BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337M16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 93,973,006 - 94,134,175
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384967
Upstream geneLOC674371
Downstream geneEG384968, 1190002N15Rik, EG667601, Slc9a9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337M16.bB6Ng01-337M16.g
ACCGA122306GA122307
length1,1431,109
definitionB6Ng01-337M16.b B6Ng01-337M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,133,027 - 94,134,175)(93,973,006 - 93,974,129)
sequence
gaattcctttaggcttcaggtaaactcatgaatgcttcctttcaactggg
tatttttagataattaaaaactaattgaagtaaatttccatggctttggt
tacagataactgagccttattcatggtgacaagcctctttcaaaaggaaa
aaaaaaaaaaaaaggttccccttatgtggaaaccgtgttttcttggagaa
agccatgagtggtggagtaaagcgaaaacagcaattgcacacccgggttc
tgggtattgcctttgaaaacatgccacatcctgaaatgagactttgctta
tgtgtgccatggtcttaaaaagggaaaatgaagatgttggttaaaatctt
caataagccagccccaaagaatttcctttgaagttgttttataagcttcc
ccactgaaaaactttaagataagttataactctgctttgtgctttgaaaa
taaattcagcacattagttgtatttatgggagaaagtagtaaatgtccca
gaatgaatacacagccataatttactcagagggaactgctactgcccata
aacttctcccaagcccctctcctggtttatgacatcagccatccctgcaa
atgaatctctgctctgtgcaccatcagatccttgtgctatgtaaatttcc
actgactgcttatcaaataagattattacttatcacctattttctttgat
aattttccaggagattaaatacagtctatcctatgtagggagggctatga
ttgcctgacctgcatacatagttggatttggaagtctgtgggcatcagtg
gtaaaataacagggaaagttttggggattctatttgcattaggggttggt
gagtcttacagaaaagtctcagcctatgggagaactaatctggcatagag
tcatgatatcatatgtagccgtgtcatagccatcctatgggtcagtgact
aaaacatggtggcatgtgttagtgtgtacccaggataggattagcatctg
cacttaaattttatggaaaaatgacagatgagtaaaaaacaaactcacta
tatcatggataaaaatatctgattcaaagcagaggagctttctttggtga
ctccatagtagcaagaaactatgaagcagactgcagttggcaa

gaattcttaccaatttccttttgtaacacctcccaggtgaagttctgatt
ctccataaatttatctgttttacttctttgctccttcctaatacttcaga
aaccctgctgttatgcaggttattgctttaggagattcatgagtagctcc
tctaaggcatttcctacagagatgtgaacatacatctattcactccagtt
aagaaagtgacaacaaagtagagaaccaattttccccgagttggctttgg
cgaataagtaagtttatagtagttgcatacatgagcatgggtgactcaga
gaatgctatattactgaaaagcttgcccccctctgcccttcatgggtcaa
gacaacaaaagggacatccctgtagctccctgcccaacatgctggctgct
ccatcaataggaccacctcctcctctatcagttgtttactgcttaggcaa
attcaggagccctgttactcaagtaatttgtcacttttctgagaattata
atttgattttgttcccccagttttaggagtgtccctcttttcccaagagg
aagtgtttcaactttgaaaagatagctatataataataattaatattcac
tgaccactaacgttaaagaaacaagtcttccttttgctttactcaactat
ctatccaattttctgctataattagtttaaatgccaggactgtatgctaa
tccccaaaattgcaccattcagtgtcaaaaagtaattctgatttagttac
agagaaaggaaaaagttgaaatcatcaaagccaacatttttcaacttcca
acagatagttcaacaattcttagagacagcataaagcctggggtcattgg
ctttggaaaactgtttcaacagctgtgtctgagctgctttctatgtgaaa
tgggcactgttctaatgcctggtctcaaagagacatatagttcaatgatc
tgggcagtgtacaggcatcagagtcttgtgaaacacaaaaaaagatcatt
tgtgatctaacacagtgggtgtcagatccctccagagtgccattctaata
agcccctcccagatgctgtcatctcatatccaattttctcctcttcatgg
atcttgagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_94133027_94134175
seq2: B6Ng01-337M16.b_50_1192 (reverse)

seq1  TTGCCAACTGGCAGTCCTGCCTCATAGTTCTTTGCTACTAATGGGGTCAC  50
      ||||||||| ||||| |||| ||||||||  |||||||| |||| |||||
seq2  TTGCCAACT-GCAGT-CTGCTTCATAGTTTCTTGCTACT-ATGGAGTCAC  47

seq1  AAAGAAAAGCTCCTTCTTGCTTTG-ATCAGATA-TTTTATCCATTAATAT  98
       ||  |||||||||   ||||||| |||||||| ||||||||| | ||||
seq2  CAAAGAAAGCTCCT--CTGCTTTGAATCAGATATTTTTATCCA-TGATAT  94

seq1  AGTTGGGTTTTGTTTTTACTCATCTGTCATTTTTCCCATAAAATTTAAGT  148
      || || ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AG-TGAGTTTGTTTTTTACTCATCTGTCATTTTT-CCATAAAATTTAAGT  142

seq1  GCAGATGCTAATCCTATCCCTGGGTACACACTAACACATGCCACCATGTT  198
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGCTAATCCTAT-CCTGGGTACACACTAACACATGCCACCATGTT  191

seq1  TTAGTCACTGACCCATAGGATGGCTATGACACGGCTACATATGATATCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCACTGACCCATAGGATGGCTATGACACGGCTACATATGATATCAT  241

seq1  GACTCTATGCCAGATTAGTTCTCCCATAGGCTGAGACTTTTCTGTAAGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTATGCCAGATTAGTTCTCCCATAGGCTGAGACTTTTCTGTAAGAC  291

seq1  TCACCAACCCCTAATGCAAATAGAATCCCCAAAAC-TTCCCTGTTATTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCACCAACCCCTAATGCAAATAGAATCCCCAAAACTTTCCCTGTTATTTT  341

seq1  ACCACTGATGCCCACAGACTTCCAAATCCAACTATGTATGCAGGTCAGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGATGCCCACAGACTTCCAAATCCAACTATGTATGCAGGTCAGGC  391

seq1  AATCATAGCCCTCCCTACATAGGATAGACTGTATTTAATCTCCTGGAAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATAGCCCTCCCTACATAGGATAGACTGTATTTAATCTCCTGGAAAA  441

seq1  TTATCAAAGAAAATAGGTGATAAGTAATAATCTTATTTGATAAGCAGTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAAGAAAATAGGTGATAAGTAATAATCTTATTTGATAAGCAGTCA  491

seq1  GTGGAAATTTACATAGCACAAGGATCTGATGGTGCACAGAGCAGAGATTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAATTTACATAGCACAAGGATCTGATGGTGCACAGAGCAGAGATTC  541

seq1  ATTTGCAGGGATGGCTGATGTCATAAACCAGGAGAGGGGCTTGGGAGAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAGGGATGGCTGATGTCATAAACCAGGAGAGGGGCTTGGGAGAAG  591

seq1  TTTATGGGCAGTAGCAGTTCCCTCTGAGTAAATTATGGCTGTGTATTCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGCAGTAGCAGTTCCCTCTGAGTAAATTATGGCTGTGTATTCAT  641

seq1  TCTGGGACATTTACTACTTTCTCCCATAAATACAACTAATGTGCTGAATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGACATTTACTACTTTCTCCCATAAATACAACTAATGTGCTGAATT  691

seq1  TATTTTCAAAGCACAAAGCAGAGTTATAACTTATCTTAAAGTTTTTCAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCAAAGCACAAAGCAGAGTTATAACTTATCTTAAAGTTTTTCAGT  741

seq1  GGGGAAGCTTATAAAACAACTTCAAAGGAAATTCTTTGGGGCTGGCTTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGCTTATAAAACAACTTCAAAGGAAATTCTTTGGGGCTGGCTTAT  791

seq1  TGAAGATTTTAACCAACATCTTCATTTTCCCTTTTTAAGACCATGGCACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATTTTAACCAACATCTTCATTTTCCCTTTTTAAGACCATGGCACA  841

seq1  CATAAGCAAAGTCTCATTTCAGGATGTGGCATGTTTTCAAAGGCAATACC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCAAAGTCTCATTTCAGGATGTGGCATGTTTTCAAAGGCAATACC  891

seq1  CAGAACCCGGGTGTGCAATTGCTGTTTTCGCTTTACTCCACCACTCATGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCCGGGTGTGCAATTGCTGTTTTCGCTTTACTCCACCACTCATGG  941

seq1  CTTTCTCCAAGAAAACACGGTTTCCACATAAGGGGAACCTTTTTTTTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCAAGAAAACACGGTTTCCACATAAGGGGAACCTTTTTTTTTTT  991

seq1  TTTTTCCTTTTGAAAGAGGCTTGTCACCATGAATAAGGCTCAGTTATCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTTTTGAAAGAGGCTTGTCACCATGAATAAGGCTCAGTTATCTG  1041

seq1  TAACCAAAGCCATGGAAATTTACTTCAATTAGTTTTTAATTATCTAAAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAAGCCATGGAAATTTACTTCAATTAGTTTTTAATTATCTAAAAA  1091

seq1  TACCCAGTTGAAAGGAAGCATTCATGAGTTTACCTGAAGCCTAAAGGAAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGTTGAAAGGAAGCATTCATGAGTTTACCTGAAGCCTAAAGGAAT  1141

seq1  TC  1149
      ||
seq2  TC  1143


seq1: chr9_93973006_93974129
seq2: B6Ng01-337M16.g_65_1173

seq1  GAATTCTTACCAATTTCCTTTTGTAACACCTCCCAGGTGAAGTTCTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACCAATTTCCTTTTGTAACACCTCCCAGGTGAAGTTCTGATT  50

seq1  CTCCATAAATTTATCTGTTTTACTTCTTTGCTCCTTCCTAATACTTCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATAAATTTATCTGTTTTACTTCTTTGCTCCTTCCTAATACTTCAGA  100

seq1  AACCCTGCTGTTATGCAGGTTATTGCTTTAGGAGATTCATGAGTAGCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGCTGTTATGCAGGTTATTGCTTTAGGAGATTCATGAGTAGCTCC  150

seq1  TCTAAGGCATTTCCTACAGAGATGTGAACATACATCTATTCACTCCAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGCATTTCCTACAGAGATGTGAACATACATCTATTCACTCCAGTT  200

seq1  AAGAAAGTGACAACAAAGTAGAGAACCAATTTTCCCCGAGTTGGCTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTGACAACAAAGTAGAGAACCAATTTTCCCCGAGTTGGCTTTGG  250

seq1  CGAATAAGTAAGTTTATAGTAGTTGCATACATGAGCATGGGTGACTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATAAGTAAGTTTATAGTAGTTGCATACATGAGCATGGGTGACTCAGA  300

seq1  GAATGCTATATTACTGAAAAGCTTGCCCCCCTCTGCCCTTCATGGGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTATATTACTGAAAAGCTTGCCCCCCTCTGCCCTTCATGGGTCAA  350

seq1  GACAACAAAAGGGACATCCCTGTAGCTCCCTGCCCAACATGCTGGCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAAAAGGGACATCCCTGTAGCTCCCTGCCCAACATGCTGGCTGCT  400

seq1  CCATCAATAGGACCACCTCCTCCTCTATCAGTTGTTTACTGCTTAGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAATAGGACCACCTCCTCCTCTATCAGTTGTTTACTGCTTAGGCAA  450

seq1  ATTCAGGAGCCCTGTTACTCAAGTAATTTGTCACTTTTCTGAGAATTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGAGCCCTGTTACTCAAGTAATTTGTCACTTTTCTGAGAATTATA  500

seq1  ATTTGATTTTGTTCCCCCAGTTTTAGGAGTGTCCCTCTTTTCCCAAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATTTTGTTCCCCCAGTTTTAGGAGTGTCCCTCTTTTCCCAAGAGG  550

seq1  AAGTGTTTCAACTTTGAAAAGATAGCTATATAATAATAATTAATATTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTCAACTTTGAAAAGATAGCTATATAATAATAATTAATATTCAC  600

seq1  TGACCACTAACGTTAAAGAAACAAGTCTTCCTTTTGCTTTACTCAACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACTAACGTTAAAGAAACAAGTCTTCCTTTTGCTTTACTCAACTAT  650

seq1  CTATCCAATTTTCTGCTATAATTAGTTTAAATGCCAGGACTGTATGCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCAATTTTCTGCTATAATTAGTTTAAATGCCAGGACTGTATGCTAA  700

seq1  TCCCCAAAATTGCACCATTCAGTGTCAAAAAGTAATTCTGATTTAGTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAAATTGCACCATTCAGTGTCAAAAAGTAATTCTGATTTAGTTAC  750

seq1  AGAGAAAGGAAAAAGTTGAAATCATCAAAGCCAACATTTTTCAACTTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGAAAAAGTTGAAATCATCAAAGCCAACATTTTTCAACTTCCA  800

seq1  ACAGATAGTTCAACAATTCTTAGAGACAGCATAAAGCCTGGGGTCATTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAGTTCAACAATTCTTAGAGACAGCATAAAGCCTGGGGTCATTGG  850

seq1  CTTTGGAAAACTGTTTCAACAGCTGTGTCTGAGCTGCTTCCTATGTGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTGGAAAACTGTTTCAACAGCTGTGTCTGAGCTGCTTTCTATGTGAAA  900

seq1  TGGGCACTGTTCTAATGCCTGGCCTCAAAGAGAACATATAGTTCAATGAT  950
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGGCACTGTTCTAATGCCTGGTCTCAAAGAG-ACATATAGTTCAATGAT  949

seq1  CTTGGGCAGGTGTAACAGGCATCCAGAGTCTTGTGAAACACAAAAAAAGA  1000
      | |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TGGGCA-GTGT-ACAGGCAT-CAGAGTCTTGTGAAACACAAAAAAAGA  995

seq1  TCCATTTGTGGAATTCCTAACACAGTGGGTGTCAGATCCCTCCCAGAGTG  1050
      | ||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  T-CATTTGTG--AT--CTAACACAGTGGGTGTCAGATCCCT-CCAGAGTG  1039

seq1  CATTTCTAATAAACCCCTCCCAGGTGCTGTCATCTCCATATCCATTTTTC  1100
      |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
seq2  CCATTCTAATAAGCCCCTCCCAGATGCTGTCATCT-CATATCCAATTTTC  1088

seq1  TTCCTTCTTCATGAATCTTTGAGC  1124
      |  | |||||||| ||| ||||||
seq2  T--CCTCTTCATGGATC-TTGAGC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |