BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307L08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 26,951,334 - 27,097,143
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJam3
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3
Downstream geneIgsf9b, Spata19, LOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307L08.bB6Ng01-307L08.g
ACCGA100409GA100410
length1,092615
definitionB6Ng01-307L08.b B6Ng01-307L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,951,334 - 26,952,411)(27,096,529 - 27,097,143)
sequence
gaattcagtctaattactaatacaacccaaccaattacctatgtctcttt
gagtcttggtaaataaaagcaggacctagccgggcgtggtggtgcacgcc
tttaatcccagcacttgggagggaggcagaggcaggcggaattctgagtt
cgaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacagccaaggctacac
aaagaagccctgtctcgaaaaaccaaaaagataaattagcatgtttatac
agcattcgtggctggtcagagatttaagggtgagaataataaacaaccac
tgtggctctctctgagcacgagcttttccagcctttcacagtaggcttca
aatgaagcttacttggctccagaccatatctaaatgttggtcggacaaac
tttctgttcaagttttaaaactctcaaatacaattataaagaatgaagac
atatattagttcagctaatcacttaacaactttgccggatgcctgaggga
aaaatcacttctttggatctaacattcaaaactagcaaccattatctaac
aagaaagggaacaatcatgcatattttggtggtagtgtaagagaagaggc
gcaggtttaattatttggattaaaaccagtactagctccctgagatccaa
atatgaatcacataaacatctagaaagaatctagactgttcaacacccac
aaagcagtgttcctcccatcacccaggaagtgtgtggctatgaacagggt
gcagtgggtggcatctgtccttttaagctaacactcatcatgaacaagga
agaatctcctatttcagctggaagctctaggtcacctttgtccctggcct
caggatgtctcgcttacagctgtcactgcagtgacttccactttgggtga
ctataactctcctatctatgtcgctaggtcctgaatgacagataaaggtc
agagattacaagtagggatatgactaaagctacagagccccagagtgtca
tctgcactcctgcccaggacagcacgcatcatgagtgtgtaaactatagc
aatttatatttggattgaccacattccttttccatgacaaca

gaattctgtcagtgaccaatcattcagtcaccatcaaattggaacttgca
atgcccagtcagcagcttgcacaccaagaaaacacggagcacctgtggtg
taccatgcctccacgtggtccctctcctcacacaacttgcagttaatagc
aatagggcttctcagaaacacagtgcaaattcagccattaacagaaagcc
agtccaatttcagagttcaaggactgctatgttcccaaggtctatcagat
tctttggaaaggggacatagcgtgggctccagtgctccatggaatgtaac
tgttgcagctcctgttgaaagtcagaggatagtgctaaatcccaaagctt
gcctacaggcaatatctattctgggtaattaggaataagggacaacagga
gagtgcagactcatcgcataggagacagtttgctggacccatgaaagcct
agctatagacacactggtgtgtatgaggcatattcctgggactggggtga
agggaaaaataaatagtggtgcagtatatttggaaaaaggaaagaatttt
atccagagccctgattcctgagggatcagaaggtagatgcctgtatatac
agagggagggaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_26951334_26952411
seq2: B6Ng01-307L08.b_44_1135

seq1  GAATTCAGTCTAATTACTAATACAACCCAACCAATTACCTATGTCTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTAATTACTAATACAACCCAACCAATTACCTATGTCTCTTT  50

seq1  GAGTCTTGGTAAATAAAAGCAGGACCTAGCCGGGCGTGGTGGTGCACGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTGGTAAATAAAAGCAGGACCTAGCCGGGCGTGGTGGTGCACGCC  100

seq1  TTTAATCCCAGCACTTGGGAGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAATTCTGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCCCAGCACTTGGGAGGGAGGCAGAGGCAGGCGGAATTCTGAGTT  150

seq1  CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACAC  200

seq1  AAAGAAGCCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAGATAAATTAGCATGTTTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGCCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAGATAAATTAGCATGTTTATAC  250

seq1  AGCATTCGTGGCTGGTCAGAGATTTAAGGGTGAGAATAATAAACAACCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCGTGGCTGGTCAGAGATTTAAGGGTGAGAATAATAAACAACCAC  300

seq1  TGTGGCTCTCTCTGAGCACGAGCTTTTCCAGCCTTTCACAGTAGGCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTCTCTCTGAGCACGAGCTTTTCCAGCCTTTCACAGTAGGCTTCA  350

seq1  AATGAAGCTTACTTGGCTCCAGACCATATCTAAATGTTGGTCGGACAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCTTACTTGGCTCCAGACCATATCTAAATGTTGGTCGGACAAAC  400

seq1  TTTCTGTTCAAGTTTTAAAACTCTCAAATACAATTATAAAGAATGAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTCAAGTTTTAAAACTCTCAAATACAATTATAAAGAATGAAGAC  450

seq1  ATATATTAGTTCAGCTAATCACTTAACAACTTTGCCGGATGCCTGAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTAGTTCAGCTAATCACTTAACAACTTTGCCGGATGCCTGAGGGA  500

seq1  AAAATCACTTCTTTGGATCTAACATTCAAAACTAGCAACCATTATCTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCACTTCTTTGGATCTAACATTCAAAACTAGCAACCATTATCTAAC  550

seq1  AAGAAAGGGAACAATCATGCATATTTTGGTGGTAGTGTAAGAGAAGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGGAACAATCATGCATATTTTGGTGGTAGTGTAAGAGAAGAGGC  600

seq1  GCAGGTTTAATTATTTGGATTAAAACCAGTACTAGCTCCCTGAGATCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTTAATTATTTGGATTAAAACCAGTACTAGCTCCCTGAGATCCAA  650

seq1  ATATGAATCACATAAACATCTAGAAAGAATCTAGACTGTTCAACACCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAATCACATAAACATCTAGAAAGAATCTAGACTGTTCAACACCCAC  700

seq1  AAAGCAGTGTTCCTCCCATCACCCAGGAAGTGTGTGGCTATGAACAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTGTTCCTCCCATCACCCAGGAAGTGTGTGGCTATGAACAGGGT  750

seq1  GCAGTGGGTGGCATCTGTCCTTTTAAGCTAACACTCATCATGAACAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGTGGCATCTGTCCTTTTAAGCTAACACTCATCATGAACAAGGA  800

seq1  AGAATCTCCTATTTCAGCTGGAAGCTCTAGGTCACCTTTGTCCCTGGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTCCTATTTCAGCTGGAAGCTCTAGGTCACCTTTGTCCCTGGCCT  850

seq1  CAGGATGTCTCGCTTACAGCTGTCACTGCAGTGACTTCCACTTTGGGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGTCTCGCTTACAGCTGTCACTGCAGTGACTTCCACTTTGGGTGA  900

seq1  CTATAACTCTCCTATCTATGTCGCTAGGTCCTGAATGACAGATAAAGGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACTCTCCTATCTATGTCGCTAGGTCCTGAATGACAGATAAAGGTC  950

seq1  AGAGATTACAAGTAGGGATATGACTAAAGCTACAGAGCCCCAGGAGTGTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGAGATTACAAGTAGGGATATGACTAAAGCTACAGAGCCCCA-GAGTGTC  999

seq1  ATCTGCACTCCTGCCCCAGGGACAGCACGCCATCATGGAAGTGTGTAAAC  1050
      ||||||||||||||||   |||||||||| |||||||  |||||||||||
seq2  ATCTGCACTCCTGCCC--AGGACAGCACG-CATCATG--AGTGTGTAAAC  1044

seq1  TATAGCAATTTATATTT-GAATGACAACA-------------------  1078
      ||||||||||||||||| || |||| |||                   
seq2  TATAGCAATTTATATTTGGATTGACCACATTCCTTTTCCATGACAACA  1092


seq1: chr9_27096529_27097143
seq2: B6Ng01-307L08.g_63_677 (reverse)

seq1  TCCCTCCCTCCCTCTGTATATACAGGCATCTACCTTCTGATCCCTCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCCCTCTGTATATACAGGCATCTACCTTCTGATCCCTCAGGA  50

seq1  ATCAGGGCTCTGGATAAAATTCTTTCCTTTTTCCAAATATACTGCACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGCTCTGGATAAAATTCTTTCCTTTTTCCAAATATACTGCACCAC  100

seq1  TATTTATTTTTCCCTTCACCCCAGTCCCAGGAATATGCCTCATACACACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTTCCCTTCACCCCAGTCCCAGGAATATGCCTCATACACACC  150

seq1  AGTGTGTCTATAGCTAGGCTTTCATGGGTCCAGCAAACTGTCTCCTATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCTATAGCTAGGCTTTCATGGGTCCAGCAAACTGTCTCCTATGC  200

seq1  GATGAGTCTGCACTCTCCTGTTGTCCCTTATTCCTAATTACCCAGAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTCTGCACTCTCCTGTTGTCCCTTATTCCTAATTACCCAGAATAG  250

seq1  ATATTGCCTGTAGGCAAGCTTTGGGATTTAGCACTATCCTCTGACTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCCTGTAGGCAAGCTTTGGGATTTAGCACTATCCTCTGACTTTCA  300

seq1  ACAGGAGCTGCAACAGTTACATTCCATGGAGCACTGGAGCCCACGCTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGCTGCAACAGTTACATTCCATGGAGCACTGGAGCCCACGCTATG  350

seq1  TCCCCTTTCCAAAGAATCTGATAGACCTTGGGAACATAGCAGTCCTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTTCCAAAGAATCTGATAGACCTTGGGAACATAGCAGTCCTTGAA  400

seq1  CTCTGAAATTGGACTGGCTTTCTGTTAATGGCTGAATTTGCACTGTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAATTGGACTGGCTTTCTGTTAATGGCTGAATTTGCACTGTGTTT  450

seq1  CTGAGAAGCCCTATTGCTATTAACTGCAAGTTGTGTGAGGAGAGGGACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGCCCTATTGCTATTAACTGCAAGTTGTGTGAGGAGAGGGACCA  500

seq1  CGTGGAGGCATGGTACACCACAGGTGCTCCGTGTTTTCTTGGTGTGCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAGGCATGGTACACCACAGGTGCTCCGTGTTTTCTTGGTGTGCAAG  550

seq1  CTGCTGACTGGGCATTGCAAGTTCCAATTTGATGGTGACTGAATGATTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACTGGGCATTGCAAGTTCCAATTTGATGGTGACTGAATGATTGG  600

seq1  TCACTGACAGAATTC  615
      |||||||||||||||
seq2  TCACTGACAGAATTC  615


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |