAACAGTGGAAAAAGAGGA  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTCTATCATCTTCATGAACTAGGGAGCAAACAGTGGAAAAAGAGGA  950

seq1  CTCTATCCCCACAGTCCCTGCAGGTGACCCTAATGACTAGAGCATGTA-T  998
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTATCCCCACAGTCCCTGCA-GTGACCCTAATGACTAGAGCATGTATT  999

seq1  TTCTAAGCTCTAATTCCCAAAGGTTACA-TTGCTTCTCAGTAATTAC-AC  1046
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TTCTAAGCTCTAATTCCCAAAGGTTACATTTGCTTCTCAGTAATTACAAC  1049

seq1  CCTAGTG-ACCTGGC-TTTATTGC-AGGTCCCCCTTTGGAAGACACTCAA  1093
      ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTAGTGAACCTGGCTTTTATTGCAAGGTCCCCC-TTGGAAGACACTCAA  1098

seq1  CTGC--AAACA-GTAGCAT  1109
      ||||  ||||| |||||||
seq2  CTGCCAAAACAGGTAGCAT  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |