BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298D02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 72,940,754 - 73,091,230
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab27a, 2410004A20Rik, BC003885, EG436081
Upstream geneTcf12, LOC665959, EG665964, LOC665970, Suhw4, LOC100041760, Mns1, LOC666007, Tex9, 4930509E16Rik, Rfxdc2, Nedd4, EG639396, Prtg, LOC100040694, Pygo1, Dyx1c1, EG546143, Ccpg1, LOC100041896, Pigb
Downstream geneUnc13c, Wdr72
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298D02.bB6Ng01-298D02.g
ACCGA093365GA093366
length6081,153
definitionB6Ng01-298D02.b B6Ng01-298D02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,940,754 - 72,941,361)(73,090,058 - 73,091,230)
sequence
gaattcacagagatcggcctgcggctgatatcgtgtggggctctgtgacc
aatccagagtctgttgttgcttttggttttgaagcaggctcctgtcagat
ggttctgcggtccaggccagcctggcactttgcatacgcaagtctcggct
tcccaagtgcgtttaacacaaactaacaagcaaacaaacaaaagcataac
acggtaagctgagaggggtggtgcacatctgcagtcggaatactggacag
gctgaagcaggaggactgtgaatttgaggctaccttgactacatagaaaa
tcccaaacccatttgagttacctagttaaatcctgtctcaaaaaccaaaa
ggttgtgggtgttgctcactcatggatccaagagggtgtttcggttgaac
aggggctatagggtgtgtgagaacctatgtaggaatgcagggccaggcat
agtgatgtacacccgaaagcctagcttgggaggtagaggcaggaggatcc
taagtttaaggacagcctcacaacacaacaaatttgaggaaagcctgggc
tacattagaccctgtctccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggagaggaag
ggagaatg
gaattctgggaattaaatccaggtcctctagaagaatgacaagtactctt
aagtgctaagccatctccctagtctcctattaaaaacatttttaatatag
ttcctaataagtatagaaattaatagaaagaccaaaacctaaggaaagga
taagacatacacatatgtccctacatttaatttttttctataaactgtga
caatggaagtgatagaaatgctaaaattggaaggtttcccagaaaattag
aaatgcaaccatttggtttcactaagacaccctctagcttagcaaaggca
ccacagcctggagaggatccctcccttctagaaagtggatcatttctctg
cagcctttccaggcttaaactcagataatggcttgaaagaaaattctacc
catctccttatcccccaatggaaacaactcaagtacatgatgcttagcct
ggaatgctggtaacttcccactggcaaactggcttttcccacagcatctc
attgttcaaataaggtgtgtccctgtctaataaactagatcacatttagt
ttggctgcagggcacatccttatggacaagcatatttaataattaccata
ccctgctctctagcacacacggtctggctgctggctgctgagttccccag
ctctgaccccattaaggtcttttctcctgactgaatcagttaccacacgc
aagaacactccctgtcagctacactccaatgcacagaagcctctagacat
gcctcttcccttttgcccacctctcactgaaactggttcactgcaccatg
tggaattctgtcatcggccacctcccctctgcttctatctccctaaacac
tcctctgatctggccaacacagagtcattctcacatcagagccacggagc
tctttaaggcaagtctgtcatttctatcctgggttttaaggatttcttgc
tgagggttgtatagtagtgttggcatagctgtgttccatattgatcctag
atgctgtcagggctgctgtatccatattaagagtctctaatctggttcct
gagagctaatccagtcttccatgcaacttctttacaatccacaccctact
acaggctaggataatctacatttagcagtttctacaattttaaaaatcca
tgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_72940754_72941361
seq2: B6Ng01-298D02.b_47_654

seq1  GAATTCACAGAGATCGGCCTGCGGCTGATATCGTGTGGGGCTCTGTGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGATCGGCCTGCGGCTGATATCGTGTGGGGCTCTGTGACC  50

seq1  AATCCAGAGTCTGTTGTTGCTTTTGGTTTTGAAGCAGGCTCCTGTCAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGAGTCTGTTGTTGCTTTTGGTTTTGAAGCAGGCTCCTGTCAGAT  100

seq1  GGTTCTGCGGTCCAGGCCAGCCTGGCACTTTGCATACGCAAGTCTCGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGCGGTCCAGGCCAGCCTGGCACTTTGCATACGCAAGTCTCGGCT  150

seq1  TCCCAAGTGCGTTTAACACAAACTAACAAGCAAACAAACAAAAGCATAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTGCGTTTAACACAAACTAACAAGCAAACAAACAAAAGCATAAC  200

seq1  ACGGTAAGCTGAGAGGGGTGGTGCACATCTGCAGTCGGAATACTGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTAAGCTGAGAGGGGTGGTGCACATCTGCAGTCGGAATACTGGACAG  250

seq1  GCTGAAGCAGGAGGACTGTGAATTTGAGGCTACCTTGACTACATAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGCAGGAGGACTGTGAATTTGAGGCTACCTTGACTACATAGAAAA  300

seq1  TCCCAAACCCATTTGAGTTACCTAGTTAAATCCTGTCTCAAAAACCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAACCCATTTGAGTTACCTAGTTAAATCCTGTCTCAAAAACCAAAA  350

seq1  GGTTGTGGGTGTTGCTCACTCATGGATCCAAGAGGGTGTTTCGGTTGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGGGTGTTGCTCACTCATGGATCCAAGAGGGTGTTTCGGTTGAAC  400

seq1  AGGGGCTATAGGGTGTGTGAGAACCTATGTAGGAATGCAGGGCCAGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTATAGGGTGTGTGAGAACCTATGTAGGAATGCAGGGCCAGGCAT  450

seq1  AGTGATGTACACCCGAAAGCCTAGCTTGGGAGGTAGAGGCAGGAGGATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGTACACCCGAAAGCCTAGCTTGGGAGGTAGAGGCAGGAGGATCC  500

seq1  TAAGTTTAAGGACAGCCTCACAACACAACAAATTTGAGGAAAGCCTGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTAAGGACAGCCTCACAACACAACAAATTTGAGGAAAGCCTGGGC  550

seq1  TACATTAGACCCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGAGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTAGACCCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGAGGAAG  600

seq1  GGAGAATG  608
      ||||||||
seq2  GGAGAATG  608

seq1: chr9_73090058_73091230
seq2: B6Ng01-298D02.g_68_1220 (reverse)

seq1  ACAT-GATTTTTAAAATTTTGGTAGAAATGGTAAAAAGGGTTAGATTTAA  49
      |||| |||||||||||||   |||||||  |  ||| |   ||||||  |
seq2  ACATGGATTTTTAAAATT---GTAGAAACTGCTAAATG---TAGATT--A  42

seq1  CCTTAGACTGTAGTAGGGTGTTTGATTGTAAAAGAGTTGGCATGGAAAGG  99
       | ||| ||||||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||  |
seq2  TCCTAGCCTGTAGTAGGGTG-TGGATTGTAAAGAAGTT-GCATGGAA--G  88

seq1  ACTGGGGATTAGCTCTCAGGGACCAGATTTAGAGACCTTCTTTAATTATG  149
      |||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||  | ||||
seq2  ACT--GGATTAGCTCTCAGGAACCAGA-TTAGAGAC--TCTT--AATATG  131

seq1  GATTACAGCAGCCCTTGACAGCATCCTAGGGATCAATATGGAACACAGCT  199
      || ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  GA-TACAGCAGCCC-TGACAGCAT-CTA-GGATCAATATGGAACACAGCT  177

seq1  ATGCCAACACTACTATACAACCCTCAGCAAGAAATCCTTAAAA-CCAGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGCCAACACTACTATACAACCCTCAGCAAGAAATCCTTAAAACCCAGGA  227

seq1  TAGAAATGACAGACTTGCCTTAAAGAGCT-CGTGGCTCTGATGTGAGAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATGACAGACTTGCCTTAAAGAGCTCCGTGGCTCTGATGTGAGAAT  277

seq1  GACTCTGTGTTGGCCAGATCAGAGGAGTGTTTAGGGAGATAGAAGCAGAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTGTTGGCCAGATCAGAGGAGTGTTTAGGGAGATAGAAGCAGAG  327

seq1  GGGAGGTGGCCGATGACAGAATTCCACATGGTGCAGTGAACCAGTTTCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGGCCGATGACAGAATTCCACATGGTGCAGTGAACCAGTTTCAG  377

seq1  TGAGAGGTGGGCAAAAGGGAAGAGGCATGTCTAGAGGCTTCTGTGCATTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGTGGGCAAAAGGGAAGAGGCATGTCTAGAGGCTTCTGTGCATTG  427

seq1  GAGTGTAGCTGACAGGGAGTGTTCTTGCGTGTGGTAACTGATTCAGTCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTAGCTGACAGGGAGTGTTCTTGCGTGTGGTAACTGATTCAGTCAG  477

seq1  GAGAAAAGACCTTAATGGGGTCAGAGCTGGGGAACTCAGCAGCCAGCAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGACCTTAATGGGGTCAGAGCTGGGGAACTCAGCAGCCAGCAGC  527

seq1  CAGACCGTGTGTGCTAGAGAGCAGGGTATGGTAATTATTAAATATGCTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCGTGTGTGCTAGAGAGCAGGGTATGGTAATTATTAAATATGCTTG  577

seq1  TCCATAAGGATGTGCCCTGCAGCCAAACTAAATGTGATCTAGTTTATTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAGGATGTGCCCTGCAGCCAAACTAAATGTGATCTAGTTTATTAG  627

seq1  ACAGGGACACACCTTATTTGAACAATGAGATGCTGTGGGAAAAGCCAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGACACACCTTATTTGAACAATGAGATGCTGTGGGAAAAGCCAGTT  677

seq1  TGCCAGTGGGAAGTTACCAGCATTCCAGGCTAAGCATCATGTACTTGAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTGGGAAGTTACCAGCATTCCAGGCTAAGCATCATGTACTTGAGT  727

seq1  TGTTTCCATTGGGGGATAAGGAGATGGGTAGAATTTTCTTTCAAGCCATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCATTGGGGGATAAGGAGATGGGTAGAATTTTCTTTCAAGCCATT  777

seq1  ATCTGAGTTTAAGCCTGGAAAGGCTGCAGAGAAATGATCCACTTTCTAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGTTTAAGCCTGGAAAGGCTGCAGAGAAATGATCCACTTTCTAGA  827

seq1  AGGGAGGGATCCTCTCCAGGCTGTGGTGCCTTTGCTAAGCTAGAGGGTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGATCCTCTCCAGGCTGTGGTGCCTTTGCTAAGCTAGAGGGTGT  877

seq1  CTTAGTGAAACCAAATGGTTGCATTTCTAATTTTCTGGGAAACCTTCCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGAAACCAAATGGTTGCATTTCTAATTTTCTGGGAAACCTTCCAA  927

seq1  TTTTAGCATTTCTATCACTTCCATTGTCACAGTTTATAGAAAAAAATTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCATTTCTATCACTTCCATTGTCACAGTTTATAGAAAAAAATTAA  977

seq1  ATGTAGGGACATATGTGTATGTCTTATCCTTTCCTTAGGTTTTGGTCTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGGACATATGTGTATGTCTTATCCTTTCCTTAGGTTTTGGTCTTT  1027

seq1  CTATTAATTTCTATACTTATTAGGAACTATATTAAAAATGTTTTTAATAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATTTCTATACTTATTAGGAACTATATTAAAAATGTTTTTAATAG  1077

seq1  GAGACTAGGGAGATGGCTTAGCACTTAAGAGTACTTGTCATTCTTCTAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTAGGGAGATGGCTTAGCACTTAAGAGTACTTGTCATTCTTCTAGA  1127

seq1  GGACCTGGATTTAATTCCCAGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGATTTAATTCCCAGAATTC  1153