BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349B08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 62,418,499 - 62,589,228
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItga11
Upstream geneRplp1, Kif23, Paqr5, Glce, Spesp1, LOC100039897, Anp32a, Coro2b
Downstream geneEG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1, Map2k5, 2300009A05Rik, Iqch, LOC621763, 2310007F21Rik, Smad3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349B08.bB6Ng01-349B08.g
ACCGA130174GA130175
length1,195985
definitionB6Ng01-349B08.b B6Ng01-349B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,588,045 - 62,589,228)(62,418,499 - 62,419,477)
sequence
gaattcttcaaaaagaattttacacttgcagctggtggtaccattctaga
gaacagacactgtggaaatttagcccatttcctgccctaaccagcattgg
ctacatttttcttagagaagacctggaactcacttttgtttgcttgcttg
cttgcttgcttgcttccttccttccttccttccttttctccttttttaaa
aaaacatttatttatttatttttttattgtctgcatgtaggtatgtgcac
catgtacatgcctcatgtctgaggttatcagaagagggtatcagatcccc
tggaactggagttacagatggttgtgggcaaccacgtgggctctaggaac
taagcctaggacttctgtaagagtaaccagtactcttaactgctgagcta
tcgtttcatcccaaggtataggttttcacagaggtaatccaggttcttgg
tggttccctgtcacctctgtgagctagctattcattctcctcagcataca
ctgtgccctttgctgatttctggagggtgctgggcatgtgccgagcctca
gagctgcctgctcaacccatggtacccccttgcagcccactggttggtct
gcaccctcagctctgctcaaggtcacttcagcggtggcaaccctgcctcc
ctgttgacaggcctccccggtggaggtcatgcctttcaaatttgagttaa
cacttgtcagagccctctgctggttgggacccaccaaggtcagggtccac
agactgccatctttgtaaccctttggatctgtggcttagatcttgacctt
gaagtagaaaaaataaaaacaaaacaaagacacaaaacaaaaccaagtga
gcaacaacagaatggatgggagataacggagcgaggagagaaagctgctc
accttcagatgctggtgagcacctggtagcataaaccctacagttgcagg
tactttgggggcttgaggatagcctgggctatgtagcaaggacctcgtct
caagaaaagcaatttaggactgggaatattagcttagttgcagaaccact
tatctagaatataagttcaatggtttcatccaagttctgcaaatcaagtc
atccatccgtcatatcaaagaatttagctataatttggaccaaaagatgg
ccagggttcaacattaggaaaaaccttaccctggaaggtagagat
gaattccagccagggaataacctaagagtcagctgtgggaatgcgcagtg
ggcaagcagcgacaaaccaagacaatttgaaaagatgtgaaccaatataa
gatggcttttggatttttttcaagacagggtttctctgtgtagccctggc
tgtcctggaactcactctgtagaccaggctggcctcgaacacagaaatcc
acctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgcaccaccactg
cccagcagcttatgaatttttgctgaattataagccatgtgtgctggcta
gactcatgtcatcttgaacaagctagagtcctttcagaagagggaacctc
aactgagaaagtacccccaatagattgttctgtgggcaagtttatggtgc
atttccttgattgatgactgatgtgggagggccctgggctgtggtcctgg
atactataaaaaagcaagccgaggaaggcaggggaagcaagccagtactc
ggtgctccttcgtggcttttgctctagtctctgctctggcttccctccat
gatggactataaggtgtaagacagatcctttcctcctttgtggaggttga
atgagaatggccctcattgactcatatatttatttggatgtttgcctccc
agttggtggactttttaggaaggattaggagggtgtggcctcatgaagga
ggtgtgtcattgggggtgggctttgaggtctagaactttcagcccatgga
ttggtgctgctcacactcatggcaagtcttctgtctttactaaactctct
ggaaatgaactcacagatataccaactgccatgttttcatgatgattcaa
aattcagtcccatttaacaatgaaaatcaaccactacacatatgcaggct
gaaaactccatgatacaggcaagtaacagcagtggaatttttttaagctc
taaagagttttacttcctggtcactcagggcatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_62588045_62589228
seq2: B6Ng01-349B08.b_52_1246 (reverse)

seq1  ATCTCTACC-TCCA--GTGATGTTTTT-CTAATGTTGGAACCT-GCCATC  45
      ||||||||| ||||  || | |||||| ||||||||| | ||| ||||||
seq2  ATCTCTACCTTCCAGGGTAAGGTTTTTCCTAATGTTGAACCCTGGCCATC  50

seq1  TTTTGGTCCCAAATTATAGCT-AATTCTTTGAT-TGACGGATGGATGGAC  93
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||   
seq2  TTTTGGT-CCAAATTATAGCTAAATTCTTTGATATGACGGATGGATGACT  99

seq1  TGATTTGCAGAACTTGGATGGAACCA-TGACTTTATTATTCTAGATAAGT  142
      |||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||
seq2  TGATTTGCAGAACTTGGATGAAACCATTGAACTTA-TATTCTAGATAAGT  148

seq1  -GTTCTGCAACTAAGCT-ATATTTCCAGTCCT-AATTGCTTTTTCTTGAG  189
       |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GGTTCTGCAACTAAGCTAATATTCCCAGTCCTAAATTGC-TTTTCTTGAG  197

seq1  ACGAGGT-CTTGCTACATAGCCCAGGCTATCCTCAAGCCCCC-AAGTACC  237
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACGAGGTCCTTGCTACATAGCCCAGGCTATCCTCAAGCCCCCAAAGTACC  247

seq1  TGCAACTGTA-GGTTTATGCTACCAGGTGCTCACCAGCATCTGAAGGTGA  286
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTGTAGGGTTTATGCTACCAGGTGCTCACCAGCATCTGAAGGTGA  297

seq1  GCAGCTTTCTCTCCTCGCTCCGTTATCTCCAATCCATTCTGTTGTTGCTC  336
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTTCTCTCCTCGCTCCGTTATCTCCCATCCATTCTGTTGTTGCTC  347

seq1  ACTTGGTTTTGTTTTGTGTCTTTGTTTTGTTTTTATTTTTTCTACTTCAA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGTTTTGTTTTGTGTCTTTGTTTTGTTTTTATTTTTTCTACTTCAA  397

seq1  GGTCAAGATCTAAGCCACAGATCCAAAGGGTTACAAAGATGGCAGTCTGT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGATCTAAGCCACAGATCCAAAGGGTTACAAAGATGGCAGTCTGT  447

seq1  GGACCCTGACCTTGGTGGGTCCCAACCAGCAGAGGGCTCTGACAAGTGTT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTGACCTTGGTGGGTCCCAACCAGCAGAGGGCTCTGACAAGTGTT  497

seq1  AACTCAAATTTGAAAGGCATGACCTCCACCGGGGAGGCCTGTCAACAGGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAATTTGAAAGGCATGACCTCCACCGGGGAGGCCTGTCAACAGGG  547

seq1  AGGCAGGGTTGCCACCGCTGAAGTGACCTTGAGCAGAGCTGAGGGTGCAG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGTTGCCACCGCTGAAGTGACCTTGAGCAGAGCTGAGGGTGCAG  597

seq1  ACCAACCAGTGGGCTGCAAGGGGGTACCATGGGTTGAGCAGGCAGCTCTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCAGTGGGCTGCAAGGGGGTACCATGGGTTGAGCAGGCAGCTCTG  647

seq1  AGGCTCGGCACATGCCCAGCACCCTCCAGAAATCAGCAAAGGGCACAGTG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCGGCACATGCCCAGCACCCTCCAGAAATCAGCAAAGGGCACAGTG  697

seq1  TATGCTGAGGAGAATGAATAGCTAGCTCACAGAGGTGACAGGGAACCACC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGAGGAGAATGAATAGCTAGCTCACAGAGGTGACAGGGAACCACC  747

seq1  AAGAACCTGGATTACCTCTGTGAAAACCTATACCTTGGGATGAAACGATA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCTGGATTACCTCTGTGAAAACCTATACCTTGGGATGAAACGATA  797

seq1  GCTCAGCAGTTAAGAGTACTGGTTACTCTTACAGAAGTCCTAGGCTTAGT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCAGTTAAGAGTACTGGTTACTCTTACAGAAGTCCTAGGCTTAGT  847

seq1  TCCTAGAGCCCACGTGGTTGCCCACAACCATCTGTAACTCCAGTTCCAGG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAGCCCACGTGGTTGCCCACAACCATCTGTAACTCCAGTTCCAGG  897

seq1  GGATCTGATACCCTCTTCTGATAACCTCAGACATGAGGCATGTACATGGT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGATACCCTCTTCTGATAACCTCAGACATGAGGCATGTACATGGT  947

seq1  GCACATACCTACATGCAGACAATAAAAAAATAAATAAATAAATGTTTTTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATACCTACATGCAGACAATAAAAAAATAAATAAATAAATGTTTTTT  997

seq1  TAAAAAAGGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGCAAGCAAGCAAGCA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGCAAGCAAGCAAGCA  1047

seq1  AGCAAGCAAACAAAAGTGAGTTCCAGGTCTTCTCTAAGAAAAATGTAGCC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAAACAAAAGTGAGTTCCAGGTCTTCTCTAAGAAAAATGTAGCC  1097

seq1  AATGCTGGTTAGGGCAGGAAATGGGCTAAATTTCCACAGTGTCTGTTCTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGGTTAGGGCAGGAAATGGGCTAAATTTCCACAGTGTCTGTTCTC  1147

seq1  TAGAATGGTACCACCAGCTGCAAGTGTAAAATTCTTTTTGAAGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGGTACCACCAGCTGCAAGTGTAAAATTCTTTTTGAAGAATTC  1195

seq1: chr9_62418499_62419477
seq2: B6Ng01-349B08.g_68_1052

seq1  GAATTCCAGCCAGGGAATAACCTAAGAGTCAGCTGTGGGAATGCGCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCAGGGAATAACCTAAGAGTCAGCTGTGGGAATGCGCAGTG  50

seq1  GGCAAGCAGCGACAAACCAAGACAATTTGAAAAGATGTGAACCAATATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCAGCGACAAACCAAGACAATTTGAAAAGATGTGAACCAATATAA  100

seq1  GATGGCTTTTGGATTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTTTTGGATTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGC  150

seq1  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACACAGAAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACACAGAAATCC  200

seq1  ACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACTG  250

seq1  CCCAGCAGCTTATGAATTTTTGCTGAATTATAAGCCATGTGTGCTGGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAGCTTATGAATTTTTGCTGAATTATAAGCCATGTGTGCTGGCTA  300

seq1  GACTCATGTCATCTTGAACAAGCTAGAGTCCTTTCAGAAGAGGGAACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATGTCATCTTGAACAAGCTAGAGTCCTTTCAGAAGAGGGAACCTC  350

seq1  AACTGAGAAAGTACCCCCAATAGATTGTTCTGTGGGCAAGTTTATGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGAAAGTACCCCCAATAGATTGTTCTGTGGGCAAGTTTATGGTGC  400

seq1  ATTTCCTTGATTGATGACTGATGTGGGAGGGCCCTGGGCTGTGGTCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTGATTGATGACTGATGTGGGAGGGCCCTGGGCTGTGGTCCTGG  450

seq1  ATACTATAAAAAAGCAAGCCGAGGAAGGCAGGGGAAGCAAGCCAGTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATAAAAAAGCAAGCCGAGGAAGGCAGGGGAAGCAAGCCAGTACTC  500

seq1  GGTGCTCCTTCGTGGCTTTTGCTCTAGTCTCTGCTCTGGCTTCCCTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCTTCGTGGCTTTTGCTCTAGTCTCTGCTCTGGCTTCCCTCCAT  550

seq1  GATGGACTATAAGGTGTAAGACAGATCCTTTCCTCC-TTGTGGAGGTTGA  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GATGGACTATAAGGTGTAAGACAGATCCTTTCCTCCTTTGTGGAGGTTGA  600

seq1  ATGAGAATGGCCCTCATTGACTCATATATTTATTTGGATGTTTGCCTCCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAATGGCCCTCATTGACTCATATATTTATTTGGATGTTTGCCTCCC  650

seq1  AGTTGGTGGACTTTTTAGGAAGGATTAGGAGGGTGTGGCCTCATGAAGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTGGACTTTTTAGGAAGGATTAGGAGGGTGTGGCCTCATGAAGGA  700

seq1  GGTGTGTCATTGGGGGTGGGCTTTGAGGTCTAGAAC-TTCAGCCCATGGA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGTGTGTCATTGGGGGTGGGCTTTGAGGTCTAGAACTTTCAGCCCATGGA  750

seq1  TTGGTGCTGCTCACACTCATGGCAAGTCTTCTGTCTTTACTAAACTCTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCTGCTCACACTCATGGCAAGTCTTCTGTCTTTACTAAACTCTCT  800

seq1  GGAAATGAACTCACAGATATACCAACTGCCATGTTTTCATGATGATTCAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAACTCACAGATATACCAACTGCCATGTTTTCATGATGATTCAA  850

seq1  AATTCAGT-CCATTTAACAATG-AAATCAACCACTACACATATGCAGGCT  896
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTCCCATTTAACAATGAAAATCAACCACTACACATATGCAGGCT  900

seq1  G-AAACTTCATGATACAGGCAAGTAACAGCAGTGGAA-TTTTTTAAGCTC  944
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAAACTCCATGATACAGGCAAGTAACAGCAGTGGAATTTTTTTAAGCTC  950

seq1  TAAAAGAGTTTTACTT-CTGTACACTCAGTGCATGT  979
      | |||||||||||||| |||  ||||||| ||||||
seq2  T-AAAGAGTTTTACTTCCTGGTCACTCAGGGCATGT  985