BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329G07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 48,605,442 - 48,730,723
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbtb16, Htr3a
Upstream geneCadm1, LOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik, EG640268, EG434401, LOC667933, Rexo2, Rbm7, EG434402, Nnmt
Downstream geneHtr3b, Usp28, LOC100042785, Zw10, EG629400, Tmprss5, EG235327, Drd2, Ankk1, Ttc12, Ncam1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329G07.bB6Ng01-329G07.g
ACCGA116369GA116370
length1,157948
definitionB6Ng01-329G07.b B6Ng01-329G07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,605,442 - 48,606,602)(48,729,781 - 48,730,723)
sequence
gaattcagattttctgctgtcaagataagatttggaaaactaacatcgac
cttgcactacagtaacactgaggaatataaacacacatgcatttttggtt
tgaaatttgtttacttgagtgtttgtatgtgtgctcccaacccgtactca
cacacccttgaatgagtttctgtgtggcacgtatgttctggctcctgtgg
aggccaatgggcattggacccaaagaaaccagaactacaaactacaagca
gttgcatgagctgtctggtatcggagcgaggaactattcttagcatagca
gtaagcgctcttaatagatgagccatgtatatagatccagtccatgtaca
tgtgtttttaaaatgtgaactccacaatgacctcaccagttagacagtat
ctcatgcccttctcacaggggtagagtctcattcaagctcagtctgacat
taagatgcttgaggggtaagatacaggatgcagtttccaaagcagccaag
ctcttgcctgagactcatcttgactccaaaatttagactcatgtagctca
gtgctgccctgttcagtcacagatttccgtcacgactctaaaagaaattt
ggttaagcagataaaccagtcgcaagtatcacggtcgagctgtcaaaagt
cgggagagagctgaatcagaggcaagcgttccaaatcctggcacagaaga
taatacaaaacccaaaccacaacaacaaaaaacaattcatagtgttcctt
gttgctggtgtcttctgagtccccccaagttcaggcccatgtgagtatct
cattaaaaggactttggggtggcccacactcctgtgttctgactaggtac
ccaaggtagctcttctgagagtggagagtgtgacatcatccagcctcgct
ctgagttgatcattatcccagtttcgtgaaatgttagtaattccatgaag
cacagtgtgtcacatctcataaaaggcgcatcgggaaagatcagtgtggg
ctgggcatgtagctgggctgaaaagggtgcttgcgttggaggcacagagc
cagggtttgaccccacggagaaaggaggagatcacttcccaagtccgcag
tagccctccaccaaatctgaaaccacagatctctcatgtgggttcatctg
ttcagca
gaattcatcttgggctactatgtgggctgcatagctgcttggtgttttga
aatataatgtggtgtgggggaatccttggcggccaagtcaggtgtactcc
tgagaaattaagccatacaacaggtatggtgcaaaagggagctggagaag
ggatagaggcagacaggtggacatgcagacaggcgggcagatggggagca
aagccctgaaagtggagagtggggccagagagggagatagaaggggcaca
ggaagggaacagagagtgctggggtggtgggtggatccttttaactgcac
cacacatctggcagcagcaggtcatgacataagcagctgctaggtccccg
agtgcaggccagtggaattgcctgtacgctaacacttggcacgatccttg
ttgactgtttctaactctgctgctgaagtgttccttttctttcacttcac
ttgaagggagttgttccccccaccccccgattttttttctttaccatgtg
ggtcccagggattgatctcttacgtcatcagctttggcggcaagcacctt
tatccactgagccatctgatcagcccctatacatattgtttaatcctaac
aacagcctataagtgtatacatggctacatccaactcagacatgaaaata
acaaggttagacacttcagtattactagagattggatgtctgtgcccctc
aaacaccaatattgatggaacttaacccctagtgtgatagctgtaggagg
taatacttttttagaggtgactagatggtgaggcagagtcctcccaaatg
ggagtaatgtccttaagcaaagggtcccagagaacagttaacacgaattg
tgggggttttaaaaatttcgtgaattggacaaagaggatgaagagggtgg
acattcatcatttggagcccaggtcactctgttgtcaccttacagtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_48605442_48606602
seq2: B6Ng01-329G07.b_47_1203

seq1  GAATTCAGATTTTCTGCTGTCAAGATAAGATTTGGAAAACTAACATCGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTTTCTGCTGTCAAGATAAGATTTGGAAAACTAACATCGAC  50

seq1  CTTGCACTACAGTAACACTGAGGAATATAAACACACATGCATTTTTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACTACAGTAACACTGAGGAATATAAACACACATGCATTTTTGGTT  100

seq1  TGAAATTTGTTTACTTGAGTGTTTGTATGTGTGCTCCCAACCCGTACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTGTTTACTTGAGTGTTTGTATGTGTGCTCCCAACCCGTACTCA  150

seq1  CACACCCTTGAATGAGTTTCTGTGTGGCACGTATGTTCTGGCTCCTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCTTGAATGAGTTTCTGTGTGGCACGTATGTTCTGGCTCCTGTGG  200

seq1  AGGCCAATGGGCATTGGACCCAAAGAAACCAGAACTACAAACTACAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATGGGCATTGGACCCAAAGAAACCAGAACTACAAACTACAAGCA  250

seq1  GTTGCATGAGCTGTCTGGTATCGGAGCGAGGAACTATTCTTAGCATAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATGAGCTGTCTGGTATCGGAGCGAGGAACTATTCTTAGCATAGCA  300

seq1  GTAAGCGCTCTTAATAGATGAGCCATGTATATAGATCCAGTCCATGTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCGCTCTTAATAGATGAGCCATGTATATAGATCCAGTCCATGTACA  350

seq1  TGTGTTTTTAAAATGTGAACTCCACAATGACCTCACCAGTTAGACAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTTAAAATGTGAACTCCACAATGACCTCACCAGTTAGACAGTAT  400

seq1  CTCATGCCCTTCTCACAGGGGTAGAGTCTCATTCAAGCTCAGTCTGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCCCTTCTCACAGGGGTAGAGTCTCATTCAAGCTCAGTCTGACAT  450

seq1  TAAGATGCTTGAGGGGTAAGATACAGGATGCAGTTTCCAAAGCAGCCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGCTTGAGGGGTAAGATACAGGATGCAGTTTCCAAAGCAGCCAAG  500

seq1  CTCTTGCCTGAGACTCATCTTGACTCCAAAATTTAGACTCATGTAGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCCTGAGACTCATCTTGACTCCAAAATTTAGACTCATGTAGCTCA  550

seq1  GTGCTGCCCTGTTCAGTCACAGATTTCCGTCACGACTCTAAAAGAAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCCTGTTCAGTCACAGATTTCCGTCACGACTCTAAAAGAAATTT  600

seq1  GGTTAAGCAGATAAACCAGTCGCAAGTATCACGGTCGAGCTGTCAAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGCAGATAAACCAGTCGCAAGTATCACGGTCGAGCTGTCAAAAGT  650

seq1  CGGGAGAGAGCTGAATCAGAGGCAAGCGTTCCAAATCCTGGCACAGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGAGAGCTGAATCAGAGGCAAGCGTTCCAAATCCTGGCACAGAAGA  700

seq1  TAATACAAAACCCAAACCACAACAACAAAAAACAATTCATAGTGTTCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAAACCCAAACCACAACAACAAAAAACAATTCATAGTGTTCCTT  750

seq1  GTTGCTGGTGTCTTCTGAGTCCCCCCAAGTTCAGGCCCATGTGAGTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGGTGTCTTCTGAGTCCCCCCAAGTTCAGGCCCATGTGAGTATCT  800

seq1  CATTAAAAGGACTTTGGGGTGGCCCACACTCCTGTGTTCTGACTAGGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAGGACTTTGGGGTGGCCCACACTCCTGTGTTCTGACTAGGTAC  850

seq1  CCAAGGTAGCTCTTCTGAGAGTGGAGAGTGTGACATCATCCAGCCTCGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTAGCTCTTCTGAGAGTGGAGAGTGTGACATCATCCAGCCTCGCT  900

seq1  CTGAGTTGATCATTATCCCAGTTTCGTGAAATGTTAGTAATTCCATGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTGATCATTATCCCAGTTTCGTGAAATGTTAGTAATTCCATGAAG  950

seq1  CACAGTGTGTCACATCTCATAAAAGGGCGCATC-GGAAAGATCAGTGTGG  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTGTCACATCTCATAAAA-GGCGCATCGGGAAAGATCAGTGTGG  999

seq1  GCTGGGCATGTAGCTGGGCTG-AAAGGGTGCTTGCGTTGGAGGCACAGAG  1048
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCATGTAGCTGGGCTGAAAAGGGTGCTTGCGTTGGAGGCACAGAG  1049

seq1  CCCAGGGTTTGACCCCCAACAGAGAAAGAAGGAGATCACTTCCCCAAGT-  1097
       |||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||| ||||||| 
seq2  -CCAGGGTTTGACCCC--ACGGAGAAAGGAGGAGATCACTT-CCCAAGTC  1095

seq1  CGCAGTAAGCCT-CAACAAATCTGAAACCACAAGGAT-TCTCATGGGGTT  1145
      |||||||  ||| || ||||||||||||||||  ||| ||||||| || |
seq2  CGCAGTAGCCCTCCACCAAATCTGAAACCACA--GATCTCTCATGTGGGT  1143

seq1  CCATCTGTTTCCAGCA  1161
       ||||||||  |||||
seq2  TCATCTGTT--CAGCA  1157

seq1: chr9_48729781_48730723
seq2: B6Ng01-329G07.g_66_1013 (reverse)

seq1  GTACTGTAAGGTGAC-ACAGAGTGA-CTGGGCT-CAAATGATGTATGT-C  46
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |
seq2  GTACTGTAAGGTGACAACAGAGTGACCTGGGCTCCAAATGATGAATGTCC  50

seq1  ACCCTCTTCATCCTCTTTGTCCAATTCACGAAATTTTTAAAACCCCCACA  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTTCATCCTCTTTGTCCAATTCACGAAATTTTTAAAACCCCCACA  100

seq1  ATTCGTGTTAACTGTTCTCTGGGACCCTTTGCTTAAGGACATTACTCCCA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTGTTAACTGTTCTCTGGGACCCTTTGCTTAAGGACATTACTCCCA  150

seq1  TTTGGGAGGACTCTGCCTCACCATCTAGTCACCTCT-AAAAAGTATTACC  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTGGGAGGACTCTGCCTCACCATCTAGTCACCTCTAAAAAAGTATTACC  200

seq1  TCCTACAGCTATCACACTAGGGGTTAAGTTCCATCAATATTGGTGTTTGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAGCTATCACACTAGGGGTTAAGTTCCATCAATATTGGTGTTTGA  250

seq1  GGGGCACAGACATCCAATCTCTAGTAATACTGAAGTGTCTAACCTTGTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACAGACATCCAATCTCTAGTAATACTGAAGTGTCTAACCTTGTTA  300

seq1  TTTTCATGTCTGAGTTGGATGTAGCCATGTATACACTTATAGGCTGTTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGTCTGAGTTGGATGTAGCCATGTATACACTTATAGGCTGTTGT  350

seq1  TAGGATTAAACAATATGTATAGGGGCTGATCAGATGGCTCAGTGGATAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTAAACAATATGTATAGGGGCTGATCAGATGGCTCAGTGGATAAA  400

seq1  GGTGCTTGCCGCCAAAGCTGATGACGTAAGAGATCAATCCCTGGGACCCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTGCCGCCAAAGCTGATGACGTAAGAGATCAATCCCTGGGACCCA  450

seq1  CATGGTAAAGAAAAAAAATCGGGGGGTGGGGGGAACAACTCCCTTCAAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAAAGAAAAAAAATCGGGGGGTGGGGGGAACAACTCCCTTCAAGT  500

seq1  GAAGTGAAAGAAAAGGAACACTTCAGCAGCAGAGTTAGAAACAGTCAACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAAAGAAAAGGAACACTTCAGCAGCAGAGTTAGAAACAGTCAACA  550

seq1  AGGATCGTGCCAAGTGTTAGCGTACAGGCAATTCCACTGGCCTGCACTCG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCGTGCCAAGTGTTAGCGTACAGGCAATTCCACTGGCCTGCACTCG  600

seq1  GGGACCTAGCAGCTGCTTATGTCATGACCTGCTGCTGCCAGATGTGTGGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTAGCAGCTGCTTATGTCATGACCTGCTGCTGCCAGATGTGTGGT  650

seq1  GCAGTTAAAAGGATCCACCCACCACCCCAGCACTCTCTGTTCCCTTCCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTAAAAGGATCCACCCACCACCCCAGCACTCTCTGTTCCCTTCCTG  700

seq1  TGCCCCTTCTATCTCCCTCTCTGGCCCCACTCTCCACTTTCAGGGCTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTTCTATCTCCCTCTCTGGCCCCACTCTCCACTTTCAGGGCTTTG  750

seq1  CTCCCCATCTGCCCGCCTGTCTGCATGTCCACCTGTCTGCCTCTATCCCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCATCTGCCCGCCTGTCTGCATGTCCACCTGTCTGCCTCTATCCCT  800

seq1  TCTCCAGCTCCCTTTTGCACCATACCTGTTGTATGGCTTAATTTCTCAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCTCCCTTTTGCACCATACCTGTTGTATGGCTTAATTTCTCAGG  850

seq1  AGTACACCTGACTTGGCCGCCAAGGATTCCCCCACACCACATTATATTTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACCTGACTTGGCCGCCAAGGATTCCCCCACACCACATTATATTTC  900

seq1  AAAACACCAAGCAGCTATGCAGCCCACATAGTAGCCCAAGATGAATTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACCAAGCAGCTATGCAGCCCACATAGTAGCCCAAGATGAATTC  948