BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349O06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 60,371,404 - 60,520,460
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG384942, Lrrc49
Upstream gene4930425N13Rik, Hexa, Brunol6, Parp6, Pkm2, 4933407I18Rik, Gramd2, Senp8, Myo9a, EG665385, LOC100040361, Nr2e3, EG665389, Thsd4, LOC100039792
Downstream geneLarp6, LOC100040447, Uaca, ENSMUSG00000052143, A430102L10, LOC100040481, Tle3, LOC100039851
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349O06.bB6Ng01-349O06.g
ACCGA130741GA130742
length6331,039
definitionB6Ng01-349O06.b B6Ng01-349O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,371,404 - 60,372,031)(60,519,429 - 60,520,460)
sequence
gaattcttaaaggacagagtggacttagtaacagaatgaggcagggacag
agcacaaggaaagggcaaggtcttctttattgttttacttttgaagaaat
gctggacttaaagctaatgttggagagatggctcagcagttacaagccct
tgctgctcttccagaggccagagctcattttccagcacccacgttacctg
gaactccagctccagggtacttgacacccccttctggcctctgtgagcgc
tctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacggcagtcactcacacaggcatacacataaataaaaa
taaatctttaaaacaaactccagtcattataagatgaattgtttatataa
gagcacttctttatgctagagggggaggtttcctatttcccactatttac
tggcagtcctgttccacatcttgttattaactcatggatgtatgcacata
tgtatgtttatatatttgtttatatatgtatctatgtatgcatgtgtgtg
tatgtttatatatgtatgaatgtttgtgtgtgtctatatatgtatgtata
tatgttttgtgtgtgtatatttacatatatata
gaattctctagcaaccatgaggtcagattgctgttggaaagcaagactct
gcctaagccatatggctgggctcctgtaacttcctccaagtggtctagga
atatcaggagcaaaacaaacaaacaaacaaacaaaccccaaaccaaaata
aagtgaaaagagaaatcatctgttaaccagacatttagatgttagctagg
atggtttgaagtacccggccttaggaaaaggcttttgagttcacaaggac
acacatggtttgatgaatagtatggcataccctgctctcagtgaaggtca
tgagtccacaaggatgcacatggttcgagtgaagtgaactaggagtactg
gtagattaaattgatttccaggaaaagaataggctctgaggttttaggag
agacaaataagggggttgtggggagtgtgctatgtctgaagggggaaaag
agctaaagccgtgctgcagtggtgctgggtgggagagggagactattctt
atcagtaagttagactgagttgggtggtgatggagttcttgttctggcaa
tgatgtcagctgaggtctgaaagtgttagacattcacgaggtttaagtgt
gcactgtggctttgccttctggaagcactgccgaggtagacattgctctt
ttgagacaataaataatgacaagaggaataggtaatgatagacaagacac
tttggtggtaaaggtgaggttttatgtcattcctctctccctactgagta
gttatggtgtgaatcttgtagcaccctttaggaaccgtgaaaataagagg
tactttttcatgcttaagagtgttgctttgtggggcagcaaggcaggcag
agtagcccgtatagggcagctagtgataatagcatggggtagacctaacc
accatgtgcagttttcattttttagaatgaatttaaattcttttattttt
tattttaagcatcttctgccctgtggctcaagctctccctgattcccaaa
ctttcttggacccgagtgatcaattcatctctcctttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_60371404_60372031
seq2: B6Ng01-349O06.b_50_682

seq1  GAATTCTTAAAGGACAGAGTGGACTTAGTAACAGAATGAGGCAGGGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAGGACAGAGTGGACTTAGTAACAGAATGAGGCAGGGACAG  50

seq1  AGCACAAGGAAAGGGCAAGGTCTTCTTTATTGTTTTACTTTTGAAGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAGGAAAGGGCAAGGTCTTCTTTATTGTTTTACTTTTGAAGAAAT  100

seq1  GCTGGACTTAAAGCTAATGTTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTACAAGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACTTAAAGCTAATGTTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTACAAGCCCT  150

seq1  TGCTGCTCTTCCAGAGGCCAGAGCTCATTTTCCAGCACCCACGTTACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCTTCCAGAGGCCAGAGCTCATTTTCCAGCACCCACGTTACCTG  200

seq1  GAACTCCAGCTCCAGGGTACTTGACACCCCCTTCTGGCCTCTGTGAGCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCAGCTCCAGGGTACTTGACACCCCCTTCTGGCCTCTGTGAGCGC  250

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACAC  300

seq1  ACACACACACACACGGCAGTCACTCACACAGGCATACACATAAATAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACGGCAGTCACTCACACAGGCATACACATAAATAAAAA  350

seq1  TAAATCTTTAAAACAAACTCCAGTCATTATAAGATGAATTGTTTATATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTTTAAAACAAACTCCAGTCATTATAAGATGAATTGTTTATATAA  400

seq1  GAGCACTTCTTTATGCTAGAGGGGGAGGTTTCCTATTTCCCACTATTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTTCTTTATGCTAGAGGGGGAGGTTTCCTATTTCCCACTATTTAC  450

seq1  TGGCAGTCCTGTTCCACATCTTGTTATTAACTCATGGATGTATGCACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTCCTGTTCCACATCTTGTTATTAACTCATGGATGTATGCACATA  500

seq1  TGTATGTTTATATATTTGTTTATATATGTATCTATGTATGCATGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTTATATATTTGTTTATATATGTATCTATGTATGCATGTGTGTG  550

seq1  TATGTTTATATATGTATGAATGTTTGTGTGTGTCTATATATGTATGTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTATATATGTATGAATGTTTGTGTGTGTCTATATATGTATGTATA  600

seq1  TATG-TTTGTGTGTGTATAT----ATATATATA  628
      |||| |||||||||||||||    |||||||||
seq2  TATGTTTTGTGTGTGTATATTTACATATATATA  633

seq1: chr9_60519429_60520460
seq2: B6Ng01-349O06.g_68_1106 (reverse)

seq1  TAAAAGGCTAAAGCGAGATG-ATTGATCACTCGTGTCCA--GAAGTTTGG  47
      ||||||      | |||||| |||||||||||| |||||   ||||||||
seq2  TAAAAG------GAGAGATGAATTGATCACTCGGGTCCAAGAAAGTTTGG  44

seq1  GAATTCAGAGAGAGCTTGAGGCAACAGAGCAAGATGATGCTTTAAAATAA  97
      ||| |||| |||||||||| || |||| || ||| ||||| |||||||||
seq2  GAA-TCAGGGAGAGCTTGA-GCCACAGGGC-AGAAGATGC-TTAAAATAA  90

seq1  AAAATAAAAGAATTTAAATTTCATTGCTAAAATTG-AAACTGC-CCTGGT  145
      |||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||||||| | ||||
seq2  AAAATAAAAGAATTTAAA-TTCATTCTAAAAAATGAAAACTGCACATGGT  139

seq1  GGTTAGGTCTA-CCCATGCTCTTCTCACT-GCTGCCCTCTAC-GGCTACT  192
      ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||| |||||||
seq2  GGTTAGGTCTACCCCATGCTATTATCACTAGCTGCCCTATACGGGCTACT  189

seq1  CTGCCTGCCTTGCTG-CCCAC-AAGC-ACACTCTT-AGCATG-AAAAGTA  237
      ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||
seq2  CTGCCTGCCTTGCTGCCCCACAAAGCAACACTCTTAAGCATGAAAAAGTA  239

seq1  CCTCTTATTTTCACGGTTCCT-ATGGGTGCTAC-AGATTCACACCATAAC  285
      ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTCTTATTTTCACGGTTCCTAAAGGGTGCTACAAGATTCACACCATAAC  289

seq1  TACTCAGTAGGGAGAGAGGAATGACATAAAACCTCACCTTTACCACC-AA  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACTCAGTAGGGAGAGAGGAATGACATAAAACCTCACCTTTACCACCAAA  339

seq1  GTGTCTTGTCTATCATTACCTATTCCTCTTGTCATTATTTATTGTCTC-A  383
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGTCTTGTCTATCATTACCTATTCCTCTTGTCATTATTTATTGTCTCAA  389

seq1  AAGAGCAATGTCTACCTCGGCAGTGCTTCCAGAAGGC-AAGCCACAGTGC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAGCAATGTCTACCTCGGCAGTGCTTCCAGAAGGCAAAGCCACAGTGC  439

seq1  ACACTTAAACCTCGTGAATGTCTAACACTTTCAGACCTCAGCTGACATCA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTAAACCTCGTGAATGTCTAACACTTTCAGACCTCAGCTGACATCA  489

seq1  TTGCCAGAACAAGAACTCCATCACCACCCAACTCAGTCTAACTTACTGAT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGAACAAGAACTCCATCACCACCCAACTCAGTCTAACTTACTGAT  539

seq1  AAGAATAGTCTCCCTCTCCCACCCAGCACCACTGCAGCACGGCTTTAGCT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAGTCTCCCTCTCCCACCCAGCACCACTGCAGCACGGCTTTAGCT  589

seq1  CTTTTCCCCCTTCAGACATAGCACACTCCCCACAACCCCCTTATTTGTCT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCCCTTCAGACATAGCACACTCCCCACAACCCCCTTATTTGTCT  639

seq1  CTCCTAAAACCTCAGAGCCTATTCTTTTCCTGGAAATCAATTTAATCTAC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAAACCTCAGAGCCTATTCTTTTCCTGGAAATCAATTTAATCTAC  689

seq1  CAGTACTCCTAGTTCACTTCACTCGAACCATGTGCATCCTTGTGGACTCA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACTCCTAGTTCACTTCACTCGAACCATGTGCATCCTTGTGGACTCA  739

seq1  TGACCTTCACTGAGAGCAGGGTATGCCATACTATTCATCAAACCATGTGT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTCACTGAGAGCAGGGTATGCCATACTATTCATCAAACCATGTGT  789

seq1  GTCCTTGTGAACTCAAAAGCCTTTTCCTAAGGCCGGGTACTTCAAACCAT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTGAACTCAAAAGCCTTTTCCTAAGGCCGGGTACTTCAAACCAT  839

seq1  CCTAGCTAACATCTAAATGTCTGGTTAACAGATGATTTCTCTTTTCACTT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTAACATCTAAATGTCTGGTTAACAGATGATTTCTCTTTTCACTT  889

seq1  TATTTTGGTTTGGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGCTCCTGATAT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGGTTTGGGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGCTCCTGATAT  939

seq1  TCCTAGACCACTTGGAGGAAGTTACAGGAGCCCAGCCATATGGCTTAGGC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGACCACTTGGAGGAAGTTACAGGAGCCCAGCCATATGGCTTAGGC  989

seq1  AGAGTCTTGCTTTCCAACAGCAATCTGACCTCATGGTTGCTAGAGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTGCTTTCCAACAGCAATCTGACCTCATGGTTGCTAGAGAATTC  1039