BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340E08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,410,843 - 116,533,326
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340E08.bB6Ng01-340E08.g
ACCGA124026GA124027
length9621,095
definitionB6Ng01-340E08.b B6Ng01-340E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,532,369 - 116,533,326)(116,410,843 - 116,411,943)
sequence
gaattctctaaacatagaagcaaagacacatgggaattaactaggtaaaa
aacaaacaaacaaacaaagaagcaaacaatagagctgagagttacagacc
aaggaaccaacttgtccttgggcttgcatgagcagaggatggaaccatgc
agctgcatgccgatggcttagcagaacacagagacacagagagagatggg
gaggaaggaaattagcttaacaggttggctggctgtagcagcattgtcag
gcatggaaccttgagctctatcctgacgacaatggaaatgtcattgagaa
ttggagaatgacagatgccatgcctataggatggagaatgtctggaaaat
gggcaaacaaacaaaactaaacaccgcaaccctaaaaaaacaaaacaaaa
caaaacaaaaaaaaaaacagaaggggccaaatgcactgaagaatctaggg
aagacatcatggtggcatgtcatcacattctgagaatgaccctgacatta
ctaatgagtttgtcataagtgaagggttaagaataccctggatattataa
tcaattgagtatcaggatagacatcaaattaaggaagcattggtctttaa
ctcccacagctcagtgcccaccattccactgttcaggagctaaactgagg
taggatcacattgatggggagaaggctgatttctctgctgagtgtgttga
ctttaagatgcctacacacacgacagaggggagactgatcactgtttcca
tgtgtttgtctatcttagccactatctttatatggtggtggagtttggag
ttaccatcatgggatttagccccattaccaggatgaaatgggctttgagg
caggacaagtcgggcagaaccctggaaattaagcataagagcaggaaatg
gagtcacaaacacacaataaggcacatgaacatatcattacttgccaggt
acgagggactca

gaattcaaagctgatgtgagcccaagttactctgagaaacactggctagt
ggagtggactatctgatgctgaactgttaaaactagacacacatggggga
ctgtaggatgctttaaccttgggactgtacaggcttagaggatgccatcc
tccacagctcgaggctctctggagatagataattttgcatggttatcctt
gggatccacagagatcccaggaggtatattcagtactgagagatcatcag
tgtcctagccagtatggtagtacagcaggggccatggtgcagggaagaga
aggcacacagttggcatctgtaatggctgatcttggtggtcaacctgaca
acctggaaagagggaacaacagttcaagaattgcttctgtcaaattgggt
atattattttggggtaatttggggcattttcttgattgttaatgtgtgaa
ggcccagttcactgtgtgtgtaatcatccctagtcaggtgagcctgggtt
gtaaaggaaaatagctgactcagagctctgaagcaagtcaggaagtaacg
tttccccatggcacctgccttaagagttcctgtcctgacttcccttcctg
gtgttctgtaagctaaaggattaaaaacaaacaaacaaacaaacactcaa
aacaaacaaacaaagactcaaaacaaacaaacaaaaacaacccaaccttt
cttccccaagttactgttcatcatgatatttatcacagcaagagaatgta
ctagaacacagtcctttatgagcatgtgaatattattttttatatagtaa
agatctttgtgtcccccagggtttggccaggaacacagaatcaaccctga
tgtattctaggtatagcatattttaccgggattgaaggatttgtgtgaca
gtcaatggtaccaatgtggaagacaaaggaaccaccactaaagttatagg
aattggtgtcccaaatctgagggaggctgctctggtctagaacacctgct
atgcctccatgaattgcaagagcttttgacatcaaacagctgcaaagcat
ggtgactttctgttcagaagctgctggccactctgccccttcccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116532369_116533326
seq2: B6Ng01-340E08.b_48_1009 (reverse)

seq1  TGAGTCCCTCGTACCTGGC-AGTATTG-TATGTTCATGGTGCCTTATTGT  48
      ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAGTCCCTCGTACCTGGCAAGTAATGATATGTTCAT-GTGCCTTATTGT  49

seq1  GTGTTTGTGGCTCCATTTCCTGCTCTTATGCTT-ATTTCCAGGGTTCTG-  96
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GTGTTTGTGACTCCATTTCCTGCTCTTATGCTTAATTTCCAGGGTTCTGC  99

seq1  CCGACTTGTCCTGCCTCAAAGCCCA-TTCATCCTGGTAATGGGGCTAAAT  145
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACTTGTCCTGCCTCAAAGCCCATTTCATCCTGGTAATGGGGCTAAAT  149

seq1  CCCATGATGGTAACTCCAAACTCCACCACCATATAAAGATAGTGGCTAAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGATGGTAACTCCAAACTCCACCACCATATAAAGATAGTGGCTAAG  199

seq1  ATAGACAAACACATGGAAACAGTGATCAGTCTCCCCTCTGTCGTGTGTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAAACACATGGAAACAGTGATCAGTCTCCCCTCTGTCGTGTGTGT  249

seq1  AGGCATCTTAAAGTCAACACACTCAGCAGAGAAATCAGCCTTCTCCCCAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCTTAAAGTCAACACACTCAGCAGAGAAATCAGCCTTCTCCCCAT  299

seq1  CAATGTGATCCTACCTCAGTTTAGCTCCTGAACAGTGGAATGGTGGGCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGATCCTACCTCAGTTTAGCTCCTGAACAGTGGAATGGTGGGCAC  349

seq1  TGAGCTGTGGGAGTTAAAGACCAATGCTTCCTTAATTTGATGTCTATCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTGGGAGTTAAAGACCAATGCTTCCTTAATTTGATGTCTATCCT  399

seq1  GATACTCAATTGATTATAATATCCAGGGTATTCTTAACCCTTCACTTATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTCAATTGATTATAATATCCAGGGTATTCTTAACCCTTCACTTATG  449

seq1  ACAAACTCATTAGTAATGTCAGGGTCATTCTCAGAATGTGATGACATGCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTCATTAGTAATGTCAGGGTCATTCTCAGAATGTGATGACATGCC  499

seq1  ACCATGATGTCTTCCCTAGATTCTTCAGTGCATTTGGCCCCTTCTGTTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGATGTCTTCCCTAGATTCTTCAGTGCATTTGGCCCCTTCTGTTTT  549

seq1  TTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAGGGTTGCGGTGTTTAGTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAGGGTTGCGGTGTTTAGTTT  599

seq1  TGTTTGTTTGCCCATTTTCCAGACATTCTCCATCCTATAGGCATGGCATC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGCCCATTTTCCAGACATTCTCCATCCTATAGGCATGGCATC  649

seq1  TGTCATTCTCCAATTCTCAATGACATTTCCATTGTCGTCAGGATAGAGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTCTCCAATTCTCAATGACATTTCCATTGTCGTCAGGATAGAGCT  699

seq1  CAAGGTTCCATGCCTGACAATGCTGCTACAGCCAGCCAACCTGTTAAGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTCCATGCCTGACAATGCTGCTACAGCCAGCCAACCTGTTAAGCT  749

seq1  AATTTCCTTCCTCCCCATCTCTCTCTGTGTCTCTGTGTTCTGCTAAGCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTTCCTCCCCATCTCTCTCTGTGTCTCTGTGTTCTGCTAAGCCA  799

seq1  TCGGCATGCAGCTGCATGGTTCCATCCTCTGCTCATGCAAGCCCAAGGAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCATGCAGCTGCATGGTTCCATCCTCTGCTCATGCAAGCCCAAGGAC  849

seq1  AAGTTGGTTCCTTGGTCTGTAACTCTCAGCTCTATTGTTTGCTTCTTTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGTTCCTTGGTCTGTAACTCTCAGCTCTATTGTTTGCTTCTTTGT  899

seq1  TTGTTTGTTTGTTTTTTACCTAGTTAATTCCCATGTGTCTTTGCTTCTAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTTTTACCTAGTTAATTCCCATGTGTCTTTGCTTCTAT  949

seq1  GTTTAGAGAATTC  958
      |||||||||||||
seq2  GTTTAGAGAATTC  962


seq1: chr9_116410843_116411943
seq2: B6Ng01-340E08.g_66_1160

seq1  GAATTCAAAGCTGATGTGAGCCCAAGTTACTCTGAGAAACACTGGCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCTGATGTGAGCCCAAGTTACTCTGAGAAACACTGGCTAGT  50

seq1  GGAGTGGACTATCTGATGCTGAACTGTTAAAACTAGACACACATGGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGACTATCTGATGCTGAACTGTTAAAACTAGACACACATGGGGGA  100

seq1  CTGTAGGATGCTTTAACCTTGGGACTGTACAGGCTTAGAGGATGCCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGATGCTTTAACCTTGGGACTGTACAGGCTTAGAGGATGCCATCC  150

seq1  TCCACAGCTCGAGGCTCTCTGGAGATAGATAATTTTGCATGGTTATCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCTCGAGGCTCTCTGGAGATAGATAATTTTGCATGGTTATCCTT  200

seq1  GGGATCCACAGAGATCCCAGGAGGTATATTCAGTACTGAGAGATCATCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCACAGAGATCCCAGGAGGTATATTCAGTACTGAGAGATCATCAG  250

seq1  TGTCCTAGCCAGTATGGTAGTACAGCAGGGGCCATGGTGCAGGGAAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAGCCAGTATGGTAGTACAGCAGGGGCCATGGTGCAGGGAAGAGA  300

seq1  AGGCACACAGTTGGCATCTGTAATGGCTGATCTTGGTGGTCAACCTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACACAGTTGGCATCTGTAATGGCTGATCTTGGTGGTCAACCTGACA  350

seq1  ACCTGGAAAGAGGGAACAACAGTTCAAGAATTGCTTCTGTCAAATTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAAAGAGGGAACAACAGTTCAAGAATTGCTTCTGTCAAATTGGGT  400

seq1  ATATTATTTTGGGGTAATTTGGGGCATTTTCTTGATTGTTAATGTGTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTTGGGGTAATTTGGGGCATTTTCTTGATTGTTAATGTGTGAA  450

seq1  GGCCCAGTTCACTGTGTGTGTAATCATCCCTAGTCAGGTGAGCCTGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGTTCACTGTGTGTGTAATCATCCCTAGTCAGGTGAGCCTGGGTT  500

seq1  GTAAAGGAAAATAGCTGACTCAGAGCTCTGAAGCAAGTCAGGAAGTAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGAAAATAGCTGACTCAGAGCTCTGAAGCAAGTCAGGAAGTAACG  550

seq1  TTTCCCCATGGCACCTGCCTTAAGAGTTCCTGTCCTGACTTCCCTTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCATGGCACCTGCCTTAAGAGTTCCTGTCCTGACTTCCCTTCCTG  600

seq1  GTGTTCTGTAAGCTAAAGGATTAAAAACAAACAAACAAACAAACACTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTGTAAGCTAAAGGATTAAAAACAAACAAACAAACAAACACTCAA  650

seq1  AACAAACAAACAAAGACTCAAAACAAACAAACAAAAACAACCCAACCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAACAAAGACTCAAAACAAACAAACAAAAACAACCCAACCTTT  700

seq1  CTTCCCCAAGTTACTGTTCATCATGATATTTATCACAGCAAGAGAATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAAGTTACTGTTCATCATGATATTTATCACAGCAAGAGAATGTA  750

seq1  CTAGAACACAGTCCTTTATGAGCATGTGAATATTATTTTTTATATAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACACAGTCCTTTATGAGCATGTGAATATTATTTTTTATATAGTAA  800

seq1  AGATCTTTGTGTCCCCCAGGGTTTGGCCAGGAACACAGAATCAACCCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTTGTGTCCCCCAGGGTTTGGCCAGGAACACAGAATCAACCCTGA  850

seq1  TGTATTCTAGGTATAGCATATTTTACCGGGATTGAAGGATTTGTGTGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCTAGGTATAGCATATTTTACCGGGATTGAAGGATTTGTGTGACA  900

seq1  GTCAATGGTACCAATGTGGAAGACAAAGGAACCACCACTAAAGTATAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  GTCAATGGTACCAATGTGGAAGACAAAGGAACCACCACTAAAGTTATAGG  950

seq1  AATTGGTGTCCCAAATCTGAGGGAGGCTGCTCTGGTCTAG-ACA-CTGCT  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  AATTGGTGTCCCAAATCTGAGGGAGGCTGCTCTGGTCTAGAACACCTGCT  1000

seq1  ATGCCTCCATGAATTGCAAGAAGCTTTTGACATCCAAAACAGCTGCAAAG  1048
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCATGAATTGCAAG-AGCTTTTGACATC--AAACAGCTGCAAAG  1047

seq1  CAGGGTGACTTTCTGGTTCCAGGAAGCTGCTGGGCCACTCCTGCCCCCTC  1098
      || ||||||||||| ||||   ||||||||| ||||||| ||||||| ||
seq2  CATGGTGACTTTCT-GTTC--AGAAGCTGCT-GGCCACT-CTGCCCCTTC  1092

seq1  CCC  1101
      |||
seq2  CCC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |