BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328F15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 50,490,768 - 50,642,247
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDixdc1, 2310030G06Rik, Hspb2, Cryab, 1110032A03Rik, D630004A14Rik, Alg9
Upstream geneNcam1, EG667975, LOC100042806, LOC100043346, LOC672372, 1600029D21Rik, Pts, Bcdo2, Tex12, Il18, Sdhd, Timm8b, AU019823, Pih1d2, Dlat
Downstream genePpp2r1b, Snf1lk2, Layn, 4833427G06Rik, Btg4, LOC100042825, Pou2af1, Gm684, 1810046K07Rik, LOC100042854, LOC640374, LOC668070, Arhgap20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328F15.bB6Ng01-328F15.g
ACCGA115641GA115642
length9591,121
definitionB6Ng01-328F15.b B6Ng01-328F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,641,291 - 50,642,247)(50,490,768 - 50,491,884)
sequence
gaattctgccgttcctgtttctcctcggcaccagtgagggaggcgaggca
ccacagtgcctggcatacagaaaaagcactagagcccaccactcgctggt
catgtggagaaactgattcaacggattcttccctaaagaccagatagcat
ctgcactgtgcatcaaagcctgcctgcccaggatgtggtctcctgtccat
ctggggaggaaggggaaatggccttcagggctgccccgttccgtctagtc
agaaatctttgaattgaaaaatagttcaggaggagaacggcattagagaa
gctgaggagattttataacatgtccatacaactcttcatcccttgagcat
ggctggggcttgcttcccaccagcagcaggatgagggagaagtcttccaa
ggctgagtcctaacagcaatggagtgcagcccccatgtgaaaggaaagcc
acaggcaggaactctgggtgatagcctcctctgagatccagccgagagct
agtctcaggggccagaggtgtgggtgagagagtggtaatgcctcagttag
catctgatggccaatgcaagagagaccctgaggaagagctggccaggagc
cagctgtggtcttcctttacagctataagaatgggtgactgtcacactgc
agtaagctttccaactaacctaaccttcacaaacacatactctgggtaaa
cctgttattgtacagaaataaacagttctgcctctgctggctcccactaa
gcagaccaccctatcacagagcacacagaccaccctatctcagagcacac
agaccacccaatcacagagcacacagacccacccttatcacagagcacac
aaaccacctatcacagagcacacagaccaccctatcacagagcacacgga
ccaccctatacgaggacacagaccaccctatcacagagcacaccgaccac
ccaatcaca
gaattccaaaccaaggcaccttctgctttacgttcttcattctctgatgt
agcacgtaattgccagactcctatttatattacgtgttatgtgggggctg
aggacatggctcagcaaggaagcatgtggcaaacctgaaaagctgagtct
gactctgagaatccacgtacaaagccagatgagatgatgcacacatgtaa
accccacactacagtgacttggagttagagatgagatgatacacacatgt
aaaccccacactacagtgacctggagttagagatgagatgatgcacacat
gtaaaccccacactacagtgacctgggagttagacaattacccagaagct
catgggccagcttgcccagaggatgcagcacaataacagacacaaaagga
ggccctgcctccaccaggttaaagatgagaactggtgtacacactcacac
acaccacatactcacaccacacactcacacacacacacacattcactcac
actctcacacacacacactcacacacaccacactcacacactcacacact
cactcacacacacacacactcacacacacacacacacacacacacacaca
cacagacacacaccacaaatgaaagaatatttatcatgtcatgtgtggag
atgtgtcccccttttccccactgctgtatcaaggctgcagttaacactta
gtggtcattgtgaatacagaatggatgtcacagtaaccttggctgggaag
cccatggtcactgaagccttcttttctctgctttaagcaatcaagaatca
agaatgcagtgtcttaaatccaactctgtgctaggtggtttattaagact
gtagtcagtttgcttatgtagttcaatactcaacagagagggccactgtt
attttcatatttcttttctaagtgttagaagctaagtaccaccctgaccc
tgtcccttgagcacacaggcgagtgttctgtcactgagctacacacccgg
ggcctggagctgcctgggagtgaggtgccctcttctggggagagttctag
catttctggtttacctcatctgtctctcattcatgcagtgaagcccagat
ggacatctttctgcttctagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_50641291_50642247
seq2: B6Ng01-328F15.b_44_1002 (reverse)

seq1  TGTGATTGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTGATAGGGTGGTCTGTGTCCTCTG  50
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGATTGGGTGGTCGGTGTGCTCTGTGATAGGGTGGTCTGTGTCCTC-G  49

seq1  TGATAGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTGATAGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTG  100
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ATAGGGTGGTCCGTGTGCTCTGTGATAGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTG  98

seq1  ATAGGGTGGTTTGTGTGCTCTGTGAT-AGGGT-GGTCTGTGTGCTCTGTG  148
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  ATA-GGTGGTTTGTGTGCTCTGTGATAAGGGTGGGTCTGTGTGCTCTGTG  147

seq1  ATTGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTGATAGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTGAT  198
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTGGTCTGTGTGCTCTGAGATAGGGTGGTCTGTGTGCTCTGTGAT  197

seq1  AGGGTGGTCTGCTTAGTGGGAGCCAGCAGAGGCAGAACTGTTTATTTCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGTCTGCTTAGTGGGAGCCAGCAGAGGCAGAACTGTTTATTTCTG  247

seq1  TACAATAACAGGTTTA-CCAGAGTATGTG-TTGTGAAGGTTAGGTTAGTT  296
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAACAGGTTTACCCAGAGTATGTGTTTGTGAAGGTTAGGTTAGTT  297

seq1  GG-AAGCTTACTGCAGTGTGACAGTCACCCATTCTTATAGCTGTAAAGGA  345
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCTTACTGCAGTGTGACAGTCACCCATTCTTATAGCTGTAAAGGA  347

seq1  AGACCACAGCTGGCTCCTGGCCAGCTCTTCCTCAGGGTCTCTCTTGCATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACAGCTGGCTCCTGGCCAGCTCTTCCTCAGGGTCTCTCTTGCATT  397

seq1  GGCCATCAGATGCTAACTGAGGCATTACCACTCTCTCACCCACACCTCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCAGATGCTAACTGAGGCATTACCACTCTCTCACCCACACCTCTG  447

seq1  GCCCCTGAGACTAGCTCTCGGCTGGATCTCAGAGGAGGCTATCACCCAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGAGACTAGCTCTCGGCTGGATCTCAGAGGAGGCTATCACCCAGA  497

seq1  GTTCCTGCCTGTGGCTTTCCTTTCACATGGGGGCTGCACTCCATTGCTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGCCTGTGGCTTTCCTTTCACATGGGGGCTGCACTCCATTGCTGT  547

seq1  TAGGACTCAGCCTTGGAAGACTTCTCCCTCATCCTGCTGCTGGTGGGAAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTCAGCCTTGGAAGACTTCTCCCTCATCCTGCTGCTGGTGGGAAG  597

seq1  CAAGCCCCAGCCATGCTCAAGGGATGAAGAGTTGTATGGACATGTTATAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCCAGCCATGCTCAAGGGATGAAGAGTTGTATGGACATGTTATAA  647

seq1  AATCTCCTCAGCTTCTCTAATGCCGTTCTCCTCCTGAACTATTTTTCAAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCTCAGCTTCTCTAATGCCGTTCTCCTCCTGAACTATTTTTCAAT  697

seq1  TCAAAGATTTCTGACTAGACGGAACGGGGCAGCCCTGAAGGCCATTTCCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGATTTCTGACTAGACGGAACGGGGCAGCCCTGAAGGCCATTTCCC  747

seq1  CTTCCTCCCCAGATGGACAGGAGACCACATCCTGGGCAGGCAGGCTTTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCCCAGATGGACAGGAGACCACATCCTGGGCAGGCAGGCTTTGA  797

seq1  TGCACAGTGCAGATGCTATCTGGTCTTTAGGGAAGAATCCGTTGAATCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGTGCAGATGCTATCTGGTCTTTAGGGAAGAATCCGTTGAATCAG  847

seq1  TTTCTCCACATGACCAGCGAGTGGTGGGCTCTAGTGCTTTTTCTGTATGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCACATGACCAGCGAGTGGTGGGCTCTAGTGCTTTTTCTGTATGC  897

seq1  CAGGCACTGTGGTGCCTCGCCTCCCTCACTGGTGCCGAGGAGAAACAGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACTGTGGTGCCTCGCCTCCCTCACTGGTGCCGAGGAGAAACAGGA  947

seq1  ACGGCAGAATTC  957
      ||||||||||||
seq2  ACGGCAGAATTC  959

seq1: chr9_50490768_50491884
seq2: B6Ng01-328F15.g_69_1189

seq1  GAATTCCAAACCAAGGCACCTTCTGCTTTACGTTCTTCATTCTCTGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACCAAGGCACCTTCTGCTTTACGTTCTTCATTCTCTGATGT  50

seq1  AGCACGTAATTGCCAGACTCCTATTTATATTACGTGTTATGTGGGGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACGTAATTGCCAGACTCCTATTTATATTACGTGTTATGTGGGGGCTG  100

seq1  AGGACATGGCTCAGCAAGGAAGCATGTGGCAAACCTGAAAAGCTGAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGGCTCAGCAAGGAAGCATGTGGCAAACCTGAAAAGCTGAGTCT  150

seq1  GACTCTGAGAATCCACGTACAAAGCCAGATGAGATGATGCACACATGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGAGAATCCACGTACAAAGCCAGATGAGATGATGCACACATGTAA  200

seq1  ACCCCACACTACAGTGACTTGGAGTTAGAGATGAGATGATACACACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACACTACAGTGACTTGGAGTTAGAGATGAGATGATACACACATGT  250

seq1  AAACCCCACACTACAGTGACCTGGAGTTAGAGATGAGATGATGCACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCACACTACAGTGACCTGGAGTTAGAGATGAGATGATGCACACAT  300

seq1  GTAAACCCCACACTACAGTGACCTGGGAGTTAGACAATTACCCAGAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCCCACACTACAGTGACCTGGGAGTTAGACAATTACCCAGAAGCT  350

seq1  CATGGGCCAGCTTGCCCAGAGGATGCAGCACAATAACAGACACAAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCCAGCTTGCCCAGAGGATGCAGCACAATAACAGACACAAAAGGA  400

seq1  GGCCCTGCCTCCACCAGGTTAAAGATGAGAACTGGTGTACACACTCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGCCTCCACCAGGTTAAAGATGAGAACTGGTGTACACACTCACAC  450

seq1  ACACCACATACTCACACCACACACTCACACACACACACACATTCACTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACATACTCACACCACACACTCACACACACACACACATTCACTCAC  500

seq1  ACTCTCACACACACACACTCACACACACCACACTCACACACTCACACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCACACACACACACTCACACACACCACACTCACACACTCACACACT  550

seq1  CACTCACACACACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACACACACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACA  600

seq1  CACAGACACACACCACAAATGAAAGAATATTTATCATGTCATGTGTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACACACCACAAATGAAAGAATATTTATCATGTCATGTGTGGAG  650

seq1  ATGTGTCCCCCTTTTCCCCACTGCTGTATCAAGGCTGCAGTTAACACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCCCCCTTTTCCCCACTGCTGTATCAAGGCTGCAGTTAACACTTA  700

seq1  GTGGTCATTGTGAATACAGAATGGATGTCACAGTAACCTTGGCTGGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCATTGTGAATACAGAATGGATGTCACAGTAACCTTGGCTGGGAAG  750

seq1  CCCATGGTCACTGAAGCCTTCTTTTCTCTGCTTTAAGCAATCAAGAATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGTCACTGAAGCCTTCTTTTCTCTGCTTTAAGCAATCAAGAATCA  800

seq1  AGAATGCAGTGTCTTAAATCCAACTCTGTGCTAGGTGGTTTATTAAGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCAGTGTCTTAAATCCAACTCTGTGCTAGGTGGTTTATTAAGACT  850

seq1  GTAGTCAG-TTGCTTATGTAGTTCAATACTCAACAGAGAGGGCCACTGTT  899
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCAGTTTGCTTATGTAGTTCAATACTCAACAGAGAGGGCCACTGTT  900

seq1  ATTTTCATATTTCTTTTCTAAGTGTTAGAAGCTAAGTACCACCCTGACCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATATTTCTTTTCTAAGTGTTAGAAGCTAAGTACCACCCTGACCC  950

seq1  TGTCCCCTGAGCACACCAGGCGAGTGTTCTGTCACTGAGCTACACACCCG  999
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTGAGCACA-CAGGCGAGTGTTCTGTCACTGAGCTACACACCCG  999

seq1  GGGCCCTGGAGCCTGCCT-GGAGTGA-GTGCCCTC-TCTGGGGAGAGTTC  1046
      ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GGG-CCTGGAG-CTGCCTGGGAGTGAGGTGCCCTCTTCTGGGGAGAGTTC  1047

seq1  TAGCA-TTCTGGGTTACCTCATCTGTCTCTCCTTTCATGCAGTGA--GCC  1093
      ||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||   ||
seq2  TAGCATTTCTGGTTTACCTCATCTGTCTCT-CATTCATGCAGTGAAGCCC  1096

seq1  AGAAGGACATCTTTCTGC-TCTAGC  1117
      ||| |||||||||||||| ||||||
seq2  AGATGGACATCTTTCTGCTTCTAGC  1121