BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303G24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 16,840,073 - 16,995,990
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040074
Upstream geneFat3, EG434373
Downstream geneLOC100040090, LOC244710, LOC100040508, EG665548, LOC665554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303G24.bB6Ng01-303G24.g
ACCGA097238GA097239
length1,1591,126
definitionB6Ng01-303G24.b B6Ng01-303G24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,840,073 - 16,841,239)(16,994,841 - 16,995,990)
sequence
gaattcataactattgaattttaatatttgtttttagcttagaatggcaa
ctagaaatactaatgatatgcactgaatcctgatcagcctgtctgtaaaa
tataaggtaaaataatactgaggtaacaactcatctccagctctgacaaa
actaaattatcagatatttaagtcttattcctcttctagctccaacaagc
tcagtaatggttctattcaccacttccacagagacaaagggtggtggaac
agatactacctcagacattcccagtagcagttcaaggaactgaagaccat
ctgttccaggtcacatctcattgcaggtcttatgaccttatataactctt
ggagtgtgtagagggctctagtctcaaatgaaagaagaaaagcactaaat
gaggctcctgagaaattcataaagccctgtatttctgcagagttggctct
ggctctctagtcttgggaaacaggcttttactaacaggagaacattaaag
catcagttcacttcttcatctgatgatataaacttgaaatttattaaaaa
taagttaattcagagcaactgattaaatttttatttctaaataataggta
aggattagttaaggaagacaaaattccccctgctttactgagacagtgtc
tcattgaggctgaatgtgtcagtgtaaccagctcacatgcatagattgat
ggtatcctttggttgtattagtacctcctacccccattttggcaatggct
acattaaatggcacaagattcagaagtagcaacaaagattctggaagtga
atcatggtaaagatggctttccttgttcttgaggtgggtgctctacaagt
gtgaatgaagagcaaggcaaatgtgcattgaattagaaacctcatgtctg
ggaatgagatgggagagcctcattaagtagatgaatgccatcaagcaaat
ttatatatgaatatttgaggtagaatatcatgttccaaatatgacatgtc
tttaaatggtcagaaatttcttagagttatgcaacacctgtagagggagt
cagagatacagatggagaatacagaaatggatcgaaacatggtggtcata
tgtctcagaatcatcttgaaccttggaatgtaagttcacaagaatgtact
ggaatttaa

gaattcacctgactcctctataactaatgtgttaaataaagacatgtttt
gatgggttttaggatgatgtgttcctcaacttaaataatgaccgaaacaa
caaaaattcatgtgcttacaaattgtttaagaatgaatatatttaaataa
ttgtactatttacatcctttgatagatagagatagatagatagatagata
gatagatagatagatagatagatactgtccttgaatcatctctttattcc
ctctcctagagacatctttctcctttctacatgtgctttcccagatttgt
ctcttttgaatttgttatccatttagttttactatgatactccgtgtggt
catttaccttaatgaaccatagtgattccagtggagtcctgtgtattcat
cagtgggcacacagcaaaaggaaacgtgtctccactcctctgaaactatc
agtaagtagcaaatatctcagcagtgatgagcaaactaccctggcccctc
caagtttgcctgttgattggcccattcttgtgtagacagtagatcatgct
cagttgttaacattcgccaattgtggtgactgtgtagtgcacaaatggtg
gcattttgtagtcatgctccctatcttccaacttacttttgtcttcccct
ctctactgtatgctctacatcctggaggagatggtatagatgccctttag
gattaagcactcagctatcactgagtaatatcagtgtggtagtacttgtc
taacacttaccacacagtaacttattctgaatttttgtttgtttgattct
ttctcttttatttttcaagattctctgtgtgattctggctcctggaactt
actatgtagaccatgctggcctcaaactcagcaatagattcacctgcttc
tacaccctaagtgcagggattaagggctatatcacctccaattcacctca
tgtattttaaagtctccctttgatatcagtgaaagactgaccatgtccat
catctactggaccaagattgacatctggagatgatttactgaccttgctt
tattgtttgatttatacgttacaaaaatctctcagttttaaatgtacgtc
attgttttttcccatcctgacatgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_16840073_16841239
seq2: B6Ng01-303G24.b_45_1203

seq1  GAATTCATAACTATTGAATTTTAATATTTGTTTTTAGCTTAGAATGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACTATTGAATTTTAATATTTGTTTTTAGCTTAGAATGGCAA  50

seq1  CTAGAAATACTAATGATATGCACTGAATCCTGATCAGCCTGTCTGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATACTAATGATATGCACTGAATCCTGATCAGCCTGTCTGTAAAA  100

seq1  TATAAGGTAAAATAATACTGAGGTAACAACTCATCTCCAGCTCTGACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGTAAAATAATACTGAGGTAACAACTCATCTCCAGCTCTGACAAA  150

seq1  ACTAAATTATCAGATATTTAAGTCTTATTCCTCTTCTAGCTCCAACAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATTATCAGATATTTAAGTCTTATTCCTCTTCTAGCTCCAACAAGC  200

seq1  TCAGTAATGGTTCTATTCACCACTTCCACAGAGACAAAGGGTGGTGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAATGGTTCTATTCACCACTTCCACAGAGACAAAGGGTGGTGGAAC  250

seq1  AGATACTACCTCAGACATTCCCAGTAGCAGTTCAAGGAACTGAAGACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTACCTCAGACATTCCCAGTAGCAGTTCAAGGAACTGAAGACCAT  300

seq1  CTGTTCCAGGTCACATCTCATTGCAGGTCTTATGACCTTATATAACTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCAGGTCACATCTCATTGCAGGTCTTATGACCTTATATAACTCTT  350

seq1  GGAGTGTGTAGAGGGCTCTAGTCTCAAATGAAAGAAGAAAAGCACTAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTGTAGAGGGCTCTAGTCTCAAATGAAAGAAGAAAAGCACTAAAT  400

seq1  GAGGCTCCTGAGAAATTCATAAAGCCCTGTATTTCTGCAGAGTTGGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCTGAGAAATTCATAAAGCCCTGTATTTCTGCAGAGTTGGCTCT  450

seq1  GGCTCTCTAGTCTTGGGAAACAGGCTTTTACTAACAGGAGAACATTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCTAGTCTTGGGAAACAGGCTTTTACTAACAGGAGAACATTAAAG  500

seq1  CATCAGTTCACTTCTTCATCTGATGATATAAACTTGAAATTTATTAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTTCACTTCTTCATCTGATGATATAAACTTGAAATTTATTAAAAA  550

seq1  TAAGTTAATTCAGAGCAACTGATTAAATTTTTATTTCTAAATAATAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTAATTCAGAGCAACTGATTAAATTTTTATTTCTAAATAATAGGTA  600

seq1  AGGATTAGTTAAGGAAGACAAAATTCCCCCTGCTTTACTGAGACAGTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAGTTAAGGAAGACAAAATTCCCCCTGCTTTACTGAGACAGTGTC  650

seq1  TCATTGAGGCTGAATGTGTCAGTGTAACCAGCTCACATGCATAGATTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAGGCTGAATGTGTCAGTGTAACCAGCTCACATGCATAGATTGAT  700

seq1  GGTATCCTTTGGTTGTATTAGTACCTCCTACCCCCATTTTGGCAATGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCCTTTGGTTGTATTAGTACCTCCTACCCCCATTTTGGCAATGGCT  750

seq1  ACATTAAATGGCACAAGATTCAGAAGTAGCAACAAAGATTCTGGAAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAATGGCACAAGATTCAGAAGTAGCAACAAAGATTCTGGAAGTGA  800

seq1  ATCATGGTAAAGATGGCTTTCCTTGTTCTTGAGGTGGGTGCTCTACAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGTAAAGATGGCTTTCCTTGTTCTTGAGGTGGGTGCTCTACAAGT  850

seq1  GTGAATGAAGAGCAAGGCAAATGTGCATTGAATTAGAAACCTCATGTCT-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGAATGAAGAGCAAGGCAAATGTGCATTGAATTAGAAACCTCATGTCTG  900

seq1  GGAATGAGATGGGGAGAGCCTCATTAAGTAGATGAATGCCATCAAGCAAA  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGAT-GGGAGAGCCTCATTAAGTAGATGAATGCCATCAAGCAAA  949

seq1  TTTATATATGAATATTTTGAGGTAGAATATCATGTTCCAAATATTGACAT  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTATATATGAATA-TTTGAGGTAGAATATCATGTTCCAAATA-TGACAT  997

seq1  GGTCTTTAAATGGTTCAGGAAATTTCTTAGAAGTATGC-ACA-CTGTAGA  1047
       |||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||| ||| |||||||
seq2  -GTCTTTAAATGG-TCA-GAAATTTCTTAGAGTTATGCAACACCTGTAGA  1044

seq1  GGGAGTCAGGAGAATACAGATTGAGAATAACAAGAAATTGATCAGAACAT  1097
      |||||||| ||| |||||||| |||||||   |||||| ||||  |||||
seq2  GGGAGTCA-GAG-ATACAGATGGAGAATA--CAGAAATGGATCGAAACAT  1090

seq1  TGTGGTCATATGTCTCAGAAATCATC-TGAGCTTTTGAGATGTAGTTACA  1146
       ||||||||||||||||| ||||||| ||| | || || |||||  | ||
seq2  GGTGGTCATATGTCTCAG-AATCATCTTGAACCTTGGA-ATGTAAGTTCA  1138

seq1  ACAAAGAATGTACTG--ATTTAA  1167
         ||||||||||||  ||||||
seq2  --CAAGAATGTACTGGAATTTAA  1159


seq1: chr9_16994841_16995990
seq2: B6Ng01-303G24.g_68_1193 (reverse)

seq1  GTCATTGTCAGGAATGGAGAAAAAAAAAACAAATGAAAGTACATTTTAAA  50
      |||| ||||||||  ||      ||||||| |||| | ||||||||    
seq2  GTCA-TGTCAGGATGGG------AAAAAAC-AATG-ACGTACATTT----  37

seq1  AAAACATGAGA-ATTTTTGTAACGTATTAAAAACCAAAC-ATTAAGCAAG  98
      ||||| ||||| |||||||||||||||   ||| ||||| || |||||||
seq2  AAAAC-TGAGAGATTTTTGTAACGTAT---AAATCAAACAATAAAGCAAG  83

seq1  TTCAGTAAAATTCATCTCAAGATGTCAATCTGTGGGTCCAGTAGATGATG  148
       ||||||||  ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||
seq2  GTCAGTAAA--TCATCTCCAGATGTCAATC--TTGGTCCAGTAGATGATG  129

seq1  GACATGGTCAGTCTTTCACTGATTATTCAAAGGGAGACTTTTAAAATACA  198
      |||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||
seq2  GACATGGTCAGTCTTTCACTGAT--ATCAAAGGGAGAC-TTTAAAATACA  176

seq1  TGA-GTGAATTGGAGGTGATATAGCCCTTAATCCCTGCACTTAGGTTGTA  247
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGGTGAATTGGAGGTGATATAGCCCTTAATCCCTGCACTTAGGGTGTA  226

seq1  GAAGCAGGTGAATCTA-TGCTGAGTTTGAGGCCAGCATGGTCTACATAGT  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGGTGAATCTATTGCTGAGTTTGAGGCCAGCATGGTCTACATAGT  276

seq1  AAGTTCCAGGAGCCAGAATCACACAGAGAATCTTGAAAAATAAAAGAGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCAGGAGCCAGAATCACACAGAGAATCTTGAAAAATAAAAGAGAA  326

seq1  AGAATCAAACAAACAAAAATTCAGAATAAGTTACTGTGTGGTAAGTGTTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCAAACAAACAAAAATTCAGAATAAGTTACTGTGTGGTAAGTGTTA  376

seq1  GACAAGTACTACCACACTGATATTACTCAGTGATAGCTGAGTGCTTAATC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTACTACCACACTGATATTACTCAGTGATAGCTGAGTGCTTAATC  426

seq1  CTAAAGGGCATCTATACCATCTCCTCCAGGATGTAGAGCATACAGTAGAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGGCATCTATACCATCTCCTCCAGGATGTAGAGCATACAGTAGAG  476

seq1  AGGGGAAGACAAAAGTAAGTTGGAAGATAGGGAGCATGACTACAAAATGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAGACAAAAGTAAGTTGGAAGATAGGGAGCATGACTACAAAATGC  526

seq1  CACCATTTGTGCACTACACAGTCACCACAATTGGCGAATGTTAACAACTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTTGTGCACTACACAGTCACCACAATTGGCGAATGTTAACAACTG  576

seq1  AGCATGATCTACTGTCTACACAAGAATGGGCCAATCAACAGGCAAACTTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATCTACTGTCTACACAAGAATGGGCCAATCAACAGGCAAACTTG  626

seq1  GAGGGGCCAGGGTAGTTTGCTCATCACTGCTGAGATATTTGCTACTTACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCCAGGGTAGTTTGCTCATCACTGCTGAGATATTTGCTACTTACT  676

seq1  GATAGTTTCAGAGGAGTGGAGACACGTTTCCTTTTGCTGTGTGCCCACTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTCAGAGGAGTGGAGACACGTTTCCTTTTGCTGTGTGCCCACTG  726

seq1  ATGAATACACAGGACTCCACTGGAATCACTATGGTTCATTAAGGTAAATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATACACAGGACTCCACTGGAATCACTATGGTTCATTAAGGTAAATG  776

seq1  ACCACACGGAGTATCATAGTAAAACTAAATGGATAACAAATTCAAAAGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACGGAGTATCATAGTAAAACTAAATGGATAACAAATTCAAAAGAG  826

seq1  ACAAATCTGGGAAAGCACATGTAGAAAGGAGAAAGATGTCTCTAGGAGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCTGGGAAAGCACATGTAGAAAGGAGAAAGATGTCTCTAGGAGAG  876

seq1  GGAATAAAGAGATGATTCAAGGACAGTATCTATCTATCTATCTATCTATC  946
      ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAAGAGATGATTCAAGGACAG----TATCTATCTATCTATCTATC  922

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTCTATCTATCAAAGGATGTAAATAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTCTATCTATCAAAGGATGTAAATAGT  972

seq1  ACAATTATTTAAATATATTCATTCTTAAACAATTTGTAAGCACATGAATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATTTAAATATATTCATTCTTAAACAATTTGTAAGCACATGAATT  1022

seq1  TTTGTTGTTTCGGTCATTATTTAAGTTGAGGAACACATCATCCTAAAACC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTTCGGTCATTATTTAAGTTGAGGAACACATCATCCTAAAACC  1072

seq1  CATCAAAACATGTCTTTATTTAACACATTAGTTATAGAGGAGTCAGGTGA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAACATGTCTTTATTTAACACATTAGTTATAGAGGAGTCAGGTGA  1122

seq1  ATTC  1150
      ||||
seq2  ATTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |