BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336F20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 101,921,023 - 101,952,090
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEphb1
Upstream genePccb, LOC100041013, LOC100040707, Msl2l1, 3222402P14Rik, LOC100041065, EG382099, 9630041A04Rik
Downstream geneKy, LOC664843, Cep63, Anapc13, Amotl2, EG434510, Ryk, Slco2a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336F20.bB6Ng01-336F20.g
ACCGA121309GA121310
length1,0621,067
definitionB6Ng01-336F20.b B6Ng01-336F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,951,029 - 101,952,090)(101,921,023 - 101,922,090)
sequence
gaattcctaccttggcttctgctatggttgggatttataagtcaaataaa
ctttttcaactcctttggtcatggtctttattacagtactagaaagcaaa
gctgtaaagaaactattgaaactgacaggtgctcttctaatctttcactt
attggaagccctacataattcttctgatcaattacactcttttggttttc
actgtgagtgtgtatgatttggatcattgtaatctgaagaagccacacct
cccattagtgaattggtccagggtttcatttgaagctgattccaaagggc
atgaatttgtacctgggaaggtatatctcatatggatgttaagaccctac
atattcaatgtcctctcatccttaccccagggtaccagccaacatattga
ggagaggattctcaaaggatattcaacattgcaaaaagggtgaactctag
tcattttctggtgcagacttttggtacaactctacctctggaaggccatc
cagagcttcctcttcctctacacaggcagagcactgcaccttggtctgtt
tttttttttttctcctatgaccctgagctcttccaagtttctgttgttga
caggaagatgcctggcatcctataatgactcccctttctgtccttttcat
atcacctctctccagcatgtgctcaataacttattctcaacttcccaata
tggcttcaacagtccccttcgctctatgacaaaatctgataacttctgct
gtccatgaccccagttgtcatggtgcccaacacaggctcattagacacaa
aggggctcaattccctctccaaagtcctaaagccacacattgccacttaa
tagagatggcctcttcttggacttctgttcttggtgtgttctccgtggga
gaggagtcagagtcatctttgtgaggagtgcaggggagaagaaggagagc
tgagctcaggttggaagtgtcaccagtgacacatggccagctagaatggg
tgaagaaagcagtttgtcttgtctgtttcctttcattttgactttgcctt
tagaatatcagt
gaattctcagccgaggaataccgaagggctgagaagcaattgaaaaaaaa
tattcaacatccttaatcatcagggaaatgcagatcaaaacaaccctaag
attccacctcaggtgacagcagatactggcgaggatgtggagaaagagga
acactcctccattgcttgtgggattgcaagcttgtacaaccactctggaa
atcagtctggtggtacctcagaaaactgggcatagtactactggtagatg
cagcaatacctctcctgggcatatacccagaagatgttccaactagttat
aacgacacatgttccactatgttcatagaagccctatttataatagccag
aagctggaaagaacccagatgtccctcaacagaaaaattaattcttaact
cttgcatttgctcatctactcttttaaagaaaaaaaaaactcactagaat
attttctttttgtcattttcccctttgttgttttccattttaaaatcttt
tattttgattttccctctcatttgttgttccttttttgcatgtttcatct
tttctttttcagcactcagaacaggagaaataaagaccctcaagataaac
atgaactaaaacaattcatgacattatgtcagcattataggagatactta
aaagtcttccacacagaaaaggaagataaacacaaccaaaataacatagg
gaaggataaatatactaagaccagatgagcaaatggaacatgggagggaa
tcaaatcttagacaaaacaacactatggcaggaagtagaacatgcttttt
actagtaatccttattgtaaatggttataattctccagttaaaaacaaag
aagtctggcctcttagatgataaaacaagatccaactacttgctgcctgc
aggaaactcaccacagtggcaaagaactataataatggaaatgaatggat
aaaaagttattattcccagcaaccagaatgtgaaagcaagtaaagtggct
gtcctatataccaaaaatgtagatctcaactaaagctatatgagataata
tgatatatattgataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_101951029_101952090
seq2: B6Ng01-336F20.b_48_1109 (reverse)

seq1  ACTGATTATTCTAAA-GCAAAGTCAAAATGAAAGGAAACAAGACAAGACA  49
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTGA-TATTCTAAAGGCAAAGTCAAAATGAAAGGAAAC-AGACAAGACA  48

seq1  AACTGCTTTCTTCACCCATTTCTAGCT-GCCATGTGTCACT-GTGACACC  97
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |
seq2  AACTGCTTTCTTCACCCA-TTCTAGCTGGCCATGTGTCACTGGTGACA-C  96

seq1  TTCCAACCTGAGCTCAGCTCTCCTTC-TCTCCCCTGCACTCCTCACAAAG  146
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACCTGAGCTCAGCTCTCCTTCTTCTCCCCTGCACTCCTCACAAAG  146

seq1  ATGACTCTGACTCCTCTCCCACGGAGAACACACCAAGAACAGAAGTCCAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCTGACTCCTCTCCCACGGAGAACACACCAAGAACAGAAGTCCAA  196

seq1  GAAGAGGCCATCTCTATTAAGTGGCAATGTGTGGCTTTAGGACTTTGGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGCCATCTCTATTAAGTGGCAATGTGTGGCTTTAGGACTTTGGAG  246

seq1  AGGGAATTGAGCCCCTTTGTGTCTAATGAGCCTGTGTTGGGCACCATGAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTGAGCCCCTTTGTGTCTAATGAGCCTGTGTTGGGCACCATGAC  296

seq1  AACTGGGGTCATGGACAGCAGAAGTTATCAGATTTTGTCATAGAGCGAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGGTCATGGACAGCAGAAGTTATCAGATTTTGTCATAGAGCGAAG  346

seq1  GGGACTGTTGAAGCCATATTGGGAAGTTGAGAATAAGTTATTGAGCACAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGTTGAAGCCATATTGGGAAGTTGAGAATAAGTTATTGAGCACAT  396

seq1  GCTGGAGAGAGGTGATATGAAAAGGACAGAAAGGGGAGTCATTATAGGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAGAGGTGATATGAAAAGGACAGAAAGGGGAGTCATTATAGGAT  446

seq1  GCCAGGCATCTTCCTGTCAACAACAGAAACTTGGAAGAGCTCAGGGTCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCATCTTCCTGTCAACAACAGAAACTTGGAAGAGCTCAGGGTCAT  496

seq1  AGGAGAAAAAAAAAAAAACAGACCAAGGTGCAGTGCTCTGCCTGTGTAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAAAAAAAAAAACAGACCAAGGTGCAGTGCTCTGCCTGTGTAGA  546

seq1  GGAAGAGGAAGCTCTGGATGGCCTTCCAGAGGTAGAGTTGTACCAAAAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGAAGCTCTGGATGGCCTTCCAGAGGTAGAGTTGTACCAAAAGT  596

seq1  CTGCACCAGAAAATGACTAGAGTTCACCCTTTTTGCAATGTTGAATATCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCAGAAAATGACTAGAGTTCACCCTTTTTGCAATGTTGAATATCC  646

seq1  TTTGAGAATCCTCTCCTCAATATGTTGGCTGGTACCCTGGGGTAAGGATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAATCCTCTCCTCAATATGTTGGCTGGTACCCTGGGGTAAGGATG  696

seq1  AGAGGACATTGAATATGTAGGGTCTTAACATCCATATGAGATATACCTTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACATTGAATATGTAGGGTCTTAACATCCATATGAGATATACCTTC  746

seq1  CCAGGTACAAATTCATGCCCTTTGGAATCAGCTTCAAATGAAACCCTGGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTACAAATTCATGCCCTTTGGAATCAGCTTCAAATGAAACCCTGGA  796

seq1  CCAATTCACTAATGGGAGGTGTGGCTTCTTCAGATTACAATGATCCAAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCACTAATGGGAGGTGTGGCTTCTTCAGATTACAATGATCCAAAT  846

seq1  CATACACACTCACAGTGAAAACCAAAAGAGTGTAATTGATCAGAAGAATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACACTCACAGTGAAAACCAAAAGAGTGTAATTGATCAGAAGAATT  896

seq1  ATGTAGGGCTTCCAATAAGTGAAAGATTAGAAGAGCACCTGTCAGTTTCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGGCTTCCAATAAGTGAAAGATTAGAAGAGCACCTGTCAGTTTCA  946

seq1  ATAGTTTCTTTACAGCTTTGCTTTCTAGTACTGTAATAAAGACCATGACC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTCTTTACAGCTTTGCTTTCTAGTACTGTAATAAAGACCATGACC  996

seq1  AAAGGAGTTGAAAAAGTTTATTTGACTTATAAATCCCAACCATAGCAGAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTTGAAAAAGTTTATTTGACTTATAAATCCCAACCATAGCAGAA  1046

seq1  GCCAAGGTAGGAATTC  1062
      ||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGTAGGAATTC  1062

seq1: chr9_101921023_101922090
seq2: B6Ng01-336F20.g_65_1131

seq1  GAATTCTCAGCCGAGGAATACCGAAGGGCTGAGAAGCAATTGAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCCGAGGAATACCGAAGGGCTGAGAAGCAATTGAAAAAAAA  50

seq1  TATTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAGATCAAAACAACCCTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAGATCAAAACAACCCTAAG  100

seq1  ATTCCACCTCAGGTGACAGCAGATACTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACCTCAGGTGACAGCAGATACTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGA  150

seq1  ACACTCCTCCATTGCTTGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCTCCATTGCTTGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAA  200

seq1  ATCAGTCTGGTGGTACCTCAGAAAACTGGGCATAGTACTACTGGTAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTGGTGGTACCTCAGAAAACTGGGCATAGTACTACTGGTAGATG  250

seq1  CAGCAATACCTCTCCTGGGCATATACCCAGAAGATGTTCCAACTAGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATACCTCTCCTGGGCATATACCCAGAAGATGTTCCAACTAGTTAT  300

seq1  AACGACACATGTTCCACTATGTTCATAGAAGCCCTATTTATAATAGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACACATGTTCCACTATGTTCATAGAAGCCCTATTTATAATAGCCAG  350

seq1  AAGCTGGAAAGAACCCAGATGTCCCTCAACAGAAAAATTAATTCTTAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGAAAGAACCCAGATGTCCCTCAACAGAAAAATTAATTCTTAACT  400

seq1  CTTGCATTTGCTCATCTACTCTTTTAAAGAAAAAAAAAACTCACTAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTTGCTCATCTACTCTTTTAAAGAAAAAAAAAACTCACTAGAAT  450

seq1  ATTTTCTTTTTGTCATTTTCCCCTTTGTTGTTTTCCATTTTAAAATCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTTTGTCATTTTCCCCTTTGTTGTTTTCCATTTTAAAATCTTT  500

seq1  TATTTTGATTTTCCCTCTCATTTGTTGTTCCTTTTTTGCATGTTTCATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGATTTTCCCTCTCATTTGTTGTTCCTTTTTTGCATGTTTCATCT  550

seq1  TTTCTTTTTCAGCACTCAGAACAGGAGAAATAAAGACCCTCAAGATAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTCAGCACTCAGAACAGGAGAAATAAAGACCCTCAAGATAAAC  600

seq1  ATGAACTAAAACAATTCATGACATTATGTCAGCATTATAGGAGATACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAAAACAATTCATGACATTATGTCAGCATTATAGGAGATACTTA  650

seq1  AAAGTCTTCCACACAGAAAAGGAAGATAAACACAACCAAAATAACATAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTCCACACAGAAAAGGAAGATAAACACAACCAAAATAACATAGG  700

seq1  GAAGGATAAATATACTAAGACCAGATGAGCAAATGGAACATGGGAGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATAAATATACTAAGACCAGATGAGCAAATGGAACATGGGAGGGAA  750

seq1  TCAAATCTTAGACAAAACAACACTATGGCAGGAAGTAGAACATGCTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCTTAGACAAAACAACACTATGGCAGGAAGTAGAACATGCTTTTT  800

seq1  ACTAGTAATCCTTATTGTAAATGGTTATAATTCTCCAGTTAAAAACAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTAATCCTTATTGTAAATGGTTATAATTCTCCAGTTAAAAACAAAG  850

seq1  AAGTCTGGCCTCTTAGATGATAAAACAAGATCCAACTACTTGCTGCCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGCCTCTTAGATGATAAAACAAGATCCAACTACTTGCTGCCTGC  900

seq1  AGGAAACTCACCACAGTGGCAAAGAACTATAATAATGGAAAATGAATGGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGAAACTCACCACAGTGGCAAAGAACTATAATAATGG-AAATGAATGGA  949

seq1  TAAAAAGTTA-TATTCCCAGCAACCAGAATGTGAAAGCAAGTAAAGTGGC  999
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTTATTATTCCCAGCAACCAGAATGTGAAAGCAAGTAAAGTGGC  999

seq1  TGTCCTATATA-CAAAAATGTAGATCTCAACCTAAAGCTATATGAGATAA  1048
      ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TGTCCTATATACCAAAAATGTAGATCTCAA-CTAAAGCTATATGAGAT-A  1047

seq1  ATATGATATATATTGATAAA  1068
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATATATATTGATAAA  1067