BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297L11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 96,798,025 - 96,975,787
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667226, Spsb4, LOC100040254
Upstream geneXrn1, Gk5, Tfdp2, 1110029I05Rik, Atp1b3, BC043934, Rnf7, LOC667174, Rasa2, Zbtb38, EG622512, LOC100040230, LOC667216, Acpl2, LOC19034
Downstream geneSlc25a36, EG622727, LOC384971, Trim42, Clstn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297L11.bB6Ng01-297L11.g
ACCGA093008GA093009
length1,085860
definitionB6Ng01-297L11.b B6Ng01-297L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,798,025 - 96,799,110)(96,974,937 - 96,975,787)
sequence
gaattcctccctctgcttatttgctttgttcttttgaggcccaaatactc
aagccatgtggactatctccccctgtagctgtgctaacctaactctggtg
attgttttaaagagaagggagtagcatccatatttaacctgggagatgga
tggatcccacagagactagttccctggtagggggtggggtcattttatca
tggattcccccacaccacaataaaaaagtaactatgttactttgtcacct
tcttgactagtgacctcatcgaggtggtaacagctatgtgacttagctgc
catcctgagtgatgtcatcaagatggcataaaccatgccatctgacctcc
atcttggttagtaacatcatcaagatgaagatgaccaaatgacttcacca
cccataaaacttcctgccaaggctgagtcctcagacaatcacctccatcc
ctagaacttcctgtgccatgtccccgtcctcttccccattttttttttct
tttttctttttaccttcctggatgcctaatggaatcgtggaaatgggaga
cctagagacgactccagcatggactctcatggccaaggtcaatgcatttt
ttttttcgtcagactagggagacaataccttaccgccacagtgggttgtt
ttggttggggtttgcacgatacatttgctggctttcagagggcatttaag
gtttccccagctatgtgccgccagcactagccagctacaaaacggagcag
acactgaaggaactagacttggaaagcacctatacatttacagcagccca
gggagaaccatggaaaagcacagattccaactggcactgaagggtgattg
ccagagcaacttgaagggtgattgccagagcatggctcccacagctggaa
gcaaatgggattcagcctgcagcatggaggctggagatgaggatggactg
tggtttgtattagggcttctcttctgcctggcatctccacgcttagtttt
ctctgatgaagaagaagtttttacccttcgtgagagaccccttactccgt
gtttattgcctgcttcctccactcagttcccgggc
gaattcaatgcttttcatctgtcaaaacatccaatttgtacagcactgaa
cagtgagtctggttagagtattaaattgatgtactctatctaggtagtga
cattttcacactaacttttttgtcctaataatagatttcaagaaagttaa
tatttttttaaaccagagagcttatagagtgaccaggtgaatccatacat
agtaggggatatggattaaaaacgatggtagtggacaggcaaggtggcta
agcagatgaggtgcttgctgccaagtctgaccacctgagtggggttcaca
tggtgggaggaaaaaccaactcctccaattatcctttgagtttccttgca
gactgtgacacttgacctctcacataaaaacacattaaatagtagttgtt
taactgaattgtgctcttgtttccacctacttctttcagttgtcatgttt
taagtttccaagtttacatgttcttataggcacagaagccagatgagatc
tgtcctgttgtatagagattggtatgatttagttcatgtctcatgttaag
gggtatgggtgtgtgttttactaaatgttaaggagaggaatttggattta
tgctttctcggccttagtgtggaggtttggtctgctgctatgttgaatgc
ttaattctgtatctgttgctttcaaggtgagcgaattctcatgcccagct
tttgttgtacaaattttgttccttaattataaaactaattggttgaataa
agatgcctgtagctaagcagaagagttaggtggggcttttgggtttcact
gctttttgggggtcttgatgagaggccaagaaatagaaggaatatagtca
ctatggaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_96798025_96799110
seq2: B6Ng01-297L11.b_49_1133

seq1  GAATTCCTCCCTCTGCTTATTTGCTTTGTTCTTTTGAGGCCCAAATACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCCTCTGCTTATTTGCTTTGTTCTTTTGAGGCCCAAATACTC  50

seq1  AAGCCATGTGGACTATCTCCCCCTGTAGCTGTGCTAACCTAACTCTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATGTGGACTATCTCCCCCTGTAGCTGTGCTAACCTAACTCTGGTG  100

seq1  ATTGTTTTAAAGAGAAGGGAGTAGCATCCATATTTAACCTGGGAGATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTAAAGAGAAGGGAGTAGCATCCATATTTAACCTGGGAGATGGA  150

seq1  TGGATCCCACAGAGACTAGTTCCCTGGTAGGGGGTGGGGTCATTTTATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCACAGAGACTAGTTCCCTGGTAGGGGGTGGGGTCATTTTATCA  200

seq1  TGGATTCCCCCACACCACAATAAAAAAGTAACTATGTTACTTTGTCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCCCCACACCACAATAAAAAAGTAACTATGTTACTTTGTCACCT  250

seq1  TCTTGACTAGTGACCTCATCGAGGTGGTAACAGCTATGTGACTTAGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACTAGTGACCTCATCGAGGTGGTAACAGCTATGTGACTTAGCTGC  300

seq1  CATCCTGAGTGATGTCATCAAGATGGCATAAACCATGCCATCTGACCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGAGTGATGTCATCAAGATGGCATAAACCATGCCATCTGACCTCC  350

seq1  ATCTTGGTTAGTAACATCATCAAGATGAAGATGACCAAATGACTTCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGTTAGTAACATCATCAAGATGAAGATGACCAAATGACTTCACCA  400

seq1  CCCATAAAACTTCCTGCCAAGGCTGAGTCCTCAGACAATCACCTCCATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAAAACTTCCTGCCAAGGCTGAGTCCTCAGACAATCACCTCCATCC  450

seq1  CTAGAACTTCCTGTGCCATGTCCCCGTCCTCTTCCCCATTTTTTTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACTTCCTGTGCCATGTCCCCGTCCTCTTCCCCATTTTTTTTTTCT  500

seq1  TTTTTCTTTTTACCTTCCTGGATGCCTAATGGAATCGTGGAAATGGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTTACCTTCCTGGATGCCTAATGGAATCGTGGAAATGGGAGA  550

seq1  CCTAGAGACGACTCCAGCATGGACTCTCATGGCCAAGGTCAATGCATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGACGACTCCAGCATGGACTCTCATGGCCAAGGTCAATGCATTTT  600

seq1  TTTTTTCGTCAGACTAGGGAGACAATACCTTACCGCCACAGTGGGTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCGTCAGACTAGGGAGACAATACCTTACCGCCACAGTGGGTTGTT  650

seq1  TTGGTTGGGGTTTGCACGATACATTTGCTGGCTTTCAGAGGGCATTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGGGTTTGCACGATACATTTGCTGGCTTTCAGAGGGCATTTAAG  700

seq1  GTTTCCCCAGCTATGTGCCGCCAGCACTAGCCAGCTACAAAACGGAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCCAGCTATGTGCCGCCAGCACTAGCCAGCTACAAAACGGAGCAG  750

seq1  ACACTGAAGGAACTAGACTTGGAAAGCACCTATACATTTACAGCAGCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAAGGAACTAGACTTGGAAAGCACCTATACATTTACAGCAGCCCA  800

seq1  GGGAGAACCATGGAAAAGCACAGATTCCAACTGGCACTGAAGGGTGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAACCATGGAAAAGCACAGATTCCAACTGGCACTGAAGGGTGATTG  850

seq1  CCAGAGCAAC-TGAAGGGTGATTGCCAGAGCATGGCTCCCACAGCTGGAG  899
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAGAGCAACTTGAAGGGTGATTGCCAGAGCATGGCTCCCACAGCTGGAA  900

seq1  GCAAAGGGGATTCAGCCTGCAGCATGGGAGGCTGGAGATGAGGATGGACT  949
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGGATTCAGCCTGCAGCAT-GGAGGCTGGAGATGAGGATGGACT  949

seq1  GTGGTTTGTATTAGGGCCTTCTCTTCCTGCCTGGCATCTCCACGCTTAGT  999
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTGTATTAGGG-CTTCTCTT-CTGCCTGGCATCTCCACGCTTAGT  997

seq1  TTTCTCTGATGAAGATAGAGTTTTTACCCTTCGTGAGA-CCCCTTTACTC  1048
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||| ||||||
seq2  TTTCTCTGATGAAGAAGAAGTTTTTACCCTTCGTGAGAGACCCCTTACTC  1047

seq1  CGTGTTTATTGTCTGCTTCTTCACATCAAGTCCCGGGC  1086
      ||||||||||| ||||||| ||   |||  ||||||||
seq2  CGTGTTTATTGCCTGCTTCCTCCACTCAGTTCCCGGGC  1085

seq1: chr9_96974937_96975787
seq2: B6Ng01-297L11.g_72_930 (reverse)

seq1  ATTCCATGGTGACT-TCTTCCTTCTCTCTCTTGGCCTCTCCTC-AGACCC  48
      ||||||| |||||| | |||||||| | |||||||||||| || ||||||
seq2  ATTCCATAGTGACTATATTCCTTCTATTTCTTGGCCTCTCATCAAGACCC  50

seq1  CCAAAAGCCTGTGAAACC--AAAGCCCCACCTACCTCTTCTGCTTAGCTA  96
      ||||||  | ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAGCAGTGAAACCCAAAAGCCCCACCTAACTCTTCTGCTTAGCTA  100

seq1  CAGGCATCTTTATTCAACCAA-TAGTTTTAT-ATTAAGGAACAAAATTTG  144
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATCTTTATTCAACCAATTAGTTTTATAATTAAGGAACAAAATTTG  150

seq1  TACAACAAAAGCT-GGCATGAGAATTCGCTCACCTTG-AAGCAACAGATA  192
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACAACAAAAGCTGGGCATGAGAATTCGCTCACCTTGAAAGCAACAGATA  200

seq1  CAGAATTAAGCATTCAACATAGCAGCAGACCAAACCTCCACACTAAGGCC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTAAGCATTCAACATAGCAGCAGACCAAACCTCCACACTAAGGCC  250

seq1  GAGAAAGCATAAATCCAAATTCCTCTCCTTAACATTTAGTAAAACACACA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGCATAAATCCAAATTCCTCTCCTTAACATTTAGTAAAACACACA  300

seq1  CCCATACCCCTTAACATGAGACATGAACTAAATCATACCAATCTCTATAC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACCCCTTAACATGAGACATGAACTAAATCATACCAATCTCTATAC  350

seq1  AACAGGACAGATCTCATCTGGCTTCTGTGCCTATAAGAACATGTAAACTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGACAGATCTCATCTGGCTTCTGTGCCTATAAGAACATGTAAACTT  400

seq1  GGAAACTTAAAACATGACAACTGAAAGAAGTAGGTGGAAACAAGAGCACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTTAAAACATGACAACTGAAAGAAGTAGGTGGAAACAAGAGCACA  450

seq1  ATTCAGTTAAACAACTACTATTTAATGTGTTTTTATGTGAGAGGTCAAGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTTAAACAACTACTATTTAATGTGTTTTTATGTGAGAGGTCAAGT  500

seq1  GTCACAGTCTGCAAGGAAACTCAAAGGATAATTGGAGGAGTTGGTTTTTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTCTGCAAGGAAACTCAAAGGATAATTGGAGGAGTTGGTTTTTC  550

seq1  CTCCCACCATGTGAACCCCACTCAGGTGGTCAGACTTGGCAGCAAGCACC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACCATGTGAACCCCACTCAGGTGGTCAGACTTGGCAGCAAGCACC  600

seq1  TCATCTGCTTAGCCACCTTGCCTGTCCACTACCATCGTTTTTAATCCATA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGCTTAGCCACCTTGCCTGTCCACTACCATCGTTTTTAATCCATA  650

seq1  TCCCCTACTATGTATGGATTCACCTGGTCACTCTATAAGCTCTCTGGTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTACTATGTATGGATTCACCTGGTCACTCTATAAGCTCTCTGGTTT  700

seq1  AAAAAAATATTAACTTTCTTGAAATCTATTATTAGGACAAAAAAGTTAGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATATTAACTTTCTTGAAATCTATTATTAGGACAAAAAAGTTAGT  750

seq1  GTGAAAATGTCACTACCTAGATAGAGTACATCAATTTAATACTCTAACCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATGTCACTACCTAGATAGAGTACATCAATTTAATACTCTAACCA  800

seq1  GACTCACTGTTCAGTGCTGTACAAATTGGATGTTTTGACAGATGAAAAGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACTGTTCAGTGCTGTACAAATTGGATGTTTTGACAGATGAAAAGC  850

seq1  ATTGAATTC  851
      |||||||||
seq2  ATTGAATTC  859