BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313H20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 89,686,745 - 89,843,245
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasgrf1
Upstream geneEG666731, LOC100039741, Bcl2a1a, LOC100039689, EG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3, B230218L05Rik
Downstream geneCtsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777, LOC100039925
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313H20.bB6Ng01-313H20.g
ACCGA104692GA104693
length1,0931,169
definitionB6Ng01-313H20.b B6Ng01-313H20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,686,745 - 89,687,835)(89,842,075 - 89,843,245)
sequence
gaattctctgtggctattcaaaagttaagtgacctcttgctactgtggca
gaaccttcccctaaagaataaagatttcggaggaccaatcgttgggcgag
gagtaggcgggacttccaggtctaagaggggaagcaggagaagatggttg
gctggtggatgggagatgaggaggccaaaatgtagtggaggcgccctttt
tcaggtggcggatctgttgggacccactattggaggatttaacttagaat
ggcttacaaattaggatgctagttgctgtgcccaacgattgtgttacctg
ttaattctgaactaagtttgtgtggtattttccttcatggtgcaactcaa
ctgagtttcagagaacaagggcaaagcatgggtttgcaagaagtgcaccc
ccaaagaccatgggaatttggaagcgtggggctggcatggcaacgaccca
ccatgggaacttagcactctacaaagttgagaatggggccatcctgcctg
ccggtgctgcaggcgtagcgtggattgctttcataattcacgtaacaact
atgtatgtgccctagtggttgactcaaagacacaattcaagggcaaaaaa
gaaaaaactcaagtgtaatggcatatacctttaatatcagcatatgggag
gcagagttgggcagatttttttgagttcaaggctaatttggcctacatag
ccagttccaggtcagccaaaaaaacaggcacaacaataagagacagatcc
agatgtaaaagatgaaaaccctggtcgcatttcactatgaaaagactcaa
accacacattaagaccatttgtgggccaagacattgctgccgttccttta
aaacagctatgcttacaaacgtgaaagttattggtgtaatcggccaactg
gggtaccagaaaataaaagcctgtaatgcagtttctggctgcttccgaga
aatcccacaatccaaactgggagagcctaccagcggggccgcttactcat
tagtgtctcctcagcatccagcaaggatcatagtagctgcacgatgacgt
ttttcttgaatgaaccgccgagtgaatattaggatggaatggg
gaattcctaaatgtcttcaccttccaaccagtctgctttctttgcctgtt
ttggtatttgcacagaaggtgatggtgatggtttttgttgggggctaatc
tgtatttaaaaccgaccgtggaggccagagagctggtgcagtgagagtaa
ctgggttcagtttccagcacccacaaggtgacctatgaccttctaaaacg
ttgctatctggggacctgatgctctcttttggcttctttgggcaccatgc
atgtataaactgcacagacaaacatgtaggcagcactcatacatataaat
ataaaaatataaaaaaattaaaacagcaaagaaaacttacagttcacttc
tcagagacagacctgaaaatcgtacaagcgagccttataccgtgctgtaa
tgctcagtgccctaacagtcttagggactagaatgcgtttttacgttcat
ttttatttattggcgtatgtggtatgtctgtgcatgcatatgtgcgggtg
tgtagaaatcaaaggacaacttccagcagtcacttcttccaccatgtgac
cagggacttgaacttgtgaggcttaattgtgaaagtctttatcccgtgat
cctggaggtttaatttaaggatcagcctgagacccagctcaggggactta
ggaacctggggtgttgtagaagtctcaggctgtggcctgtggtaactcag
ctgtctccttcttgcttccctttggtctcttccaagcccgtatgtctcct
ctgggccaaccccagctgaagatcttaatactctgcaagtgttgtgctct
gtgacaggcagtggagcagctggggtttccagatgggtactatcacctgg
aagctgagacaaggggttcatggggctagcctgagctacatagtgacatt
tatctaaaaaaatataaaattcagttcaataaggcacagatagaacagtt
ggttgtgtatccactgtcacgaacagggccattccaattgaagcattgtt
cttaaattttcacgaaatggggctttagctaaccatttacacagacagca
caagctactagtcacaggcacacatgacttgcattctgctctcttgtttt
cccaggaagccttatcttcatctcacaaccttgtcttccttgctacaacc
atgaaagcttttaaggcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_89686745_89687835
seq2: B6Ng01-313H20.b_45_1137

seq1  GAATTCTCTGTGGCTATTCAAAAGTTAAGTGACCTCTTGCTACTGTGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGGCTATTCAAAAGTTAAGTGACCTCTTGCTACTGTGGCA  50

seq1  GAACCTTCCCCTAAAGAATAAAGATTTCGGAGGACCAATCGTTGGGCGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCCCCTAAAGAATAAAGATTTCGGAGGACCAATCGTTGGGCGAG  100

seq1  GAGTAGGCGGGACTTCCAGGTCTAAGAGGGGAAGCAGGAGAAGATGGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGCGGGACTTCCAGGTCTAAGAGGGGAAGCAGGAGAAGATGGTTG  150

seq1  GCTGGTGGATGGGAGATGAGGAGGCCAAAATGTAGTGGAGGCGCCCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGATGGGAGATGAGGAGGCCAAAATGTAGTGGAGGCGCCCTTTT  200

seq1  TCAGGTGGCGGATCTGTTGGGACCCACTATTGGAGGATTTAACTTAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGGCGGATCTGTTGGGACCCACTATTGGAGGATTTAACTTAGAAT  250

seq1  GGCTTACAAATTAGGATGCTAGTTGCTGTGCCCAACGATTGTGTTACCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACAAATTAGGATGCTAGTTGCTGTGCCCAACGATTGTGTTACCTG  300

seq1  TTAATTCTGAACTAAGTTTGTGTGGTATTTTCCTTCATGGTGCAACTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTGAACTAAGTTTGTGTGGTATTTTCCTTCATGGTGCAACTCAA  350

seq1  CTGAGTTTCAGAGAACAAGGGCAAAGCATGGGTTTGCAAGAAGTGCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTCAGAGAACAAGGGCAAAGCATGGGTTTGCAAGAAGTGCACCC  400

seq1  CCAAAGACCATGGGAATTTGGAAGCGTGGGGCTGGCATGGCAACGACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGACCATGGGAATTTGGAAGCGTGGGGCTGGCATGGCAACGACCCA  450

seq1  CCATGGGAACTTAGCACTCTACAAAGTTGAGAATGGGGCCATCCTGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGAACTTAGCACTCTACAAAGTTGAGAATGGGGCCATCCTGCCTG  500

seq1  CCGGTGCTGCAGGCGTAGCGTGGATTGCTTTCATAATTCACGTAACAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTGCTGCAGGCGTAGCGTGGATTGCTTTCATAATTCACGTAACAACT  550

seq1  ATGTATGTGCCCTAGTGGTTGACTCAAAGACACAATTCAAGGGCAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGCCCTAGTGGTTGACTCAAAGACACAATTCAAGGGCAAAAAA  600

seq1  GAAAAAACTCAAGTGTAATGGCATATACCTTTAATATCAGCATATGGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAACTCAAGTGTAATGGCATATACCTTTAATATCAGCATATGGGAG  650

seq1  GCAGAGTTGGGCAGATTTTTTTGAGTTCAAGGCTAATTTGGCCTACATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTTGGGCAGATTTTTTTGAGTTCAAGGCTAATTTGGCCTACATAG  700

seq1  CCAGTTCCAGGTCAGCCAAAAAAACAGGCACAACAATAAGAGACAGATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCAGGTCAGCCAAAAAAACAGGCACAACAATAAGAGACAGATCC  750

seq1  AGATGTAAAAGATGAAAACCCTGGTCGCATTTCACTATGAAAAGACTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAAAAGATGAAAACCCTGGTCGCATTTCACTATGAAAAGACTCAA  800

seq1  ACCACACATTAAGACCATTTGTGGGCCAAGACATTGCTGCCGTTCCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACATTAAGACCATTTGTGGGCCAAGACATTGCTGCCGTTCCTTTA  850

seq1  AAACAGCTATGCTTACAAACGTGAAAGTTATTGGTGTAATCGGCCAACT-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAACAGCTATGCTTACAAACGTGAAAGTTATTGGTGTAATCGGCCAACTG  900

seq1  GGGTACCAGAAAATAAAAAGCCTGTAATGCAGTTTCTGGCTGCTTCCGAG  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACCAGAAAAT-AAAAGCCTGTAATGCAGTTTCTGGCTGCTTCCGAG  949

seq1  AAATCCCACAATCCAAACTGGAAGAGCCTACCAGCGGGGCCGCTTACTCA  999
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCACAATCCAAACTGGGAGAGCCTACCAGCGGGGCCGCTTACTCA  999

seq1  TTAGTGTCTCCTCAGCATCCAGCAAGGATCATAGTAGCTGCACGATGAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTAGTGTCTCCTCAGCATCCAGCAAGGATCATAGTAGCTGCACGATG-AC  1048

seq1  G--TTTCCTGAATGAACCGCCGAGTGAATAATAGGATGG-ATGGG  1091
      |  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GTTTTTCTTGAATGAACCGCCGAGTGAATATTAGGATGGAATGGG  1093

seq1: chr9_89842075_89843245
seq2: B6Ng01-313H20.g_68_1236 (reverse)

seq1  TGGCCTTAAAAGCTTTCATTGGTTTGTAAGCCAGAGGAGGCACAGGTGTT  50
      |||||||||||||||||||  | |||| ||| || | || || ||||  |
seq2  TGGCCTTAAAAGCTTTCAT--GGTTGT-AGCAAG-GAAGACA-AGGTTGT  45

seq1  GAGGATTGAAGATAGAGCCTCCTGGG-GAACAAG-GAGCAGAATGCAGGT  98
      |||   ||||||||  || |||||||  |||||| |||||||||||| ||
seq2  GAG--ATGAAGATAAGGCTTCCTGGGAAAACAAGAGAGCAGAATGCAAGT  93

seq1  CATGTGTGCCTGTGCCT-GT-GCCTGTGCCTGTCTGTGT-AATGG-TAGC  144
      |||||||||||||| || || || |||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  CATGTGTGCCTGTGACTAGTAGCTTGTG-CTGTCTGTGTAAATGGTTAGC  142

seq1  T-AAGCCCCATTTCGTGAAAATTT-AGGACAATGCTTCCAATTGAAT-GC  191
      | |||||||||||||||||||||| || |||||||||| | | |||| ||
seq2  TAAAGCCCCATTTCGTGAAAATTTAAGAACAATGCTTCAATTGGAATGGC  192

seq1  CCTGTTCGTGACAGTGGATACACA--CCACTGTTCTATCTGTGCCTTATT  239
      ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCGTGACAGTGGATACACAACCAACTGTTCTATCTGTGCCTTATT  242

seq1  GGACTTGAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAT-AATGTCACTATGTAGC  288
      | || ||||      |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAC-TGAA------TTTTATATTTTTTTAGATAAATGTCACTATGTAGC  285

seq1  TCAGGCTAGCCCCATGAACCCCTTGTCTCAGCTTCCAGGTGATAGTACCC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTAGCCCCATGAACCCCTTGTCTCAGCTTCCAGGTGATAGTACCC  335

seq1  ATCTGG-AACCCCAGCTGCTCCACTGCCTGTCACAGAGCACAACACTTGC  387
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAAACCCCAGCTGCTCCACTGCCTGTCACAGAGCACAACACTTGC  385

seq1  AGAGTATTAAGATCTTCAGCTGGGGTTGGCCCAGAGGAGACATACGGGCT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTAAGATCTTCAGCTGGGGTTGGCCCAGAGGAGACATACGGGCT  435

seq1  TGGAAGAGACCAAAGGGAAGCAAGAAGGAGACAGCTGAGTTACCACAGGC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGACCAAAGGGAAGCAAGAAGGAGACAGCTGAGTTACCACAGGC  485

seq1  CACAGCCTGAGACTTCTACAACACCCCAGGTTCCTAAGTCCCCTGAGCTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCTGAGACTTCTACAACACCCCAGGTTCCTAAGTCCCCTGAGCTG  535

seq1  GGTCTCAGGCTGATCCTTAAATTAAACCTCCAGGATCACGGGATAAAGAC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAGGCTGATCCTTAAATTAAACCTCCAGGATCACGGGATAAAGAC  585

seq1  TTTCACAATTAAGCCTCACAAGTTCAAGTCCCTGGTCACATGGTGGAAGA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAATTAAGCCTCACAAGTTCAAGTCCCTGGTCACATGGTGGAAGA  635

seq1  AGTGACTGCTGGAAGTTGTCCTTTGATTTCTACACACCCGCACATATGCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTGCTGGAAGTTGTCCTTTGATTTCTACACACCCGCACATATGCA  685

seq1  TGCACAGACATACCACATACGCCAATAAATAAAAATGAACGTAAAAACGC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGACATACCACATACGCCAATAAATAAAAATGAACGTAAAAACGC  735

seq1  ATTCTAGTCCCTAAGACTGTTAGGGCACTGAGCATTACAGCACGGTATAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGTCCCTAAGACTGTTAGGGCACTGAGCATTACAGCACGGTATAA  785

seq1  GGCTCGCTTGTACGATTTTCAGGTCTGTCTCTGAGAAGTGAACTGTAAGT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGCTTGTACGATTTTCAGGTCTGTCTCTGAGAAGTGAACTGTAAGT  835

seq1  TTTCTTTGCTGTTTTAATTTTTTTATATTTTTATATTTATATGTATGAGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGCTGTTTTAATTTTTTTATATTTTTATATTTATATGTATGAGT  885

seq1  GCTGCCTACATGTTTGTCTGTGCAGTTTATACATGCATGGTGCCCAAAGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTACATGTTTGTCTGTGCAGTTTATACATGCATGGTGCCCAAAGA  935

seq1  AGCCAAAAGAGAGCATCAGGTCCCCAGATAGCAACGTTTTAGAAGGTCAT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAAGAGAGCATCAGGTCCCCAGATAGCAACGTTTTAGAAGGTCAT  985

seq1  AGGTCACCTTGTGGGTGCTGGAAACTGAACCCAGTTACTCTCACTGCACC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACCTTGTGGGTGCTGGAAACTGAACCCAGTTACTCTCACTGCACC  1035

seq1  AGCTCTCTGGCCTCCACGGTCGGTTTTAAATACAGATTAGCCCCCAACAA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCTGGCCTCCACGGTCGGTTTTAAATACAGATTAGCCCCCAACAA  1085

seq1  AAACCATCACCATCACCTTCTGTGCAAATACCAAAACAGGCAAAGAAAGC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATCACCATCACCTTCTGTGCAAATACCAAAACAGGCAAAGAAAGC  1135

seq1  AGACTGGTTGGAAGGTGAAGACATTTAGGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGTTGGAAGGTGAAGACATTTAGGAATTC  1169