BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322E03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 32,456,559 - 32,629,873
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669759, LOC100041398, Ets1, LOC100041426
Upstream geneEG666576, Barx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1, Fli1
Downstream geneLOC100042343
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322E03.bB6Ng01-322E03.g
ACCGA111147GA111148
length1,0681,086
definitionB6Ng01-322E03.b B6Ng01-322E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,456,559 - 32,457,629)(32,628,795 - 32,629,873)
sequence
gaattcttgctgggtgacaggcctgagtgggcttgtggagacatgaaaca
tgggtggaggtcttatttaaaatgacacacaagaattagtccctgcctag
aaattctgtaaaaggtttcgattctgtcactgtctgccatgtctgcagca
cacagacatgatctgctatctatgtgggttggctatgttagggtctattt
cacctcgtccccggcttaggttatccaccgttctgaattctgtttacttc
tctgcctcacaaagaactcaacaggatggttgctgggaaggctcctaggt
ctacgattggatgcctttggggggttaatgtccccacagccctgtgcagc
cagaggctcagtcgatgttttctcttgtgcaggtgtggagaacagaatga
gctactatgtggatcccactgtgggcagcccctccactttctctgcacct
catcctgcagtggcggtgagtgatgatctcttccctgcttccttccctta
cccacccagcctcctccgtgcatttcttcttgcccctggactcagtttgg
acctcttggaagagttctattatgagattatgtacattttctgtgaataa
aaaatagaaatccaagaatcctggatttgttgaaggtttttagtttcaga
gaatgtgcctcctcttaaggagctattgcatggtgtctagagacataatg
ggccgtcaaattttgggacggctaccatcccttagttggaagagtccagg
tatataggtaagtttctacaataccccaacagctccagagcaaggatatg
cagctctcaaagttggttatccttcaggcaagaatgctggtctaggacag
cttcacatttgatggcagatcctgctacatgcccagattgttctaagtag
gcttgatttacctgtaaaacatcactttaaaaagtgagacagtgttccca
tcccaaggggttccatttagcatatattttaataaacattcttttttttg
agtagcagaagaaataattttattttttgagttaccaacacatggaaact
gtttgaatgctgcagtat

gaattcataagtgggacaaagcatgcaagacaagagaattgtgtaaatca
catacaaatactactgcatattcagtaagggacttgagcatttatgaatt
ttgctaccaactgaagatcctgaactaattctccagacacatcaagggac
aactgtacatcactatattttaatcttcacaatggtttgaagattctgga
atatcttaatttgggggggggtgaacaaaaataatacaaacagtaatatc
ttcacattcaagcatatttaaaggtaaaataatacagttttatgaaatca
aaagccacaatcatcctatgatggcccatcttccttataagatgctaata
atgttctttaagagggaaagagaaacatatctacacaaatgcatcctccc
aagttctcttgaaaaagttgatagctaagaaagctttaaaatatgccaaa
aagtaggaaggtgctcaaaatatccacttatcctggagccacacattcct
ccggctctagggaatagctgtgttctctaggattctgacatgaaaggtct
tgattccaatctgtagaatgatggtcacaacaacctcagaaatcaataaa
ggctagaaaggtggccctgaggatgaaagcacttgctgtgggtacaaaca
cagggacctaaattggaatcccataacccatgtaaatatctgggtgtggt
ccatttgcctcagcactgtaacacgagcactacagagggcagacatgtta
ggactactggggtttctggccaccagcctaactccatgggaagaggaata
aggcagaacacggtagagtgggcatgatagttggttttaatgtgaatgtg
gcacaattgagaatcacctgagtagggagatgtgcctgaaagatgctctt
gattgcattcattgatgtgggaggatccaccatgaatgtggatggcacct
tctggtagaagtcccagttgaagaaggtggtgtcaaaagaaagaagattc
cttctttgctcagtctggcctttccctttctgcatagttgattgcaagtg
ttgctgcctgcctgttgaacagaacttacctaacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_32456559_32457629
seq2: B6Ng01-322E03.b_48_1115

seq1  GAATTCTTGCTGGGTGACAGGCCTGAGTGGGCTTGTGGAGACATGAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTGGGTGACAGGCCTGAGTGGGCTTGTGGAGACATGAAACA  50

seq1  TGGGTGGAGGTCTTATTTAAAATGACACACAAGAATTAGTCCCTGCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGAGGTCTTATTTAAAATGACACACAAGAATTAGTCCCTGCCTAG  100

seq1  AAATTCTGTAAAAGGTTTCGATTCTGTCACTGTCTGCCATGTCTGCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTGTAAAAGGTTTCGATTCTGTCACTGTCTGCCATGTCTGCAGCA  150

seq1  CACAGACATGATCTGCTATCTATGTGGGTTGGCTATGTTAGGGTCTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACATGATCTGCTATCTATGTGGGTTGGCTATGTTAGGGTCTATTT  200

seq1  CACCTCGTCCCCGGCTTAGGTTATCCACCGTTCTGAATTCTGTTTACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCGTCCCCGGCTTAGGTTATCCACCGTTCTGAATTCTGTTTACTTC  250

seq1  TCTGCCTCACAAAGAACTCAACAGGATGGTTGCTGGGAAGGCTCCTAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCACAAAGAACTCAACAGGATGGTTGCTGGGAAGGCTCCTAGGT  300

seq1  CTACGATTGGATGCCTTTGGGGGGTTAATGTCCCCACAGCCCTGTGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGATTGGATGCCTTTGGGGGGTTAATGTCCCCACAGCCCTGTGCAGC  350

seq1  CAGAGGCTCAGTCGATGTTTTCTCTTGTGCAGGTGTGGAGAACAGAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTCAGTCGATGTTTTCTCTTGTGCAGGTGTGGAGAACAGAATGA  400

seq1  GCTACTATGTGGATCCCACTGTGGGCAGCCCCTCCACTTTCTCTGCACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTATGTGGATCCCACTGTGGGCAGCCCCTCCACTTTCTCTGCACCT  450

seq1  CATCCTGCAGTGGCGGTGAGTGATGATCTCTTCCCTGCTTCCTTCCCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGCAGTGGCGGTGAGTGATGATCTCTTCCCTGCTTCCTTCCCTTA  500

seq1  CCCACCCAGCCTCCTCCGTGCATTTCTTCTTGCCCCTGGACTCAGTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCAGCCTCCTCCGTGCATTTCTTCTTGCCCCTGGACTCAGTTTGG  550

seq1  ACCTCTTGGAAGAGTTCTATTATGAGATTATGTACATTTTCTGTGAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTGGAAGAGTTCTATTATGAGATTATGTACATTTTCTGTGAATAA  600

seq1  AAAATAGAAATCCAAGAATCCTGGATTTGTTGAAGGTTTTTAGTTTCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGAAATCCAAGAATCCTGGATTTGTTGAAGGTTTTTAGTTTCAGA  650

seq1  GAATGTGCCTCCTCTTAAGGAGCTATTGCATGGTGTCTAGAGACATAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCCTCCTCTTAAGGAGCTATTGCATGGTGTCTAGAGACATAATG  700

seq1  GGCCGTCAAATTTTGGGACGGCTACCATCCCTTAGTTGGAAGAGTCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGTCAAATTTTGGGACGGCTACCATCCCTTAGTTGGAAGAGTCCAGG  750

seq1  TATATAGGTAAGTTTCTACAATACCCCAACAGCTCCAGAGCAAGGATATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGGTAAGTTTCTACAATACCCCAACAGCTCCAGAGCAAGGATATG  800

seq1  CAGCTCTCAAAGTTGGTTATCCTTCAGGCAAGAATGCTGGTCTAGGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTCAAAGTTGGTTATCCTTCAGGCAAGAATGCTGGTCTAGGACAG  850

seq1  CTTCACATTTGATGGCAGATCCTGCTACATGCCCAGATTGTTCTAAGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATTTGATGGCAGATCCTGCTACATGCCCAGATTGTTCTAAGTAG  900

seq1  GCTTGATTTACCTGTAAAACATCACTTTAAAAAGTGAGACAGTGTTCCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATTTACCTGTAAAACATCACTTTAAAAAGTGAGACAGTGTTCCCA  950

seq1  TCCCAAGGGGTTCCATTTAGCATATTATTTTAATAAACA-TCTTTTTTTT  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCCAAGGGGTTCCATTTAGCATA-TATTTTAATAAACATTCTTTTTTTT  999

seq1  GAAGTAGCAAGAAG-AATAATTTTATTTTTGAGGTTACCACAACATGAAA  1048
      | |||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||  ||||| ||
seq2  G-AGTAGC-AGAAGAAATAATTTTATTTTTTGAGTTACCAACACATGGAA  1047

seq1  ACTTGTATTGAATGCTGCAGTAT  1071
      || ||| ||||||||||||||||
seq2  AC-TGT-TTGAATGCTGCAGTAT  1068


seq1: chr9_32628795_32629873
seq2: B6Ng01-322E03.g_66_1151 (reverse)

seq1  TAGTTA-GTTAGTTCTG-TCAACA-GCA-GCAGCAACACTGCAAATCAAC  46
      |||||| || ||||||| |||||| ||| |||||||||||   |||||||
seq2  TAGTTAGGTAAGTTCTGTTCAACAGGCAGGCAGCAACACTTGCAATCAAC  50

seq1  TATGCAGAAAGGGAA--GGCAGACTGAGCAAAAGAGGAATCTTCTTTCTT  94
      |||||||||||||||  | |||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TATGCAGAAAGGGAAAGGCCAGACTGAGCAAAGAAGGAATCTTCTTTCTT  100

seq1  TTGACA-CACCCTCTTCAACCTGGACTTCTACCAGAAGGTGCCATCCACA  143
      |||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACCACCTTCTTCAACTGGGACTTCTACCAGAAGGTGCCATCCACA  150

seq1  TTCATGGTGGATCCTCCCACATCAATGAATGCAATCAAGAGCATCTTTCA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTGGATCCTCCCACATCAATGAATGCAATCAAGAGCATCTTTCA  200

seq1  GGCACATCTCCCTACTCAGGTGATTCTCAATTGTGCCACATTCACATTAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATCTCCCTACTCAGGTGATTCTCAATTGTGCCACATTCACATTAA  250

seq1  AACCAACTATCATGCCCACTCTACCGTGTTCTGCCTTATTCCTCTTCCCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACTATCATGCCCACTCTACCGTGTTCTGCCTTATTCCTCTTCCCA  300

seq1  TGGAGTTAGGCTGGTGGCCAGAAACCCCAGTAGTCCTAACATGTCTGCCC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTAGGCTGGTGGCCAGAAACCCCAGTAGTCCTAACATGTCTGCCC  350

seq1  TCTGTAGTGCTCGTGTTACAGTGCTGAGGCAAATGGACCACACCCAGATA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGTGCTCGTGTTACAGTGCTGAGGCAAATGGACCACACCCAGATA  400

seq1  TTTACATGGGTTATGGGATTCCAATTTAGGTCCCTGTGTTTGTACCCACA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGGGTTATGGGATTCCAATTTAGGTCCCTGTGTTTGTACCCACA  450

seq1  GCAAGTGCTTTCATCCTCAGGGCCACCTTTCTAGCCTTTATTGATTTCTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGCTTTCATCCTCAGGGCCACCTTTCTAGCCTTTATTGATTTCTG  500

seq1  AGGTTGTTGTGACCATCATTCTACAGATTGGAATCAAGACCTTTCATGTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTGTGACCATCATTCTACAGATTGGAATCAAGACCTTTCATGTC  550

seq1  AGAATCCTAGAGAACACAGCTATTCCCTAGAGCCGGAGGAATGTGTGGCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCTAGAGAACACAGCTATTCCCTAGAGCCGGAGGAATGTGTGGCT  600

seq1  CCAGGATAAGTGGATATTTTGAGCACCTTCCTACTTTTTGGCATATTTTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATAAGTGGATATTTTGAGCACCTTCCTACTTTTTGGCATATTTTA  650

seq1  AAGCTTTCTTAGCTATCAACTTTTTCAAGAGAACTTGGGAGGATGCATTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCTTAGCTATCAACTTTTTCAAGAGAACTTGGGAGGATGCATTT  700

seq1  GTGTAGATATGTTTCTCTTTCCCTCTTAAAGAACATTATTAGCATCTTAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGATATGTTTCTCTTTCCCTCTTAAAGAACATTATTAGCATCTTAT  750

seq1  AAGGAAGATGGGCCATCATAGGATGATTGTGGCTTTTGATTTCATAAAAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGATGGGCCATCATAGGATGATTGTGGCTTTTGATTTCATAAAAC  800

seq1  TGTATTATTTTACCTTTAAATATGCTTGAATGTGAAGATATTACTGTTTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTATTTTACCTTTAAATATGCTTGAATGTGAAGATATTACTGTTTG  850

seq1  TATTATTTTTGTTCACCCCCCCCCAAATTAAGATATTCCAGAATCTTCAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTTGTTCACCCCCCCCCAAATTAAGATATTCCAGAATCTTCAA  900

seq1  ACCATTGTGAAGATTAAAATATAGTGATGTACAGTTGTCCCTTGATGTGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGTGAAGATTAAAATATAGTGATGTACAGTTGTCCCTTGATGTGT  950

seq1  CTGGAGAATTAGTTCAGGATCTTCAGTTGGTAGCAAAATTCATAAATGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAATTAGTTCAGGATCTTCAGTTGGTAGCAAAATTCATAAATGCT  1000

seq1  CAAGTCCCTTACTGAATATGCAGTAGTATTTGTATGTGATTTACACAATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCCTTACTGAATATGCAGTAGTATTTGTATGTGATTTACACAATT  1050

seq1  CTCTTGTCTTGCATGCTTTGTCCCACTTATGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCTTGCATGCTTTGTCCCACTTATGAATTC  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |