BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336E22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 121,324,532 - 121,463,368
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrak1, Cck
Upstream geneMyrip, Eif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010, Ctnnb1, Ulk4
Downstream geneLyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336E22.bB6Ng01-336E22.g
ACCGA121265GA121266
length1,1711,049
definitionB6Ng01-336E22.b B6Ng01-336E22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,462,196 - 121,463,368)(121,324,532 - 121,325,575)
sequence
gaattcactgttccagtgttctgctggaatatgcattccactctttgtag
gaagtggtcttatgcaaactctttacctgtttggttcctctgtttgccca
cactgtaaatggaaatgtgcctaggtcttaggattcttgtgctctgtgcc
tttgaggagagcgcagttaaatcccaggggactgtaggtaatccaggttg
gtttgtttgactgattgattttataaatgttacacactgaacaggcaata
ctttttgtaaaaatattttcatattgaagggaaagaaacagctggacccc
ctggacagtgtctagtgacctgctctgctccacccccatcccccacatgt
agtggtcactttattgtttactttcttgctgtcactgcggctcagtggtc
tctgagacaccacagacggccacagtcagtggagatagctagaccctgtc
cttccttcctctggctcctacattctttcttgtcccttttctatgagctt
tggaggggtgcggcatgcacaggcacagagatgctgtgctgcagcaacaa
tcacttattcttgcaatttggtcagttatgagtctctgcggcaccctcct
attagaaaacacttccctcgactaaggcaatagcagcggtaatgtgagat
tacaagcataagtgccgaggagggaatgtccatttaataagatatcatca
tcagcttctccttgaggcctgggatttctgaaccacaaagctctgccctg
gcctacagttccaagcttgggttcccgtctctggagcctcaaattgttgc
actctcacacttctgctgctgttgcaccagtgatcacacctggcctggca
tgccgatctccagtgaaacagagggtggcagccaagcaggagtcagcctg
ccctgacacacaggtggtttcccctgtcttttcttgcgttcagcctgaag
aaacatttcaaaggcagcgttcctcagctgtgttcacagatatttgttac
actgtctctcttactctcagattttaaaacagtagttttggctgggactg
tagcttagtggttcaacaccagtgacataaaaacaacaaatcacaaacaa
actttctagaacatggtggcacacttaattgattataatttaattcccag
tatttcatgaaggccaaagtc
gaattcttcctggatttgtagacagagcttgaaggggaacgtgtataaaa
cacagattaatgaggaaaataacatggctcttgtgccgagaaggtctggg
tggtggtgtttagtcaggtgatggtccctgcacatccttcttcatttgtg
agagaagtcaggatccctgcccctgggtccctgtagtccttggctcctca
cagtctcctcagattcctacgagcacacctacaggaagtctctcagctca
gaggtgttgagcaatgcttcatcagggcaactcctccagccccagccgca
gcgccttcctacagacaggtgcacctgcttgaggcgtggctggtgttttc
ttttgcagttgctatgaaactttcaggacgctaccattcctgttcttctc
aagggggagaaaggccaagagcgtacctcagggcaccgtacattcctgcc
tggctcccctctgtgtgcagggcaattggcagggtgctgctattccaaca
ggtgctctgcctgccgtgctccgcctccgaggtcctgtgagccactctgt
ccttccttctcccagtgatgctgggcgggtggccctgtgcacacccgtcc
actcctgccaagccagggcatgtctgcgaccctggctggagcccagcatg
tgcgctttgggccccgatggctcctctgggcaggtggccaaaggctctcc
caaggacagtcccttaggacaatgtttcaaatttggggcgacttcaacaa
tgtccctgagagacgtgggaggggaagaggaatgttttgaatacaactac
caggatgaagagaaggcggccatcctccgagcagcatgatactcctggac
atcttggcagccacccatgagcagaacgataccatggacattttggaagg
atggtaatgctacgctttaccttgagctgcatagactacttgaggctttt
cctgttagtgtccagccaggccaagattggccactgatgtgccatattct
tcttagttcttaaaggaaccagtgtacaaatggctttgaatgtccaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_121462196_121463368
seq2: B6Ng01-336E22.b_46_1216 (reverse)

seq1  GACTTTG--CCTCATG-AATACT-GGAATTAAATAATTAATTAAATAAGT  46
      |||||||  | ||||| |||||| |||||||||| | |||| || |||||
seq2  GACTTTGGCCTTCATGAAATACTGGGAATTAAATTA-TAATCAATTAAGT  49

seq1  GTGCCACCATG-TCTAGAAAGTTTGTTTGTTGGTTTGTTTGTTTTTATGT  95
      ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||
seq2  GTGCCACCATGTTCTAGAAAGTTTGTTTG-TGATTTG-TTGTTTTTATGT  97

seq1  CACTGGGTGTTGAACCACTAAGCTACAGTCCCAGCCCAAAACTACTGTTT  145
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACT-GGTGTTGAACCACTAAGCTACAGTCCCAG-CCAAAACTACTGTTT  145

seq1  TTAAAAATCTGAGAGTAGAGAGA-ACAGTGTAACAAATATCTGTGAACAC  194
      |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  T--AAAATCTGAGAGTA-AGAGAGACAGTGTAACAAATATCTGTGAACAC  192

seq1  AGCTGAGGAACGCTGCCTTTTGAAATGTTTCTTCAGGCTGAACGC-AGAA  243
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCTGAGGAACGCTGCC-TTTGAAATGTTTCTTCAGGCTGAACGCAAGAA  241

seq1  AAGACAGGGGAAACCACCTGTGTGTCAGGGCAGGCTGACTCCTGCTTGGC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGGGAAACCACCTGTGTGTCAGGGCAGGCTGACTCCTGCTTGGC  291

seq1  TGCCACCCTCTGTTTCACTGGAGATCGGCATGCCAGGCCAGGTGTGATCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCCTCTGTTTCACTGGAGATCGGCATGCCAGGCCAGGTGTGATCA  341

seq1  CTGGTGCAACAGCAGCAGAAGTGTGAGAGTGCAACAATTTGAGGCTCCAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCAACAGCAGCAGAAGTGTGAGAGTGCAACAATTTGAGGCTCCAG  391

seq1  AGACGGGAACCCAAGCTTGGAACTGTAGGCCAGGGCAGAGCTTTGTGGTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGGAACCCAAGCTTGGAACTGTAGGCCAGGGCAGAGCTTTGTGGTT  441

seq1  CAGAAATCCCAGGCCTCAAGGAGAAGCTGATGATGATATCTTATTAAATG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCCCAGGCCTCAAGGAGAAGCTGATGATGATATCTTATTAAATG  491

seq1  GACATTCCCTCCTCGGCACTTATGCTTGTAATCTCACATTACCGCTGCTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCCCTCCTCGGCACTTATGCTTGTAATCTCACATTACCGCTGCTA  541

seq1  TTGCCTTAGTCGAGGGAAGTGTTTTCTAATAGGAGGGTGCCGCAGAGACT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTAGTCGAGGGAAGTGTTTTCTAATAGGAGGGTGCCGCAGAGACT  591

seq1  CATAACTGACCAAATTGCAAGAATAAGTGATTGTTGCTGCAGCACAGCAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTGACCAAATTGCAAGAATAAGTGATTGTTGCTGCAGCACAGCAT  641

seq1  CTCTGTGCCTGTGCATGCCGCACCCCTCCAAAGCTCATAGAAAAGGGACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCCTGTGCATGCCGCACCCCTCCAAAGCTCATAGAAAAGGGACA  691

seq1  AGAAAGAATGTAGGAGCCAGAGGAAGGAAGGACAGGGTCTAGCTATCTCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAATGTAGGAGCCAGAGGAAGGAAGGACAGGGTCTAGCTATCTCC  741

seq1  ACTGACTGTGGCCGTCTGTGGTGTCTCAGAGACCACTGAGCCGCAGTGAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTGTGGCCGTCTGTGGTGTCTCAGAGACCACTGAGCCGCAGTGAC  791

seq1  AGCAAGAAAGTAAACAATAAAGTGACCACTACATGTGGGGGATGGGGGTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAAGTAAACAATAAAGTGACCACTACATGTGGGGGATGGGGGTG  841

seq1  GAGCAGAGCAGGTCACTAGACACTGTCCAGGGGGTCCAGCTGTTTCTTTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGCAGGTCACTAGACACTGTCCAGGGGGTCCAGCTGTTTCTTTC  891

seq1  CCTTCAATATGAAAATATTTTTACAAAAAGTATTGCCTGTTCAGTGTGTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAATATGAAAATATTTTTACAAAAAGTATTGCCTGTTCAGTGTGTA  941

seq1  ACATTTATAAAATCAATCAGTCAAACAAACCAACCTGGATTACCTACAGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATAAAATCAATCAGTCAAACAAACCAACCTGGATTACCTACAGT  991

seq1  CCCCTGGGATTTAACTGCGCTCTCCTCAAAGGCACAGAGCACAAGAATCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGGATTTAACTGCGCTCTCCTCAAAGGCACAGAGCACAAGAATCC  1041

seq1  TAAGACCTAGGCACATTTCCATTTACAGTGTGGGCAAACAGAGGAACCAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTAGGCACATTTCCATTTACAGTGTGGGCAAACAGAGGAACCAA  1091

seq1  ACAGGTAAAGAGTTTGCATAAGACCACTTCCTACAAAGAGTGGAATGCAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTAAAGAGTTTGCATAAGACCACTTCCTACAAAGAGTGGAATGCAT  1141

seq1  ATTCCAGCAGAACACTGGAACAGTGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGCAGAACACTGGAACAGTGAATTC  1171

seq1: chr9_121324532_121325575
seq2: B6Ng01-336E22.g_66_1114

seq1  GAATTCTTCCTGGATTTGTAGACAGAGCTTGAAGGGGAACGTGTATAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGGATTTGTAGACAGAGCTTGAAGGGGAACGTGTATAAAA  50

seq1  CACAGATTAATGAGGAAAATAACATGGCTCTTGTGCCGAGAAGGTCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTAATGAGGAAAATAACATGGCTCTTGTGCCGAGAAGGTCTGGG  100

seq1  TGGTGGTGTTTAGTCAGGTGATGGTCCCTGCACATCCTTCTTCATTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGTTTAGTCAGGTGATGGTCCCTGCACATCCTTCTTCATTTGTG  150

seq1  AGAGAAGTCAGGATCCCTGCCCCTGGGTCCCTGTAGTCCTTGGCTCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTCAGGATCCCTGCCCCTGGGTCCCTGTAGTCCTTGGCTCCTCA  200

seq1  CAGTCTCCTCAGATTCCTACGAGCACACCTACAGGAAGTCTCTCAGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCCTCAGATTCCTACGAGCACACCTACAGGAAGTCTCTCAGCTCA  250

seq1  GAGGTGTTGAGCAATGCTTCATCAGGGCAACTCCTCCAGCCCCAGCCGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTTGAGCAATGCTTCATCAGGGCAACTCCTCCAGCCCCAGCCGCA  300

seq1  GCGCCTTCCTACAGACAGGTGCACCTGCTTGAGGCGTGGCTGGTGTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTTCCTACAGACAGGTGCACCTGCTTGAGGCGTGGCTGGTGTTTTC  350

seq1  TTTTGCAGTTGCTATGAAACTTTCAGGACGCTACCATTCCTGTTCTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAGTTGCTATGAAACTTTCAGGACGCTACCATTCCTGTTCTTCTC  400

seq1  AAGGGGGAGAAAGGCCAAGAGCGTACCTCAGGGCACCGTACATTCCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGAGAAAGGCCAAGAGCGTACCTCAGGGCACCGTACATTCCTGCC  450

seq1  TGGCTCCCCTCTGTGTGCAGGGCAATTGGCAGGGTGCTGCTATTCCAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCCCTCTGTGTGCAGGGCAATTGGCAGGGTGCTGCTATTCCAACA  500

seq1  GGTGCTCTGCCTGCCGTGCTCCGCCTCCGAGGTCCTGTGAGCCACTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCTGCCTGCCGTGCTCCGCCTCCGAGGTCCTGTGAGCCACTCTGT  550

seq1  CCTTCCTTCTCCCAGTGATGCTGGGCGGGTGGCCCTGTGCACACCCGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCTCCCAGTGATGCTGGGCGGGTGGCCCTGTGCACACCCGTCC  600

seq1  ACTCCTGCCAAGCCAGGGCATGTCTGCGACCCTGGCTGGAGCCCAGCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGCCAAGCCAGGGCATGTCTGCGACCCTGGCTGGAGCCCAGCATG  650

seq1  TGCGCTTTGGGCCCCGATGGCTCCTCTGGGCAGGTGGCCAAAGGCTCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTTTGGGCCCCGATGGCTCCTCTGGGCAGGTGGCCAAAGGCTCTCC  700

seq1  CAAGGACAGTCCCTTAGGACAATGTTTCAAATTTGGGGCGACTTCAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACAGTCCCTTAGGACAATGTTTCAAATTTGGGGCGACTTCAACAA  750

seq1  TGTCCCTGAGAGACGTGGGAGGGGAAGAGGAATGTTTTGAATACAACTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGAGAGACGTGGGAGGGGAAGAGGAATGTTTTGAATACAACTAC  800

seq1  CAGGATGAAGAGAAGGCGGCCATCC-CCGAGCAGCATGATAC-CCTGGAC  848
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGGATGAAGAGAAGGCGGCCATCCTCCGAGCAGCATGATACTCCTGGAC  850

seq1  ATCTTGGCAGCCACCCATGAGCAGAACGATACCATGGACATTTTGG-AGG  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATCTTGGCAGCCACCCATGAGCAGAACGATACCATGGACATTTTGGAAGG  900

seq1  ATGGTAAATGCTACGCTTTACCTTGAGCTGCATAGACTACTTGAGGCTTT  947
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGT-AATGCTACGCTTTACCTTGAGCTGCATAGACTACTTGAGGCTTT  949

seq1  TCCTGTTAGTGTCCAGCCAGG-CAAGATTGGCCACTGATGTTGCCATATT  996
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTGTTAGTGTCCAGCCAGGCCAAGATTGGCCACTGATG-TGCCATATT  998

seq1  C-TCTTAGTTCTTAAAGGAACAGGTGTACAAATGGCTT--GATGTCCAAG  1043
      | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||
seq2  CTTCTTAGTTCTTAAAGGAACCAGTGTACAAATGGCTTTGAATGTCCAAG  1048

seq1  T  1044
      |
seq2  T  1049