BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337P02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 29,414,437 - 29,566,830
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnt
Upstream geneOpcml, LOC625222
Downstream geneSnx19, LOC666478
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337P02.bB6Ng01-337P02.g
ACCGA122403GA122404
length1,1521,140
definitionB6Ng01-337P02.b B6Ng01-337P02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,414,437 - 29,415,600)(29,565,690 - 29,566,830)
sequence
gaattcttccaatattcactacctttctccatttttttcttgaccaggga
gctgccacctagcttgccccttatcaaatctgtatttgccacctggctgg
agcaggcacccttactggggcctttcctgtgccctgctatgtccattctg
aattcaagcatctgccctgctagcactgacattccttatacataccgact
cactggagcctcctcaccaacctctgtacagatttaaaaaacacagacag
agggtatggaatttgttcaaggtcatggtgctggtaaatgccaggacatt
tcagatggcaaatccaatagactggattctaaactcatgctttttatcat
tacacactatgatccacctccgtactgttatcccatactccgctgtgcta
gtgtatgtctaaagagagtgtgataacagcccggtttgttatctacttct
tcccctccgcaagcttatttcccaaaatgctagcaatggaaatcgtagct
gggacctagcccctgtatgtgatttcttctggactgtaggctgtggttgt
gtattcttttagggagtaagcatagcgagggcaggaactagatcataagc
ttttgtctgacatggaatagaataacactagcacagaggagtatgggata
atgcagtacagatgtgggtgataatgcataatgataaaaagcttcagatt
agaatgcagtctattgagtttgacatctgaatggaggacctgccttgagt
ttctgccctgacttctcttcatggtggaccataagctgtaagctgacata
aaccctttctccaccaaggtgcatttggtcaggatgttttatcacagtga
tagaaagtgaactaagatgcccggtgtccctgattccatcctcaatgttc
gataatccaccttcaagtcttagatacatgtttaaaatctatcttcctct
gaacaaaaaccttacagggggggctgcttatatcatatttagtctacgca
cacccccatgtttgtcagctcccctctaactcaacttaatagccagtact
cctcctgctgtggtaagctgatctcttactcaataaaacaggccccatag
ccttgtacccggttcgatgagtgagaagcagatttgtagctgtcttcccg
tg

gaattctgtgagactcagtgagttcatctctataaatgccttacacaatg
tctagcccattggaggcttgcagaaatatcagtgttcaacacagtgaaaa
taagatgttgccagtgggataaaggcaaatttcaaggacttttgggtcaa
aacttttgaatgtggttcatctgaccactagctgtttagttacaacggga
ttactaaacctctgtttagtaatctctagtttcctttaggtaagtggaca
attgcatcatctttattagcctatcacagggttgaaggagtgtgtttgga
aataccccaaaactagaaacccccacagatgctgaagatagggacatagc
ttcagagaagaccactccaaaaaataaatatcaaggattctttgtagaca
attagatatgtgcatttcaataacggactttctcagacattctgtcttag
ggccatctatcaagccttagagtacttctgcaggcatagagcaaatgtag
gtaatgatgtctctaacacagtgacccaggtacaggtcaatatagcaatc
aaatacagcttcagacagacagattgcttctcctttaaaagcgatggctt
tcaaattagagtttgcacctcgactttttaaaaaaagacctacaatggaa
tgttattgtaatgaataaaatattagaccttctgacaatggtggctgaga
gcatgactgctgtttgaccccagtctctctcccacaagggtctctgcaga
gcctctaagggaatccaggagtctcgtagatgcagtttaaagacagacac
tctaaagcatacacatctttagactcttaggtgttaatagcaatttccca
tgttctgagatttattaaagatgaactcatgccagacaaacctcatttcc
tcccctggcattgttctgcagggagtgcagtgggcatagtgaatgaacat
tttaggaaggcatcctgggagtgctttttgtaaggctttcaatggacaaa
attctttaccctgaatatcagcaaagggccacatgcctacaggtgctaaa
tgactaatgatctagcagctgttcaaggtccggcctgacaagtatacctg
atgctggcctgaccttatcattaaataccttcaatcagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_29414437_29415600
seq2: B6Ng01-337P02.b_46_1197

seq1  GAATTCTTCCAATATTCACTACCTTTCTCCATTTTTTTCTTGACCAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCAATATTCACTACCTTTCTCCATTTTTTTCTTGACCAGGGA  50

seq1  GCTGCCACCTAGCTTGCCCCTTATCAAATCTGTATTTGCCACCTGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACCTAGCTTGCCCCTTATCAAATCTGTATTTGCCACCTGGCTGG  100

seq1  AGCAGGCACCCTTACTGGGGCCTTTCCTGTGCCCTGCTATGTCCATTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCACCCTTACTGGGGCCTTTCCTGTGCCCTGCTATGTCCATTCTG  150

seq1  AATTCAAGCATCTGCCCTGCTAGCACTGACATTCCTTATACATACCGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGCATCTGCCCTGCTAGCACTGACATTCCTTATACATACCGACT  200

seq1  CACTGGAGCCTCCTCACCAACCTCTGTACAGATTTAAAAAACACAGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGCCTCCTCACCAACCTCTGTACAGATTTAAAAAACACAGACAG  250

seq1  AGGGTATGGAATTTGTTCAAGGTCATGGTGCTGGTAAATGCCAGGACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATGGAATTTGTTCAAGGTCATGGTGCTGGTAAATGCCAGGACATT  300

seq1  TCAGATGGCAAATCCAATAGACTGGATTCTAAACTCATGCTTTTTATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGCAAATCCAATAGACTGGATTCTAAACTCATGCTTTTTATCAT  350

seq1  TACACACTATGATCCACCTCCGTACTGTTATCCCATACTCCGCTGTGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTATGATCCACCTCCGTACTGTTATCCCATACTCCGCTGTGCTA  400

seq1  GTGTATGTCTAAAGAGAGTGTGATAACAGCCCGGTTTGTTATCTACTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTCTAAAGAGAGTGTGATAACAGCCCGGTTTGTTATCTACTTCT  450

seq1  TCCCCTCCGCAAGCTTATTTCCCAAAATGCTAGCAATGGAAATCGTAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCGCAAGCTTATTTCCCAAAATGCTAGCAATGGAAATCGTAGCT  500

seq1  GGGACCTAGCCCCTGTATGTGATTTCTTCTGGACTGTAGGCTGTGGTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTAGCCCCTGTATGTGATTTCTTCTGGACTGTAGGCTGTGGTTGT  550

seq1  GTATTCTTTTAGGGAGTAAGCATAGCGAGGGCAGGAACTAGATCATAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTTTTAGGGAGTAAGCATAGCGAGGGCAGGAACTAGATCATAAGC  600

seq1  TTTTGTCTGACATGGAATAGAATAACACTAGCACAGAGGAGTATGGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTGACATGGAATAGAATAACACTAGCACAGAGGAGTATGGGATA  650

seq1  ATGCAGTACAGATGTGGGTGATAATGCATAATGATAAAAAGCTTCAGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTACAGATGTGGGTGATAATGCATAATGATAAAAAGCTTCAGATT  700

seq1  AGAATGCAGTCTATTGAGTTTGACATCTGAATGGAGGACCTGCCTTGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCAGTCTATTGAGTTTGACATCTGAATGGAGGACCTGCCTTGAGT  750

seq1  TTCTGCCCTGACTTCTCTTCATGGTGGACCATAAGCTGTAAGCTGACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCCTGACTTCTCTTCATGGTGGACCATAAGCTGTAAGCTGACATA  800

seq1  AACCCTTTCTCCACCAAGGTGCATTTGGTCAGGATGTTTTATCACAGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTCTCCACCAAGGTGCATTTGGTCAGGATGTTTTATCACAGTGA  850

seq1  TAGAAAGTGAACTAAGATGCCCGGTGTCCCTGATTCCATCCTCAATGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGTGAACTAAGATGCCCGGTGTCCCTGATTCCATCCTCAATGTTC  900

seq1  GATAATCCACCTTCAAGTCTTAGATACATGTTTAAAATCTATCTTCCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCCACCTTCAAGTCTTAGATACATGTTTAAAATCTATCTTCCTCT  950

seq1  GAACAAAAACCTTACA-GGGGGGCTGCTTTATATCATATTTAGTCTACGC  999
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAAACCTTACAGGGGGGGCTGC-TTATATCATATTTAGTCTACGC  999

seq1  ACCACCCCCATGTTTGTCAGCTTCCCCCTCTAACTCACCTAATTAGCAAG  1049
      | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || | |||| ||
seq2  A-CACCCCCATGTTTGTCAGCT--CCCCTCTAACTCAACTTAATAGCCAG  1046

seq1  TACTCCTTCTGCTGTGGTAAGCTGATCTTCCTAACTCA--TAAACAGCCC  1097
      ||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||   ||||||  |
seq2  TACTCCTCCTGCTGTGGTAAGCTGATCT--CTTACTCAATAAAACAG-GC  1093

seq1  CCCATAGCTTGGTACCCCCGTTTCGATGAAGTTGAGGGAAAGCAAGATTT  1147
      |||||||| | |||  |||| ||||||||   ||||   |||| ||||||
seq2  CCCATAGCCTTGTA--CCCGGTTCGATGA--GTGAG---AAGC-AGATTT  1135

seq1  GTAGCTGTCTTCCCGTG  1164
      |||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGTCTTCCCGTG  1152


seq1: chr9_29565690_29566830
seq2: B6Ng01-337P02.g_65_1204 (reverse)

seq1  TGCTGA-TGGAGGTATTTAATGATAAAGGGCCCAGCCAGCATCAGGTATA  49
      |||||| || ||||||||||||||||  || |  ||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTGAAGGTATTTAATGATAA--GGTCAGGCCAGCATCAGGTATA  48

seq1  CCCTGTCAGGCCG--ACTTG-ACAGCCTGCTAAGGATCAATTAGTCATTT  96
       | ||||||||||   |||| |||| ||||||  |||| |||||||||||
seq2  -CTTGTCAGGCCGGACCTTGAACAG-CTGCTA--GATC-ATTAGTCATTT  93

seq1  AGCACCTGTAGGCATGTGCCCCTTTGCTGATATTCAGGGTAAAGAATTTT  146
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTGTAGGCATGTGGCCCTTTGCTGATATTCAGGGTAAAGAATTTT  143

seq1  GTCCAATGAAAGCCTTAC-AAAAGCACTCCCAGGATGCCTTCCTAAAATG  195
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGAAAGCCTTACAAAAAGCACTCCCAGGATGCCTTCCTAAAATG  193

seq1  TTCATTCACTATGCCCACTGCACTCCCTGCAGAACAATGCCAGGGGAGGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCACTATGCCCACTGCACTCCCTGCAGAACAATGCCAGGGGAGGA  243

seq1  AATGAGGTTTGTCTGGCATGAGTTCATC-TTAATAAATCTCAGAACATGG  294
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTTTGTCTGGCATGAGTTCATCTTTAATAAATCTCAGAACATGG  293

seq1  GAAATTGCTATTAACACCTAAGAGTCTAAAGATGTGTATGCTTTAGAGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGCTATTAACACCTAAGAGTCTAAAGATGTGTATGCTTTAGAGTG  343

seq1  TCTGTCTTTAAACTGCATCTACGAGACTCCTGGATTCCCTTAGAGGCTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTTAAACTGCATCTACGAGACTCCTGGATTCCCTTAGAGGCTCT  393

seq1  GCAGAGACCCTTGTGGGAGAGAGACTGGGGTCAAACAGCAGTCATGCTCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGACCCTTGTGGGAGAGAGACTGGGGTCAAACAGCAGTCATGCTCT  443

seq1  CAGCCACCATTGTCAGAAGGTCTAATATTTTATTCATTACAATAACATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCATTGTCAGAAGGTCTAATATTTTATTCATTACAATAACATTC  493

seq1  CATTGTAGGTCTTTTTTTAAAAAGTCGAGGTGCAAACTCTAATTTGAAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAGGTCTTTTTTTAAAAAGTCGAGGTGCAAACTCTAATTTGAAAG  543

seq1  CCATCGCTTTTAAAGGAGAAGCAATCTGTCTGTCTGAAGCTGTATTTGAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGCTTTTAAAGGAGAAGCAATCTGTCTGTCTGAAGCTGTATTTGAT  593

seq1  TGCTATATTGACCTGTACCTGGGTCACTGTGTTAGAGACATCATTACCTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATATTGACCTGTACCTGGGTCACTGTGTTAGAGACATCATTACCTA  643

seq1  CATTTGCTCTATGCCTGCAGAAGTACTCTAAGGCTTGATAGATGGCCCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTCTATGCCTGCAGAAGTACTCTAAGGCTTGATAGATGGCCCTA  693

seq1  AGACAGAATGTCTGAGAAAGTCCGTTATTGAAATGCACATATCTAATTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAATGTCTGAGAAAGTCCGTTATTGAAATGCACATATCTAATTGT  743

seq1  CTACAAAGAATCCTTGATATTTATTTTTTGGAGTGGTCTTCTCTGAAGCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGAATCCTTGATATTTATTTTTTGGAGTGGTCTTCTCTGAAGCT  793

seq1  ATGTCCCTATCTTCAGCATCTGTGGGGGTTTCTAGTTTTGGGGTATTTCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCTATCTTCAGCATCTGTGGGGGTTTCTAGTTTTGGGGTATTTCC  843

seq1  AAACACACTCCTTCAACCCTGTGATAGGCTAATAAAGATGATGCAATTGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACTCCTTCAACCCTGTGATAGGCTAATAAAGATGATGCAATTGT  893

seq1  CCACTTACCTAAAGGAAACTAGAGATTACTAAACAGAGGTTTAGTAATCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTACCTAAAGGAAACTAGAGATTACTAAACAGAGGTTTAGTAATCC  943

seq1  CGTTGTAACTAAACAGCTAGTGGTCAGATGAACCACATTCAAAAGTTTTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTAACTAAACAGCTAGTGGTCAGATGAACCACATTCAAAAGTTTTG  993

seq1  ACCCAAAAGTCCTTGAAATTTGCCTTTATCCCACTGGCAACATCTTATTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAAAGTCCTTGAAATTTGCCTTTATCCCACTGGCAACATCTTATTT  1043

seq1  TCACTGTGTTGAACACTGATATTTCTGCAAGCCTCCAATGGGCTAGACAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGTTGAACACTGATATTTCTGCAAGCCTCCAATGGGCTAGACAT  1093

seq1  TGTGTAAGGCATTTATAGAGATGAACTCACTGAGTCTCACAGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAGGCATTTATAGAGATGAACTCACTGAGTCTCACAGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |