BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333C22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 88,837,238 - 88,983,429
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBcl2a1a, LOC100039689, EG666747
Upstream geneLOC100039580, LOC384962, EG272633, Nt5e, Snx14, LOC100039601, Syncrip, 2810026P18Rik, 4930422I07Rik, EG547109, LOC100039707, LOC100039721, Bcl2a1d, LOC100039674, EG666731, LOC100039741
Downstream geneLOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs, AF529169, Tmed3, B230218L05Rik, Rasgrf1, Ctsh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333C22.bB6Ng01-333C22.g
ACCGA119070GA119071
length1,0991,109
definitionB6Ng01-333C22.b B6Ng01-333C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,837,238 - 88,838,335)(88,982,320 - 88,983,429)
sequence
gaattccatttcatccttgtcagaatggctatgatcaagaaaacaaatga
gaacaaatacaggagaggatgtggggaacccttattcattgctggcagga
aagcaaacccgtgcagccactatggaaataagtatggaggctcctcagaa
attaattagcaagaccatatcaacctcctatgtaactcttacaaatatat
ttaaagtaagttaagtcaacatagcacagaaatacctacatgtcatgttt
attgttacaatacttatacttgacgaaaatagacctagcctagatctcca
tcaacattaaaatggataaaggaaacgtgatacatagccagaatgttatg
aacctgtaaataaaaagtggaattatgacatttgttagggaaatagatgc
aactgagatcattatgtgtagtggaataacttgaacttagaaagtcagat
gccatacttttcttttcaatgtagggtttatatgagtctgttcctcataa
taccagttttcctaggatccaacctactagaaatagtgttgtgcaaatag
cagtcctaaaatacagatttaaccatattgcagtcctattttagaccttt
caaatgtccctcttattttcagctcacaacctagttagtactcagagcct
ggtactcaaggctaccatgatttggattcccctctcctaacacatccata
cactacagtccacagtttagctcatcacaaaacatacttgaagcacactg
gtgcacctcacaagggtacactttctcattggcgacattttgtttatctg
taaaagccaacttttgtgtcagtcttctcagaaaagaccattttgttgtt
gttgttgttgttgttggtttacactctgagagatgtgttaatgacccaag
actccattatttaggacctggctgtggcaagtgttcagtagagcttgttg
agctaatggcttggtgcatagatgtcaattctctattctttgctccctag
tgaatggtaggccttggcatttgtagaaaattgcattttagagacccagt
ttccacttgctatcataaggtacttctgcttggttttaaatatggcttt
gaattccattgtgctaatccacttcattggcattaccctgggacgtgaaa
atacatttgcaggtgaattggtatagtgctgactgacataaaacttaatg
ggttggtggcatggctcaatggctaagagcactgatgcccccttctggtg
tgtctgaagagagcaatagtgtactcatatctgtaaaatgaataaataaa
tctcatatatatgaaaccacattgtgttctgtttctttaggtaactaagc
ttctcttgttttgtttgcaggacttggatgacttgttcagaaggtgagtt
tagtcctcagtgtaagccaggataccctgacctatggaaaaagcagaaca
agacctcttagcaaagtatagatacactttgtttagcaaatccttaattg
tttatggatgttgtgtttgggatggttttcatgggtatgatggctgttca
cctttctatcagacagtgtcttttctttctccctatgaatgaagtagtgt
atgtaatgggcttgagctaaaatttgttgttttccaatcccaatcattga
ggcccacgggctatattttcctggtagtagaagaaaggggctggaagcat
gggaagaacggaattggtagcaggagggcttcagaaacagcatctaagag
gaaactaccctgtctcctgatcatggggtttctttaatatcagaaaatgt
tttgtgtgaaaaatgttcaggtaagtgtttacttttataaaaattcaatt
tctatgaatacctatgtgagtgcacatgtgtgcagggcagaggaccactc
tcagtcagtctttctccttacaccatgggatcctgggattgaagttcagt
tgtcaagttgtatggcaagggttttaacccctgagtcttacttagctctg
agtgaagatttctcttcatcactggaatgataatcttagcatatcaatgt
cttcttcttgcaggagtaagctagcggcaaagcttgacaatgccacaggg
tatgataccaagactcgtgccattcaattcttgggctgactgcaaggact
cactctttcgaggtgagtgacaggactgattatatgaccagagtgccctt
cacacagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_88837238_88838335
seq2: B6Ng01-333C22.b_48_1146

seq1  GAATTCCATTTCATCCTTGTCAGAATGGCTATGATCAAGAAAACAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTCATCCTTGTCAGAATGGCTATGATCAAGAAAACAAATGA  50

seq1  GAACAAATACAGGAGAGGATGTGGGGAACCCTTATTCATTGCTGGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATACAGGAGAGGATGTGGGGAACCCTTATTCATTGCTGGCAGGA  100

seq1  AAGCAAACCCGTGCAGCCACTATGGAAATAAGTATGGAGGCTCCTCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACCCGTGCAGCCACTATGGAAATAAGTATGGAGGCTCCTCAGAA  150

seq1  ATTAATTAGCAAGACCATATCAACCTCCTATGTAACTCTTACAAATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTAGCAAGACCATATCAACCTCCTATGTAACTCTTACAAATATAT  200

seq1  TTAAAGTAAGTTAAGTCAACATAGCACAGAAATACCTACATGTCATGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTAAGTTAAGTCAACATAGCACAGAAATACCTACATGTCATGTTT  250

seq1  ATTGTTACAATACTTATACTTGACGAAAATAGACCTAGCCTAGATCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTACAATACTTATACTTGACGAAAATAGACCTAGCCTAGATCTCCA  300

seq1  TCAACATTAAAATGGATAAAGGAAACGTGATACATAGCCAGAATGTTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATTAAAATGGATAAAGGAAACGTGATACATAGCCAGAATGTTATG  350

seq1  AACCTGTAAATAAAAAGTGGAATTATGACATTTGTTAGGGAAATAGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTAAATAAAAAGTGGAATTATGACATTTGTTAGGGAAATAGATGC  400

seq1  AACTGAGATCATTATGTGTAGTGGAATAACTTGAACTTAGAAAGTCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGATCATTATGTGTAGTGGAATAACTTGAACTTAGAAAGTCAGAT  450

seq1  GCCATACTTTTCTTTTCAATGTAGGGTTTATATGAGTCTGTTCCTCATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACTTTTCTTTTCAATGTAGGGTTTATATGAGTCTGTTCCTCATAA  500

seq1  TACCAGTTTTCCTAGGATCCAACCTACTAGAAATAGTGTTGTGCAAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTTTTCCTAGGATCCAACCTACTAGAAATAGTGTTGTGCAAATAG  550

seq1  CAGTCCTAAAATACAGATTTAACCATATTGCAGTCCTATTTTAGACCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTAAAATACAGATTTAACCATATTGCAGTCCTATTTTAGACCTTT  600

seq1  CAAATGTCCCTCTTATTTTCAGCTCACAACCTAGTTAGTACTCAGAGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCCCTCTTATTTTCAGCTCACAACCTAGTTAGTACTCAGAGCCT  650

seq1  GGTACTCAAGGCTACCATGATTTGGATTCCCCTCTCCTAACACATCCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTCAAGGCTACCATGATTTGGATTCCCCTCTCCTAACACATCCATA  700

seq1  CACTACAGTCCACAGTTTAGCTCATCACAAAACATACTTGAAGCACACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACAGTCCACAGTTTAGCTCATCACAAAACATACTTGAAGCACACTG  750

seq1  GTGCACCTCACAAGGGTACACTTTCTCATTGGCGACATTTTGTTTATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCTCACAAGGGTACACTTTCTCATTGGCGACATTTTGTTTATCTG  800

seq1  TAAAAGCCAACTTTTGTGTCAGTCTTCTCAGAAAAGACCATTTTGTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCCAACTTTTGTGTCAGTCTTCTCAGAAAAGACCATTTTGTTGTT  850

seq1  GTTGTTGTTGTTGTTGGTTTACACTCTGAGAGATGTGTTAATGACCCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTTGTTGTTGGTTTACACTCTGAGAGATGTGTTAATGACCCAAG  900

seq1  ACTCCATTATTTAGGACCTGGCTGTGGCAAGTGTTCAGTAGAGCTTGTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATTATTTAGGACCTGGCTGTGGCAAGTGTTCAGTAGAGCTTGTTG  950

seq1  AGCTAATGGCTTGGTGCATAGATGTCAATTCTCTATTCTTTGCTCCCTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATGGCTTGGTGCATAGATGTCAATTCTCTATTCTTTGCTCCCTAG  1000

seq1  TGAATGGTTAGGCCTTGGCATTTGTAGAAAATTGCATTTTAGAGACCCAG  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGG-TAGGCCTTGGCATTTGTAGAAAATTGCATTTTAGAGACCCAG  1049

seq1  TTT-CACTTGCTATCATAA-GTACTTCTGCTTGGTTTTAAATATGGCTTT  1098
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACTTGCTATCATAAGGTACTTCTGCTTGGTTTTAAATATGGCTTT  1099

seq1: chr9_88982320_88983429
seq2: B6Ng01-333C22.g_69_1177 (reverse)

seq1  CACTGT-TGAAGGGCACCTCTGGTCATTATATCAGTCCTGACACTCACCT  49
      |||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||
seq2  CACTGTGTGAAGGGCA-CTCTGGTCATATAATCAGTCCTGTCACTCACCT  49

seq1  CGGAAGGAGTTGAG-CCTTGCAGTCAGCCCAGGAATGGAATGGGCACGGA  98
      | ||| ||| |||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||
seq2  C-GAAAGAG-TGAGTCCTTGCAGTCAGCCCAAGAATTGAAT-GGCAC-GA  95

seq1  GTCTTGGTATCATACCCTGTGGCA-TGTCCAGCTTTGCCGCTAGCTTACT  147
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGTATCATACCCTGTGGCATTGTCAAGCTTTGCCGCTAGCTTACT  145

seq1  CCTGCAAGGAGAAGACATTGATATGCTAAGATTATCATCCCAGTGATGAG  197
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CCTGCAAGAAGAAGACATTGATATGCTAAGATTATCATTCCAGTGATGAA  195

seq1  GAGAAATCTTCACTCAGAGCTAAGTAAGACTCAGGGGTTAAAACCCTTGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATCTTCACTCAGAGCTAAGTAAGACTCAGGGGTTAAAACCCTTGC  245

seq1  CATACAACCTGACAACTGAACTTCAATCCCAGGATCCCATGGTGTAAGGA  297
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAACTTGACAACTGAACTTCAATCCCAGGATCCCATGGTGTAAGGA  295

seq1  G-AAGACTGACTGAGAGTGGTCCTCTGCCCTGCACACATGTGCACTCACA  346
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTGACTGAGAGTGGTCCTCTGCCCTGCACACATGTGCACTCACA  345

seq1  TAGGTATTCATAGAAATTGAATTTTTATAAAAGTAAACACTTACCTGAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATTCATAGAAATTGAATTTTTATAAAAGTAAACACTTACCTGAAC  395

seq1  ATTTTTCACACAAAACATTTTCTGATATTAAAGAAACCCCATGATCAGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCACACAAAACATTTTCTGATATTAAAGAAACCCCATGATCAGGA  445

seq1  GACAGGGTAGTTTCCTCTTAGATGCTGTTTCTGAAGCCCTCCTGCTACCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTAGTTTCCTCTTAGATGCTGTTTCTGAAGCCCTCCTGCTACCA  495

seq1  ATTCCGTTCTTCCCATGCTTCCAGCCCCTTTCTTCTACTACCAGGAAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGTTCTTCCCATGCTTCCAGCCCCTTTCTTCTACTACCAGGAAAAT  545

seq1  ATAGCCCGTGGGCCTCAATGATTGGGATTGGAAAACAACAAATTTTAGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCGTGGGCCTCAATGATTGGGATTGGAAAACAACAAATTTTAGCT  595

seq1  CAAGCCCATTACATACACTACTTCATTCATAGGGAGAAAGAAAAGACACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCATTACATACACTACTTCATTCATAGGGAGAAAGAAAAGACACT  645

seq1  GTCTGATAGAAAGGTGAACAGCCATCATACCCATGAAAACCATCCCAAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATAGAAAGGTGAACAGCCATCATACCCATGAAAACCATCCCAAAC  695

seq1  ACAACATCCATAAACAATTAAGGATTTGCTAAACAAAGTGTATCTATACT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCCATAAACAATTAAGGATTTGCTAAACAAAGTGTATCTATACT  745

seq1  TTGCTAAGAGGTCTTGTTCTGCTTTTTCCATAGGTCAGGGTATCCTGGCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAAGAGGTCTTGTTCTGCTTTTTCCATAGGTCAGGGTATCCTGGCT  795

seq1  TACACTGAGGACTAAACTCACCTTCTGAACAAGTCATCCAAGTCCTGCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGAGGACTAAACTCACCTTCTGAACAAGTCATCCAAGTCCTGCAA  845

seq1  ACAAAACAAGAGAAGCTTAGTTACCTAAAGAAACAGAACACAATGTGGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAGAGAAGCTTAGTTACCTAAAGAAACAGAACACAATGTGGTT  895

seq1  TCATATATATGAGATTTATTTATTCATTTTACAGATATGAGTACACTATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATATGAGATTTATTTATTCATTTTACAGATATGAGTACACTATT  945

seq1  GCTCTCTTCAGACACACCAGAAGGGGGCATCAGTGCTCTTAGCCATTGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTCAGACACACCAGAAGGGGGCATCAGTGCTCTTAGCCATTGAG  995

seq1  CCATGCCACCAACCCATTAAGTTTTATGTCAGTCAGCACTATACCAATTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCACCAACCCATTAAGTTTTATGTCAGTCAGCACTATACCAATTC  1045

seq1  ACCTGCAAATGTATTTTCACGTCCCAGGGTAATGCCAATGAAGTGGATTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAAATGTATTTTCACGTCCCAGGGTAATGCCAATGAAGTGGATTA  1095

seq1  GCACAATGGAATTC  1110
      ||||||||||||||
seq2  GCACAATGGAATTC  1109