BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327N06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 32,694,608 - 32,716,114
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBarx2, LOC100042266, Tpi-rs4, LOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1, Fli1, LOC669759, LOC100041398, Ets1, LOC100041426
Downstream geneLOC100042343
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327N06.bB6Ng01-327N06.g
ACCGA115257GA115258
length1,0601,131
definitionB6Ng01-327N06.b B6Ng01-327N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,694,608 - 32,695,668)(32,715,002 - 32,716,114)
sequence
gaattcttttctaaacatgtgccaaggctctgtactttggttgcttagat
cttctctctctgggaacctctgcagtttgtgtttttgatatggaaatgtg
cccattgatccctgctggaggacccatagccatggactggagaggctgcc
tcaggttgaaaaagaacagaattcagcaggtggctcttcccacttcctcc
atttctcccctgtctggaggcttgtttcttttccagcagtctcttgctca
gctcacattcttcccagtgctctggcggggacatctctttgtttttaaaa
gcaaaataaatgaattcttgataagggctgccatgctcctaaaaatccat
atggggataaaatgtagacatcttcaaaaggaaacttgagctgccagaca
ctgcttgggcccaccatgaataattcaactctgtaggtagtagactcaga
ctggttttgaagtggcctttacattaaccaactaaccaaaggaaagtgtt
gcgcctggttgcaggcaacacaaccaaggcccaagaaactcatcaaatat
gctcactaggaatttagctgctgtcctcagtgtgtgtgtgctatcatatg
tatagattgggaggcttcccccctttttttaattggatattttctttatt
tacacttcaaatgttatcccctttctcagttctccccttcctgaaaactc
tccatccacacacccccacccgcttctatgagggtgttctcctatccatc
cgtccactcctgtctccccaccctccattcccctacactggggcatccat
cgagccgccataggaccaagtacatccccttccactgatgcatgacaagg
ctatcctctgctacatatgcagctggaactatgtgtactcctttggttgg
tcacttaatccctgggagttctgtgggatctggttgggttgatgttgttg
ttcttcctagagggttgcaaaccactttcagcttcttcagcccttttctc
taattcctctgttgggtccccatgccggttcactattggctacgagcatc
actctgtatt
gaattcagtctgtcactttgtctaattccctcttggccagagggtgccag
agatgtatgattggtggcatgaccactcgcatgtgacagcagctgcaatc
ctcagtgttccctgagtggagtggggtctacctgaggacataggccagag
gaggtagacacataaagaaacaagagcaatagctcttcatgacatcactc
tttgccctgattcagacacaaaccttatgactgagagacagagtcccatg
tcagacatgcagttgtcctgtcaggatgcaagtgttttatgagcattttc
ctcactcactaaccctttcgggagaaagaactcaaaaaagaatgaggctc
aggcaagaaagcatggaggagactgaaaattcaaagggagggttagctaa
agtccagacaccttgaatgaagagagtcaggctctatctggctctacctt
cagcaggctgtgagggcttgcacttgattgaatcagttcccagtttcctg
tttaaaatctgaaagaaatgagttcttggttaagctatgatgttaggatt
tctcgtgattagaagcttcccactgcatttcttccagtcctttactttca
agcaagtgctagaatggtgaaccctcaacatgagactttttggggactgt
gacatgaacttctgcacaagctggccaaaatgtattctgtcattagcagt
gtctccttatggagccttgatgcccaagttttatgagtttagaactaaca
tggtaaccaagatggaggcaaattggtcttttccaatttagctcactcag
aatcaacttgtctgctcacagcaaagcagtttaagaatcccgtcatactt
agacagtgtgtcacttttcttttttattttaacatttgtatgtgtgtgta
cattgttttaagttttgtttttccttttgatttgagaccagatacttctg
atgagcttgggttgggcactttaccgaatttggctagtcatagctgctag
taagcccaacagaatagttctgttctctgccacacagaagctccagatca
ctgcctgggggtcctgccagtgcaccatgtgttttcagcggttccttacg
tggtgggattctggttaagggttgactctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_32694608_32695668
seq2: B6Ng01-327N06.b_43_1102

seq1  GAATTCTTTTCTAAACATGTGCCAAGGCTCTGTACTTTGGTTGCTTAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTAAACATGTGCCAAGGCTCTGTACTTTGGTTGCTTAGAT  50

seq1  CTTCTCTCTCTGGGAACCTCTGCAGTTTGTGTTTTTGATATGGAAATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCTCTGGGAACCTCTGCAGTTTGTGTTTTTGATATGGAAATGTG  100

seq1  CCCATTGATCCCTGCTGGAGGACCCATAGCCATGGACTGGAGAGGCTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGATCCCTGCTGGAGGACCCATAGCCATGGACTGGAGAGGCTGCC  150

seq1  TCAGGTTGAAAAAGAACAGAATTCAGCAGGTGGCTCTTCCCACTTCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGAAAAAGAACAGAATTCAGCAGGTGGCTCTTCCCACTTCCTCC  200

seq1  ATTTCTCCCCTGTCTGGAGGCTTGTTTCTTTTCCAGCAGTCTCTTGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCCCCTGTCTGGAGGCTTGTTTCTTTTCCAGCAGTCTCTTGCTCA  250

seq1  GCTCACATTCTTCCCAGTGCTCTGGCGGGGACATCTCTTTGTTTTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACATTCTTCCCAGTGCTCTGGCGGGGACATCTCTTTGTTTTTAAAA  300

seq1  GCAAAATAAATGAATTCTTGATAAGGGCTGCCATGCTCCTAAAAATCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATAAATGAATTCTTGATAAGGGCTGCCATGCTCCTAAAAATCCAT  350

seq1  ATGGGGATAAAATGTAGACATCTTCAAAAGGAAACTTGAGCTGCCAGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGATAAAATGTAGACATCTTCAAAAGGAAACTTGAGCTGCCAGACA  400

seq1  CTGCTTGGGCCCACCATGAATAATTCAACTCTGTAGGTAGTAGACTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGGGCCCACCATGAATAATTCAACTCTGTAGGTAGTAGACTCAGA  450

seq1  CTGGTTTTGAAGTGGCCTTTACATTAACCAACTAACCAAAGGAAAGTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTGAAGTGGCCTTTACATTAACCAACTAACCAAAGGAAAGTGTT  500

seq1  GCGCCTGGTTGCAGGCAACACAACCAAGGCCCAAGAAACTCATCAAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTGGTTGCAGGCAACACAACCAAGGCCCAAGAAACTCATCAAATAT  550

seq1  GCTCACTAGGAATTTAGCTGCTGTCCTCAGTGTGTGTGTGCTATCATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTAGGAATTTAGCTGCTGTCCTCAGTGTGTGTGTGCTATCATATG  600

seq1  TATAGATTGGGAGGCTTCCCCCCTTTTTTTAATTGGATATTTTCTTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATTGGGAGGCTTCCCCCCTTTTTTTAATTGGATATTTTCTTTATT  650

seq1  TACACTTCAAATGTTATCCCCTTTCTCAGTTCTCCCCTTCCTGAAAACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTCAAATGTTATCCCCTTTCTCAGTTCTCCCCTTCCTGAAAACTC  700

seq1  TCCATCCACACACCCCCACCCGCTTCTATGAGGGTGTTCTCCTATCCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCACACACCCCCACCCGCTTCTATGAGGGTGTTCTCCTATCCATC  750

seq1  CGTCCACTCCTGTCTCCCCACCCTCCATTCCCCTACACTGGGGCATCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCACTCCTGTCTCCCCACCCTCCATTCCCCTACACTGGGGCATCCAT  800

seq1  CGAGCCGCCATAGGACCAAGTACATCCCCTTCCACTGATGCATGACAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCGCCATAGGACCAAGTACATCCCCTTCCACTGATGCATGACAAGG  850

seq1  CTATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAACTATGTGTACTCC-TTGGTTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAACTATGTGTACTCCTTTGGTTGG  900

seq1  TCACTTAATCCCTGGGAGTTCTGTGGGATCTGGTT-GGTTGATGTTGTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCACTTAATCCCTGGGAGTTCTGTGGGATCTGGTTGGGTTGATGTTGTTG  950

seq1  TTCTTCCTAGAGGGTTGCAAACCAC-TTCAGCTCCTTCAGCCC-TTTCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TTCTTCCTAGAGGGTTGCAAACCACTTTCAGCTTCTTCAGCCCTTTTCTC  1000

seq1  TAATTCCTCTGTTGGGGTCCCCATGCCCGGTCCACTGGTTGGCTACGAGC  1046
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||
seq2  TAATTCCTCTGTT-GGGTCCCCATG-CCGGTTCACT-ATTGGCTACGAGC  1047

seq1  ATCCACCTCTGTATT  1061
      |||   |||||||||
seq2  ATC--ACTCTGTATT  1060

seq1: chr9_32715002_32716114
seq2: B6Ng01-327N06.g_66_1196 (reverse)

seq1  CTAGAGTCCAACCT--ACCAGAA-CCCACCACGTAAG--AACGCTG--AA  43
      |||||||| | |||  ||||||| |||||||||||||  | |||||  ||
seq2  CTAGAGTCAACCCTTAACCAGAATCCCACCACGTAAGGAACCGCTGAAAA  50

seq1  CACAAGGTGCACT-GCAGGAACCCCA-GCAGTGATCTGGGGC-TCTGTGT  90
      |||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||| || |||||||
seq2  CACATGGTGCACTGGCAGGACCCCCAGGCAGTGATCTGGAGCTTCTGTGT  100

seq1  -GCAGAG-ACAGGACTA-TCTGTTGGGCTTACTAGCAGCTATGACTAGCC  137
       |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAACAGAACTATTCTGTTGGGCTTACTAGCAGCTATGACTAGCC  150

seq1  AAA-TCGGT-AAGTGCC--AACCAAGCTCATCAGAAGTATCTGGTCTCAA  183
      ||| ||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCGGTAAAGTGCCCAACCCAAGCTCATCAGAAGTATCTGGTCTCAA  200

seq1  ATCAAAAGGAAAAACAAAAC-TAAAACAATGTACACACACATACAAATGT  232
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAGGAAAAACAAAACTTAAAACAATGTACACACACATACAAATGT  250

seq1  TAAAATAAAAAAGAAAAGTGACACACTGTCTAAGTATGACGGGATTCTTA  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAAAAGAAAAGTGACACACTGTCTAAGTATGACGGGATTCTTA  300

seq1  AACTGCTTTGCTGTGAGCAGACAAGTTGATTCTGAGTGAGCTAAATTGGA  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTTTGCTGTGAGCAGACAAGTTGATTCTGAGTGAGCTAAATTGGA  350

seq1  AAAGACCAATTTGCCTCCATCTTGGTTACCATGTTAGTTCTAAACTCATA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCAATTTGCCTCCATCTTGGTTACCATGTTAGTTCTAAACTCATA  400

seq1  AAACTTGGGCATCAAGGCTCCATAAGGAGACACTGCTAATGACAGAATAC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGGGCATCAAGGCTCCATAAGGAGACACTGCTAATGACAGAATAC  450

seq1  ATTTTGGCCAGCTTGTGCAGAAGTTCATGTCACAGTCCCCAAAAAGTCTC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGCCAGCTTGTGCAGAAGTTCATGTCACAGTCCCCAAAAAGTCTC  500

seq1  ATGTTGAGGGTTCACCATTCTAGCACTTGCTTGAAAGTAAAGGACTGGAA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAGGGTTCACCATTCTAGCACTTGCTTGAAAGTAAAGGACTGGAA  550

seq1  GAAATGCAGTGGGAAGCTTCTAATCACGAGAAATCCTAACATCATAGCTT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCAGTGGGAAGCTTCTAATCACGAGAAATCCTAACATCATAGCTT  600

seq1  AACCAAGAACTCATTTCTTTCAGATTTTAAACAGGAAACTGGGAACTGAT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGAACTCATTTCTTTCAGATTTTAAACAGGAAACTGGGAACTGAT  650

seq1  TCAATCAAGTGCAAGCCCTCACAGCCTGCTGAAGGTAGAGCCAGATAGAG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAAGTGCAAGCCCTCACAGCCTGCTGAAGGTAGAGCCAGATAGAG  700

seq1  CCTGACTCTCTTCATTCAAGGTGTCTGGACTTTAGCTAACCCTCCCTTTG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTCTCTTCATTCAAGGTGTCTGGACTTTAGCTAACCCTCCCTTTG  750

seq1  AATTTTCAGTCTCCTCCATGCTTTCTTGCCTGAGCCTCATTCTTTTTTGA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCAGTCTCCTCCATGCTTTCTTGCCTGAGCCTCATTCTTTTTTGA  800

seq1  GTTCTTTCTCCCGAAAGGGTTAGTGAGTGAGGAAAATGCTCATAAAACAC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCTCCCGAAAGGGTTAGTGAGTGAGGAAAATGCTCATAAAACAC  850

seq1  TTGCATCCTGACAGGACAACTGCATGTCTGACATGGGACTCTGTCTCTCA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCCTGACAGGACAACTGCATGTCTGACATGGGACTCTGTCTCTCA  900

seq1  GTCATAAGGTTTGTGTCTGAATCAGGGCAAAGAGTGATGTCATGAAGAGC  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAGGTTTGTGTCTGAATCAGGGCAAAGAGTGATGTCATGAAGAGC  950

seq1  TATTGCTCTTGTTTCTTTATGTGTCTACCTCCTCTGGCCTATGTCCTCAG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTCTTGTTTCTTTATGTGTCTACCTCCTCTGGCCTATGTCCTCAG  1000

seq1  GTAGACCCCACTCCACTCAGGGAACACTGAGGATTGCAGCTGCTGTCACA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACCCCACTCCACTCAGGGAACACTGAGGATTGCAGCTGCTGTCACA  1050

seq1  TGCGAGTGGTCATGCCACCAATCATACATCTCTGGCACCCTCTGGCCAAG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAGTGGTCATGCCACCAATCATACATCTCTGGCACCCTCTGGCCAAG  1100

seq1  AGGGAATTAGACAAAGTGACAGACTGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTAGACAAAGTGACAGACTGAATTC  1131