BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342G05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,208,917 - 63,308,365
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k5, 2300009A05Rik, Iqch, LOC621763
Upstream geneAnp32a, Coro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1
Downstream gene2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342G05.bB6Ng01-342G05.g
ACCGA125488GA125489
length1,2131,130
definitionB6Ng01-342G05.b B6Ng01-342G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,307,142 - 63,308,365)(63,208,917 - 63,210,053)
sequence
gaattctcagtgctgtatctcttaagcttggtcaatttgcagaataagtc
tttttttttttaattttccaccaggtggtaaatcttcacaatccctaggt
agcgtcatagacatgtctggaggcaatggagggatggtccacctggatca
taatcttgaggtactagtcaagggaaatgtcacccaaaaaggtgacttaa
ttgtatctcagacactgatagcataaacctggatcgttggcctcttaact
gctcagagcctcagtttccctacagaaaagagaagggggtgaaaatgtta
agatgagtttgtaaaaaacatctgtagattctttttttccccatttttat
tagatattttctttatttacatttcaaattttaacccttttccttgtttc
tcctccaacctccccccatccaatcccccttcccctgctcactaacccac
ccattcccacttccctatcctggcattcccctacactgggacattgatcc
ttcataagaccaagggcctctcctctcactgatattccacaaggccattc
tctgatacatatgggactgaagccttgagtccctccttgtgtactctttg
gttggtggcttagtccctgggagctctgggggggtctggttagttcatat
tgatgttcctcctatggggctgcaaacccctttagctcattgggtccttt
ctctagctccttcattggggaccttgtgcttagtctaatggatggctgtg
agcctccacttctgtatttgtcagacactggtagagcccctcaggagaca
gctatatcaggatcctgtcagcaagcacttgttggcatccacaatagtgt
ctgggtttggtgactgtatatgggatggatccccaggtgggacagtcact
ggatggcctttccttcagtttctgctccaaactcttaaagctcacaaatt
ctggttcttcgatgcttactacataatctataaccttgtctctcagtctc
atttttaccctcaggctcacaaaagcagctagcaagagcagaaaaagctc
tttgccatgtactggacttgcacttgaagacaatataagaatgtaggacc
aagcaaagctgcccacatctgtatgctctaccaccctattcattctgcct
gtaccagaaagagcgaagcagcagggtgaccaggcgctctactcgtctga
agtcctaaggcaa
gaattcctggaaaagctggccagtcagtctagccaagctccagatttagt
aagagaaggagtcttaaagaataaaatatagagaaaaacaaaagacatgt
gaagtcaacctatggcctccacagttacactcatacatgtgcatctgcac
acacatgcatgaatatacatataatcaatcaactgggctcaaattttgtc
aaaaatgaaggagcttttggcaaatctcatttctgcaccagaactaactg
tgcagataatgagtacaaagggacagctcatattcagatttcaacacatg
catatacatgtaacctcaggaaggcagtctttgaatagaacaaaagagtg
ctcagagtttaataataagcaggtgaagagctttgtatggcttctgataa
gagagtataaattccataaacaccattcatataattatctctgtaaagta
agataaggaagtattgatagagagaagtggatggtggagcaggagatgta
atggggtagagaatctctgagttctcacacccagccttaggtgcctaaga
ctacttcaaacaagggttctgggattctggtttctaggtaagcttgagat
ttttcctagggaagtcagctagcggagcagctcctcactgagcaccccat
gaaaacagacaggaccaagccatgctccttaagccgacaagaagggttgg
gagagatgctgacaccatccacagaatgagctccgactccaagagggaga
tctcagaccaactaaaaggagcattccaattaagcctggtgataagaatc
aagctttgtgacatggtgactaatagctcttatagcctaacaggagaccc
tatttgatggccgtcttggtttctcagggactgctttaccctctaatttc
cgtgcttaactgcttcacgaagacctccctgttcttgtcaaaagggaagc
tgggttagaaaataaccaccataaaataagcacactcatggagattcagt
gatgcttgcccaagagtgatttgaatctgttcctgacctaggatgcaggc
tcagctacaaacacctccaccccagtgtttaagaagagacacaccctcct
ttccaaacagttaaatggcaggcctgggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63307142_63308365
seq2: B6Ng01-342G05.b_47_1259 (reverse)

seq1  TTGCCTTAGGTACTCTGGGCAGATGGAGGCCGCCTGCTCACCCCTGCTGC  50
      |||||||||| |||   | |   | |||  |||||| ||| |||||||||
seq2  TTGCCTTAGG-ACTTCAGACGAGTAGAG--CGCCTGGTCA-CCCTGCTGC  46

seq1  TTCTGCCTCTTTCTGGTGACAGGCAGAATGGAT-GGGTGGTAGAGCATAC  99
      |||   ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  TTC--GCTCTTTCTGGT-ACAGGCAGAATGAATAGGGTGGTAGAGCATAC  93

seq1  AGATGTGGGCAGCTGTGCTTTGGTCCTACATTCTGTAATTGTCTTCAAGT  149
      |||||||||||||| ||| |||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  AGATGTGGGCAGCTTTGC-TTGGTCCTACATTCTTATATTGTCTTCAAGT  142

seq1  GCAAGTCAAGTTCCATGGCAAAGAGCTTTGTCTTGCTTCTTGCTAGCTGC  199
      ||||||| || | |||||||||||||||| || ||| |||||||||||| 
seq2  GCAAGTCCAG-TACATGGCAAAGAGCTTTTTC-TGC-TCTTGCTAGCTG-  188

seq1  CTTTTGTGAGCCTGAGGGTAAAAATGAGACTGAGAGACAAGGTTATAGAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGAGCCTGAGGGTAAAAATGAGACTGAGAGACAAGGTTATAGAT  238

seq1  TATGTAGTAAGCATCGAAGAACCAGAATTTGTGAGCTTTAAGAGTTTGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTAAGCATCGAAGAACCAGAATTTGTGAGCTTTAAGAGTTTGGA  288

seq1  GCAGAAACTGAAGGAAAGGCCATCCAGTGACTGTCCCACCTGGGGATCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAACTGAAGGAAAGGCCATCCAGTGACTGTCCCACCTGGGGATCCA  338

seq1  TCCCATATACAGTCACCAAACCCAGACACTATTGTGGATGCCAACAAGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATATACAGTCACCAAACCCAGACACTATTGTGGATGCCAACAAGTG  388

seq1  CTTGCTGACAGGATCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGGGGCTCTACCAGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGACAGGATCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGGGGCTCTACCAGTG  438

seq1  TCTGACAAATACAGAAGTGGAGGCTCACAGCCATCCATTAGACTAAGCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAAATACAGAAGTGGAGGCTCACAGCCATCCATTAGACTAAGCAC  488

seq1  AAGGTCCCCAATGAAGGAGCTAGAGAAAGGACCCAATGAGCTAAAGGGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCCCAATGAAGGAGCTAGAGAAAGGACCCAATGAGCTAAAGGGGT  538

seq1  TTGCAGCCCCATAGGAGGAACATCAATATGAACTAACCAGACCCCCCCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCCCCATAGGAGGAACATCAATATGAACTAACCAGACCCCCCCAG  588

seq1  AGCTCCCAGGGACTAAGCCACCAACCAAAGAGTACACAAGGAGGGACTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCAGGGACTAAGCCACCAACCAAAGAGTACACAAGGAGGGACTCA  638

seq1  AGGCTTCAGTCCCATATGTATCAGAGAATGGCCTTGTGGAATATCAGTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCAGTCCCATATGTATCAGAGAATGGCCTTGTGGAATATCAGTGA  688

seq1  GAGGAGAGGCCCTTGGTCTTATGAAGGATCAATGTCCCAGTGTAGGGGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGGCCCTTGGTCTTATGAAGGATCAATGTCCCAGTGTAGGGGAA  738

seq1  TGCCAGGATAGGGAAGTGGGAATGGGTGGGTTAGTGAGCAGGGGAAGGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGATAGGGAAGTGGGAATGGGTGGGTTAGTGAGCAGGGGAAGGGG  788

seq1  GATTGGATGGGGGGAGGTTGGAGGAGAAACAAGGAAAAGGGTTAAAATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGATGGGGGGAGGTTGGAGGAGAAACAAGGAAAAGGGTTAAAATTT  838

seq1  GAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAATGGGGAAAAAAAGAATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAATGGGGAAAAAAAGAATCT  888

seq1  ACAGATGTTTTTTACAAACTCATCTTAACATTTTCACCCCCTTCTCTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTTTTTTACAAACTCATCTTAACATTTTCACCCCCTTCTCTTTT  938

seq1  CTGTAGGGAAACTGAGGCTCTGAGCAGTTAAGAGGCCAACGATCCAGGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGGAAACTGAGGCTCTGAGCAGTTAAGAGGCCAACGATCCAGGTT  988

seq1  TATGCTATCAGTGTCTGAGATACAATTAAGTCACCTTTTTGGGTGACATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATCAGTGTCTGAGATACAATTAAGTCACCTTTTTGGGTGACATT  1038

seq1  TCCCTTGACTAGTACCTCAAGATTATGATCCAGGTGGACCATCCCTCCAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGACTAGTACCTCAAGATTATGATCCAGGTGGACCATCCCTCCAT  1088

seq1  TGCCTCCAGACATGTCTATGACGCTACCTAGGGATTGTGAAGATTTACCA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCAGACATGTCTATGACGCTACCTAGGGATTGTGAAGATTTACCA  1138

seq1  CCTGGTGGAAAATTAAAAAAAAAAAGACTTATTCTGCAAATTGACCAAGC  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGGAAAATTAAAAAAAAAAAGACTTATTCTGCAAATTGACCAAGC  1188

seq1  TTAAGAGATACAGCACTGAGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGATACAGCACTGAGAATTC  1213

seq1: chr9_63208917_63210053
seq2: B6Ng01-342G05.g_69_1198

seq1  GAATTCCTGGACATTGCTGGCCAGTCAGTCTAGCCAAGCTCCAGATTTAG  50
      ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGA-AAAGCTGGCCAGTCAGTCTAGCCAAGCTCCAGATTTAG  49

seq1  TAAGAGAAGGAGTCTTAAAGAATAAAATATAGAGAAAAACAAAAGACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAAGGAGTCTTAAAGAATAAAATATAGAGAAAAACAAAAGACATG  99

seq1  TGAAGTCAACCTATGGCCTCCACAGTTACACTCATACATGTGCATCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCAACCTATGGCCTCCACAGTTACACTCATACATGTGCATCTGCA  149

seq1  CACACATGCATGAATATACATATAATCAATCAACTGGGCTCAAATTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCATGAATATACATATAATCAATCAACTGGGCTCAAATTTTGT  199

seq1  CAAAAATGAAGGAGCTTTTGGCAAATCTCATTTCTGCACCAGAACTAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGAAGGAGCTTTTGGCAAATCTCATTTCTGCACCAGAACTAACT  249

seq1  GTGCAGATAATGAGTACAAAGGGACAGCTCATATTCAGATTTCAACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGATAATGAGTACAAAGGGACAGCTCATATTCAGATTTCAACACAT  299

seq1  GCATATACATGTAACCTCAGGAAGGCAGTCTTTGAATAGAACAAAAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATACATGTAACCTCAGGAAGGCAGTCTTTGAATAGAACAAAAGAGT  349

seq1  GCTCAGAGTTTAATAATAAGCAGGTGAAGAGCTTTGTATGGCTTCTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGTTTAATAATAAGCAGGTGAAGAGCTTTGTATGGCTTCTGATA  399

seq1  AGAGAGTATAAATTCCATAAACACCATTCATATAATTATCTCTGTAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTATAAATTCCATAAACACCATTCATATAATTATCTCTGTAAAGT  449

seq1  AAGATAAGGAAGTATTGATAGAGAGAAGTGGATGGTGGAGCAGGAGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAGGAAGTATTGATAGAGAGAAGTGGATGGTGGAGCAGGAGATGT  499

seq1  AATGGGGTAGAGAATCTCTGAGTTCTCACACCCAGCCTTAGGTGCCTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGGTAGAGAATCTCTGAGTTCTCACACCCAGCCTTAGGTGCCTAAG  549

seq1  ACTACTTCAAACAAGGGTTCTGGGATTCTGGTTTCTAGGTAAGCTTGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTCAAACAAGGGTTCTGGGATTCTGGTTTCTAGGTAAGCTTGAGA  599

seq1  TTTTTCCTAGGGAAGTCAGCTAGCGGAGCAGCTCCTCACTGAGCACCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTAGGGAAGTCAGCTAGCGGAGCAGCTCCTCACTGAGCACCCCA  649

seq1  TGAAAACAGACAGGACCAAGCCATGCTCCTTAAGCCGACAAGAAGGGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACAGACAGGACCAAGCCATGCTCCTTAAGCCGACAAGAAGGGTTG  699

seq1  GGAGAGATGCTGACACCATCCACAGAATGAGCTCCGACTCCAAGAGGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGCTGACACCATCCACAGAATGAGCTCCGACTCCAAGAGGGAG  749

seq1  ATCTCAGACCAACTAAAAGGAGCATTCCAATTAAGCCTGGTGATAAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGACCAACTAAAAGGAGCATTCCAATTAAGCCTGGTGATAAGAAT  799

seq1  CAAGCTTATGTGACATGGTGACTAATAGCTCTTATAGCCTAACAGGAGAC  850
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTT-TGTGACATGGTGACTAATAGCTCTTATAGCCTAACAGGAGAC  848

seq1  CCTATTTGATGGCCGTCTTGGTTTCTCAGGGGACTGCTTTACCCTCTAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTGATGGCCGTCTTGGTTTCTCA-GGGACTGCTTTACCCTCTAAT  897

seq1  TTCCGTGCTTAACTGCTTCAACGAAGA-CTCCCTGTTCTTGTCAAAAGGG  949
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTGCTTAACTGCTTC-ACGAAGACCTCCCTGTTCTTGTCAAAAGGG  946

seq1  AAGCTGGGTTAGAAAAATAACCACATAAAAATAAGCACACTCATGAGAAT  999
      |||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||   ||
seq2  AAGCTGGGTTAG-AAAATAACCACCATAAAATAAGCACACTCATGGAGAT  995

seq1  TCAGGTGATGCTGGCCAAAGAGTGAAATTGAACCTGTCCCTGACCCTAGG  1049
      ||| |||||||| ||| ||||||| | ||||| |||| ||||| ||||||
seq2  TCA-GTGATGCTTGCCCAAGAGTG-ATTTGAATCTGTTCCTGA-CCTAGG  1042

seq1  ATGGCAGGCTCAGCCACAAACAC--TCACCCCAGTGTTTAAAGAGAGGAC  1097
      || ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||  ||| |||
seq2  AT-GCAGGCTCAGCTACAAACACCTCCACCCCAGTGTTTAAGAAGA-GAC  1090

seq1  ACACC--TCTTTCCAAAACCAGTTAAATGGCAAGCCTGGGAA  1137
      |||||   |||||||||  ||||||||||||| |||||||||
seq2  ACACCCTCCTTTCCAAA--CAGTTAAATGGCAGGCCTGGGAA  1130