BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327I01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 45,221,630 - 45,349,954
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDscaml1
Upstream geneCcdc84, Foxr1, Upk2, Bcl9l, Blr1, Ddx6, LOC667406, LOC100042660, Treh, Phldb1, Arcn1, 1500035H01Rik, Tmem25, BC021608, Mll1, Atp5l, Ube4a, Cd3g, Cd3d, Cd3e, Eva1, A530065I17Rik, Amica1, Scn2b, Scn4b, Tmprss4, Il10ra, Tmprss13, Fxyd6, Fxyd2
Downstream geneCep164, LOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln, Sidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik, BC033915, Apoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327I01.bB6Ng01-327I01.g
ACCGA115033GA115034
length1,0141,081
definitionB6Ng01-327I01.b B6Ng01-327I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,221,630 - 45,222,644)(45,348,876 - 45,349,954)
sequence
gaattctctgttaccacccccccaacctcccagaaagtcctgtcaatcaa
taaccaagtctgcactcacacagaaacttctggacctcagcattcctgct
ctgcagtaaacaacagctcaggtctcttgtctgcaaaccaaacattcact
atcaagttaataaagttattcaggagaggcctgaaccctcagacagccac
tcaggagacatgagcaggaacagggggtgcagaatggacctcggctgttc
tggggtccttcctgctaccctgacatactttcttagatcagaatatactc
tcactccagaccccagcggattagctagtccaggatgggaatcatacctc
taagttcatgcacgccccctagtggccatcccagatccagcagaggatgt
actcagtaaacaatagttgagtgaccacactggctgctttagaggaaggc
ataggggtaaggagggctgtgcaggcatggggtctggggcagagtcggtg
gtgtgtaggctcactgaggtggggtgtctttgaggcctttcccagtatta
gccttcagctcatcctctgagtcttggtgtgttggctggttttgtgtcaa
cgtgacacaagctagagtcattgcagagaaaggagccttagttaggaaat
gcctccgtgatatccagctgtaaggcattttctcaattagtgatcagtgg
ggatggcccagcctatggtgggtggtgtcattctgggctggtggacctgg
gttctattatagcagactgagcaagccatggggagcaggccattaatcag
aacccctctatggcctttgcataactcctgcacctgggtttgtcccctat
ctgagttccttcagtgaagaacaccatatggaagtgtaagtaaataaccc
ccttcctgcgcagctgcgttttactcatggtgcttcgtccccacaatgag
aaagaaatctaatctgaaaaacttggtatcccgcaaaagcccactgaaat
ccctgggccagtga
gaattcagtagtaacagtgaatttccagtaaggcacagctgaactcctca
ctgcagtgtgccctgtgcagcagggtttaccatccatgtctcaaagattc
catagcactaggggacaagaaaggtccccttcaatctactaacaggatga
tcttaacgaagctgagggattgccctctcatatccagaggtagggctcaa
gtcttgtgggcacaatgtgggagcatggatgtgggggctccctggtcctc
ctttaccaaggcgacattgcatagactgactacctacatagccaggtttc
ttaaatgccccctgccttccagggccagattgagcaggccaccttgggag
gctttgtcaggtcaaacagcctaataccccttcctgggatggtccttggg
agtctcctcctctgcaaggagcctggcttccatggtcacagctgcagtga
aaataaatctagggcagatggaacccagagcctgcggggcatgaagctcc
acacgtggcaagttgcttaaaaggagaggagggggactattctcagatga
cccttcagggatagctttggctcttcttactctcatatttgcccttcatc
cttctcttcctcttcttcctccattttctgttcctggagactgactccag
agttcccaacccctcatctatacccctagctgaattttagcattttattt
tgagatgggaccttactaaaactgcctgggctgaccttgaactcatccta
tagctcagcagaacttaaatggtgttcctcttgcctcaggctcctgagta
gcttcctttacaggcccgagacactaaggttacttcctgccctccttctg
atctcggatctcaccctgtattttatagaccaagaattccacagctttct
gaattatgggaataaaccctggtgggtgggcatccatatttttctctccc
tcacttatccaccaagctcgtcagctcttaacacttccaccctggggaga
ttcaacaggcttggttctcttggcatggcagggatcacatcttgcatctt
ggggaagctttagggtgatacagtcctccga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_45221630_45222644
seq2: B6Ng01-327I01.b_44_1057

seq1  GAATTCTCTGTTACCACCCCCCCAACCTCCCAGAAAGTCCTGTCAATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTACCACCCCCCCAACCTCCCAGAAAGTCCTGTCAATCAA  50

seq1  TAACCAAGTCTGCACTCACACAGAAACTTCTGGACCTCAGCATTCCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAGTCTGCACTCACACAGAAACTTCTGGACCTCAGCATTCCTGCT  100

seq1  CTGCAGTAAACAACAGCTCAGGTCTCTTGTCTGCAAACCAAACATTCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTAAACAACAGCTCAGGTCTCTTGTCTGCAAACCAAACATTCACT  150

seq1  ATCAAGTTAATAAAGTTATTCAGGAGAGGCCTGAACCCTCAGACAGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTTAATAAAGTTATTCAGGAGAGGCCTGAACCCTCAGACAGCCAC  200

seq1  TCAGGAGACATGAGCAGGAACAGGGGGTGCAGAATGGACCTCGGCTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGACATGAGCAGGAACAGGGGGTGCAGAATGGACCTCGGCTGTTC  250

seq1  TGGGGTCCTTCCTGCTACCCTGACATACTTTCTTAGATCAGAATATACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCCTTCCTGCTACCCTGACATACTTTCTTAGATCAGAATATACTC  300

seq1  TCACTCCAGACCCCAGCGGATTAGCTAGTCCAGGATGGGAATCATACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCAGACCCCAGCGGATTAGCTAGTCCAGGATGGGAATCATACCTC  350

seq1  TAAGTTCATGCACGCCCCCTAGTGGCCATCCCAGATCCAGCAGAGGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCATGCACGCCCCCTAGTGGCCATCCCAGATCCAGCAGAGGATGT  400

seq1  ACTCAGTAAACAATAGTTGAGTGACCACACTGGCTGCTTTAGAGGAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTAAACAATAGTTGAGTGACCACACTGGCTGCTTTAGAGGAAGGC  450

seq1  ATAGGGGTAAGGAGGGCTGTGCAGGCATGGGGTCTGGGGCAGAGTCGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGTAAGGAGGGCTGTGCAGGCATGGGGTCTGGGGCAGAGTCGGTG  500

seq1  GTGTGTAGGCTCACTGAGGTGGGGTGTCTTTGAGGCCTTTCCCAGTATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTAGGCTCACTGAGGTGGGGTGTCTTTGAGGCCTTTCCCAGTATTA  550

seq1  GCCTTCAGCTCATCCTCTGAGTCTTGGTGTGTTGGCTGGTTTTGTGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGCTCATCCTCTGAGTCTTGGTGTGTTGGCTGGTTTTGTGTCAA  600

seq1  CGTGACACAAGCTAGAGTCATTGCAGAGAAAGGAGCCTTAGTTAGGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACACAAGCTAGAGTCATTGCAGAGAAAGGAGCCTTAGTTAGGAAAT  650

seq1  GCCTCCGTGATATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCGTGATATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAGTGG  700

seq1  GGATGGCCCAGCCTATGGTGGGTGGTGTCATTCTGGGCTGGTGGTCCTGG  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGATGGCCCAGCCTATGGTGGGTGGTGTCATTCTGGGCTGGTGGACCTGG  750

seq1  GTTCTATAAGAGCAGACTGAGCAAGCCATGGGGAGCAGGCCATTAATCAG  800
      ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATTATAGCAGACTGAGCAAGCCATGGGGAGCAGGCCATTAATCAG  800

seq1  AACCCCTCTATGGCCTTTGCATCAGCTCCTGCACCTGGGTTTGTCCCCTA  850
      |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCTATGGCCTTTGCAT-AACTCCTGCACCTGGGTTTGTCCCCTA  849

seq1  TCTGAGTTCCTTCAGTGATGAACAGCAATATGGAAGTGTAAGTTAAATAA  900
      |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTGAGTTCCTTCAGTGAAGAACA-CCATATGGAAGTGTAAG-TAAATAA  897

seq1  ACCCTTTCCTGCCCAACTTGCTTTTTAGTCATGGTGTTTTGTCACAACAA  950
       ||| ||||||| || | ||| ||||| |||||||| || ||| | ||||
seq2  CCCCCTTCCTGCGCAGC-TGCGTTTTACTCATGGTGCTTCGTCCCCACAA  946

seq1  T-AGAAAGAAATTCTAA-CTAAGACACTTGGGAACCAGCAAAA-CCCACT  997
      | ||||||||| ||||| || | | |||||| | || |||||| ||||||
seq2  TGAGAAAGAAA-TCTAATCTGAAAAACTTGGTATCCCGCAAAAGCCCACT  995

seq1  GAAA-CCCTGGGCCAGTGA  1015
      |||| ||||||||||||||
seq2  GAAATCCCTGGGCCAGTGA  1014

seq1: chr9_45348876_45349954
seq2: B6Ng01-327I01.g_65_1145 (reverse)

seq1  TCGGAGG-CTGTATACACCTAAAGC-TCCCAAGGATGC-AGATGTGGTCC  47
      ||||||| ||||||   |||||||| |||| | ||||| ||||||| |||
seq2  TCGGAGGACTGTATCACCCTAAAGCTTCCCCAAGATGCAAGATGTGATCC  50

seq1  TTG-CATGGCAAGAGGACCAAGCCTTGTTGGATTCTCCCAGGTGGGAAGT  96
       || |||| |||||| |||||||| ||||| ||   ||||||  ||||||
seq2  CTGCCATGCCAAGAGAACCAAGCC-TGTTGAATCTCCCCAGGGTGGAAGT  99

seq1  GTTAAAGAGCTGACGAGCTTGGTGGATAAGTGAGGGAGAGAAAAATATGG  146
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTT-AAGAGCTGACGAGCTTGGTGGATAAGTGAGGGAGAGAAAAATATGG  148

seq1  ATGCCCACCCA-CAGGGTTTATTCCCATAATTCAGAAAGCTGTGGAATTC  195
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCACCCACCAGGGTTTATTCCCATAATTCAGAAAGCTGTGGAATTC  198

seq1  TTGGTCTATAAAATACAGGGTGAGATCCGAGATCAGAAGGAGGGCAGGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTATAAAATACAGGGTGAGATCCGAGATCAGAAGGAGGGCAGGAA  248

seq1  GTAACCTTAGTGTCTCGGGCCTGTAAAGGAAGCTACTCAGGAGCCTGAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTTAGTGTCTCGGGCCTGTAAAGGAAGCTACTCAGGAGCCTGAGG  298

seq1  CAAGAGGAACACCATTTAAGTTCTGCCTGAGCTATAGGATGAGTTCAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAACACCATTTAAGTTCTG-CTGAGCTATAGGATGAGTTCAAGG  347

seq1  TCAGCCCAGGCAGTTTTAGTAAGGTCCCATCTCAAAATAAAATGCTAAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCAGGCAGTTTTAGTAAGGTCCCATCTCAAAATAAAATGCTAAAA  397

seq1  TTCAGCTAGGGGTATAGATGAGGGGTTGGGAACTCTGGAGTCAGTCTCCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTAGGGGTATAGATGAGGGGTTGGGAACTCTGGAGTCAGTCTCCA  447

seq1  GGAACAGAAAATGGAGGAAGAAGAGGAAGAGAAGGATGAAGGGCAAATAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGAAAATGGAGGAAGAAGAGGAAGAGAAGGATGAAGGGCAAATAT  497

seq1  GAGAGTAAGAAGAGCCAAAGCTATCCCTGAAGGGTCATCTGAGAATAGTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTAAGAAGAGCCAAAGCTATCCCTGAAGGGTCATCTGAGAATAGTC  547

seq1  CCCCTCCTCTCCTTTTAAGCAACTTGCCACGTGTGGAGCTTCATGCCCCG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTCTCCTTTTAAGCAACTTGCCACGTGTGGAGCTTCATGCCCCG  597

seq1  CAGGCTCTGGGTTCCATCTGCCCTAGATTTATTTTCACTGCAGCTGTGAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTGGGTTCCATCTGCCCTAGATTTATTTTCACTGCAGCTGTGAC  647

seq1  CATGGAAGCCAGGCTCCTTGCAGAGGAGGAGACTCCCAAGGACCATCCCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGCCAGGCTCCTTGCAGAGGAGGAGACTCCCAAGGACCATCCCA  697

seq1  GGAAGGGGTATTAGGCTGTTTGACCTGACAAAGCCTCCCAAGGTGGCCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGGTATTAGGCTGTTTGACCTGACAAAGCCTCCCAAGGTGGCCTG  747

seq1  CTCAATCTGGCCCTGGAAGGCAGGGGGCATTTAAGAAACCTGGCTATGTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCTGGCCCTGGAAGGCAGGGGGCATTTAAGAAACCTGGCTATGTA  797

seq1  GGTAGTCAGTCTATGCAATGTCGCCTTGGTAAAGGAGGACCAGGGAGCCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTCAGTCTATGCAATGTCGCCTTGGTAAAGGAGGACCAGGGAGCCC  847

seq1  CCACATCCATGCTCCCACATTGTGCCCACAAGACTTGAGCCCTACCTCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCCATGCTCCCACATTGTGCCCACAAGACTTGAGCCCTACCTCTG  897

seq1  GATATGAGAGGGCAATCCCTCAGCTTCGTTAAGATCATCCTGTTAGTAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGAGAGGGCAATCCCTCAGCTTCGTTAAGATCATCCTGTTAGTAGA  947

seq1  TTGAAGGGGACCTTTCTTGTCCCCTAGTGCTATGGAATCTTTGAGACATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGGGACCTTTCTTGTCCCCTAGTGCTATGGAATCTTTGAGACATG  997

seq1  GATGGTAAACCCTGCTGCACAGGGCACACTGCAGTGAGGAGTTCAGCTGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTAAACCCTGCTGCACAGGGCACACTGCAGTGAGGAGTTCAGCTGT  1047

seq1  GCCTTACTGGAAATTCACTGTTACTACTGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACTGGAAATTCACTGTTACTACTGAATTC  1081