BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295J01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 119,666,816 - 119,792,971
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScn11a
Upstream geneItga9, LOC100039768, Ctdspl, Vill, Plcd1, Dlec1, Acaa1b, EG546165, Slc22a14, Slc22a13, 9330176C04Rik, Oxsr1, Myd88, Acaa1a, Xylb, Acvr2b, Endogl1, Scn5a, Scn10a
Downstream geneLOC100039837, Wdr48, Gorasp1, Ttc21a, Axud1, Cmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp, LOC100039898, Myrip, LOC666044, Eif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295J01.bB6Ng01-295J01.g
ACCGA091398GA091399
length1,1201,149
definitionB6Ng01-295J01.b B6Ng01-295J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,791,854 - 119,792,971)(119,666,816 - 119,667,958)
sequence
gaattcagtatttaaacaggggagacaaaaacttcagtcctgtggatgtg
gctcacttgtagagctcttgctttgcattaaaaaaaaaacaaagctagac
caacttagcaccattatctgacatagcagacagaacaagggaggatatcc
accaggcagaaagcaaacctggatttggattaacacaagaagcaaagagc
accagggaatagcttggtcagttcgtttgttcttcccttcgttttaagat
ttactttgatgtacattggtgtttctgcttgtatttatgccttggtgagg
gtgccaaggtcccctgagttagacagctgtgagctgccatgtgcatgttg
ggaactgaacccaggtcctcagaaagagcaaccagtgagccatctctcca
gcccaaataggtgctttgtagtgcattacaggcccctgagctgaagcagg
ggcttcaggctgctcctcatattccacctttctctagggactgtccttga
acagctgaagatgccctgccaggaagacctgggaagcatgtctgcctgcc
cagctcaggtccgaggtggattgtgtgttacaagcttcctgttggagttc
cccgggggatcaaggtgaagacaggcttctccaggatcacattgtgtgtg
tgtgcctgtaagactgaagggggaagggagagcatggggtctttcattct
tctgtgttccgccattatctccagcacaggctgggggtctccacagctgt
agtgttgaaacaaattctgcacacgggaaacttgtgtgccctataccttt
gaattccctctggaccacacttcagctgttctttctgccaaggcgatgga
tcagtagcctctaatgatgtcatctattaaaggcggttatctccaagtgg
cagaattaccgatgaaattgccttcatttttggccctttgttaaaaagga
agacagtgtgccccctcaccccgtcttcatgctccttgatgcgcgtgcta
acttgtcacctggtattttattttcgggaacccctaattgcactcattca
agcattacctcgcatttacaagttctctggcagtacatttttagctgttc
cctcagtaagcacataattg
tagaagtttggccctggtctccttggtcacccttactcataattttaaaa
aaattaaaattttccgagagagagagagagagagagagagagagagaaca
caaaagaatagaaggagtaagtgtttgctaatgacaagagtcattctccc
atgtgctcatgcttgatgcggcaggactgtggctatgagaaacccactag
atacagagagacttgctgtcgagtggtgtcagagcagctgagacacatgc
agcccatacctcgtccaagtaaacatgggaatcaggataaggagtaggtg
ctgcttctcatgtgaggcagtcttgacagccgagtgggaaacaagggagc
cctggcaatggaccctggtccaacagctgcccttgtgagttttgaaccca
ggcaccaagggctcacagtggtaggggagaggtggaattcccatgaggcc
acctgagatgtcaggaaacactgcaacaactgttaatgaggatactttgt
ctctctccattgagcaagcaagtcttgtagcaacttcccaacagagcagc
cctccttagcccctgccaccacctggtttgtccagatactacattaaacc
taatctgttgctttggagaagctggacacactcgacacacttccgaatga
ttatctttagagttttacttctgtctctcctggatggtcctggctactgg
gtttactttactaatgatggaaagaaccacgaccacacaattcaaataag
ttccagccattggtgaagtagtgttgcctcaaagcaaagactttgatgag
acactctacggtaaagatgaccacgaagactatgtttgagaatatcaaag
attttctttcacttcgttgggctggccttcagatttcagccatcattgat
aatctatgttttgtgacaataaagacccagaatgatgacgtcaatgacct
tggcttgtgacaaatcgaaacacgtagtgcttgacatttgttctgagagg
aaaaagataggagaaaaatttatgttcgttaaagatgaccaaaaatttgt
ttttctcttacatgaaggcaattccgattgaaattattattgcagtatcc
cccttcaaatgaacaaggaagttccaatccgcttccattggtgcttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_119791854_119792971
seq2: B6Ng01-295J01.b_47_1166 (reverse)

seq1  CAATTATGTTGCCTTACTGAGG--ACAGCTAAAAATGTACCTGCAGGAGA  48
      |||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||||
seq2  CAATTATGT--GCTTACTGAGGGAACAGCTAAAAATGTA-CTGCCAGAGA  47

seq1  ACTTGTAAATGCGAGGTAAATGCTTG-ATGAGTTGCAATTAGGGGTTCCC  97
      ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAAATGCGAGGT-AATGCTTGAATGAG-TGCAATTAGGGGTTCCC  95

seq1  GAAAAT-AAATACCAGGTGAC-AGTTAGCACCGCGCATCAAGGAGCATG-  144
      |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  GAAAATAAAATACCAGGTGACAAGTTAGCA-CGCGCATCAAGGAGCATGA  144

seq1  AGACGGGGTGAGGGGGCACACTGTCTTCCTTTTTAACAAAGGGCC-AAAA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGACGGGGTGAGGGGGCACACTGTCTTCCTTTTTAACAAAGGGCCAAAAA  194

seq1  TGAAGGCAA-TTCATCGGTAATTCTGCCACTTGGAGATAACCGCCTTTAA  242
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCAATTTCATCGGTAATTCTGCCACTTGGAGATAACCGCCTTTAA  244

seq1  TAGATGACATCATTAGAGGCTACTGATCCATCGCCTTGGCAGAAAGAACA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACATCATTAGAGGCTACTGATCCATCGCCTTGGCAGAAAGAACA  294

seq1  GCTGAAGTGTGGTCCAGAGGGAATTCAAAGGTATAGGGCACACAAGTTTC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTGTGGTCCAGAGGGAATTCAAAGGTATAGGGCACACAAGTTTC  344

seq1  CCGTGTGCAGAATTTGTTTCAACACTACAGCTGTGGAGACCCCCAGCCTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGCAGAATTTGTTTCAACACTACAGCTGTGGAGACCCCCAGCCTG  394

seq1  TGCTGGAGATAATGGCGGAACACAGAAGAATGAAAGACCCCATGCTCTCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAGATAATGGCGGAACACAGAAGAATGAAAGACCCCATGCTCTCC  444

seq1  CTTCCCCCTTCAGTCTTACAGGCACACACACACAATGTGATCCTGGAGAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCCTTCAGTCTTACAGGCACACACACACAATGTGATCCTGGAGAA  494

seq1  GCCTGTCTTCACCTTGATCCCCCGGGGAACTCCAACAGGAAGCTTGTAAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCTTCACCTTGATCCCCCGGGGAACTCCAACAGGAAGCTTGTAAC  544

seq1  ACACAATCCACCTCGGACCTGAGCTGGGCAGGCAGACATGCTTCCCAGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATCCACCTCGGACCTGAGCTGGGCAGGCAGACATGCTTCCCAGGT  594

seq1  CTTCCTGGCAGGGCATCTTCAGCTGTTCAAGGACAGTCCCTAGAGAAAGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGCAGGGCATCTTCAGCTGTTCAAGGACAGTCCCTAGAGAAAGG  644

seq1  TGGAATATGAGGAGCAGCCTGAAGCCCCTGCTTCAGCTCAGGGGCCTGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATGAGGAGCAGCCTGAAGCCCCTGCTTCAGCTCAGGGGCCTGTA  694

seq1  ATGCACTACAAAGCACCTATTTGGGCTGGAGAGATGGCTCACTGGTTGCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTACAAAGCACCTATTTGGGCTGGAGAGATGGCTCACTGGTTGCT  744

seq1  CTTTCTGAGGACCTGGGTTCAGTTCCCAACATGCACATGGCAGCTCACAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAGGACCTGGGTTCAGTTCCCAACATGCACATGGCAGCTCACAG  794

seq1  CTGTCTAACTCAGGGGACCTTGGCACCCTCACCAAGGCATAAATACAAGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTAACTCAGGGGACCTTGGCACCCTCACCAAGGCATAAATACAAGC  844

seq1  AGAAACACCAATGTACATCAAAGTAAATCTTAAAACGAAGGGAAGAACAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACCAATGTACATCAAAGTAAATCTTAAAACGAAGGGAAGAACAA  894

seq1  ACGAACTGACCAAGCTATTCCCTGGTGCTCTTTGCTTCTTGTGTTAATCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAACTGACCAAGCTATTCCCTGGTGCTCTTTGCTTCTTGTGTTAATCC  944

seq1  AAATCCAGGTTTGCTTTCTGCCTGGTGGATATCCTCCCTTGTTCTGTCTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGGTTTGCTTTCTGCCTGGTGGATATCCTCCCTTGTTCTGTCTG  994

seq1  CTATGTCAGATAATGGTGCTAAGTTGGTCTAGCTTTGTTTTTTTTTTAAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTCAGATAATGGTGCTAAGTTGGTCTAGCTTTGTTTTTTTTTTAAT  1044

seq1  GCAAAGCAAGAGCTCTACAAGTGAGCCACATCCACAGGACTGAAGTTTTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCAAGAGCTCTACAAGTGAGCCACATCCACAGGACTGAAGTTTTT  1094

seq1  GTCTCCCCTGTTTAAATACTGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCCTGTTTAAATACTGAATTC  1120

seq1: chr9_119666816_119667958
seq2: B6Ng01-295J01.g_81_1229

seq1  TAGAAGTTTGGCCCTGGTCTCCTTGGTCACCCTTACTCATAATTTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTTGGCCCTGGTCTCCTTGGTCACCCTTACTCATAATTTTAAAA  50

seq1  AAATTAAAATTTTCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAATTTTCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACA  100

seq1  CAAAAGAATAGAAGGAGTAAGTGTTTGCTAATGACAAGAGTCATTCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAATAGAAGGAGTAAGTGTTTGCTAATGACAAGAGTCATTCTCCC  150

seq1  ATGTGCTCATGCTTGATGCGGCAGGACTGTGGCTATGAGAAACCCACTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTCATGCTTGATGCGGCAGGACTGTGGCTATGAGAAACCCACTAG  200

seq1  ATACAGAGAGACTTGCTGTCGAGTGGTGTCAGAGCAGCTGAGACACATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGAGACTTGCTGTCGAGTGGTGTCAGAGCAGCTGAGACACATGC  250

seq1  AGCCCATACCTCGTCCAAGTAAACATGGGAATCAGGATAAGGAGTAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATACCTCGTCCAAGTAAACATGGGAATCAGGATAAGGAGTAGGTG  300

seq1  CTGCTTCTCATGTGAGGCAGTCTTGACAGCCGAGTGGGAAACAAGGGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTCATGTGAGGCAGTCTTGACAGCCGAGTGGGAAACAAGGGAGC  350

seq1  CCTGGCAATGGACCCTGGTCCAACAGCTGCCCTTGTGAGTTTTGAACCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAATGGACCCTGGTCCAACAGCTGCCCTTGTGAGTTTTGAACCCA  400

seq1  GGCACCAAGGGCTCACAGTGGTAGGGGAGAGGTGGAATTCCCATGAGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAAGGGCTCACAGTGGTAGGGGAGAGGTGGAATTCCCATGAGGCC  450

seq1  ACCTGAGATGTCAGGAAACACTGCAACAACTGTTAATGAGGATACTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGATGTCAGGAAACACTGCAACAACTGTTAATGAGGATACTTTGT  500

seq1  CTCTCTCCATTGAGCAAGCAAGTCTTGTAGCAACTTCCCAACAGAGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCATTGAGCAAGCAAGTCTTGTAGCAACTTCCCAACAGAGCAGC  550

seq1  CCTCCTTAGCCCCTGCCACCACCTGGTTTGTCCAGATACTACATTAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTAGCCCCTGCCACCACCTGGTTTGTCCAGATACTACATTAAACC  600

seq1  TAATCTGTTGCTTTGGAGAAGCTGGACACACTCGACACACTTCCGAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGTTGCTTTGGAGAAGCTGGACACACTCGACACACTTCCGAATGA  650

seq1  TTATCTTTAGAG-TTTACTTCTGTCTCTCCTGGATGGTCCTGGCTACTGG  699
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTAGAGTTTTACTTCTGTCTCTCCTGGATGGTCCTGGCTACTGG  700

seq1  GTTTAC-TTACTAATGATGGAAAGAACCACGACCACACAA-TCAAATAAG  747
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTTACTTTACTAATGATGGAAAGAACCACGACCACACAATTCAAATAAG  750

seq1  TTCCAGCCATTGGTGAAGTAGTGTTGCCTCAAAGCAAAGACTTTGATGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCATTGGTGAAGTAGTGTTGCCTCAAAGCAAAGACTTTGATGAG  800

seq1  ACACTCTACGGTAAAGATGACCACGAAGACTATG-TTGAGAATATCAAAG  846
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACACTCTACGGTAAAGATGACCACGAAGACTATGTTTGAGAATATCAAAG  850

seq1  ATTTTC-TTCACTTCGTTGGGCTGGCCTTCAGA-TTCAGCCATCA-TGAT  893
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATTTTCTTTCACTTCGTTGGGCTGGCCTTCAGATTTCAGCCATCATTGAT  900

seq1  AATC-ATG-TTTGTGACAAT-AAGACCCAGAATGATGACGTCAAAGACC-  939
      |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  AATCTATGTTTTGTGACAATAAAGACCCAGAATGATGACGTCAATGACCT  950

seq1  TGGCTTGTGACCAAATCG-AACACGAAG-GCTTGACATTTGTTCTGAGGA  987
      |||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||
seq2  TGGCTTGTGA-CAAATCGAAACACGTAGTGCTTGACATTTGTTCTGA-GA  998

seq1  GGAAAAAGAAAGGAGAAAA--TTATG-TCGTT-AAGATGAC--AAAATTT  1031
      ||||||||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||||  |||||||
seq2  GGAAAAAGATAGGAGAAAAATTTATGTTCGTTAAAGATGACCAAAAATTT  1048

seq1  G-TTTTCTCTTACAATGAAGGCAATTC--GTTGAAA-TAT--ATGCA--A  1073
      | ||||||||||| |||||||||||||   |||||| |||   ||||  |
seq2  GTTTTTCTCTTAC-ATGAAGGCAATTCCGATTGAAATTATTATTGCAGTA  1097

seq1  GACCCCTTCAAA-GGACAA-GAAATTCTCAT-CGCTTCCCATTGTGGCTG  1120
        |||||||||| | |||| ||| |||  || ||||| ||||||      
seq2  TCCCCCTTCAAATGAACAAGGAAGTTCCAATCCGCTT-CCATTG------  1140

seq1  GGTAACTGTTTTATGTGCTTGGG  1143
                    |||||||||
seq2  --------------GTGCTTGGG  1149