BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312J04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 120,117,802 - 120,279,796
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039898, Myrip, LOC666044
Upstream geneSlc22a13, 9330176C04Rik, Oxsr1, Myd88, Acaa1a, Xylb, Acvr2b, Endogl1, Scn5a, Scn10a, Scn11a, LOC100039837, Wdr48, Gorasp1, Ttc21a, Axud1, Cmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp
Downstream geneEif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010, Ctnnb1, Ulk4, Trak1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312J04.bB6Ng01-312J04.g
ACCGA104009GA104010
length1,0661,103
definitionB6Ng01-312J04.b B6Ng01-312J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,278,733 - 120,279,796)(120,117,802 - 120,118,908)
sequence
gaattctctggatgctttaaacagatttacaaacgaacacatcactgctg
gctttttactttttttcattatttaagtatcatgctgatgccaacagaag
gtgacaaagtatgtggtggccgtgttggctaaaaacaaccactcaccaac
ttatttgccattcataaatacccaggaaatgccatcagccatgcctgcta
tctccagcagaaagtaggacgagaggctatctatctgactaaaaatggca
agccaggtgctggggccttaactaatattgtgaatccttggaggaaaaac
tcattaaaaacaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaccatgttgaa
cacttcataaaactttgcttacatataaagaacttgaggggcagcaagtt
ggttccgtgggcaaggcgcttgctgcccagcctaatggctggagtctgat
ctccaggacacacgtggtagaaggagagagcagactcctgcaggttggtt
atgaacttgacaagcttgctgtggcacatggatggacgcacacacacata
cacatacacacacacacacacacacacacagggggagggagagatagaga
gagaataactaaatgtaataaaaacacgagttcagcttcacacagctaca
gagtttgccgtcactacctacgagtccaccaaggtgcctgctctctccct
gtatcatcccttcctattccctgccatttctaaaatgctaagttgtgagg
aaccccatccccatatgctatgctgggagcagacacaagctggatacctg
gggggatgtgggcaatggacacctgggggttgtgggcaatggacacctga
gggatacgggaagacaggcaatttctgaccatattcaaaaacatacagtg
ttgagcgaggcacagaaaattgtagaggcctttctttttaaataagcatc
ttttgaatgggccaccttgtatcccctgtatttgctttgtgtgtgctctt
gtgtattggcccgcaggtgccattgcaagtatattaggtcagtacagcct
cagtgtcatctgcctt
gaattcagtcctcaatagtgtgtgttcttaacctctgagcgtctgcgcag
ccacaatttcagagttttttggcccatgagtccaggctggctctgggcct
gcgttgaggaagagtaatgtgtgagtatccagggtggagcacaggccctc
acctgaaggcagcctggaggcagagacagagtgacagggacacagagaca
gtgagagagacagaggggatggggcggactgagggcctgccactgagcct
ggctgatgccccctacggtggtgcctcgggcagcgggccaagcgagtggc
ttttgtgtcatttaaagcccagcactgacctgatgagcctcatctacgtt
ggaggcaacacattttgctccttgcttcaggaatgctaaccttgggctgt
ggagacggcacagagcttaagtgcctccctcacaaactggaggaccggag
tttaggtccccagaaaccaggggatgttgggtgtgtgggcctgtctgtga
ttccagcattggactgagctgactgtcaagatagccatatgggtaggctc
tggtttaaatgagagacctcaatgaatacctacatattcatgtgtgctca
catatgtgcaaaccagcatgcttgtatgcacactgcacacatgccacaca
cacacacacagcacacacccagtacacacatgtacttcacataccacata
cacatactggacacatacagtgtacacacacaccacacatacacactgca
cacatacactacacaaacacagtgcacacactttacataccacacacaca
gtgcatacacactttcacacatactacacacacatacaccacacatacac
actgcacacacacagtgcaaacatgcactttcacataccacacacacata
ctgaacacacacagtgcatacaccacacacacacaacacacactgcacac
acatgctgcacacacaactgcgcacacacacacatactcacaaacatgga
aatattagacaatatgccctctctgtgggtcaatacccgacactcaacgg
catcaccaacccgaagtctcactaactgctgtgcaaagtctacagcgggt
ggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_120278733_120279796
seq2: B6Ng01-312J04.b_47_1112 (reverse)

seq1  AAGGCAGATGGACACCTGAGGCTGT-CTGACCTATATATGCCTGCCATGG  49
      ||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||| | ||| ||||
seq2  AAGGCAGAT-GACA-CTGAGGCTGTACTGACCTA-ATATACTTGCAATGG  47

seq1  CACCTGCGGGCCCATACACAAGAGCACACAC-AAGC-AATACAGGGGATA  97
      |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CACCTGCGGGCCAATACACAAGAGCACACACAAAGCAAATACAGGGGATA  97

seq1  CAGGTGGGCCCATTTCAAAGATGCTTATTT-AAAAGAAAGGCCCTCTACA  146
      || |  ||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CAAGGTGGCCCATTCAAAAGATGCTTATTTAAAAAGAAAGG-CCTCTACA  146

seq1  ATTTTTCTGTGCCTCGCTCAACACTGTATGTTTTTG-ATATGGTCAG-AA  194
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  A-TTTTCTGTGCCTCGCTCAACACTGTATGTTTTTGAATATGGTCAGAAA  195

seq1  TTGCCTGTCTTCCCGTATCCCTCAGGTGTCCATTGCCCACAACCCCCAGG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGTCTTCCCGTATCCCTCAGGTGTCCATTGCCCACAACCCCCAGG  245

seq1  TGTCCATTGCCCACAT-CCCCCAGGTATCCAGCTTGTGTCTGCTCCCAGC  293
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTGCCCACATCCCCCCAGGTATCCAGCTTGTGTCTGCTCCCAGC  295

seq1  ATAGCATATGGGGATGGGGTTCCTCACAACTTAGCATTTTAGAAATGGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATATGGGGATGGGGTTCCTCACAACTTAGCATTTTAGAAATGGCA  345

seq1  GGGAATAGGAAGGGATGATACAGGGAGAGAGCAGGCACCTTGGTGGACTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAGGAAGGGATGATACAGGGAGAGAGCAGGCACCTTGGTGGACTC  395

seq1  GTAGGTAGTGACGGCAAACTCTGTAGCTGTGTGAAGCTGAACTCGTGTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTAGTGACGGCAAACTCTGTAGCTGTGTGAAGCTGAACTCGTGTTT  445

seq1  TTATTACATTTAGTTATTCTCTCTCTATCTCTCCCTCCCCCTGTGTGTGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACATTTAGTTATTCTCTCTCTATCTCTCCCTCCCCCTGTGTGTGT  495

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGCGTCCATCCATGTGCCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGCGTCCATCCATGTGCCA  545

seq1  CAGCAAGCTTGTCAAGTTCATAACCAACCTGCAGGAGTCTGCTCTCTCCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCTTGTCAAGTTCATAACCAACCTGCAGGAGTCTGCTCTCTCCT  595

seq1  TCTACCACGTGTGTCCTGGAGATCAGACTCCAGCCATTAGGCTGGGCAGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCACGTGTGTCCTGGAGATCAGACTCCAGCCATTAGGCTGGGCAGC  645

seq1  AAGCGCCTTGCCCACGGAACCAACTTGCTGCCCCTCAAGTTCTTTATATG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGCCTTGCCCACGGAACCAACTTGCTGCCCCTCAAGTTCTTTATATG  695

seq1  TAAGCAAAGTTTTATGAAGTGTTCAACATGGTTTTGTTTGTTTGTTTGTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAAGTTTTATGAAGTGTTCAACATGGTTTTGTTTGTTTGTTTGTT  745

seq1  TGTTTGTTTTGTTTTTAATGAGTTTTTCCTCCAAGGATTCACAATATTAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTGTTTTTAATGAGTTTTTCCTCCAAGGATTCACAATATTAG  795

seq1  TTAAGGCCCCAGCACCTGGCTTGCCATTTTTAGTCAGATAGATAGCCTCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCCCCAGCACCTGGCTTGCCATTTTTAGTCAGATAGATAGCCTCT  845

seq1  CGTCCTACTTTCTGCTGGAGATAGCAGGCATGGCTGATGGCATTTCCTGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTACTTTCTGCTGGAGATAGCAGGCATGGCTGATGGCATTTCCTGG  895

seq1  GTATTTATGAATGGCAAATAAGTTGGTGAGTGGTTGTTTTTAGCCAACAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTATGAATGGCAAATAAGTTGGTGAGTGGTTGTTTTTAGCCAACAC  945

seq1  GGCCACCACATACTTTGTCACCTTCTGTTGGCATCAGCATGATACTTAAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCACATACTTTGTCACCTTCTGTTGGCATCAGCATGATACTTAAA  995

seq1  TAATGAAAAAAAGTAAAAAGCCAGCAGTGATGTGTTCGTTTGTAAATCTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAAAAAGTAAAAAGCCAGCAGTGATGTGTTCGTTTGTAAATCTG  1045

seq1  TTTAAAGCATCCAGAGAATTC  1064
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGCATCCAGAGAATTC  1066

seq1: chr9_120117802_120118908
seq2: B6Ng01-312J04.g_68_1170

seq1  GAATTCAGTCCTCAATAGTGTGTGTTCTTAACCTCTGAGCGTCTGCGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTCAATAGTGTGTGTTCTTAACCTCTGAGCGTCTGCGCAG  50

seq1  CCACAATTTCAGAGTTTTTTGGCCCATGAGTCCAGGCTGGCTCTGGGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATTTCAGAGTTTTTTGGCCCATGAGTCCAGGCTGGCTCTGGGCCT  100

seq1  GCGTTGAGGAAGAGTAATGTGTGAGTATCCAGGGTGGAGCACAGGCCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTGAGGAAGAGTAATGTGTGAGTATCCAGGGTGGAGCACAGGCCCTC  150

seq1  ACCTGAAGGCAGCCTGGAGGCAGAGACAGAGTGACAGGGACACAGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAGGCAGCCTGGAGGCAGAGACAGAGTGACAGGGACACAGAGACA  200

seq1  GTGAGAGAGACAGAGGGGATGGGGCGGACTGAGGGCCTGCCACTGAGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGAGACAGAGGGGATGGGGCGGACTGAGGGCCTGCCACTGAGCCT  250

seq1  GGCTGATGCCCCCTACGGTGGTGCCTCGGGCAGCGGGCCAAGCGAGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATGCCCCCTACGGTGGTGCCTCGGGCAGCGGGCCAAGCGAGTGGC  300

seq1  TTTTGTGTCATTTAAAGCCCAGCACTGACCTGATGAGCCTCATCTACGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTCATTTAAAGCCCAGCACTGACCTGATGAGCCTCATCTACGTT  350

seq1  GGAGGCAACACATTTTGCTCCTTGCTTCAGGAATGCTAACCTTGGGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAACACATTTTGCTCCTTGCTTCAGGAATGCTAACCTTGGGCTGT  400

seq1  GGAGACGGCACAGAGCTTAAGTGCCTCCCTCACAAACTGGAGGACCGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGGCACAGAGCTTAAGTGCCTCCCTCACAAACTGGAGGACCGGAG  450

seq1  TTTAGGTCCCCAGAAACCAGGGGATGTTGGGTGTGTGGGCCTGTCTGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTCCCCAGAAACCAGGGGATGTTGGGTGTGTGGGCCTGTCTGTGA  500

seq1  TTCCAGCATTGGACTGAGCTGACTGTCAAGATAGCCATATGGGTAGGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCATTGGACTGAGCTGACTGTCAAGATAGCCATATGGGTAGGCTC  550

seq1  TGGTTTAAATGAGAGACCTCAATGAATACCTACATATTCATGTGTGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAATGAGAGACCTCAATGAATACCTACATATTCATGTGTGCTCA  600

seq1  CATATGTGCAAACCAGCATGCTTGTATGCACACTGCACACATGCCACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGCAAACCAGCATGCTTGTATGCACACTGCACACATGCCACACA  650

seq1  CACACACACAGCACACACCCAGTACACACATGTACTTCACATACCACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAGCACACACCCAGTACACACATGTACTTCACATACCACATA  700

seq1  CACATACTGGACACATACAGTGTACACACACACCACACATACACACTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTGGACACATACAGTGTACACACACACCACACATACACACTGCA  750

seq1  CACATACACTACACAAACACAGTGCACACACTTTACATACCACACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACTACACAAACACAGTGCACACACTTTACATACCACACACACA  800

seq1  GTGCATACACAC-TTCACACATACTACACACACATACACCACACATACAC  849
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATACACACTTTCACACATACTACACACACATACACCACACATACAC  850

seq1  ACTGCACACACACAGTGCAAACATGCAC-TTCACATACCACACACACATA  898
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACACACACAGTGCAAACATGCACTTTCACATACCACACACACATA  900

seq1  CTGAACACACACAGTGCATACACCACACACACAC-ACACACACTGCACAC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGAACACACACAGTGCATACACCACACACACACAACACACACTGCACAC  950

seq1  ACATGCTGCACACAC-ACTGCGCACACACACACATACTCACAAACATGGA  996
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATGCTGCACACACAACTGCGCACACACACACATACTCACAAACATGG-  999

seq1  AAATATTAGACCATATGCCCTCTCTGTGGGTCATACCCCAACACCTCCAC  1046
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| ||| ||| ||
seq2  AAATATTAGACAATATGCCCTCTCTGTGGGTCAATACCCGACA-CTCAAC  1048

seq1  GGCATCACCAACCCAGAGTCTCACTAAACCTTGCTGTGCAAAAGTCTACA  1096
      ||||||||||||||  |||||||||||    |||||||| ||||||||| 
seq2  GGCATCACCAACCCGAAGTCTCACTAA---CTGCTGTGC-AAAGTCTAC-  1093

seq1  AGCGGTGTGGG  1107
      ||||| |||||
seq2  AGCGG-GTGGG  1103