BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325D21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 44,377,039 - 44,490,807
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx6, LOC667406, LOC100042660, Treh
Upstream geneLOC384931, Pvrl1, LOC100042548, Thy1, Usp2, Mfrp, Rnf26, LOC100042569, Mcam, Cbl, BC038167, Pdzd3, Nlrx1, Abcg4, Mizf, Tmem24, Dpagt1, H2afx, Hmbs, Vps11, LOC100043172, Hyou1, LOC100043178, Slc37a4, Trappc4, Rps25, Ccdc84, Foxr1, Upk2, Bcl9l, Blr1
Downstream genePhldb1, Arcn1, 1500035H01Rik, Tmem25, BC021608, Mll1, Atp5l, Ube4a, Cd3g, Cd3d, Cd3e, Eva1, A530065I17Rik, Amica1, Scn2b, Scn4b, Tmprss4, Il10ra, Tmprss13, Fxyd6, Fxyd2, Dscaml1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325D21.bB6Ng01-325D21.g
ACCGA113351GA113352
length1,1701,162
definitionB6Ng01-325D21.b B6Ng01-325D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,489,630 - 44,490,807)(44,377,039 - 44,378,234)
sequence
gaattcaacaaagcgccccccgggcacaatgaaggggtgctttgagtaga
ttagggaggacctctcggggtagctgaggacttctgctttcatctggaat
cagggaagaggacccagggcagcctagcaccagccatgagggtagaggtt
gcagacagtgggagcagagagcctggcagccctagctggggaggctgtgc
ctcttgttccttttgttttgctgtgtggtcagggtctgattctaggagtc
ttagtatcctcaccctccatatgccagcctccgggctcctggctcaactg
ggtggtgtgctgaagcctgcacagcatcaggcaggtgaccactggcaaca
tccattgttgtgacccagatgaggccaatgctattcaaggtttcccttga
tctctccaaaccccctcccaaaccccactccacccccatgccacttgaaa
ccaaactcagaaggtggcgcaccccgtcccagtgcccctcccaggatgat
ggaacccgtggcctttcaccagggacagttgagatccggagcagtgagga
ctggcgtggggcccctcccttgggtccttcaacctgttcctgccagttcc
aagtgtgttagtggggagcttagcctccctcaatccttgtgagcgagcag
taggatggggtcaggtatgttcctactggagtggctggtcctgagcagcc
ttagggcagatggccaggtaggaaagcgtcccacagcactgggctgaaca
ctggctggccacatgcagcccaagtgactgtccttgggactgtacctggc
ccagaaaggactgtacctggctcaggaagggagagaggcagaggccatga
ctccagccatgtccttcttggctgcaggcggcagcgctggctagcccttg
ggcagcaggacaagcttgggttaacacaggaggatgtgaagggttacaag
cagatgttcccttctgacgtcagaagagcattctgggaaggcttctattt
agggctcaggatgtgggctatgttctagaaatatctgtgctcccagggca
ctgtgggtccagcaggtagggctctaccccatcccttggagcaatcagct
agaaccataagcaggcccaggcatgctacatcctttccagctttttccga
tctggtagctcctccccaga
gaattccagactagcctgggatacagagtaaaacctgtctcaaaaccaaa
ccaatgaacaacagatcaagctcagttgccttcttttcctgttgtttttg
atatgagctttgtataactgttggtggggcttttgtttgtttgtttgttt
ggttttgcttaatgctgtttataagcttcttcgtgggcttggagactggc
ctagaggttaagacaactcactattctttcagaggatggacggggttcag
ttcacgcctccacagcaaaggttcgtgagcaacggtaattcctcctccag
gagatctgacaccttcttctggcttccataaacacccagacacatatgtg
catatctctccacatatgcatggtttaaaaaagtaatgaatctttttata
aaaaatattttctcggtggctaggatggcacatttcttcagtcccagtac
ctggagatagagacaggtggatctccatgaatttgaagacagcctgatct
gtgttgtgagttccaggccagccaagtgctacatagtgacaccctatctc
aaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaacaaacaacaaaagcagcat
tttctcatgatatggggatccttgagaggggatgagagagctcatggata
aacatgtctccacagctggagacctgagtttccttccagggtccactttt
atttttcttttgagacagtttactatgtagaccaggctggcctcaaactc
acagaggtgcgctgcatgaggaaggtcactgttgcatgaggaaggtcact
gcactgcatgaggaaggtcactgggctgcatgaggaagaccactacactg
catgaggaaggtcactgcactgcatgaggaaggtcactgggctgcatgag
gaagaccactgcactgcatgaggaagtcactgggcttcatgcttcctgct
actggatattcattttcttctcttttaaaattttgtacagttgtatagat
gaaagtgtacctggtttttaaaatttgcatgctttgtactactgaagtag
aacctttccacgtgtcttagcacaatatgtttcctctttgtgacggttca
agtcattagtaatatctatgaagcctgataatctatataaatcgacccca
attactccagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_44489630_44490807
seq2: B6Ng01-325D21.b_45_1214 (reverse)

seq1  TCTGGGCGGAGGAGCTACACAAGATCTGGAAAAAGCTGGGAAAGAAGGTA  50
      |||||  |||||||||  || ||||| |||||||||| |||||| | |||
seq2  TCTGG--GGAGGAGCT--ACCAGATC-GGAAAAAGCT-GGAAAGGATGTA  44

seq1  GCAATGGCCTGGGCCTGCTTTATGG-TCTAGCTGATTGCTCC-AGGGATG  98
      |||   |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GCA--TGCCTGGGCCTGC-TTATGGTTCTAGCTGATTGCTCCAAGGGATG  91

seq1  GGGTAGAGCCCTACTTGCTGGGACCCACAGTG-CCTGGGAGCACAGATAT  147
      |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGGTAGAGCCCTACCTGCT-GGACCCACAGTGCCCTGGGAGCACAGATAT  140

seq1  TTCCTAAGAACATAGCCCACATCCCTGAGCCCTAAATAGAAGCCTT-CCA  196
      |||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTC--TAGAACATAGCCCACAT-CCTGAGCCCTAAATAGAAGCCTTCCCA  187

seq1  GAATGCTCTTCTGACGTCAGAAGGGAACATCTGCTTGTAACCCTTCACAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTCTTCTGACGTCAGAAGGGAACATCTGCTTGTAACCCTTCACAT  237

seq1  CCTCCTGTGTTAA-CCAAGCTTGTCCTGCTGCCCAAGGGCTAGCCAGCGC  295
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTGTTAACCCAAGCTTGTCCTGCTGCCCAAGGGCTAGCCAGCGC  287

seq1  TGCCGCCTGCAGCCAAGAAGGACATGGCTGGAGTCATGGCCTCTGCCTCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGCCTGCAGCCAAGAAGGACATGGCTGGAGTCATGGCCTCTGCCTCT  337

seq1  CTCCCTTCCTGAGCCAGGTACAGTCCTTTCTGGGCCAGGTACAGTCCCAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCCTGAGCCAGGTACAGTCCTTTCTGGGCCAGGTACAGTCCCAA  387

seq1  GGACAGTCACTTGGGCTGCATGTGGCCAGCCAGTGTTCAGCCCAGTGCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTCACTTGGGCTGCATGTGGCCAGCCAGTGTTCAGCCCAGTGCTG  437

seq1  TGGGACGCTTTCCTACCTGGCCATCTGCCCTAAGGCTGCTCAGGACCAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACGCTTTCCTACCTGGCCATCTGCCCTAAGGCTGCTCAGGACCAGC  487

seq1  CACTCCAGTAGGAACATACCTGACCCCATCCTACTGCTCGCTCACAAGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGTAGGAACATACCTGACCCCATCCTACTGCTCGCTCACAAGGA  537

seq1  TTGAGGGAGGCTAAGCTCCCCACTAACACACTTGGAACTGGCAGGAACAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGAGGCTAAGCTCCCCACTAACACACTTGGAACTGGCAGGAACAG  587

seq1  GTTGAAGGACCCAAGGGAGGGGCCCCACGCCAGTCCTCACTGCTCCGGAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGGACCCAAGGGAGGGGCCCCACGCCAGTCCTCACTGCTCCGGAT  637

seq1  CTCAACTGTCCCTGGTGAAAGGCCACGGGTTCCATCATCCTGGGAGGGGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGTCCCTGGTGAAAGGCCACGGGTTCCATCATCCTGGGAGGGGC  687

seq1  ACTGGGACGGGGTGCGCCACCTTCTGAGTTTGGTTTCAAGTGGCATGGGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGACGGGGTGCGCCACCTTCTGAGTTTGGTTTCAAGTGGCATGGGG  737

seq1  GTGGAGTGGGGTTTGGGAGGGGGTTTGGAGAGATCAAGGGAAACCTTGAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTGGGGTTTGGGAGGGGGTTTGGAGAGATCAAGGGAAACCTTGAA  787

seq1  TAGCATTGGCCTCATCTGGGTCACAACAATGGATGTTGCCAGTGGTCACC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTGGCCTCATCTGGGTCACAACAATGGATGTTGCCAGTGGTCACC  837

seq1  TGCCTGATGCTGTGCAGGCTTCAGCACACCACCCAGTTGAGCCAGGAGCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGATGCTGTGCAGGCTTCAGCACACCACCCAGTTGAGCCAGGAGCC  887

seq1  CGGAGGCTGGCATATGGAGGGTGAGGATACTAAGACTCCTAGAATCAGAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGCTGGCATATGGAGGGTGAGGATACTAAGACTCCTAGAATCAGAC  937

seq1  CCTGACCACACAGCAAAACAAAAGGAACAAGAGGCACAGCCTCCCCAGCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCACACAGCAAAACAAAAGGAACAAGAGGCACAGCCTCCCCAGCT  987

seq1  AGGGCTGCCAGGCTCTCTGCTCCCACTGTCTGCAACCTCTACCCTCATGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGCCAGGCTCTCTGCTCCCACTGTCTGCAACCTCTACCCTCATGG  1037

seq1  CTGGTGCTAGGCTGCCCTGGGTCCTCTTCCCTGATTCCAGATGAAAGCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCTAGGCTGCCCTGGGTCCTCTTCCCTGATTCCAGATGAAAGCAG  1087

seq1  AAGTCCTCAGCTACCCCGAGAGGTCCTCCCTAATCTACTCAAAGCACCCC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTCAGCTACCCCGAGAGGTCCTCCCTAATCTACTCAAAGCACCCC  1137

seq1  TTCATTGTGCCCGGGGGGCGCTTTGTTGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGTGCCCGGGGGGCGCTTTGTTGAATTC  1170

seq1: chr9_44377039_44378234
seq2: B6Ng01-325D21.g_67_1228

seq1  GAATTCCAGACTAGCCTGGGATACAGAGTAAAACCTGTCTCAAAACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACTAGCCTGGGATACAGAGTAAAACCTGTCTCAAAACCAAA  50

seq1  CCAATGAACAACAGATCAAGCTCAGTTGCCTTCTTTTCCTGTTGTTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAACAACAGATCAAGCTCAGTTGCCTTCTTTTCCTGTTGTTTTTG  100

seq1  ATATGAGCTTTGTATAACTGTTGGTGGGGCTTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGCTTTGTATAACTGTTGGTGGGGCTTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  150

seq1  GGTTTTGCTTAATGCTGTTTATAAGCTTCTTCGTGGGCTTGGAGACTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGCTTAATGCTGTTTATAAGCTTCTTCGTGGGCTTGGAGACTGGC  200

seq1  CTAGAGGTTAAGACAACTCACTATTCTTTCAGAGGATGGACGGGGTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGTTAAGACAACTCACTATTCTTTCAGAGGATGGACGGGGTTCAG  250

seq1  TTCACGCCTCCACAGCAAAGGTTCGTGAGCAACGGTAATTCCTCCTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGCCTCCACAGCAAAGGTTCGTGAGCAACGGTAATTCCTCCTCCAG  300

seq1  GAGATCTGACACCTTCTTCTGGCTTCCATAAACACCCAGACACATATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTGACACCTTCTTCTGGCTTCCATAAACACCCAGACACATATGTG  350

seq1  CATATCTCTCCACATATGCATGGTTTAAAAAAGTAATGAATCTTTTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTCTCCACATATGCATGGTTTAAAAAAGTAATGAATCTTTTTATA  400

seq1  AAAAATATTTTCTCGGTGGCTAGGATGGCACATTTCTTCAGTCCCAGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATTTTCTCGGTGGCTAGGATGGCACATTTCTTCAGTCCCAGTAC  450

seq1  CTGGAGATAGAGACAGGTGGATCTCCATGAATTTGAAGACAGCCTGATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATAGAGACAGGTGGATCTCCATGAATTTGAAGACAGCCTGATCT  500

seq1  GTGTTGTGAGTTCCAGGCCAGCCAAGTGCTACATAGTGACACCCTATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTGAGTTCCAGGCCAGCCAAGTGCTACATAGTGACACCCTATCTC  550

seq1  AAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAACAAACAACAAAAGCAGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAACAAACAACAAAAGCAGCAT  600

seq1  TTTCTCATGATATGGGGATCCTTGAGAGGGGATGAGAGAGCTCATGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCATGATATGGGGATCCTTGAGAGGGGATGAGAGAGCTCATGGATA  650

seq1  AACATGTCTCCACAGCTGGAGACCTGAGTTTCCTTCCAGGGTCCACTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTCTCCACAGCTGGAGACCTGAGTTTCCTTCCAGGGTCCACTTTT  700

seq1  ATTTTTCTTTTGAGACAGTTTACTATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTTTTGAGACAGTTTACTATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTC  750

seq1  ACAGAGGTGCGCTGCATGAGGAAGGTCACTGTTGCATGAGGAAGGTCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTGCGCTGCATGAGGAAGGTCACTGTTGCATGAGGAAGGTCACT  800

seq1  GCACTGCATGAGGAAGGTCACTGGGCTGCATGAGGAAGACCACTACACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGCATGAGGAAGGTCACTGGGCTGCATGAGGAAGACCACTACACTG  850

seq1  CATGAGGAAGGTCACTGCACTGCATGAGGAAGGTCACTGGGCTGCATGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGAAGGTCACTGCACTGCATGAGGAAGGTCACTGGGCTGCATGAG  900

seq1  GAAGACCACTGCACTGCATGAGGAAGGTCACTGGGCTTCATGCTTCCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCACTGCACTGCATGAGGAA-GTCACTGGGCTTCATGCTTCCTGC  949

seq1  TACTGGATATTCATTTTTCTTTCTTCTTTTTAAAATTTTTGTACAAGTTG  1000
      ||||||||||||||     |||||||| ||| ||| |||||||| |||||
seq2  TACTGGATATTCAT-----TTTCTTCTCTTTTAAAATTTTGTAC-AGTTG  993

seq1  TATAGATGAAAGTGGTACCTGGGTTTTTTAAAATTTGCATTGCTTTTGTT  1050
      ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||   |
seq2  TATAGATGAAAGT-GTACCTGG--TTTTTAAAATTTGCA-TGCTTT--GT  1037

seq1  ACTACTGAAGTAGAACTTTTTCCCACGTGTCTTTTAGCACAATATGTTTC  1100
      |||||||||||||||| |||  |||||||||  |||||||||||||||||
seq2  ACTACTGAAGTAGAACCTTT--CCACGTGTC--TTAGCACAATATGTTTC  1083

seq1  CTCTTTTGTGAACCGTTCAAGTTCATTTATTTTATTATTTTTTTTAGTGG  1150
      ||| |||||| || ||||||| |||      ||| || | | |    || 
seq2  CTC-TTTGTG-ACGGTTCAAG-TCA------TTAGTAATATCT---ATGA  1121

seq1  AGCTCTTGATATATTCTATATATAAATCTGA--CCAATTACTCTAGAG  1196
      ||  | |||||     | |||||||||| ||  |||||||||| ||||
seq2  AG--CCTGATA----ATCTATATAAATC-GACCCCAATTACTCCAGAG  1162