BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309J05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,271,822 - 63,391,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIqch, LOC621763
Upstream geneCoro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1, Map2k5, 2300009A05Rik
Downstream gene2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309J05.bB6Ng01-309J05.g
ACCGA101783GA101784
length1,0761,094
definitionB6Ng01-309J05.b B6Ng01-309J05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,390,595 - 63,391,666)(63,271,822 - 63,272,916)
sequence
gaattctttgcatagttttcccccagtattaacaaagtagaatattatag
tatgatatcatcatcaggttgtattgaggataagacagggccttgttcat
ggtaggcaagcactctcccactgaggtatatgctagtccccagccaggat
actggtccactcaagactggaatatttctatcaccacatggatagaaccc
accaacttccttccatacgcctttagtccctggcatccagaaatctgttc
ttcattgtataactttgtaacttcaaaaccctcacatgaacaacctagta
gaggatggaacctttggggtttgtatttttccgagaatcctccagcttgt
agctcctcttttaagttacagtctgacatttccatgcacacatacaatat
gctttggtcatatacacttctgttattattcttttgtcccccatgccctg
cccttcccccttccttttccataccaatagttaactccctttgatcattc
atatcttctccctatcctagcttctcctacatatgtgaaaaataggaaat
ccttgtctttataggaaataagctgattccattaatcttctagcaaatgg
tgtaattttattcttctttatgtcttagtaggacccatttgtgtgtgtgt
gtttaaatctattatctcttagtaggcagctaagctgattcaaggagaaa
taggcgtatctctagtaaactgatcccgagttctttgtttaaacatgaag
aagtgatatggctgaatcatatagaacttctgtttaattattcttgagga
attccacactaatttccatagtgtctggtctaatttatatctccacagtt
gtgaataggggctcctttttcctccctggatcctgactcactgtgagtca
ctgtgtgtcttttcctctgtgtacgggccacgggtccttgattgggaaac
cctctcctcagttcaatttcccgaccgtttcacccgagcatttcctcctt
tgttgtcaaccttttggagttctttatacgctctcaacatggaacctcct
tattggatgagcagcagcagagatga
gaattccctactagttcataccacctctcataatgggcaactagagacca
agcttctaccacatgagccactgggacatacactcaaactgaatcaaacc
atcgcagatcacttggtaactgagcattggtgaaacactgggccttgcat
agggagacacatttgtagaccccactgccccaacccaaagattctggttt
tgttaatttgggtagagcccaggaatctgttgtctcaggaatatgaaagt
ctagtgtagacactggtaaagaaacacaaatgactttgcaaaattagcga
ctcttaagttcaaattgactttgactattacttggtttcaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaagagagatactggtagtcagtagttagaaagggtgggcttgt
ccttgcactttgcagtgtgaaagttcagaagcaccagtttgctctaattt
gttcattttagaaaaaataaattattaattaattaattcatgtcaatctt
ctcagtcatggtgtacaaaaaccagtgatcagtgtcttaggtcttaaatc
attttgaagagtgacacattataattaaaggggctaaatgctaacttaag
taaaaaaaaaacaatgaagttttacttgagatttctatttaagagaaaaa
caacgtatgatttcccatttgagtccttagatatatgtgattcatttaaa
caaggcagaggcctaggctgggagttgtatcaggacaggccatcagctct
tttcagcagttgtctcctgcattctagaacttgggagattttggatcttt
agaggccacatggagacttaaaagggttaatggtgaaaggaccacctcac
tgtggagaaatggggtgggtggatatcccacatagatgttaggagtttga
tctgcttctcgtaaacacacactatttcttgggtctgaagagtctgggtt
tagaagctaggctcccctggaatcactaaaccaaacatgcattatgtgag
tacaagttaagtaccatcataattaagttacgtctagatttggcttccat
tgtgcacgtttagttcactcaacatcgaagagtcctgttgctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63390595_63391666
seq2: B6Ng01-309J05.b_45_1120 (reverse)

seq1  TCATCTCTGCTGGCTGCTCATCCAAT-AGGAGGTT-CATGTTGAGAGCGT  48
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TCATCTCTGCT-GCTGCTCATCCAATAAGGAGGTTCCATGTTGAGAGCGT  49

seq1  ATAAAGAACTCC-AAAGGTTGACAACAAAGGAGGAAATGCTCGGGTGAAA  97
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAACTCCAAAAGGTTGACAACAAAGGAGGAAATGCTCGGGTGAAA  99

seq1  CGGTCGGG-AATTGAACTGAGGAGAGGGTTT-CCAATCAAGGACCCGTGG  145
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CGGTCGGGAAATTGAACTGAGGAGAGGGTTTCCCAATCAAGGACCCGTGG  149

seq1  CCCGTACACAGAGGAAAAGACACACAGTGACTCACAGTGAGTCAGGATCC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTACACAGAGGAAAAGACACACAGTGACTCACAGTGAGTCAGGATCC  199

seq1  AGGGAGGAAAAAGGAGCCCCTATTCACAACTGTGGAGATATAAATTAGAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGAAAAAGGAGCCCCTATTCACAACTGTGGAGATATAAATTAGAC  249

seq1  CAGACACTATGGAAATTAGTGTGGAATTCCTCAAGAATAATTAAACAGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACTATGGAAATTAGTGTGGAATTCCTCAAGAATAATTAAACAGAA  299

seq1  GTTCTATATGATTCAGCCATATCACTTCTTCATGTTTAAACAAAGAACTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATATGATTCAGCCATATCACTTCTTCATGTTTAAACAAAGAACTC  349

seq1  GGGATCAGTTTACTAGAGATACGCCTATTTCTCCTTGAATCAGCTTAGCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAGTTTACTAGAGATACGCCTATTTCTCCTTGAATCAGCTTAGCT  399

seq1  GCCTACTAAGAGATAATAGATTTAAACACACACACACAAATGGGTCCTAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTAAGAGATAATAGATTTAAACACACACACACAAATGGGTCCTAC  449

seq1  TAAGACATAAAGAAGAATAAAATTACACCATTTGCTAGAAGATTAATGGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACATAAAGAAGAATAAAATTACACCATTTGCTAGAAGATTAATGGA  499

seq1  ATCAGCTTATTTCCTATAAAGACAAGGATTTCCTATTTTTCACATATGTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTTATTTCCTATAAAGACAAGGATTTCCTATTTTTCACATATGTA  549

seq1  GGAGAAGCTAGGATAGGGAGAAGATATGAATGATCAAAGGGAGTTAACTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGCTAGGATAGGGAGAAGATATGAATGATCAAAGGGAGTTAACTA  599

seq1  TTGGTATGGAAAAGGAAGGGGGAAGGGCAGGGCATGGGGGACAAAAGAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATGGAAAAGGAAGGGGGAAGGGCAGGGCATGGGGGACAAAAGAAT  649

seq1  AATAACAGAAGTGTATATGACCAAAGCATATTGTATGTGTGCATGGAAAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAGAAGTGTATATGACCAAAGCATATTGTATGTGTGCATGGAAAT  699

seq1  GTCAGACTGTAACTTAAAAGAGGAGCTACAAGCTGGAGGATTCTCGGAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGACTGTAACTTAAAAGAGGAGCTACAAGCTGGAGGATTCTCGGAAA  749

seq1  AATACAAACCCCAAAGGTTCCATCCTCTACTAGGTTGTTCATGTGAGGGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAACCCCAAAGGTTCCATCCTCTACTAGGTTGTTCATGTGAGGGT  799

seq1  TTTGAAGTTACAAAGTTATACAATGAAGAACAGATTTCTGGATGCCAGGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGTTACAAAGTTATACAATGAAGAACAGATTTCTGGATGCCAGGG  849

seq1  ACTAAAGGCGTATGGAAGGAAGTTGGTGGGTTCTATCCATGTGGTGATAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGGCGTATGGAAGGAAGTTGGTGGGTTCTATCCATGTGGTGATAG  899

seq1  AAATATTCCAGTCTTGAGTGGACCAGTATCCTGGCTGGGGACTAGCATAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCCAGTCTTGAGTGGACCAGTATCCTGGCTGGGGACTAGCATAT  949

seq1  ACCTCAGTGGGAGAGTGCTTGCCTACCATGAACAAGGCCCTGTCTTATCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGTGGGAGAGTGCTTGCCTACCATGAACAAGGCCCTGTCTTATCC  999

seq1  TCAATACAACCTGATGATGATATCATACTATAATATTCTACTTTGTTAAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACAACCTGATGATGATATCATACTATAATATTCTACTTTGTTAAT  1049

seq1  ACTGGGGGAAAACTATGCAAAGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGGAAAACTATGCAAAGAATTC  1076

seq1: chr9_63271822_63272916
seq2: B6Ng01-309J05.g_67_1160

seq1  GAATTCCCTACTAGTTCATACCACCTCTCATAATGGGCAACTAGAGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTACTAGTTCATACCACCTCTCATAATGGGCAACTAGAGACCA  50

seq1  AGCTTCTACCACATGAGCCACTGGGACATACACTCAAACTGAATCAAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTACCACATGAGCCACTGGGACATACACTCAAACTGAATCAAACC  100

seq1  ATCGCAGATCACTTGGTAACTGAGCATTGGTGAAACACTGGGCCTTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAGATCACTTGGTAACTGAGCATTGGTGAAACACTGGGCCTTGCAT  150

seq1  AGGGAGACACATTTGTAGACCCCACTGCCCCAACCCAAAGATTCTGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACACATTTGTAGACCCCACTGCCCCAACCCAAAGATTCTGGTTT  200

seq1  TGTTAATTTGGGTAGAGCCCAGGAATCTGTTGTCTCAGGAATATGAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATTTGGGTAGAGCCCAGGAATCTGTTGTCTCAGGAATATGAAAGT  250

seq1  CTAGTGTAGACACTGGTAAAGAAACACAAATGACTTTGCAAAATTAGCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTAGACACTGGTAAAGAAACACAAATGACTTTGCAAAATTAGCGA  300

seq1  CTCTTAAGTTCAAATTGACTTTGACTATTACTTGGTTTCAAAAAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAGTTCAAATTGACTTTGACTATTACTTGGTTTCAAAAAAAAAAA  350

seq1  AAAAAAAAAGAGAGATACTGGTAGTCAGTAGTTAGAAAGGGTGGGCTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGAGAGATACTGGTAGTCAGTAGTTAGAAAGGGTGGGCTTGT  400

seq1  CCTTGCACTTTGCAGTGTGAAAGTTCAGAAGCACCAGTTTGCTCTAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCACTTTGCAGTGTGAAAGTTCAGAAGCACCAGTTTGCTCTAATTT  450

seq1  GTTCATTTTAGAAAAAATAAATTATTAATTAATTAATTCATGTCAATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTTTAGAAAAAATAAATTATTAATTAATTAATTCATGTCAATCTT  500

seq1  CTCAGTCATGGTGTACAAAAACCAGTGATCAGTGTCTTAGGTCTTAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCATGGTGTACAAAAACCAGTGATCAGTGTCTTAGGTCTTAAATC  550

seq1  ATTTTGAAGAGTGACACATTATAATTAAAGGGGCTAAATGCTAACTTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAGAGTGACACATTATAATTAAAGGGGCTAAATGCTAACTTAAG  600

seq1  TAAAAAAAAAACAATGAAGTTTTACTTGAGATTTCTATTTAAGAGAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAACAATGAAGTTTTACTTGAGATTTCTATTTAAGAGAAAAA  650

seq1  CAACGTATGATTTCCCATTTGAGTCCTTAGATATATGTGATTCATTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTATGATTTCCCATTTGAGTCCTTAGATATATGTGATTCATTTAAA  700

seq1  CAAGGCAGAGGCCTAGGCTGGGAGTTGTATCAGGACAGGCCATCAGCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAGAGGCCTAGGCTGGGAGTTGTATCAGGACAGGCCATCAGCTCT  750

seq1  TTTCAGCAGTTGTCTCCTGCATTCTAGAACTTGGGAGATTTTGGATCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCAGTTGTCTCCTGCATTCTAGAACTTGGGAGATTTTGGATCTTT  800

seq1  AGAGGCCACATGGAGACTTAAAAGGGTTAATGGTG-AAGGACCACCTCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAGGCCACATGGAGACTTAAAAGGGTTAATGGTGAAAGGACCACCTCAC  850

seq1  TGTGGAGAAATGGGGTGGGTGGATATCCCACATAGATGTTAGGAGTTTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTGGAGAAATGGGGTGGGTGGATATCCCACATAGATGTTAGGAG-TTTG  899

seq1  TTCTGCTTCTCGTTAACACACACTA-TTCTTGGGTCTG-AGAGTCTGGTT  947
       |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATCTGCTTCTCGTAAACACACACTATTTCTTGGGTCTGAAGAGTCTGGGT  949

seq1  TTAGAAGCTAGGCTCCCCTGGAATCACT-AACCAGACATGCATTATGTGA  996
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| 
seq2  TTAGAAGCTAGGCTCCCCTGGAATCACTAAACCAAACATGCATTATGTG-  998

seq1  AGTACAAG-TAAGTA-CATCATAAATTAGTTACAGTCTAGATTTTGGTTC  1044
      |||||||| |||||| |||||||| | |||||| |||||||||| | |||
seq2  AGTACAAGTTAAGTACCATCATAATTAAGTTAC-GTCTAGATTTGGCTTC  1047

seq1  CATTGTG-ACGTTTTAGTTTCACCTCCAACATCAGAGAGCCCTGTTGTCT  1093
      ||||||| ||| ||||| |||||   |||||||  |||| ||||||| ||
seq2  CATTGTGCACG-TTTAG-TTCAC--TCAACATCGAAGAGTCCTGTTG-CT  1092

seq1  CA  1095
      ||
seq2  CA  1094