BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329G20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,684,912 - 63,797,727
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1, Map2k5, 2300009A05Rik, Iqch, LOC621763, 2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009
Downstream geneSmad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11, Rab11a, AI115600, F730015K02Rik, Slc24a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329G20.bB6Ng01-329G20.g
ACCGA116395GA116396
length1,1401,098
definitionB6Ng01-329G20.b B6Ng01-329G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,796,592 - 63,797,727)(63,684,912 - 63,686,005)
sequence
gaattcatgctagtgacagtcagagccagcacacattgagggttcattgg
tgttaccagggaacatgagtgtcaacccaagggggtaaggaaagcctggg
tttagttactcagcaagtgggagaacttgaagccagatctgtcactttct
ggtgaccccagccagtgcctactcatggatacgcaagcctgtttttcctc
cagtccattctctacccagaatgcccaggtcccaccagcagccagagtgt
gcttcctccgtggttcagggctgattcccttccctaaagatgtcgagcag
cctttacagtggcttgctgggggagggaacctggcactacctgcctctca
cattcccccatcaccagctgctgcctgctcctcaggccctgtcctcatct
ctccagccagcctaccccatccaatgctctgaccattggctctaagcatc
tcccttcccccatggctcaaggctagcccagtcctgggcacaggggacaa
atctgggatgtttatagaacgaaagggtcacagagagcatgggtgtgggt
gtatttaataaactctatgagaacatgcagcttccagaggggtctgttta
ctaagatggtgacagcccccagctggctctccctatagttactaaggcta
ctcaccctgcccccggcttagggactcagaaccttctggctttttagaag
tccgtggagatgggactctagaatgcaggttgggtcatgccagtgctggg
aaggtccccagggtcttccagttctattcccatgacagaactgagaatca
gagagggtgaagtgctcacagggaccacacagcaggcagtgacagaggaa
ggccaaacctggagcacaggtgagaccagcaccaacctaagcagggcctt
ggaccaacaaggaaggcaaggaaggcaggtcaggtgtttgagttttactt
ttagtaaaatatatgtagcaaatctttctctgtgtgggtgtatgcatgca
tatgtatgtgtatgtatatggtgtctgtgcatttgtgcatgtatgtacat
gcatacatgcatatatgtgtgactggtggcatatgccctgcatacatgtg
tgtgggtgtaccacatgttgttgtatgtgcacttggtgca
gaattccaggattgaccagatcaggatgtaaccagctctaacgtgttctg
actgatcccagagatatatactgtttaaaggagattgtgaccagttccaa
ctggtttgggctaaatctaactggaccagaccagttctgcccaaagcaaa
acaaagctaatttaagtaactccaagctagttccaacctggccagctcct
tcctcctctgaaaatgttctcattaagaacctgctcaggaagtggggccc
cacctgcctcttttgaggggagacatcttatgtatgccgagttctgaggc
tatgcagagctggagccggatgcttaattaataactcagctacagtttac
caagaggaagccaagcagtccctgctctaagctttctccacctttacttt
gcaggagtcagtctctcactgaacctagagcttgccagtttgttagccag
caagccccagatacctgcgtctcgaaggcactgggattacaagtattggt
ctccacatcaggcttttatgtgggtgctaaggttcaaaatgaggacttgt
gaagcatttaacaactgggccatctgctctgcccctaccaagtgtctttg
tgcatcctggttcctgtgacgttagacaatcagcctagaaaagctattgc
ccattgggcctggagatagctccctccagaggctgagtgggctcaggaag
ctgttctgtggcctctgcttctcccctttgggcctcagtgtcctcttcag
ggttcaataaagcatccaagtcacccaagataataatgaccgatgacaat
aatgtccaagcccttaggacggcattgtaacccacacgagcacacagaat
atttccggtctttccccaggttttcagttttttgttttgttgttgtgttg
ctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgct
gctgttgtctggttaagaatccccctgttgtagaatcaagcaggcctcta
actttgagttttttcctgccctttgccaactaagctgtttaggtgactga
cagacaggagccaccgaatctcctccccatcctccctttcctttcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63796592_63797727
seq2: B6Ng01-329G20.b_45_1184 (reverse)

seq1  TGCA-CAAGTGCACATACACACACATGT-GTACACACACACACATGTATG  48
      |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TGCACCAAGTGCACATACAACAACATGTGGTACACCCACACACATGTATG  50

seq1  CA-GGCATATGC--ACAGTCACACATATATGCATGTATGCATGTACATAC  95
      || |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCATATGCCACCAGTCACACATATATGCATGTATGCATGTACATAC  100

seq1  ATGCACAAATGCACAGACACCATATACATACACATACATATGCATGCATA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAAATGCACAGACACCATATACATACACATACATATGCATGCATA  150

seq1  CACCCACACAGAGAAAGATTTGCTACATATATTTTACTAAAAGTAAAACT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACACAGAGAAAGATTTGCTACATATATTTTACTAAAAGTAAAACT  200

seq1  CAAACACCTGACCTGCCTTCCTTGCCTTCCTTGTTGGTCCAAGGCCCTGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCTGACCTGCCTTCCTTGCCTTCCTTGTTGGTCCAAGGCCCTGC  250

seq1  TTAGGTTGGTGCTGGTCTCACCTGTGCTCCAGGTTTGGCCTTCCTCTGTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTGGTGCTGGTCTCACCTGTGCTCCAGGTTTGGCCTTCCTCTGTC  300

seq1  ACTGCCCTGCTGTGTGGTCCCTGTGAGCACTTCACCCTCTCTGATTCTCA  345
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTG-CCTGCTGTGTGGTCCCTGTGAGCACTTCACCCTCTCTGATTCTCA  349

seq1  GTTCTGTCATGGGAATAGAACTGGAAGACCCTGGGGACCTTCCCAGCACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTCATGGGAATAGAACTGGAAGACCCTGGGGACCTTCCCAGCACT  399

seq1  GGCATGACCCAACCTGCATTCTAGAGTCCCATCTCCACGGACTTCTAAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGACCCAACCTGCATTCTAGAGTCCCATCTCCACGGACTTCTAAAA  449

seq1  AGCCAGAAGGTTCTGAGTCCCTAAGCCGGGGGCAGGGTGAGTAGCCTTAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGGTTCTGAGTCCCTAAGCCGGGGGCAGGGTGAGTAGCCTTAG  499

seq1  TAACTATAGGGAGAGCCAGCTGGGGGCTGTCACCATCTTAGTAAACAGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATAGGGAGAGCCAGCTGGGGGCTGTCACCATCTTAGTAAACAGAC  549

seq1  CCCTCTGGAAGCTGCATGTTCTCATAGAGTTTATTAAATACACCCACACC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGGAAGCTGCATGTTCTCATAGAGTTTATTAAATACACCCACACC  599

seq1  CATGCTCTCTGTGACCCTTTCGTTCTATAAACATCCCAGATTTGTCCCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCTCTGTGACCCTTTCGTTCTATAAACATCCCAGATTTGTCCCCT  649

seq1  GTGCCCAGGACTGGGCTAGCCTTGAGCCATGGGGGAAGGGAGATGCTTAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGGACTGGGCTAGCCTTGAGCCATGGGGGAAGGGAGATGCTTAG  699

seq1  AGCCAATGGTCAGAGCATTGGATGGGGTAGGCTGGCTGGAGAGATGAGGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATGGTCAGAGCATTGGATGGGGTAGGCTGGCTGGAGAGATGAGGA  749

seq1  CAGGGCCTGAGGAGCAGGCAGCAGCTGGTGATGGGGGAATGTGAGAGGCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCTGAGGAGCAGGCAGCAGCTGGTGATGGGGGAATGTGAGAGGCA  799

seq1  GGTAGTGCCAGGTTCCCTCCCCCAGCAAGCCACTGTAAAGGCTGCTCGAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTGCCAGGTTCCCTCCCCCAGCAAGCCACTGTAAAGGCTGCTCGAC  849

seq1  ATCTTTAGGGAAGGGAATCAGCCCTGAACCACGGAGGAAGCACACTCTGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAGGGAAGGGAATCAGCCCTGAACCACGGAGGAAGCACACTCTGG  899

seq1  CTGCTGGTGGGACCTGGGCATTCTGGGTAGAGAATGGACTGGAGGAAAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTGGGACCTGGGCATTCTGGGTAGAGAATGGACTGGAGGAAAAA  949

seq1  CAGGCTTGCGTATCCATGAGTAGGCACTGGCTGGGGTCACCAGAAAGTGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGCGTATCCATGAGTAGGCACTGGCTGGGGTCACCAGAAAGTGA  999

seq1  CAGATCTGGCTTCAAGTTCTCCCACTTGCTGAGTAACTAAACCCAGGCTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGGCTTCAAGTTCTCCCACTTGCTGAGTAACTAAACCCAGGCTT  1049

seq1  TCCTTACCCCCTTGGGTTGACACTCATGTTCCCTGGTAACACCAATGAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACCCCCTTGGGTTGACACTCATGTTCCCTGGTAACACCAATGAAC  1099

seq1  CCTCAATGTGTGCTGGCTCTGACTGTCACTAGCATGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGTGTGCTGGCTCTGACTGTCACTAGCATGAATTC  1140

seq1: chr9_63684912_63686005
seq2: B6Ng01-329G20.g_63_1160

seq1  GAATTCCAGGATTGACCAGATCAGGATGTAACCAGCTCTAACGTGTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATTGACCAGATCAGGATGTAACCAGCTCTAACGTGTTCTG  50

seq1  ACTGATCCCAGAGATATATACTGTTTAAAGGAGATTGTGACCAGTTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCCCAGAGATATATACTGTTTAAAGGAGATTGTGACCAGTTCCAA  100

seq1  CTGGTTTGGGCTAAATCTAACTGGACCAGACCAGTTCTGCCCAAAGCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTGGGCTAAATCTAACTGGACCAGACCAGTTCTGCCCAAAGCAAA  150

seq1  ACAAAGCTAATTTAAGTAACTCCAAGCTAGTTCCAACCTGGCCAGCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTAATTTAAGTAACTCCAAGCTAGTTCCAACCTGGCCAGCTCCT  200

seq1  TCCTCCTCTGAAAATGTTCTCATTAAGAACCTGCTCAGGAAGTGGGGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCTGAAAATGTTCTCATTAAGAACCTGCTCAGGAAGTGGGGCCC  250

seq1  CACCTGCCTCTTTTGAGGGGAGACATCTTATGTATGCCGAGTTCTGAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCCTCTTTTGAGGGGAGACATCTTATGTATGCCGAGTTCTGAGGC  300

seq1  TATGCAGAGCTGGAGCCGGATGCTTAATTAATAACTCAGCTACAGTTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGAGCTGGAGCCGGATGCTTAATTAATAACTCAGCTACAGTTTAC  350

seq1  CAAGAGGAAGCCAAGCAGTCCCTGCTCTAAGCTTTCTCCACCTTTACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAAGCCAAGCAGTCCCTGCTCTAAGCTTTCTCCACCTTTACTTT  400

seq1  GCAGGAGTCAGTCTCTCACTGAACCTAGAGCTTGCCAGTTTGTTAGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGTCAGTCTCTCACTGAACCTAGAGCTTGCCAGTTTGTTAGCCAG  450

seq1  CAAGCCCCAGATACCTGCGTCTCGAAGGCACTGGGATTACAAGTATTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCCAGATACCTGCGTCTCGAAGGCACTGGGATTACAAGTATTGGT  500

seq1  CTCCACATCAGGCTTTTATGTGGGTGCTAAGGTTCAAAATGAGGACTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATCAGGCTTTTATGTGGGTGCTAAGGTTCAAAATGAGGACTTGT  550

seq1  GAAGCATTTAACAACTGGGCCATCTGCTCTGCCCCTACCAAGTGTCTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATTTAACAACTGGGCCATCTGCTCTGCCCCTACCAAGTGTCTTTG  600

seq1  TGCATCCTGGTTCCTGTGACGTTAGACAATCAGCCTAGAAAAGCTATTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCTGGTTCCTGTGACGTTAGACAATCAGCCTAGAAAAGCTATTGC  650

seq1  CCATTGGGCCTGGAGATAGCTCCCTCCAGAGGCTGAGTGGGCTCAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGGCCTGGAGATAGCTCCCTCCAGAGGCTGAGTGGGCTCAGGAAG  700

seq1  CTGTTCTGTGGCCTCTGCTTCTCCCCTTTGGGCCTCAGTGTCCTCTTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTGTGGCCTCTGCTTCTCCCCTTTGGGCCTCAGTGTCCTCTTCAG  750

seq1  GGTTCAATAAAGCATCCAAGTCACCCAAGATAATAATGACCGATGACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAATAAAGCATCCAAGTCACCCAAGATAATAATGACCGATGACAAT  800

seq1  AATGTCCAAGCCCTTAGGACGGCATTGTAACCCACACGAGCACACAGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCAAGCCCTTAGGACGGCATTGTAACCCACACGAGCACACAGAAT  850

seq1  ATTTCCGGTCTTTCCCCAGGTTTTCAGTTTTTTGTTTTGTTGTTGTTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTTCCGGTCTTTCCCCAGGTTTTCAGTTTTTTGTTTTGTTGTTG-TGTT  899

seq1  GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC  949

seq1  TGCTGTTGTCTGGTT-AGAATCCCCCTG-TGTAG-ATCAAGCAGGCCTCT  997
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGTCTGGTTAAGAATCCCCCTGTTGTAGAATCAAGCAGGCCTCT  999

seq1  AACTTTTGAG-TTTTTCCTG-CCTTTGCCAACTAAGCTGTTTTAGGTGAC  1045
      ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAC-TTTGAGTTTTTTCCTGCCCTTTGCCAACTAAGCTG-TTTAGGTGAC  1047

seq1  TGACAGACAGGAGCCACCGTATCTCCTCCCCTTCCTTCCTT--CCTTCCT  1093
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  | |||||
seq2  TGACAGACAGGAGCCACCGAATCTCCTCCCCATCCTCCCTTTCCTTTCCT  1097

seq1  T  1094
      |
seq2  T  1098