BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304L01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,627,804 - 116,706,527
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneLOC665840
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304L01.bB6Ng01-304L01.g
ACCGA098181GA098182
length1,0831,142
definitionB6Ng01-304L01.b B6Ng01-304L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,705,446 - 116,706,527)(116,627,804 - 116,628,926)
sequence
gaattctcatatttagtattgacagtgctttcaagattatttttatgtat
tcgatacataataggtttgtaggaaagaagtagaattatgctgtttaata
ccactaagcaacaagataacttcatggtcactggtgtctgcagttctgga
tggcttggcaaatgactcagcccagcctttcttagccctctgtggatcat
actaaacttagcaatggtaaacacgtaattggtagccgatttaaaatagg
aaaaaaagacaagggtaatacaattgtaaactggatattatgttagatag
aaacatgggtttatctagaagggatcagaggggaaaggaaaagcagaatc
ctgtgcctcatacccataccctctgtcatctacacttagttacaggtgac
aatggccatttccaagtcctctaacagatctcaccaccacgtaaacacat
ttgtttctctacttcaccaactcagaataaagttgaccagggcttgctca
accaactcaggccttatacaaactctggagaactgtcaccccctgggata
gccctacactattggagttgacaggagaacctcactcctacttagcaagg
actgtggcattaaaccgtatccccaaccttattttaccttttcagtttga
gacaacatcccacgaagttgcccggattaactttgaatttactctgtagc
tccggctgcccttggatttatgcaacttaatgataattgattcatttcaa
cggacaattccaggaaacagtccatcatgaatgggaagtcattcaaggtg
gcagtagtttgaagcagctgctcatatcacatccacagtcaggaagcaga
gtgattcatgctgctgctccgctcacttttctgcttacacagtccaggat
cccaaccagggaatggtgccacccatagtggacatgccttcccaccccca
ttaatactcagataatcccccataggcatacccaggggcccttattccag
ggccatttctagattctgctgcacacactaaccatcataaattactacta
ccgctcttcactctatcctcagccttcctgttg

gaattcaaactactggggttggtttctggtttgtgttatgggatgctagg
gatcaaagccaagtttctagcacagaagagccatgttctaccacctgacc
acacgagctacatctccagctcccttgatgccgattttcaagttcgttgt
tcttctcaacagaatgccattctcttctctacacatgaaggcattaaaac
ctgtctgactctggacatttggtttcccgtgagatctaagtgtgtatggg
ggttggagtcatatcagtatcctgtatacccacgactgtgcatgttcttc
acgtgtatttgaggaggacattatgtgtcctgctctaccccttgaacagg
gtctctcatgaccctagagtcaggtggtcagccagcaatcctagctccaa
atgcccccaaacctgactgtgggaattacagacttatatggctatgacca
ccatttttcatacgttctggggatccaaactcaggtcccacgcttccaca
gcaaatactcttaaccactgaatcatctccctgactggggacttgattct
ttgcgtggctccaaacaactgctttgccaccttcgtagggaggaccgtca
tccagttcctgagccgttctcaggactcacctctccttctctgggccatg
gcctcccgttctgggtgtgcttgctctgaccctgtctcttcttctgtcct
ccgtcagcaaacttgcacagcaaaggctcactgggggctggaaaggtaag
atagtaaaagtgtattagcaaatggccaagagaacacctagtcattccag
gtggcttcacagtgcgtcttggttatggatgctttcggaagtaacttctg
ggttctcaccctcttttctctgagcttcactgattggtgtttcttatcac
tgctgggcctccggaagcacgggtgggaccttgagagattgtttacatac
gctcctagaaaacctggtttgtatagaacgagcacctgttcttcaagaca
ggagttcttccccatgcattgagaacatacgtcattctcccagcacccgc
agttgctattgccctctctcagggttgcctgtactatccaccaatgaaac
ctacagaaattccaatttttggaaatcctttttagaagccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116705446_116706527
seq2: B6Ng01-304L01.b_44_1126 (reverse)

seq1  CAACAGGAAAGCTGA-GATAGAGTGGAAGAGCGGTAGTAGTAATTTATGA  49
      ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGAAGGCTGAGGATAGAGT-GAAGAGCGGTAGTAGTAATTTATGA  49

seq1  TGGTTAGTGTTGTGCAGCAGAATCTAG-AATGG-CCTGGGATAAGGGCCC  97
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
seq2  TGGTTAGTG-TGTGCAGCAGAATCTAGAAATGGCCCTGGAATAAGGGCCC  98

seq1  CTGGGTATGCCTATGGGGGATTATCTGAGTATTAATGGGGGTGGGAAGGC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTATGCCTATGGGGGATTATCTGAGTATTAATGGGGGTGGGAAGGC  148

seq1  ATGTCCACTATGGGTGGCACCATTCCCTGGTTGGGATCCTGGACTGTGTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACTATGGGTGGCACCATTCCCTGGTTGGGATCCTGGACTGTGTA  198

seq1  AGCAGAAAAGTGAGCGGAGCAGCAGCATGAATCACTCTGCTTCCTGACTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAAAGTGAGCGGAGCAGCAGCATGAATCACTCTGCTTCCTGACTG  248

seq1  TGGATGTGATATGAGCAGCTGCTTCAAACTACTGCCACCTTGAATGACTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTGATATGAGCAGCTGCTTCAAACTACTGCCACCTTGAATGACTT  298

seq1  CCCATTCATGATGGACTGTTTCCTGGAATTGTCCGTTGAAATGAATCAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCATGATGGACTGTTTCCTGGAATTGTCCGTTGAAATGAATCAAT  348

seq1  TATCATTAAGTTGCATAAATCCAAGGGCAGCCGGAGCTACAGAGTAAATT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTAAGTTGCATAAATCCAAGGGCAGCCGGAGCTACAGAGTAAATT  398

seq1  CAAAGTTAATCCGGGCAACTTCGTGGGATGTTGTCTCAAACTGAAAAGGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTAATCCGGGCAACTTCGTGGGATGTTGTCTCAAACTGAAAAGGT  448

seq1  AAAATAAGGTTGGGGATACGGTTTAATGCCACAGTCCTTGCTAAGTAGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGGTTGGGGATACGGTTTAATGCCACAGTCCTTGCTAAGTAGGA  498

seq1  GTGAGGTTCTCCTGTCAACTCCAATAGTGTAGGGCTATCCCAGGGGGTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTTCTCCTGTCAACTCCAATAGTGTAGGGCTATCCCAGGGGGTGA  548

seq1  CAGTTCTCCAGAGTTTGTATAAGGCCTGAGTTGGTTGAGCAAGCCCTGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTCCAGAGTTTGTATAAGGCCTGAGTTGGTTGAGCAAGCCCTGGT  598

seq1  CAACTTTATTCTGAGTTGGTGAAGTAGAGAAACAAATGTGTTTACGTGGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTATTCTGAGTTGGTGAAGTAGAGAAACAAATGTGTTTACGTGGT  648

seq1  GGTGAGATCTGTTAGAGGACTTGGAAATGGCCATTGTCACCTGTAACTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATCTGTTAGAGGACTTGGAAATGGCCATTGTCACCTGTAACTAA  698

seq1  GTGTAGATGACAGAGGGTATGGGTATGAGGCACAGGATTCTGCTTTTCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGATGACAGAGGGTATGGGTATGAGGCACAGGATTCTGCTTTTCCT  748

seq1  TTCCCCTCTGATCCCTTCTAGATAAACCCATGTTTCTATCTAACATAATA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTCTGATCCCTTCTAGATAAACCCATGTTTCTATCTAACATAATA  798

seq1  TCCAGTTTACAATTGTATTACCCTTGTCTTTTTTTCCTATTTTAAATCGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTTACAATTGTATTACCCTTGTCTTTTTTTCCTATTTTAAATCGG  848

seq1  CTACCAATTACGTGTTTACCATTGCTAAGTTTAGTATGATCCACAGAGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAATTACGTGTTTACCATTGCTAAGTTTAGTATGATCCACAGAGGG  898

seq1  CTAAGAAAGGCTGGGCTGAGTCATTTGCCAAGCCATCCAGAACTGCAGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAAGGCTGGGCTGAGTCATTTGCCAAGCCATCCAGAACTGCAGAC  948

seq1  ACCAGTGACCATGAAGTTATCTTGTTGCTTAGTGGTATTAAACAGCATAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGACCATGAAGTTATCTTGTTGCTTAGTGGTATTAAACAGCATAA  998

seq1  TTCTACTTCTTTCCTACAAACCTATTATGTATCGAATACATAAAAATAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTTCTTTCCTACAAACCTATTATGTATCGAATACATAAAAATAAT  1048

seq1  CTTGAAAGCACTGTCAATACTAAATATGAGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGCACTGTCAATACTAAATATGAGAATTC  1083


seq1: chr9_116627804_116628926
seq2: B6Ng01-304L01.g_70_1211

seq1  GAATTCAAACTACTGGGGTTGGTTTCTGGTTTGTGTTATGGGATGCTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTACTGGGGTTGGTTTCTGGTTTGTGTTATGGGATGCTAGG  50

seq1  GATCAAAGCCAAGTTTCTAGCACAGAAGAGCCATGTTCTACCACCTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAGCCAAGTTTCTAGCACAGAAGAGCCATGTTCTACCACCTGACC  100

seq1  ACACGAGCTACATCTCCAGCTCCCTTGATGCCGATTTTCAAGTTCGTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAGCTACATCTCCAGCTCCCTTGATGCCGATTTTCAAGTTCGTTGT  150

seq1  TCTTCTCAACAGAATGCCATTCTCTTCTCTACACATGAAGGCATTAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCAACAGAATGCCATTCTCTTCTCTACACATGAAGGCATTAAAAC  200

seq1  CTGTCTGACTCTGGACATTTGGTTTCCCGTGAGATCTAAGTGTGTATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGACTCTGGACATTTGGTTTCCCGTGAGATCTAAGTGTGTATGGG  250

seq1  GGTTGGAGTCATATCAGTATCCTGTATACCCACGACTGTGCATGTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAGTCATATCAGTATCCTGTATACCCACGACTGTGCATGTTCTTC  300

seq1  ACGTGTATTTGAGGAGGACATTATGTGTCCTGCTCTACCCCTTGAACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTATTTGAGGAGGACATTATGTGTCCTGCTCTACCCCTTGAACAGG  350

seq1  GTCTCTCATGACCCTAGAGTCAGGTGGTCAGCCAGCAATCCTAGCTCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCATGACCCTAGAGTCAGGTGGTCAGCCAGCAATCCTAGCTCCAA  400

seq1  ATGCCCCCAAACCTGACTGTGGGAATTACAGACTTATATGGCTATGACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCAAACCTGACTGTGGGAATTACAGACTTATATGGCTATGACCA  450

seq1  CCATTTTTCATACGTTCTGGGGATCCAAACTCAGGTCCCACGCTTCCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTTCATACGTTCTGGGGATCCAAACTCAGGTCCCACGCTTCCACA  500

seq1  GCAAATACTCTTAACCACTGAATCATCTCCCTGACTGGGGACTTGATTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATACTCTTAACCACTGAATCATCTCCCTGACTGGGGACTTGATTCT  550

seq1  TTGCGTGGCTCCAAACAACTGCTTTGCCACCTTCGTAGGGAGGACCGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGGCTCCAAACAACTGCTTTGCCACCTTCGTAGGGAGGACCGTCA  600

seq1  TCCAGTTCCTGAGCCGTTCTCAGGACTCACCTCTCCTTCTCTGGGCCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCCTGAGCCGTTCTCAGGACTCACCTCTCCTTCTCTGGGCCATG  650

seq1  GCCTCCCGTTCTGGGTGTGCTTGCTCTGACCCTGTCTCTTCTTCTGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCGTTCTGGGTGTGCTTGCTCTGACCCTGTCTCTTCTTCTGTCCT  700

seq1  CCGTCAGCAAACTTGCACAGCAAAGGCTCACTGGGGGCTGGAAAGGTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCAGCAAACTTGCACAGCAAAGGCTCACTGGGGGCTGGAAAGGTAAG  750

seq1  ATAGTAAAAGTGTATTAGCAAATGGCCAAGAGAACACCTAGTCATTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAAAAGTGTATTAGCAAATGGCCAAGAGAACACCTAGTCATTCCAG  800

seq1  GTGGCTTCACAGTGCGTCTTGGTTATGGATGCTTTCGGAAGTAACTTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTCACAGTGCGTCTTGGTTATGGATGCTTTCGGAAGTAACTTCTG  850

seq1  GGTTCTCACCCTCTTTCCTCTGAGCTTCACTGATTGGTG-TTCTTATCAC  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTTCTCACCCTCTTTTCTCTGAGCTTCACTGATTGGTGTTTCTTATCAC  900

seq1  TGCTGGGCCTCCGGAAAGCACGGGT-GGACCTTGAGAGATTG-TTACATA  947
      |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTGGGCCTCCGG-AAGCACGGGTGGGACCTTGAGAGATTGTTTACATA  949

seq1  CGCTCCTAGAAAA-CTGG-TTGTAGTAGAACGAGCACCTG-TCTCCAAGA  994
      ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||
seq2  CGCTCCTAGAAAACCTGGTTTGTA-TAGAACGAGCACCTGTTCTTCAAGA  998

seq1  CAGGAGT--CTCCCCATGCAGTGAG-ACATACGTCCATC-CCCAGCACCC  1040
      |||||||   |||||||||| |||| |||||||||  || ||||||||||
seq2  CAGGAGTTCTTCCCCATGCATTGAGAACATACGTCATTCTCCCAGCACCC  1048

seq1  GCAGTGGCTATTGCC--CTCTCAAGGCTG-CTGTACTAT-CACC-ATGAA  1085
      ||||| |||||||||  |||||| || || ||||||||| |||| |||||
seq2  GCAGTTGCTATTGCCCTCTCTCAGGGTTGCCTGTACTATCCACCAATGAA  1098

seq1  AACTACAGAAAT--CAATTTT--GAA--TCTTTTTAGAGGCCAG  1123
      | ||||||||||  |||||||  |||   ||||||||| |||||
seq2  ACCTACAGAAATTCCAATTTTTGGAAATCCTTTTTAGAAGCCAG  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |