BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345F01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,659,178 - 116,761,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneLOC665840, LOC100039650
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345F01.bB6Ng01-345F01.g
ACCGA127552GA127553
length972930
definitionB6Ng01-345F01.b B6Ng01-345F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,659,178 - 116,660,145)(116,761,041 - 116,761,579)
sequence
gaattcatcctataccttcattcacagacatgactaatttgaatcaattt
gcttaacccagagttcttaatgcaaaacagcagactgttttcaagttgtc
tagagacacatcctcaaaaaggtctcacctacaaaacatatctacactgt
ataattagctgataagcatatagaaatggggtccaaggacacagaacagc
ctactcaccaaacagtgcttaatttacactaaaacaatgagtcttttaca
aacaactacaaaatattttttctgcgagacagagtcttgctagctagcct
tggctggcttgcaactcactatgtagaacaagctggcatcaaacccatgg
caattcttctgtctcggcgtcctgcatactgagattacaagtgtatgtta
ccacacacagttttcttttcttttacattaattcccttgaccaaaatcat
aaagaaagctagagggataggaagttcctataaactttgtgagttccaca
gacaggtactggccacacaaggaggagggtgacaaatagaggtagtataa
atagacaagtttactgagtcactcttgtctttattctcagagctgccttc
tgctaaggtccttaaaacacacccacacgtgcacatgctcttagggtctc
atactgaaattggaattgtgaaacattctcacatggaggggaaaagggaa
ccttgcaagactcaagaagtaaacaaaacattcaaggccctggaagtaga
tgaaacttacaaggcctgggaattagatacaacttacaaggcccaggaag
tagatgaaacatacaaggactaggaacctcctgaaagttacaaaatactt
caaacatctccccaaagttacagacacagtaacaattaccagattagagg
agagttgtcaaagggagctgtctttgcgttggttaacaagctgtatgtgt
atgaaggggaagaaggtgggag

gaattcagtactccaatccagatgatggacagtcttagggggtaggatgg
ctctggaagtggatacggtactgtttgcccagggtggaaagcatggatcc
aacctgggttgggtcccacaatggcttcttaaataagagggcatccaacc
agggaagtactgaggtgtatagtgaccttaataagtcacccacaccactt
cagtgaacatctggcaaatggaagacatattggcaaagaactttcagtct
ctagagagataaactggaccacagaaatccagtataccctgatgggaccc
ttccagggatgggttataacatctgatgagtaacgtcacagttgaagtat
ggacattgtgctctcatgtcacatgtcaacttgacacactaactagagtt
atctgtaaagaggaaaccttaattgagaaagcacctctataagttccagc
tttagggcatttacttaattagttattgatggaggagggtccagccctgt
cccgagcttgtgcctcaccagcaagaacacactcggacaaccggattctt
ctgcagcaagctttattgcttcattaggaggaagaccccgaaccccggaa
aatggtgctgcttatatacaccttggagtggcgtgtcagcacctgatttg
ttgcttgcccatcgcctcattgctacgccccaggatgggcagtgacttgg
cacgaattcactcttgcacctgcgcacattacttgtttaccagttaggca
cagcggaagctggcgccatcttgtaatggcgattgctcacggctctccac
acagcccaatatggttggttttatcagaaagctgctgggttctgtgttct
ataagacagaatgctgagcaagccatggggagcaagcccattgagcagca
ctcctccatgggccttttgcattagccgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116659178_116660145
seq2: B6Ng01-345F01.b_45_1016

seq1  GAATTCATCCTATACCTTCATTCACAGACATGACTAATTTGAATCAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTATACCTTCATTCACAGACATGACTAATTTGAATCAATTT  50

seq1  GCTTAACCCAGAGTTCTTAATGCAAAACAGCAGACTGTTTTCAAGTTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACCCAGAGTTCTTAATGCAAAACAGCAGACTGTTTTCAAGTTGTC  100

seq1  TAGAGACACATCCTCAAAAAGGTCTCACCTACAAAACATATCTACACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACACATCCTCAAAAAGGTCTCACCTACAAAACATATCTACACTGT  150

seq1  ATAATTAGCTGATAAGCATATAGAAATGGGGTCCAAGGACACAGAACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAGCTGATAAGCATATAGAAATGGGGTCCAAGGACACAGAACAGC  200

seq1  CTACTCACCAAACAGTGCTTAATTTACACTAAAACAATGAGTCTTTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCACCAAACAGTGCTTAATTTACACTAAAACAATGAGTCTTTTACA  250

seq1  AACAACTACAAAATATTTTTTCTGCGAGACAGAGTCTTGCTAGCTAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTACAAAATATTTTTTCTGCGAGACAGAGTCTTGCTAGCTAGCCT  300

seq1  TGGCTGGCTTGCAACTCACTATGTAGAACAAGCTGGCATCAAACCCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCTTGCAACTCACTATGTAGAACAAGCTGGCATCAAACCCATGG  350

seq1  CAATTCTTCTGTCTCGGCGTCCTGCATACTGAGATTACAAGTGTATGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTCTGTCTCGGCGTCCTGCATACTGAGATTACAAGTGTATGTTA  400

seq1  CCACACACAGTTTTCTTTTCTTTTACATTAATTCCCTTGACCAAAATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACAGTTTTCTTTTCTTTTACATTAATTCCCTTGACCAAAATCAT  450

seq1  AAAGAAAGCTAGAGGGATAGGAAGTTCCTATAAACTTTGTGAGTTCCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGCTAGAGGGATAGGAAGTTCCTATAAACTTTGTGAGTTCCACA  500

seq1  GACAGGTACTGGCCACACAAGGAGGAGGGTGACAAATAGAGGTAGTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTACTGGCCACACAAGGAGGAGGGTGACAAATAGAGGTAGTATAA  550

seq1  ATAGACAAGTTTACTGAGTCACTCTTGTCTTTATTCTCAGAGCTGCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAAGTTTACTGAGTCACTCTTGTCTTTATTCTCAGAGCTGCCTTC  600

seq1  TGCTAAGGTCCTTAAAACACACCCACACGTGCACATGCTCTTAGGGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGGTCCTTAAAACACACCCACACGTGCACATGCTCTTAGGGTCTC  650

seq1  ATACTGAAATTGGAATTGTGAAACATTCTCACATGGAGGGGAAAAGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAAATTGGAATTGTGAAACATTCTCACATGGAGGGGAAAAGGGAA  700

seq1  CCTTGCAAGACTCAAGAAGTAAACAAAACATTCAAGGCCCTGGAAGTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCAAGACTCAAGAAGTAAACAAAACATTCAAGGCCCTGGAAGTAGA  750

seq1  TGAAACTTACAAGGCCTGGGAATTAGATACAACTTACAAGGCCCAGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTACAAGGCCTGGGAATTAGATACAACTTACAAGGCCCAGGAAG  800

seq1  TAGATGAAACATACAAGGACTAGGAACCTCCTGAAAGTTACAAAATACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAAACATACAAGGACTAGGAACCTCCTGAAAGTTACAAAATACTT  850

seq1  CAAACATCTCCCCAAAGTTACAGACACAGTAACAATTACCAGATTAGAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCTCCCCAAAGTTACAGACACAGTAACAATTACCAGATTAGAGG  900

seq1  AGAGTTGTCAAA-GGAGCTGTCTTTGCGTTGGTTAACAAGCTGTATGTGT  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGTCAAAGGGAGCTGTCTTTGCGTTGGTTAACAAGCTGTATGTGT  950

seq1  ATG-AGGGGA--GAGGTGGGAG  968
      ||| ||||||   |||||||||
seq2  ATGAAGGGGAAGAAGGTGGGAG  972


seq1: chr9_116761041_116761579
seq2: B6Ng01-345F01.g_66_604 (reverse)

seq1  TGTCCGAGTGTGTTCTTGCTGGTGAGGCACAAGCTCGGGACAGGGCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGAGTGTGTTCTTGCTGGTGAGGCACAAGCTCGGGACAGGGCTGGA  50

seq1  CCCTCCTCCATCAATAACTAATTAAGTAAATGCCCTAAAGCTGGAACTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCCATCAATAACTAATTAAGTAAATGCCCTAAAGCTGGAACTTA  100

seq1  TAGAGGTGCTTTCTCAATTAAGGTTTCCTCTTTACAGATAACTCTAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTGCTTTCTCAATTAAGGTTTCCTCTTTACAGATAACTCTAGTTA  150

seq1  GTGTGTCAAGTTGACATGTGACATGAGAGCACAATGTCCATACTTCAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCAAGTTGACATGTGACATGAGAGCACAATGTCCATACTTCAACT  200

seq1  GTGACGTTACTCATCAGATGTTATAACCCATCCCTGGAAGGGTCCCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACGTTACTCATCAGATGTTATAACCCATCCCTGGAAGGGTCCCATCA  250

seq1  GGGTATACTGGATTTCTGTGGTCCAGTTTATCTCTCTAGAGACTGAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATACTGGATTTCTGTGGTCCAGTTTATCTCTCTAGAGACTGAAAGT  300

seq1  TCTTTGCCAATATGTCTTCCATTTGCCAGATGTTCACTGAAGTGGTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCCAATATGTCTTCCATTTGCCAGATGTTCACTGAAGTGGTGTGG  350

seq1  GTGACTTATTAAGGTCACTATACACCTCAGTACTTCCCTGGTTGGATGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTATTAAGGTCACTATACACCTCAGTACTTCCCTGGTTGGATGCC  400

seq1  CTCTTATTTAAGAAGCCATTGTGGGACCCAACCCAGGTTGGATCCATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATTTAAGAAGCCATTGTGGGACCCAACCCAGGTTGGATCCATGCT  450

seq1  TTCCACCCTGGGCAAACAGTACCGTATCCACTTCCAGAGCCATCCTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCCTGGGCAAACAGTACCGTATCCACTTCCAGAGCCATCCTACCC  500

seq1  CCTAAGACTGTCCATCATCTGGATTGGAGTACTGAATTC  539
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGACTGTCCATCATCTGGATTGGAGTACTGAATTC  539


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |