BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327C22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 95,696,671 - 95,839,177
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI427122, 1700065D16Rik
Upstream geneSlc9a9, Chst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1
Downstream geneXrn1, Gk5, Tfdp2, 1110029I05Rik, Atp1b3, BC043934, Rnf7, LOC667174, Rasa2, Zbtb38, EG622512, LOC100040230, LOC667216, Acpl2, LOC19034, LOC667226
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327C22.bB6Ng01-327C22.g
ACCGA114797GA114798
length1,1601,161
definitionB6Ng01-327C22.b B6Ng01-327C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,696,671 - 95,697,822)(95,838,002 - 95,839,177)
sequence
gaattcatgcctgaaatgttcaccttcaaaataatccgaccatagccaca
ttcctcccctttccctgtgaaaggtcactccagattagtggacccctttt
cagaacagggaaggcaaactaaaaagggaagaataaaaaaattaggctat
gagaaagtaagaagtggacccaatgtttaagagcattagctgctcttgca
gaggccctaggttcaattctcagttcccacatcaagtggctcacatctgc
ctttaattacagttccaggggacgtaccaccctcttctggcctctgcaag
tactgcacacatatggttcacatacaaacaagtaggggcacgcaaaaatg
aaaaatgttgttgcttgtataaaatacacacagaaaatttaaattatacc
catcttactgtccagaaatagtacctaatatctttatattttctcagagc
cactttctaaacacaggtacctcgggggtggagtttaaaatgtgctcata
tttagtattaattcattatttgtatgctttcatgttcctatcaatacaac
atttaatggccacatattactatctcattacttacatgatgaaatcctca
ctgtatggtatttacatggtttccaattcttacacacaatgcctcaaaga
atatccatgtttcctatccatgtttgcttctgtatgataaaacaaatcta
aacatgtatgttacttatatgtttaagacttctgatgtacaacagtttac
ccttttttttttatttttgagacaaggtcttgttatgtagcccaggctag
cctggaagtcaagataatcctgttccctcctcctaactgttgagattacg
gcatacattaccacacccagctcaacacctattcttaggtgacttagtga
tttttatatttagcatagacgatgaatacaaattatattatgtttcgctc
atgtatacctatttatacaagacagtttaatatgtaccacagatataaac
aagtagttgtgtcctataagaggaataggactgaagctaagtgggaaacc
catttcaatgctttttaatacttatgtataatttcatgttatatggagct
caaattcctcaaatattcaacaaatcataccaattatcagagaattcatc
ttattcactt
gaattcctaagtgtagtttctgataaagacctaaggtttcagataaagga
gtaggcacttgaacatgtaaacacttatatcgaataagtaagtgtgtcaa
gttcatcagaggtcaagtagaattaatggaaataattaaagattatgctt
ttgaaaggaaagggaaaaaatagggccacctgtatctttttacctagaaa
tggttactggattttgactgtcaagtgaactagctgttcacctgaaaaag
aacctttccctttaaaactcaccccatacacttttctctctcctacattc
agctttcccctctagtccttacacagaacagtggcttcctctgttatcac
cgtcctacttcacttacaagcatattgaaacagtaattgctactgcatgt
aatagccgttgcttacttccttacaaatgcaccagcaattctagacagat
ttctaccagtcatctttgttccttcaccacaatgcctgtgccctgaaata
taccctgaaaaaatgaaaaccaagggctcatgtataaagttcttgtctac
tatggataaagccttgggtttgatatctaacactatagaaaggcaaccaa
ttaacaaaaagccctccattcactttcctatcatgtaggtagattaacat
aaaagttttcaaagcttaaggatatgacaatataattagagactccttta
gagcattttaaatatatttataatattttatatagttgttttttttttat
ttagaactattgataactattaaaatagaggacacatgaaagagggtcat
atgttacaaattgaaaaaaaaaacaggtttattaaggtaaatcatacagg
gggtagagttatagctcagtgggaaagcccttgtttagcaagatcagttt
ctaattcaatctctagcatatcaagaaaagggatcaggggagaaaagata
cagagatatatatttaaaatatagcatttgatgtatttgctataaatata
ctgatgtactaaaactttaatgaaacatatacccaattcatagataagct
ctatgttaccctatttccacacctgctgattagcacttaggattcaggat
agtacgattgttgctatcagtagctgactgtaccgatgcacttccaacaa
actttctctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_95696671_95697822
seq2: B6Ng01-327C22.b_47_1206

seq1  GAATTCATGCCTGAAATGTTCACCTTCAAAATAATCCGACCATAGCCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCTGAAATGTTCACCTTCAAAATAATCCGACCATAGCCACA  50

seq1  TTCCTCCCCTTTCCCTGTGAAAGGTCACTCCAGATTAGTGGACCCCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCCTTTCCCTGTGAAAGGTCACTCCAGATTAGTGGACCCCTTTT  100

seq1  CAGAACAGGGAAGGCAAACTAAAAAGGGAAGAATAAAAAAATTAGGCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAGGGAAGGCAAACTAAAAAGGGAAGAATAAAAAAATTAGGCTAT  150

seq1  GAGAAAGTAAGAAGTGGACCCAATGTTTAAGAGCATTAGCTGCTCTTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTAAGAAGTGGACCCAATGTTTAAGAGCATTAGCTGCTCTTGCA  200

seq1  GAGGCCCTAGGTTCAATTCTCAGTTCCCACATCAAGTGGCTCACATCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCTAGGTTCAATTCTCAGTTCCCACATCAAGTGGCTCACATCTGC  250

seq1  CTTTAATTACAGTTCCAGGGGACGTACCACCCTCTTCTGGCCTCTGCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTACAGTTCCAGGGGACGTACCACCCTCTTCTGGCCTCTGCAAG  300

seq1  TACTGCACACATATGGTTCACATACAAACAAGTAGGGGCACGCAAAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCACACATATGGTTCACATACAAACAAGTAGGGGCACGCAAAAATG  350

seq1  AAAAATGTTGTTGCTTGTATAAAATACACACAGAAAATTTAAATTATACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTGTTGCTTGTATAAAATACACACAGAAAATTTAAATTATACC  400

seq1  CATCTTACTGTCCAGAAATAGTACCTAATATCTTTATATTTTCTCAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTACTGTCCAGAAATAGTACCTAATATCTTTATATTTTCTCAGAGC  450

seq1  CACTTTCTAAACACAGGTACCTCGGGGGTGGAGTTTAAAATGTGCTCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTAAACACAGGTACCTCGGGGGTGGAGTTTAAAATGTGCTCATA  500

seq1  TTTAGTATTAATTCATTATTTGTATGCTTTCATGTTCCTATCAATACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATTAATTCATTATTTGTATGCTTTCATGTTCCTATCAATACAAC  550

seq1  ATTTAATGGCCACATATTACTATCTCATTACTTACATGATGAAATCCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGGCCACATATTACTATCTCATTACTTACATGATGAAATCCTCA  600

seq1  CTGTATGGTATTTACATGGTTTCCAATTCTTACACACAATGCCTCAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGGTATTTACATGGTTTCCAATTCTTACACACAATGCCTCAAAGA  650

seq1  ATATCCATGTTTCCTATCCATGTTTGCTTCTGTATGATAAAACAAATCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATGTTTCCTATCCATGTTTGCTTCTGTATGATAAAACAAATCTA  700

seq1  AACATGTATGTTACTTATATGTTTAAGACTTCTGATGTACAACAGTTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTATGTTACTTATATGTTTAAGACTTCTGATGTACAACAGTTTAC  750

seq1  CC-TTTTTTTTTATTTTTGAGACAAGGTCTTGTTATGTAGCCCAGGCTAG  799
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTTTTTTATTTTTGAGACAAGGTCTTGTTATGTAGCCCAGGCTAG  800

seq1  CCTGGAAGTCAAGATAATCCTGTTCCCTCCTCCTAACTGTTGAGATTACG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAGTCAAGATAATCCTGTTCCCTCCTCCTAACTGTTGAGATTACG  850

seq1  GCATACATTACCACACCCAGCTCAACACCTATTCTTAGGTGACTTAGTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACATTACCACACCCAGCTCAACACCTATTCTTAGGTGACTTAGTGA  900

seq1  TTTTTATATTTAGCATAGACGATGAATACAAATTATATTATGTTTCGCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATTTAGCATAGACGATGAATACAAATTATATTATGTTTCGCTC  950

seq1  ATGTATACCTATTTATACAAGACAG-TTAATATGTACCACAGAATATAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTATACCTATTTATACAAGACAGTTTAATATGTACCACAG-ATATAAA  999

seq1  CAAGTAGTTGTGTCCTATAAGA-GAATAGGGACTGAAGCTAAGTGGGAAA  1047
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAGTTGTGTCCTATAAGAGGAATA-GGACTGAAGCTAAGTGGGAAA  1048

seq1  CCCATTTCAAATGCTTTT--ATACTTATGTATAATTTCATG-TATAT-GA  1093
      |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CCCATTTC-AATGCTTTTTAATACTTATGTATAATTTCATGTTATATGGA  1097

seq1  GCTTCAAATT-CTCAAATATTCACAAAATCATACCAATTATCAG---AAT  1139
      || ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||   | |
seq2  GC-TCAAATTCCTCAAATATTCAACAAATCATACCAATTATCAGAGAATT  1146

seq1  CATC-TATTCACTT  1152
      |||| |||||||||
seq2  CATCTTATTCACTT  1160

seq1: chr9_95838002_95839177
seq2: B6Ng01-327C22.g_67_1227 (reverse)

seq1  TTAGA-AAAGTTTGTTGGAGATGCAACTCGTTTAACAGACAAGCTACTAG  49
      ||||| |||||||||||||  ||||  ||| |  |||| | ||||||| |
seq2  TTAGAGAAAGTTTGTTGGAAGTGCA--TCGGT--ACAGTC-AGCTACT-G  44

seq1  AATTATGCAACAAATCGGTACTATCACTGA--TCTTAGTGCTTATCAGCC  97
      |  || ||||| |||| |||||||| ||||   || |||||| |||||| 
seq2  A--TA-GCAAC-AATC-GTACTATC-CTGAATCCTAAGTGCTAATCAGCA  88

seq1  AGTGT-GAAATAGTGTTACATAGAAGCTTATCTATGATTTGGGTTATATG  146
       |||| ||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GGTGTGGAAATAGGGTAACATAG-AGCTTATCTATGAATTGGG-TATATG  136

seq1  TTTCATTAAAGTTTTTAAGTACATCAGTATATTTATAGCAAAATACATCA  196
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCATTAAAGTTTT--AGTACATCAGTATATTTATAGC-AAATACATCA  183

seq1  AATGCTATATTTTAAATATATATCTCTGTATCTTTTCTCCCCCTGATCCC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATGCTATATTTTAAATATATATCTCTGTATCTTTTCT-CCCCTGATCCC  232

seq1  TTTTCTTGATATGCTAGAGATTGAATTAGAAACCTGATCTTGCTAAACAA  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGATATGCTAGAGATTGAATTAGAAA-CTGATCTTGCTAAACAA  281

seq1  GGGCTTTCCCACTGAGCTATAACTCTACCCCCTGTATGATTTACCTTAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTCCCACTGAGCTATAACTCTACCCCCTGTATGATTTACCTTAAT  331

seq1  AAACCTGTTTTTTTTTTCAATTTGTAACATATGACCCTCTTTCATGTGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGTTTTTTTTTTCAATTTGTAACATATGACCCTCTTTCATGTGTC  381

seq1  CTCTATTTTAATAGTTATCAATAGTTCTAAATAAAAAAAAAACAACTATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTTTAATAGTTATCAATAGTTCTAAATAAAAAAAAAACAACTATA  431

seq1  TAAAATATTATAAATATATTTAAAATGCTCTAAAGGAGTCTCTAATTATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTATAAATATATTTAAAATGCTCTAAAGGAGTCTCTAATTATA  481

seq1  TTGTCATATCCTTAAGCTTTGAAAACTTTTATGTTAATCTACCTACATGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATATCCTTAAGCTTTGAAAACTTTTATGTTAATCTACCTACATGA  531

seq1  TAGGAAAGTGAATGGAGGGCTTTTTGTTAATTGGTTGCCTTTCTATAGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGTGAATGGAGGGCTTTTTGTTAATTGGTTGCCTTTCTATAGTG  581

seq1  TTAGATATCAAACCCAAGGCTTTATCCATAGTAGACAAGAACTTTATACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCAAACCCAAGGCTTTATCCATAGTAGACAAGAACTTTATACA  631

seq1  TGAGCCCTTGGTTTTCATTTTTTCAGGGTATATTTCAGGGCACAGGCATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCTTGGTTTTCATTTTTTCAGGGTATATTTCAGGGCACAGGCATT  681

seq1  GTGGTGAAGGAACAAAGATGACTGGTAGAAATCTGTCTAGAATTGCTGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAAGGAACAAAGATGACTGGTAGAAATCTGTCTAGAATTGCTGGT  731

seq1  GCATTTGTAAGGAAGTAAGCAACGGCTATTACATGCAGTAGCAATTACTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGTAAGGAAGTAAGCAACGGCTATTACATGCAGTAGCAATTACTG  781

seq1  TTTCAATATGCTTGTAAGTGAAGTAGGACGGTGATAACAGAGGAAGCCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATATGCTTGTAAGTGAAGTAGGACGGTGATAACAGAGGAAGCCAC  831

seq1  TGTTCTGTGTAAGGACTAGAGGGGAAAGCTGAATGTAGGAGAGAGAAAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGTGTAAGGACTAGAGGGGAAAGCTGAATGTAGGAGAGAGAAAAG  881

seq1  TGTATGGGGTGAGTTTTAAAGGGAAAGGTTCTTTTTCAGGTGAACAGCTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGGGTGAGTTTTAAAGGGAAAGGTTCTTTTTCAGGTGAACAGCTA  931

seq1  GTTCACTTGACAGTCAAAATCCAGTAACCATTTCTAGGTAAAAAGATACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTTGACAGTCAAAATCCAGTAACCATTTCTAGGTAAAAAGATACA  981

seq1  GGTGGCCCTATTTTTTCCCTTTCCTTTCAAAAGCATAATCTTTAATTATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCCTATTTTTTCCCTTTCCTTTCAAAAGCATAATCTTTAATTATT  1031

seq1  TCCATTAATTCTACTTGACCTCTGATGAACTTGACACACTTACTTATTCG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTAATTCTACTTGACCTCTGATGAACTTGACACACTTACTTATTCG  1081

seq1  ATATAAGTGTTTACATGTTCAAGTGCCTACTCCTTTATCTGAAACCTTAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGTGTTTACATGTTCAAGTGCCTACTCCTTTATCTGAAACCTTAG  1131

seq1  GTCTTTATCAGAAACTACACTTAGGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATCAGAAACTACACTTAGGAATTC  1161