BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312G19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 88,489,196 - 88,626,188
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039707, LOC100039721, Bcl2a1d
Upstream geneTbx18, LOC671731, LOC100039580, LOC384962, EG272633, Nt5e, Snx14, LOC100039601, Syncrip, 2810026P18Rik, 4930422I07Rik, EG547109
Downstream geneLOC100039674, EG666731, LOC100039741, Bcl2a1a, LOC100039689, EG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3, B230218L05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312G19.bB6Ng01-312G19.g
ACCGA103896GA103897
length1,1181,177
definitionB6Ng01-312G19.b B6Ng01-312G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,489,196 - 88,490,148)(88,625,006 - 88,626,188)
sequence
gaattctgagatagctaaagcctttcccagtgttccaagatcccagacta
cagcaaggagtttaacctattcagtaactaattaagcactacaataaatc
agagccattaactcaattggtctgcagaaagagcctgggaatctcactga
gataaaaatctttactacaggctacattccatgccaagagcaagttgata
tactatcctgataaatggggaattttccagacaagataagattttacaag
gcctaggaatttagaggtccgtgacaccacattattcttgaggcctatca
agagttaaaaccccctggtgctattaatactaaagtgtgaaactcttgcc
tggcactaggctgatcctaggcagggctgctaatctctattgtaaacatt
tatctagtttctacaaacttcattctcttgtatctggtaaattttagtgt
accttgtcttatagtgatttgtagctcctgataattcgctgtattataaa
tagtctaatgctcgaccagacattacattcagattcaacacctctctgtg
tgcgtctgtttgtcaaatcctaagctttgcccacctactctagagactcg
ttctatgcagacacaggggcccagagggtctgcggcacttctggcctgaa
agggcaattgcactcacacacataccacccctaattcccaccctatacaa
acattcctccttcaatgcacaatgaacacactaacttcacatcacatttt
cttactgaaaacacattgcaatttgaatccgtcttcaaaaactataaagt
acttagcattcagccttatcttgtattccatgtttttctatcccactaat
accaagatcccaatctatcacaaatacatctgaaactatactatgcttta
ttcatgcagtcccttaggcctaactgtgtgttccctgaagttcaattgga
tggactcaatctgtataatcctctaacaggaagattctttgccaggatgc
tgacacctgctgtaatttacagttgggaaggtgggattgccataaatcta
agcagttgatcttagtgagctccagtctacacagtgaggcctcttcaaag
tatcagcataagaaaatt
gaattcataatgaataacacaggagaatggatacggcggaatggaggttg
ggtatgtgtgatgactatatatatatatttttttttctagtgaagaatag
gaatgaagagtttccttactaattaaaacaaacaagaaagtaacaatcaa
aggacttcagtctgtttgtatgccttgtttttagatactctgagttaaaa
ttaaacaaaacaaaaatcccctgggtcctttccaatggcctctacttgaa
atgtttttttaaggctttttaaaataagatttatacatttgttttatgta
tgtgagtacactgtcactgtcttcagacacatctgaagagggtatgagat
tccattacagatgattgtgaaccaccatgtggttgctgggatttgaactc
aggacctctgaaagagcagtctgtgctctaaactgctgagccatctctcc
agcccactccccacccccgtctttttatagttggagaacatttgtgtttc
cagctttaattctagctgtgaggtctgggcttgagatcagcaccatattt
tttaaaacaatatcttcaatatcagaagtgcagatccccaagtgcctgcc
tcttgctagggtttctcatgacaatctagaactagtacagaaagagctgg
tattaaatactgtcatatgtacttcactgtgttgtaatagtcaactatgt
gtatgcttttatacatacattacttacacactattttccattttcttagc
acactatcatgtgtagctaaccagactcccctacaaagtcactaggggtc
aaatctagagcctaatgtggtctgaacatatgctttatcagtgtactgta
tccttagcctcatggttagtctttctggggaatattttacaaattgggta
tccgggctatacacagaagtgccaattacggaaccatggaaaagaaagat
aaacggaccaaaacttcaaggtatcttcactacatagtaaatcagtagaa
gccactctggtcacatgaggactcatcatctcacccacccaaatagtaca
tagattattctgtaactgcttcgtcacccagttacactttaaataacatt
ttagactatttttatggtctgaggaagttcatcaatcgtgagttcctgtc
attgtgtgaacagaattctctagtctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_88489196_88490148
seq2: B6Ng01-312G19.b_222_1161

seq1  CCATGCCAAGAGCAAGTTGATATACTATCCTGATAAATGGGGAATTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCAAGAGCAAGTTGATATACTATCCTGATAAATGGGGAATTTTCC  50

seq1  AGACAAGATAAGATTTTACAAGGCCTAGGAATTTAGAGGTCCGTGACACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGATAAGATTTTACAAGGCCTAGGAATTTAGAGGTCCGTGACACC  100

seq1  ACATTATTCTTGAGGCCTATCAAGAGTTAAAACCCCCTGGTGCTATTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTCTTGAGGCCTATCAAGAGTTAAAACCCCCTGGTGCTATTAAT  150

seq1  ACTAAAGTGTGAAACTCTTGCCTGGCACTAGGCTGATCCTAGGCAGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGTGTGAAACTCTTGCCTGGCACTAGGCTGATCCTAGGCAGGGCT  200

seq1  GCTAATCTCTATTGTAAACATTTATCTAGTTTCTACAAACTTCATTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATCTCTATTGTAAACATTTATCTAGTTTCTACAAACTTCATTCTCT  250

seq1  TGTATCTGGTAAATTTTAGTGTACCTTGTCTTATAGTGATTTGTAGCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGGTAAATTTTAGTGTACCTTGTCTTATAGTGATTTGTAGCTCC  300

seq1  TGATAATTCGCTGTATTATAAATAGTCTAATGCTCGACCAGACATTACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATTCGCTGTATTATAAATAGTCTAATGCTCGACCAGACATTACAT  350

seq1  TCAGATTCAACACCTCTCTGTGTGCGTCTGTTTGTCAAATCCTAAGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCAACACCTCTCTGTGTGCGTCTGTTTGTCAAATCCTAAGCTTT  400

seq1  GCCCACCTACTCTAGAGACTCGTTCTATGCAGACACAGGGGCCCAGAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCTACTCTAGAGACTCGTTCTATGCAGACACAGGGGCCCAGAGGG  450

seq1  TCTGCGGCACTTCTGGCCTGAAAGGGCAATTGCACTCACACACATACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCGGCACTTCTGGCCTGAAAGGGCAATTGCACTCACACACATACCAC  500

seq1  CCCTAATTCCCACCCTATACAAACATTCCTCCTTCAATGCACAATGAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATTCCCACCCTATACAAACATTCCTCCTTCAATGCACAATGAACA  550

seq1  CACTAACTTCACATCACATTTTCTTACTGAAAACACATTGCAATTTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAACTTCACATCACATTTTCTTACTGAAAACACATTGCAATTTGAAT  600

seq1  CCGTCTTCAAAAACTATAAAGTACTTAGCATTCAGCCTTATCTTGTATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTTCAAAAACTATAAAGTACTTAGCATTCAGCCTTATCTTGTATTC  650

seq1  CATGTTTTTCTATCCCACTAATACCAAGATCCCAATCTATCACAAATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTTCTATCCCACTAATACCAAGATCCCAATCTATCACAAATACA  700

seq1  TCTGAAACTATACTATGCTTTATTCATGCAGTCCCTTAGGCCTAACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACTATACTATGCTTTATTCATGCAGTCCCTTAGGCCTAACTGTG  750

seq1  TGTTCCCTGAAGTTCAATTGGATGGACTCAATCTGTATAATCCTCTAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTGAAGTTCAATTGGATGGACTCAATCTGTATAATCCTCTAACA  800

seq1  GGAAGGATTCTTTGCCAGGATGCTGACACCTGCCTGTAATTTACAGTTGG  850
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGAA-GATTCTTTGCCAGGATGCTGACACCTG-CTGTAATTTACAGTTGG  848

seq1  G-AGGTGGGATTGCCATAAATTCCTAAGGCCAGTTTGATCTAAGTGAGCT  899
      | |||||||||||||||||||  |||||  ||| ||||||| ||||||||
seq2  GAAGGTGGGATTGCCATAAAT--CTAAG--CAG-TTGATCTTAGTGAGCT  893

seq1  CCAGGTCTACACAGTGAGGCCCTCTTCCAAAGTAATCAAGCAATAAAGAA  949
      ||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||   |||||
seq2  CCA-GTCTACACAGTGAGG-CCTCTT-CAAAGT-ATC-AGCA--TAAGAA  936

seq1  AATT  953
      ||||
seq2  AATT  940

seq1: chr9_88625006_88626188
seq2: B6Ng01-312G19.g_65_1241 (reverse)

seq1  GGGACTAGAG-ATCTTGTTCACACAAT-ACAGGGACTCCACGATTGATGT  48
      | |||||||| ||  |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| 
seq2  GAGACTAGAGAATTCTGTTCACACAATGACAGGAACT-CACGATTGATGA  49

seq1  ACTTCCTCAGACCAT-AAAATAGTCTTTAAAATGTTATTTTAAGTGT-AC  96
      ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| ||
seq2  ACTTCCTCAGACCATAAAAATAGTC--TAAAATGTTATTTAAAGTGTAAC  97

seq1  TGGGTTGACGAAAGCAGTTACAGAATAAATCTATGTACTATTTGGGTGGG  146
      |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGG-TGACG-AAGCAGTTACAGAAT-AATCTATGTACTATTTGGGTGGG  144

seq1  TGAGATGAATGAGTCCTTCATGTGACCAGAGGTGGCCTTCTACTGATTTA  196
      ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  TGAGATG-ATGAGTCC-TCATGTGACCAGA-GTGG-CTTCTACTGATTTA  190

seq1  CTATGTAGTTGAAGATAACCTTGAAGTTTTGGTCCGTTTATCTTTC-TTT  245
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTATGTAG-TGAAGAT-ACCTTGAAGTTTTGGTCCGTTTATCTTTCTTTT  238

seq1  CCATGGTTCCGTAATTGGCACTTCTGTGTATAGCCCGGATA-CCAATTTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCATGGTTCCGTAATTGGCACTTCTGTGTATAGCCCGGATACCCAATTTG  288

seq1  TAAAATATTCCCCAGAAAGACTAACCATGAGGCTAAGGATACAGTACACT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTCCCCAGAAAGACTAACCATGAGGCTAAGGATACAGTACACT  338

seq1  GATAAAGCATATGTTCAGACCACATTAGGCTCTAGATTTGACCCCTAGTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCATATGTTCAGACCACATTAGGCTCTAGATTTGACCCCTAGTG  388

seq1  ACTTTGTAGGGGAGTCTGGTTAGCTACACATGATAGTGTGCTAAGAAAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTAGGGGAGTCTGGTTAGCTACACATGATAGTGTGCTAAGAAAAT  438

seq1  GGAAAATAGTGTGTAAGTAATGTATGTATAAAAGCATACACATAGTTGAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATAGTGTGTAAGTAATGTATGTATAAAAGCATACACATAGTTGAC  488

seq1  TATTACAACACAGTGAAGTACATATGACAGTATTTAATACCAGCTCTTTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAACACAGTGAAGTACATATGACAGTATTTAATACCAGCTCTTTC  538

seq1  TGTACTAGTTCTAGATTGTCATGAGAAACCCTAGCAAGAGGCAGGCACTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAGTTCTAGATTGTCATGAGAAACCCTAGCAAGAGGCAGGCACTT  588

seq1  GGGGATCTGCACTTCTGATATTGAAGATATTGTTTTAAAAAATATGGTGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATCTGCACTTCTGATATTGAAGATATTGTTTTAAAAAATATGGTGC  638

seq1  TGATCTCAAGCCCAGACCTCACAGCTAGAATTAAAGCTGGAAACACAAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCAAGCCCAGACCTCACAGCTAGAATTAAAGCTGGAAACACAAAT  688

seq1  GTTCTCCAACTATAAAAAGACGGGGGTGGGGAGTGGGCTGGAGAGATGGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCAACTATAAAAAGACGGGGGTGGGGAGTGGGCTGGAGAGATGGC  738

seq1  TCAGCAGTTTAGAGCACAGACTGCTCTTTCAGAGGTCCTGAGTTCAAATC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTTTAGAGCACAGACTGCTCTTTCAGAGGTCCTGAGTTCAAATC  788

seq1  CCAGCAACCACATGGTGGTTCACAATCATCTGTAATGGAATCTCATACCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCACATGGTGGTTCACAATCATCTGTAATGGAATCTCATACCC  838

seq1  TCTTCAGATGTGTCTGAAGACAGTGACAGTGTACTCACATACATAAAACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGATGTGTCTGAAGACAGTGACAGTGTACTCACATACATAAAACA  888

seq1  AATGTATAAATCTTATTTTAAAAAGCCTTAAAAAAACATTTCAAGTAGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATAAATCTTATTTTAAAAAGCCTTAAAAAAACATTTCAAGTAGAG  938

seq1  GCCATTGGAAAGGACCCAGGGGATTTTTGTTTTGTTTAATTTTAACTCAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGGAAAGGACCCAGGGGATTTTTGTTTTGTTTAATTTTAACTCAG  988

seq1  AGTATCTAAAAACAAGGCATACAAACAGACTGAAGTCCTTTGATTGTTAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTAAAAACAAGGCATACAAACAGACTGAAGTCCTTTGATTGTTAC  1038

seq1  TTTCTTGTTTGTTTTAATTAGTAAGGAAACTCTTCATTCCTATTCTTCAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTTTGTTTTAATTAGTAAGGAAACTCTTCATTCCTATTCTTCAC  1088

seq1  TAGAAAAAAAAATATATATATATAGTCATCACACATACCCAACCTCCATT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAAAAAATATATATATATAGTCATCACACATACCCAACCTCCATT  1138

seq1  CCGCCGTATCCATTCTCCTGTGTTATTCATTATGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCGTATCCATTCTCCTGTGTTATTCATTATGAATTC  1177