BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310O04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,907,817 - 28,033,749
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream geneJam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440, LOC100041202
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310O04.bB6Ng01-310O04.g
ACCGA102743GA102744
length1,1501,090
definitionB6Ng01-310O04.b B6Ng01-310O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,907,817 - 27,908,966)(28,032,660 - 28,033,749)
sequence
gaattctgaatctaggtcaggagatagctttcatgtacagtactttcaag
gaaggcaccaggactttgtgtgatgaccagagcccatgtcaaaaagctgg
gcactgtggcatatacttgtcatgctagcactgggaggcagaaccttaag
gctcactgcctatccatactggcccaattagctagctccaggccaaagtc
ataaatcgaccaaacaagagaaaaagagtacctgctgatgaatgacacct
caaagtatcctctgatcttcacatacaagcacacacatgcacaaatgtaa
acaaacacacaaagaactaagcatctactttggtataaattaaggtcttt
ttcttatgctggtctcacacaagtaaaaaagagtcctctatcaaatgaga
aaggcatgggtggatccctgagtcattgaagcattccaacattccgtctt
ctatacttacttccttctccctctctaaagagtgctcctattttaattct
tactcttgaaagatgggaaactgaggcatgaagaggtcatttgtcaaaga
ttgcccagttactagataaaagctctttggatctataattataaggagct
cagtctgttagtctgaagagcagaattttgtccagttccattgcttttct
gttactatggttttgtgaatctttctgaactcaaggttagactagaaacc
agaatacatctcctctcttggctttatctagtgaactgaccttggcatca
gagaatcttttccatctataaatagcgaagtgtatgattgccaaataaat
agaagagtatttgctactgtgtaaatgctccaacaagccaagttattatt
accgtgtcatcattataacaagaataatgtgcatttatggaatattttat
gtcccccaagtacttcatggctttcctaattatccagcctattgacacat
tctaatgggataactgaaagtctttatttcaagtctatggtgctgtaaaa
cttcaaagttcctctcagctaagatggggagaccagggagagagacatgg
ggtctatcagaccagtctagaaagattgttgtggaggtggagtttctcat
ctataatacctgagaaagccacacctgaatcagatctcaatggacagtgt


gaattcactctacactcataggattccagagaaagatgaaggatttttat
acgacaagttagttagcaatatttcccaatttcttgggcatccttccatt
ctgtgatgttttggcatgctgcctctttacgctttgaaagtatacataga
tgcatatggtaattaaaacaagaactcatagtgctgctgaaatggaaaaa
cattgaaagtaaaacatgtccaagatttgagccaatctagattgtgactc
agctggcattcctttttatttttggtgaaaaggcccaaaatgccttcagc
aaatgccttaagaaaaccagggcactcactcaaggggaagaactccgaga
gcagcatttctcttttctcagattgttgatttcttttgtctccaaaagtg
gattttaattaaatgaatcatgattcataatcaaggtatagagaaaaata
ctaaacgctcaaatcaaaatcaggaattgtgggcacaattctcctagaaa
ggtcattctctgtcagaacccaaccattaatgccagctaacccaaggtgt
aacacaaagcaagatattaataggccaacataattttgaacaaattacag
gttatagatgtaaaatgggttgctgggcccattaagaattttctatgtat
ctttaaactttatggttctgacaaaggcctgggaagtcaaaaatcaacca
aaggtttgtggccaacctacactgtgcagcccatctacttgtgctttgga
gaggtgatgatggtccagatggaacaggaagtgtagggctgtaaatgcag
agttaaatgcatgcctggagtaaataagatttaaccactcatggtgcggc
atgaagtacaaggctcaaagggagagaagcggttattcagatgaagctta
gtggctaacaaagggcattgctgaggaggctgtaaaatataagtaatgtt
aagataacaaacgatatgcagagcggatgtctacaagcaggaggcaagaa
aagatagggtttcaggatatccaccagtgatccacagaaatcagagccac
ctctgagttgccatcgacatatggacagaaatcagatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27907817_27908966
seq2: B6Ng01-310O04.b_44_1193

seq1  GAATTCTGAATCTAGGTCAGGAGATAGCTTTCATGTACAGTACTTTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATCTAGGTCAGGAGATAGCTTTCATGTACAGTACTTTCAAG  50

seq1  GAAGGCACCAGGACTTTGTGTGATGACCAGAGCCCATGTCAAAAAGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCACCAGGACTTTGTGTGATGACCAGAGCCCATGTCAAAAAGCTGG  100

seq1  GCACTGTGGCATATACTTGTCATGCTAGCACTGGGAGGCAGAACCTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTGGCATATACTTGTCATGCTAGCACTGGGAGGCAGAACCTTAAG  150

seq1  GCTCACTGCCTATCCATACTGGCCCAATTAGCTAGCTCCAGGCCAAAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTGCCTATCCATACTGGCCCAATTAGCTAGCTCCAGGCCAAAGTC  200

seq1  ATAAATCGACCAAACAAGAGAAAAAGAGTACCTGCTGATGAATGACACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCGACCAAACAAGAGAAAAAGAGTACCTGCTGATGAATGACACCT  250

seq1  CAAAGTATCCTCTGATCTTCACATACAAGCACACACATGCACAAATGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATCCTCTGATCTTCACATACAAGCACACACATGCACAAATGTAA  300

seq1  ACAAACACACAAAGAACTAAGCATCTACTTTGGTATAAATTAAGGTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACACAAAGAACTAAGCATCTACTTTGGTATAAATTAAGGTCTTT  350

seq1  TTCTTATGCTGGTCTCACACAAGTAAAAAAGAGTCCTCTATCAAATGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGCTGGTCTCACACAAGTAAAAAAGAGTCCTCTATCAAATGAGA  400

seq1  AAGGCATGGGTGGATCCCTGAGTCATTGAAGCATTCCAACATTCCGTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATGGGTGGATCCCTGAGTCATTGAAGCATTCCAACATTCCGTCTT  450

seq1  CTATACTTACTTCCTTCTCCCTCTCTAAAGAGTGCTCCTATTTTAATTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTACTTCCTTCTCCCTCTCTAAAGAGTGCTCCTATTTTAATTCT  500

seq1  TACTCTTGAAAGATGGGAAACTGAGGCATGAAGAGGTCATTTGTCAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTGAAAGATGGGAAACTGAGGCATGAAGAGGTCATTTGTCAAAGA  550

seq1  TTGCCCAGTTACTAGATAAAAGCTCTTTGGATCTATAATTATAAGGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCAGTTACTAGATAAAAGCTCTTTGGATCTATAATTATAAGGAGCT  600

seq1  CAGTCTGTTAGTCTGAAGAGCAGAATTTTGTCCAGTTCCATTGCTTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGTTAGTCTGAAGAGCAGAATTTTGTCCAGTTCCATTGCTTTTCT  650

seq1  GTTACTATGGTTTTGTGAATCTTTCTGAACTCAAGGTTAGACTAGAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTATGGTTTTGTGAATCTTTCTGAACTCAAGGTTAGACTAGAAACC  700

seq1  AGAATACATCTCCTCTCTTGGCTTTATCTAGTGAACTGACCTTGGCATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACATCTCCTCTCTTGGCTTTATCTAGTGAACTGACCTTGGCATCA  750

seq1  GAGAATCTTTTCCATCTATAAATAGCGAAGTGTATGATTGCCAAATAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCTTTTCCATCTATAAATAGCGAAGTGTATGATTGCCAAATAAAT  800

seq1  AGAAGAGTATTTGCTACTGTGTAAATGCTCCAACAAGCCAAGTTATTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGTATTTGCTACTGTGTAAATGCTCCAACAAGCCAAGTTATTATT  850

seq1  ACCGTGTCATCATTATAACAAGAATAATGTGCATTTATGGAATATTTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGTCATCATTATAACAAGAATAATGTGCATTTATGGAATATTTTAT  900

seq1  GTCCCCCAAGTACTTCATGGCTTTCCTAATTATCCAGCCTATTGACACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCAAGTACTTCATGGCTTTCCTAATTATCCAGCCTATTGACACAT  950

seq1  TCTAATGGGATAACTGAAAGTCTTTATTTCAAGTCTATGGTGCTGTAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGGGATAACTGAAAGTCTTTATTTCAAGTCTATGGTGCTGTAAAA  1000

seq1  CTTCAAAGTTCCTCTCAGCTAAGGATGGGAGAACCAGGGAGAGAGACATG  1050
      |||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGTTCCTCTCAGCTAA-GATGGGGAGACCAGGGAGAGAGACATG  1049

seq1  GGGTCTATCAAGACCCAGTCTAGAAAGA----TGTGTGAGT-GAGTTTCT  1095
      ||||||||| ||| ||||||||||||||    ||||   || ||||||||
seq2  GGGTCTATC-AGA-CCAGTCTAGAAAGATTGTTGTGGAGGTGGAGTTTCT  1097

seq1  CATCTAATAATACCTGAGAAAGCCAACACCTGATCCAGATCTCATTGGAC  1145
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||
seq2  CATCT-ATAATACCTGAGAAAGCC-ACACCTGAATCAGATCTCAATGGAC  1145

seq1  AGTGT  1150
      |||||
seq2  AGTGT  1150


seq1: chr9_28032660_28033749
seq2: B6Ng01-310O04.g_66_1155 (reverse)

seq1  TTCATCTGATTTCTGTCCATATGTTCGATGGC-ACTCAGA-GTGGCTCTG  48
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TTCATCTGATTTCTGTCCATATG-TCGATGGCAACTCAGAGGTGGCTCTG  49

seq1  ATTTCTGTGGATCACTGGTGGATATCCTGAAACCCTATCTTTTCTTTGCC  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTTCTGTGGATCACTGGTGGATATCCTGAAACCCTATCTTTTC-TTGCC  98

seq1  TCCTGCTTGTAGACATCCGCTCTGCATATCGTTTTGTTATCTTAACATTA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTGTAGACATCCGCTCTGCATATCG-TTTGTTATCTTAACATTA  147

seq1  CTTATATTTTACAGCCTCCTCAGCAATGCCCTTTGTTAGCCACTAAGCTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTTTACAGCCTCCTCAGCAATGCCCTTTGTTAGCCACTAAGCTT  197

seq1  CATCTGAATAACCGCTTCTCTCCC-TTGAGCCTTGTACTTCATGCCGCAC  247
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAATAACCGCTTCTCTCCCTTTGAGCCTTGTACTTCATGCCGCAC  247

seq1  CATGAGTGGTTAAATCTTATTTACTCCAGGCATGCATTTAACTCTGCATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGGTTAAATCTTATTTACTCCAGGCATGCATTTAACTCTGCATT  297

seq1  TACAGCCCTACACTTCCTGTTCCATCTGGACCATCATCACCTCTCCAAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCCTACACTTCCTGTTCCATCTGGACCATCATCACCTCTCCAAAG  347

seq1  CACAAGTAGATGGGCTGCACAGTGTAGGTTGGCCACAAACCTTTGGTTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTAGATGGGCTGCACAGTGTAGGTTGGCCACAAACCTTTGGTTGA  397

seq1  TTTTTGACTTCCCAGGCCTTTGTCAGAACCATAAAGTTTAAAGATACATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACTTCCCAGGCCTTTGTCAGAACCATAAAGTTTAAAGATACATA  447

seq1  GAAAATTCTTAATGGGCCCAGCAACCCATTTTACATCTATAACCTGTAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCTTAATGGGCCCAGCAACCCATTTTACATCTATAACCTGTAAT  497

seq1  TTGTTCAAAATTATGTTGGCCTATTAATATCTTGCTTTGTGTTACACCTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAAAATTATGTTGGCCTATTAATATCTTGCTTTGTGTTACACCTT  547

seq1  GGGTTAGCTGGCATTAATGGTTGGGTTCTGACAGAGAATGACCTTTCTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGCTGGCATTAATGGTTGGGTTCTGACAGAGAATGACCTTTCTAG  597

seq1  GAGAATTGTGCCCACAATTCCTGATTTTGATTTGAGCGTTTAGTATTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTGTGCCCACAATTCCTGATTTTGATTTGAGCGTTTAGTATTTTT  647

seq1  CTCTATACCTTGATTATGAATCATGATTCATTTAATTAAAATCCACTTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATACCTTGATTATGAATCATGATTCATTTAATTAAAATCCACTTTT  697

seq1  GGAGACAAAAGAAATCAACAATCTGAGAAAAGAGAAATGCTGCTCTCGGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAAAAGAAATCAACAATCTGAGAAAAGAGAAATGCTGCTCTCGGA  747

seq1  GTTCTTCCCCTTGAGTGAGTGCCCTGGTTTTCTTAAGGCATTTGCTGAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCCCTTGAGTGAGTGCCCTGGTTTTCTTAAGGCATTTGCTGAAG  797

seq1  GCATTTTGGGCCTTTTCACCAAAAATAAAAAGGAATGCCAGCTGAGTCAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTGGGCCTTTTCACCAAAAATAAAAAGGAATGCCAGCTGAGTCAC  847

seq1  AATCTAGATTGGCTCAAATCTTGGACATGTTTTACTTTCAATGTTTTTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGATTGGCTCAAATCTTGGACATGTTTTACTTTCAATGTTTTTCC  897

seq1  ATTTCAGCAGCACTATGAGTTCTTGTTTTAATTACCATATGCATCTATGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCAGCACTATGAGTTCTTGTTTTAATTACCATATGCATCTATGT  947

seq1  ATACTTTCAAAGCGTAAAGAGGCAGCATGCCAAAACATCACAGAATGGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCAAAGCGTAAAGAGGCAGCATGCCAAAACATCACAGAATGGAA  997

seq1  GGATGCCCAAGAAATTGGGAAATATTGCTAACTAACTTGTCGTATAAAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCCAAGAAATTGGGAAATATTGCTAACTAACTTGTCGTATAAAAA  1047

seq1  TCCTTCATCTTTCTCTGGAATCCTATGAGTGTAGAGTGAATTC  1090
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATCTTTCTCTGGAATCCTATGAGTGTAGAGTGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |