BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324K03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 86,099,414 - 86,300,221
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610018I03Rik
Upstream geneBC023892, Ibtk, 4933431K14Rik, EG434426, 9330154J02Rik, Tpbg
Downstream genePgm3, Rwdd2, Mod1, Prss35, Snap91, C030002E08Rik, Cyb5r4, LOC666777, LOC244958, LOC100039510, 4922501C03Rik, LOC671706
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324K03.bB6Ng01-324K03.g
ACCGA112895GA112896
length1,1421,116
definitionB6Ng01-324K03.b B6Ng01-324K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,099,414 - 86,100,541)(86,299,088 - 86,300,221)
sequence
gaattcaaggacagtcaggtctacaaagtgagttccaggacagccgagga
tacacaaagaaaccctgtctctaaaaacaaccacaacaacaaatcagtag
aaagtccacaggaacaaagaccagatgggcaactacaaagaaaaggaaac
agaatttcaaaaccatatttcccaatgcaactccaagatctaggtcaact
aatataaaaaacagagatgagacctggaacattcatcaaagtaattaata
tgaaactgagtgctgaacagctgagccaagttggtcccttgcaatttcca
gagttataatgactgactttaaaactgacaaaagtcccaaatgtttcgtg
gagaaagacaacctgattctgactgaagaaataggaattagactctgata
gcggatcctttaaggtgcatctatttcctctggattgaagccttccccct
ggaggaagcagaggaggcttgtatgactccagaagctaaggaaacttaca
agactcaggaagcttgggaaactgacaggactcaagcactcaggaagttg
caggatttacaaggccccaccccccacataacttaatctgaggtgaaggt
gggtagatgctgggaagagaagccttctgtgaaattgcctgacacctttg
tggggagcttttagtttcatgatctgttgatctgtgtcccatggtggttt
tctgtaatggtctccatttgctgtacagacaagcttccttcatgaggggt
gatagcttatctatggggtataaagataagatctagaatgcagtaaagca
ttatattagtctagtaagttgacagattcttcttcaaaggttcatacctt
cactaaccctaggaagctggttaggtttctagtagcagcatgatttccct
cctgttaagtagaccttaagtccaattggacaactattggttgccacaga
catttgggtgccattactacaaagatgatcttttagcataacttgccgta
ctggaaatgtgatggtttatagatgtcgcagctgagaggactgttcattg
cttcttccctttgccagttgtcactgcatgttctgggagccatgaattag
accactgccaggagcttttcagtcgaattctgtttcaggtca
gaattcaaaagaagtggcagagacttaaaatcctttgacatattgtcctc
atctttagcaaatttcagggtagcaaagaaccttttaaaactgggtcgaa
atgctgtatgcgtacattattttcttggcaacttttcatagctctaccag
ttttggaaagaggccattaatctccaaggggctacaaattctatggtatg
tattttatctagaagacatggtgaataaaaattcattggggtgacagctc
ttctatgtaagtgacacacatttatgtattaatgaagagttgaatcaact
tggggtttgtaaaaacaaaaataaatttacatagacctacaggacaatgt
gtgcttgattggtttagatcagggtgggcaaactacagccaactggataa
atctaggacctccctgtgcctttgaagttttactgaaacacaggcatgaa
atttacacatatatcacctgactgctttgctctctagcagtggacttgag
tatctgtgacatatatcccacaaagagtaaaatatttagccttacccttt
atggaaaagtttgctaacctttacttctaactattgaggtgaggctgaca
tgcttgtggcatgacattggtagcccagttcacctttctagttgatgggg
aattgtgcttgccgccgcgtagctgtcctttagctcaataatacatgaac
attccttctccacactccataggactaatcagcctggtctaaggaagagg
ctacccagatagcctcccagagagaagagatctgcggagctgagggcagg
ggttaatgatggcaggtccagaggtgaataccctggagccttggactgcc
aactgtggttctccagccttacaggtgtaagtagaagagaactgctggta
tttgttgcaaaaagggaattcttgcttcctctgtgttcatctgaacttga
tatctttttctttctgccgaagtatcttgtaaaccttgctactttgtttt
gaaatagatgctgaggctggatctaggcttattttcttctattcagtttg
aatagtattagatctcaagcttaagagttgatcttacagccaaagtgcag
tcaatagtattgagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_86099414_86100541
seq2: B6Ng01-324K03.b_48_1189

seq1  GAATTCAAGGACAGTCAGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGACAGTCAGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCGAGGA  50

seq1  TACACAAAGAAACCCTGTCTCTAAAAACAACCACAACAACAAATCAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAGAAACCCTGTCTCTAAAAACAACCACAACAACAAATCAGTAG  100

seq1  AAAGTCCACAGGAACAAAGACCAGATGGGCAACTACAAAGAAAAGGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCACAGGAACAAAGACCAGATGGGCAACTACAAAGAAAAGGAAAC  150

seq1  AGAATTTCAAAACCATATTTCCCAATGCAACTCCAAGATCTAGGTCAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTCAAAACCATATTTCCCAATGCAACTCCAAGATCTAGGTCAACT  200

seq1  AATATAAAAAACAGAGATGAGACCTGGAACATTCATCAAAGTAATTAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAAAACAGAGATGAGACCTGGAACATTCATCAAAGTAATTAATA  250

seq1  TGAAACTGAGTGCTGAACAGCTGAGCCAAGTTGGTCCCTTGCAATTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGAGTGCTGAACAGCTGAGCCAAGTTGGTCCCTTGCAATTTCCA  300

seq1  GAGTTATAATGACTGACTTTAAAACTGACAAAAGTCCCAAATGTTTCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATAATGACTGACTTTAAAACTGACAAAAGTCCCAAATGTTTCGTG  350

seq1  GAGAAAGACAACCTGATTCTGACTGAAGAAATAGGAATTAGACTCTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGACAACCTGATTCTGACTGAAGAAATAGGAATTAGACTCTGATA  400

seq1  GCGGATCCTTTAAGGTGCATCTATTTCCTCTGGATTGAAGCCTTCCCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATCCTTTAAGGTGCATCTATTTCCTCTGGATTGAAGCCTTCCCCCT  450

seq1  GGAGGAAGCAGAGGAGGCTTGTATGACTCCAGAAGCTAAGGAAACTTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGCAGAGGAGGCTTGTATGACTCCAGAAGCTAAGGAAACTTACA  500

seq1  AGACTCAGGAAGCTTGGGAAACTGACAGGACTCAAGCACTCAGGAAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGGAAGCTTGGGAAACTGACAGGACTCAAGCACTCAGGAAGTTG  550

seq1  CAGGATTTACAAGGCCCCACCCCCCACATAACTTAATCTGAGGTGAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTTACAAGGCCCCACCCCCCACATAACTTAATCTGAGGTGAAGGT  600

seq1  GGGTAGATGCTGGGAAGAGAAGCCTTCTGTGAAATTGCCTGACACCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGATGCTGGGAAGAGAAGCCTTCTGTGAAATTGCCTGACACCTTTG  650

seq1  TGGGGAGCTTTTAGTTTCATGATCTGTTGATCTGTGTCCCATGGTGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGCTTTTAGTTTCATGATCTGTTGATCTGTGTCCCATGGTGGTTT  700

seq1  TCTGTAATGGTCTCCATTTGCTGTACAGACAAGCTTCCTTCATGAGGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATGGTCTCCATTTGCTGTACAGACAAGCTTCCTTCATGAGGGGT  750

seq1  GATAGCTTATCTATGGGGTATAAAGATAAGATCTAGAATGCAGTAAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTTATCTATGGGGTATAAAGATAAGATCTAGAATGCAGTAAAGCA  800

seq1  TTATATTAGTCTAGTAAGTTGACAGATTCTTCTTCAAAGGTTCATACCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAGTCTAGTAAGTTGACAGATTCTTCTTCAAAGGTTCATACCTT  850

seq1  CACTAACCCTAGGAAGCTGGTTAGGTTTCTAGTAGCAGGCATGATTTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACTAACCCTAGGAAGCTGGTTAGGTTTCTAGTAGCA-GCATGATTTCCC  899

seq1  TCCTGTTAAGTAGACCTTAAGTCCAATTGGACAACTATTGGTTGCCACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTAAGTAGACCTTAAGTCCAATTGGACAACTATTGGTTGCCACAG  949

seq1  ACATTTGGTTGCCATTACTACAAAGATGATCTTTTAGCATAACTTGCCGT  1000
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGGGTGCCATTACTACAAAGATGATCTTTTAGCATAACTTGCCGT  999

seq1  ACTGGAAATGTGATGGTTTATAGATGTCGCAGCTGAGAAGACTGTTCAAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  ACTGGAAATGTGATGGTTTATAGATGTCGCAGCTGAGAGGACTGTTC-AT  1048

seq1  TGCTTCCTTCCCTTGGCAGTTGTCACTGCATGTTCT-GGAGCCATGAAAT  1099
      |||||| | || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TGCTTCTTCCCTTTGCCAGTTGTCACTGCATGTTCTGGGAGCCATG-AAT  1097

seq1  TAGACCACTGGAAAGAGGCTTTCAGGTCA-----------------  1128
      ||||||||||  | |||  ||||| |||                  
seq2  TAGACCACTGCCAGGAGCTTTTCA-GTCGAATTCTGTTTCAGGTCA  1142

seq1: chr9_86299088_86300221
seq2: B6Ng01-324K03.g_68_1183 (reverse)

seq1  AGCTCAATACTAAGTGACTTCCACTTTTGCCTGTAAGGATCAACTCTTAA  50
      ||||||||||| | |||| | ||| |||| |||||| ||||||||||| |
seq2  AGCTCAATACT-ATTGAC-TGCAC-TTTGGCTGTAA-GATCAACTCTT-A  45

seq1  AACCTGAGATTCCTAATACTATTCAAAACTGGAATTAGAAAGGAAAAT-A  99
      | | ||||||  |||||||||||| ||||||  | |||||  |||||| |
seq2  AGCTTGAGAT--CTAATACTATTC-AAACTG--AATAGAA--GAAAATAA  88

seq1  GCCTAGAATCCAGCCCTCAAGCATCTTATTTCAAAACAAAGTAAGCAAGG  149
      |||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GCCTAG-ATCCAG-CCTC-AGCATC-TATTTCAAAACAAAGT-AGCAAGG  133

seq1  TTTACAAGATACTTCGGGCAGAAAGAAAAAGATATCAAGTTCAGATGAAC  199
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAGATACTTC-GGCAGAAAGAAAAAGATATCAAGTTCAGATGAAC  182

seq1  ACAGAGGAAGCAAGAATTCCCTTTTTTGCAACAAATACCAGCAGTTCTCT  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGAAGCAAGAATTCCC-TTTTTGCAACAAATACCAGCAGTTCTCT  231

seq1  TCTACTTACACCTGTAAGGCTGGAGAACCACAGTTGGCAGTCCAAGGCTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTACACCTGTAAGGCTGGAGAACCACAGTTGGCAGTCCAAGGCTC  281

seq1  CAGGGTATTCACCTCTGGACCTGCCATCATTAACCCCTGCCCTCAGCTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTATTCACCTCTGGACCTGCCATCATTAACCCCTGCCCTCAGCTCC  331

seq1  GCAGATCTCTTCTCTCTGGGAGGCTATCTGGGTAGCCTCTTCCTTAGACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTCTTCTCTCTGGGAGGCTATCTGGGTAGCCTCTTCCTTAGACC  381

seq1  AGGCTGATTAGTCCTATGGAGTGTGGAGAAGGAATGTTCATGTATTATTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGATTAGTCCTATGGAGTGTGGAGAAGGAATGTTCATGTATTATTG  431

seq1  AGCTAAAGGACAGCTACGCGGCGGCAAGCACAATTCCCCATCAACTAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAGGACAGCTACGCGGCGGCAAGCACAATTCCCCATCAACTAGAA  481

seq1  AGGTGAACTGGGCTACCAATGTCATGCCACAAGCATGTCAGCCTCACCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAACTGGGCTACCAATGTCATGCCACAAGCATGTCAGCCTCACCTC  531

seq1  AATAGTTAGAAGTAAAGGTTAGCAAACTTTTCCATAAAGGGTAAGGCTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTAGAAGTAAAGGTTAGCAAACTTTTCCATAAAGGGTAAGGCTAA  581

seq1  ATATTTTACTCTTTGTGGGATATATGTCACAGATACTCAAGTCCACTGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTACTCTTTGTGGGATATATGTCACAGATACTCAAGTCCACTGCT  631

seq1  AGAGAGCAAAGCAGTCAGGTGATATATGTGTAAATTTCATGCCTGTGTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAAAGCAGTCAGGTGATATATGTGTAAATTTCATGCCTGTGTTT  681

seq1  CAGTAAAACTTCAAAGGCACAGGGAGGTCCTAGATTTATCCAGTTGGCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAACTTCAAAGGCACAGGGAGGTCCTAGATTTATCCAGTTGGCTG  731

seq1  TAGTTTGCCCACCCTGATCTAAACCAATCAAGCACACATTGTCCTGTAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGCCCACCCTGATCTAAACCAATCAAGCACACATTGTCCTGTAGG  781

seq1  TCTATGTAAATTTATTTTTGTTTTTACAAACCCCAAGTTGATTCAACTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTAAATTTATTTTTGTTTTTACAAACCCCAAGTTGATTCAACTCT  831

seq1  TCATTAATACATAAATGTGTGTCACTTACATAGAAGAGCTGTCACCCCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAATACATAAATGTGTGTCACTTACATAGAAGAGCTGTCACCCCAA  881

seq1  TGAATTTTTATTCACCATGTCTTCTAGATAAAATACATACCATAGAATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTTATTCACCATGTCTTCTAGATAAAATACATACCATAGAATTT  931

seq1  GTAGCCCCTTGGAGATTAATGGCCTCTTTCCAAAACTGGTAGAGCTATGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCCTTGGAGATTAATGGCCTCTTTCCAAAACTGGTAGAGCTATGA  981

seq1  AAAGTTGCCAAGAAAATAATGTACGCATACAGCATTTCGACCCAGTTTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGCCAAGAAAATAATGTACGCATACAGCATTTCGACCCAGTTTTA  1031

seq1  AAAGGTTCTTTGCTACCCTGAAATTTGCTAAAGATGAGGACAATATGTCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTCTTTGCTACCCTGAAATTTGCTAAAGATGAGGACAATATGTCA  1081

seq1  AAGGATTTTAAGTCTCTGCCACTTCTTTTGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTTAAGTCTCTGCCACTTCTTTTGAATTC  1116