BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328B23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 70,007,988 - 70,090,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyo1e
Upstream geneRora, Narg2, EG665815, EG244913, Anxa2, Foxb1, Bnip2, LOC624164, Gtf2a2, Gcnt3, 6430514L14Rik
Downstream geneCcnb2, Rnf111, Sltm, B230380D07Rik, Adam10, Cycs-ps1, Lipc, LOC100041622, LOC100041628, Aqp9, 1700020I22Rik, LOC100041660, Aldh1a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328B23.bB6Ng01-328B23.g
ACCGA115469GA115470
length1,1871,168
definitionB6Ng01-328B23.b B6Ng01-328B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,089,346 - 70,090,539)(70,007,988 - 70,009,157)
sequence
gaattcccaagcccatggccccacagcatggcagagagtctggtgactca
gagggtgagcaaacctgcggccctgaatgttagctggcagtcaaaaggcc
ttgcagaacttggcctttgcccaatcagtggtagcaggtgagagcaaagg
gcacactgtcattccccaagacaggaagtggccggccttctgctttaggt
ctgtgcacagactggccagatctgtaaggcttaaggcatgtgaaaatcta
gggcctggggcaagagaagggaccagagttttatatataagtatatattc
aaaagaacaaagctaaggcagggttggtttatctttcaagctccgagagg
ctgtcaccatcccacagcttagcttcagttcaacccaccaagaaaaccag
agccctgccatccagatagacattcaaaatagaacttgagtcaaaaggtt
acacatgcagtaaatatatggaaatagttagcaagaagccaacatttcct
ctatgctcagtctggctctatctgagttctttgctctatgggaagcacag
ctctgaagttaggaagacagcctccccttgaagcttgcattccaggccat
gagaccccatactaggtctgactcggctcgtccaccttccttaaccagca
tcagggcgaggtctctccttcctgtccatccaggacaggatccacgaggt
cgatgactgagtacctcagctagaacgtggaatgcagccgaggctggagg
gccctaggatcttataactaaatggttcagacacccacgtagcaatctga
cctgtgcatagttggaagaaaaatggacccgagactcagagttataagca
tttggggtcactccaaacccaaagagattttgacatctgttcaaagaagc
cacaggaacttggtaaagggcactcaaagggcctctgtgagtcaaagcag
agagggggaaaaaaagcccacccaaactttcccacagcacgtcagtgttc
catccaagtggaggcatcatatgactgggccatggtgactgccagctgtc
gaacactgagcagcactttctgcacagcactgctgtttaatattccctct
taagtcttagagcagcacaagctattccactcagaagcctgctgcctaca
ggcgtaaacacaggatttcccaatgggaaaagggcga
gaattcaaggagacaacattagaaactcaagcaaatacaatcgggaatga
cgggcggtggggcagggcgtctctaactgactcagcatccggacttgagc
aggactgaatcagaacactggggctggcgggcgcagccaggatagtcagt
gcacatccatctggatatttcagaagctgaattcactttctatctatagc
atccctccgtttggttttcctttttaacatttatttcccaagatgcttgc
agagaaacctcagaagtgcggtaactctctcttaccatgcccctgcccag
ctcccatcaacctcattatccatcctgggcacaccctcagtcaacaggag
cagaagtctaggacagtggcttattggcttataggacagtggccttggct
gctttacttgaaagataaattttgtaaagctgtacgcaccaccccccttg
tatatttttaagttggcatctaaaaacgttcaccgtaggttcaaatagtt
gcaaaagatgtaatttctggcatagtgatattttaagacagcccagttct
agcatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatt
tatgacgaaatcttatgtagcccaggctagcctcaaatttactatgtaac
caaaaataaccttgaactttgaacctcttgtttctgcttctcccaagtgc
ttggtggtagacagccccacactaggtttttatccagtgatggggataaa
attcaggactttatgtatgataggcaagccatgtaccaacttagctacat
ctccagactcagtcacaacactctttaaaatgatcccaaatcctctaaag
atcacagcaaatagatgctggctttgtaatgcagattcaaaagcttacta
ggttcccagtgcctggtaaatagaagtactatttttcagcttagagaggt
atagaggtctctagaagagttggggaagagacaaaatgctatcagtgact
ctagagggattgtagcccagtgatgctgtatctcacccttcgtgccttag
ccatggctgtgtcctctctgcattcggctattacccactgctcttgcaga
acagctgggtgcctgtacataggaactgtgtcactagccaccagcactca
aaactctggtgtgggaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_70089346_70090539
seq2: B6Ng01-328B23.b_47_1232 (reverse)

seq1  CGCCCTCT--CCATTGGGAA---CTGTGTTTACG-CTGTAGGCAGCAGGG  44
      |||||| |  ||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||  |
seq2  CGCCCTTTTCCCATTGGGAAATCCTGTGTTTACGCCTGTAGGCAGCA--G  48

seq1  GCTTCTGGGAAGTGGGAATAGCTGTGGCTTGCTCTTAAAGACCTTAAGAG  94
      |||||||   ||| ||||||||| ||   ||||||  |||| ||||||||
seq2  GCTTCTG---AGT-GGAATAGCT-TGTGCTGCTCT--AAGA-CTTAAGAG  90

seq1  GGAATATAAAACAAGCAGTGGCTGTGCAGGAAGTGGCCTGCTCAGTGTTC  144
      ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||
seq2  GGAATATTAAAC-AGCAGT-GCTGTGCAGAAAGTG--CTGCTCAGTGTTC  136

seq1  GACAGCTGGCAGTCACCATGGCCCAGTCATATGATGCCCTCCACTTGGAT  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GACAGCTGGCAGTCACCATGGCCCAGTCATATGATG-CCTCCACTTGGAT  185

seq1  GGAACACTGACGTGCTGTGGGAAAGTTTGGGTGGGCTTTTTTTCCCCCTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACTGACGTGCTGTGGGAAAGTTTGGGTGGGCTTTTTTTCCCCCTC  235

seq1  TCTGCTTTGACTCACAGAGGCCC-TTGAGTGCCCTTTACCAAGTTCCTGT  293
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTGACTCACAGAGGCCCTTTGAGTGCCCTTTACCAAGTTCCTGT  285

seq1  GGCTTCTTTGAACAGATGTCAAAATCTCTTTGGGTTTGGAGTGACCCCAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTTGAACAGATGTCAAAATCTCTTTGGGTTTGGAGTGACCCCAA  335

seq1  ATGCTTATAACTCTGAGTCTCGGGTCCATTTTTCTTCCAACTATGCACAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATAACTCTGAGTCTCGGGTCCATTTTTCTTCCAACTATGCACAG  385

seq1  GTCAGATTGCTACGTGGGTGTCTGAACCATTTAGTTATAAGATCCTAGGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATTGCTACGTGGGTGTCTGAACCATTTAGTTATAAGATCCTAGGG  435

seq1  CCCTCCAGCCTCGGCTGCATTCCACGTTCTAGCTGAGGTACTCAGTCATC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGCCTCGGCTGCATTCCACGTTCTAGCTGAGGTACTCAGTCATC  485

seq1  GACCTCGTGGATCCTGTCCTGGATGGACAGGAAGGAGAGACCTCGCCCTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCGTGGATCCTGTCCTGGATGGACAGGAAGGAGAGACCTCGCCCTG  535

seq1  ATGCTGGTTAAGGAAGGTGGACGAGCCGAGTCAGACCTAGTATGGGGTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGTTAAGGAAGGTGGACGAGCCGAGTCAGACCTAGTATGGGGTCT  585

seq1  CATGGCCTGGAATGCAAGCTTCAAGGGGAGGCTGTCTTCCTAACTTCAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCTGGAATGCAAGCTTCAAGGGGAGGCTGTCTTCCTAACTTCAGA  635

seq1  GCTGTGCTTCCCATAGAGCAAAGAACTCAGATAGAGCCAGACTGAGCATA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTTCCCATAGAGCAAAGAACTCAGATAGAGCCAGACTGAGCATA  685

seq1  GAGGAAATGTTGGCTTCTTGCTAACTATTTCCATATATTTACTGCATGTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATGTTGGCTTCTTGCTAACTATTTCCATATATTTACTGCATGTG  735

seq1  TAACCTTTTGACTCAAGTTCTATTTTGAATGTCTATCTGGATGGCAGGGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTTTGACTCAAGTTCTATTTTGAATGTCTATCTGGATGGCAGGGC  785

seq1  TCTGGTTTTCTTGGTGGGTTGAACTGAAGCTAAGCTGTGGGATGGTGACA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTTTCTTGGTGGGTTGAACTGAAGCTAAGCTGTGGGATGGTGACA  835

seq1  GCCTCTCGGAGCTTGAAAGATAAACCAACCCTGCCTTAGCTTTGTTCTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCGGAGCTTGAAAGATAAACCAACCCTGCCTTAGCTTTGTTCTTT  885

seq1  TGAATATATACTTATATATAAAACTCTGGTCCCTTCTCTTGCCCCAGGCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATACTTATATATAAAACTCTGGTCCCTTCTCTTGCCCCAGGCC  935

seq1  CTAGATTTTCACATGCCTTAAGCCTTACAGATCTGGCCAGTCTGTGCACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTTTCACATGCCTTAAGCCTTACAGATCTGGCCAGTCTGTGCACA  985

seq1  GACCTAAAGCAGAAGGCCGGCCACTTCCTGTCTTGGGGAATGACAGTGTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAAAGCAGAAGGCCGGCCACTTCCTGTCTTGGGGAATGACAGTGTG  1035

seq1  CCCTTTGCTCTCACCTGCTACCACTGATTGGGCAAAGGCCAAGTTCTGCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGCTCTCACCTGCTACCACTGATTGGGCAAAGGCCAAGTTCTGCA  1085

seq1  AGGCCTTTTGACTGCCAGCTAACATTCAGGGCCGCAGGTTTGCTCACCCT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTTTGACTGCCAGCTAACATTCAGGGCCGCAGGTTTGCTCACCCT  1135

seq1  CTGAGTCACCAGACTCTCTGCCATGCTGTGGGGCCATGGGCTTGGGAATT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCACCAGACTCTCTGCCATGCTGTGGGGCCATGGGCTTGGGAATT  1185

seq1  C  1194
      |
seq2  C  1186

seq1: chr9_70007988_70009157
seq2: B6Ng01-328B23.g_64_1231

seq1  GAATTCAAGGAGACAACATTAGAAACTCAAGCAAATACAATCGGGAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAGACAACATTAGAAACTCAAGCAAATACAATCGGGAATGA  50

seq1  CGGGCGGTGGGGCAGGGCGTCTCTAACTGACTCAGCATCCGGACTTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCGGTGGGGCAGGGCGTCTCTAACTGACTCAGCATCCGGACTTGAGC  100

seq1  AGGACTGAATCAGAACACTGGGGCTGGCGGGCGCAGCCAGGATAGTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGAATCAGAACACTGGGGCTGGCGGGCGCAGCCAGGATAGTCAGT  150

seq1  GCACATCCATCTGGATATTTCAGAAGCTGAATTCACTTTCTATCTATAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCCATCTGGATATTTCAGAAGCTGAATTCACTTTCTATCTATAGC  200

seq1  ATCCCTCCGTTTGGTTTTCCTTTTTAACATTTATTTCCCAAGATGCTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCCGTTTGGTTTTCCTTTTTAACATTTATTTCCCAAGATGCTTGC  250

seq1  AGAGAAACCTCAGAAGTGCGGTAACTCTCTCTTACCATGCCCCTGCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAACCTCAGAAGTGCGGTAACTCTCTCTTACCATGCCCCTGCCCAG  300

seq1  CTCCCATCAACCTCATTATCCATCCTGGGCACACCCTCAGTCAACAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCAACCTCATTATCCATCCTGGGCACACCCTCAGTCAACAGGAG  350

seq1  CAGAAGTCTAGGACAGTGGCTTATTGGCTTATAGGACAGTGGCCTTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTCTAGGACAGTGGCTTATTGGCTTATAGGACAGTGGCCTTGGCT  400

seq1  GCTTTACTTGAAAGATAAATTTTGTAAAGCTGTACGCACCACCCCCCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTACTTGAAAGATAAATTTTGTAAAGCTGTACGCACCACCCCCCTTG  450

seq1  TATATTTTTAAGTTGGCATCTAAAAACGTTCACCGTAGGTTCAAATAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTTAAGTTGGCATCTAAAAACGTTCACCGTAGGTTCAAATAGTT  500

seq1  GCAAAAGATGTAATTTCTGGCATAGTGATATTTTAAGACAGCCCAGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGATGTAATTTCTGGCATAGTGATATTTTAAGACAGCCCAGTTCT  550

seq1  AGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATT  600

seq1  TATGACGAAATCTTATGTAGCCCAGGCTAGCCTCAAATTTACTATGTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACGAAATCTTATGTAGCCCAGGCTAGCCTCAAATTTACTATGTAAC  650

seq1  CAAAAATAACCTTGAACTTTGAACCTCTTGTTTCTGCTTCTCCCAAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAACCTTGAACTTTGAACCTCTTGTTTCTGCTTCTCCCAAGTGC  700

seq1  TTGGTGGTAGACAGCCCCACACTAGGTTTTTATCCAGTGATGGGGATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTAGACAGCCCCACACTAGGTTTTTATCCAGTGATGGGGATAAA  750

seq1  ATTCAGGACTTTATGTATGATAGGCAAGCCATGTACCAACTTAGCTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGACTTTATGTATGATAGGCAAGCCATGTACCAACTTAGCTACAT  800

seq1  CTCCAGACTCAGTCACAACACTCTTTAAAATGATCCCAAATCCTCTAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGACTCAGTCACAACACTCTTTAAAATGATCCCAAATCCTCTAAAG  850

seq1  ATCACAGCAAATAGATGCTGGCTTTGTAATGCAGATTCAAAAGCTTACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGCAAATAGATGCTGGCTTTGTAATGCAGATTCAAAAGCTTACTA  900

seq1  GGTTCCCAGTGCCTGGTAAATAGAAGTACTATTTTTCAGCTTAGAGAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCAGTGCCTGGTAAATAGAAGTACTATTTTTCAGCTTAGAGAGGT  950

seq1  ATAGAGGTCTCTAGAAAGAGTT-GGGAAGAGACAAAATGCTATCAGTGAC  999
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGTCTCTAG-AAGAGTTGGGGAAGAGACAAAATGCTATCAGTGAC  999

seq1  TCTTAGGAGGGATTGTAG-CCAGTGATGCTGTTATCTCACCCTTCGTGCC  1048
      |||   |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TCT--AGAGGGATTGTAGCCCAGTGATGCTG-TATCTCACCCTTCGTG-C  1045

seq1  CTTAGCCCATGGCTGTGTCCTCTCTGCCATTTCCGGGCTA-TACCCACTG  1097
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||    ||||| |||||||||
seq2  CTTAG-CCATGGCTGTGTCCTCTCTG-CATT---CGGCTATTACCCACTG  1090

seq1  CTTCCTTGCCAGACAGCT-TGTGCCTGTACATAGGAGACTGTG-CACTTA  1145
      ||  |||||   ||||||  |||||||||||||||| |||||| ||| ||
seq2  CT--CTTGCAGAACAGCTGGGTGCCTGTACATAGGA-ACTGTGTCAC-TA  1136

seq1  GCCA-CAGCA-TCAAAAC-----TGTGGGAAC  1170
      |||| ||||| |||||||     |||||||||
seq2  GCCACCAGCACTCAAAACTCTGGTGTGGGAAC  1168