BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350B15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 46,518,670 - 46,684,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667890
Upstream geneDscaml1, Cep164, LOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln, Sidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik, BC033915, Apoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722
Downstream gene2900052N01Rik, D930036J05, Cadm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350B15.bB6Ng01-350B15.g
ACCGA130880GA130881
length1,1571,172
definitionB6Ng01-350B15.b B6Ng01-350B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,683,605 - 46,684,786)(46,518,670 - 46,519,839)
sequence
gaattccacatgtgaagtggaatttatttggtgtaatcttcaccacggtg
ctatgaaaaaggaagagaggaagtggttattatatcagacaaagtaattt
ccaccacaaaaatatcatggattttctttaaaaaaaaacttgctaaaagt
tggttttgctaaaagggtttataaacctaagcttttatatagctaataac
aaagttttatataacttaaagcaaaaccagaactatcaggagtgaaggac
aaatcaaaattaagatacactcatgagatgttttctgatttgtagacatt
agaaaaacaatagacaattctgtcattgtgcaaatatagagtctgctcac
aaaacctagttgtaggcaccaattactccatgtggttacttggtaccatc
aagagatgctgggaagatgagctcatgagacccatgtggaaacttgctat
ttgcagcaagaatttctataaatgggatgtatacactctaaaataatgat
aaaaggtataatacagcaaacacacaagctagcaacatatcatttattct
cattactagaatattctataaataactgtgtttactagactcgtatgtgc
ttgtcagcacagtaggtttgctgttacaagtatcgtatcaccaccagtgt
gtgaataacaagttacactctgatagctacatcaccacggatttctcaac
tccattatgtttttatgggacacaggtcacatgcatgattcatttctggc
tgaaataatgctatccagtggctggctatactcctttatcagtagtcagg
aaatataaagaatatctgaatcgtgctatcaaataaattgacccaatgaa
cactactgatcactctactcagcaatatttggcacaccgtagaggaagct
tgtttcaaaggcacaaagactgtttcataagagggacacacatttgtgtc
gtgaacaagtcagttcatataaaatagttcaggcatccaaatactcatta
agttaataaaaattaatagagggtactctaaaattacccaacacctcagt
aacaaatactacaatgtgaaaattcaaatagaactataagtcttctgggt
agatgaaaagaacatgatatacttaattaatgtagagccacatgtagcac
tggtaga
gaattccttgattagaagcaatgttgtgaagagtaccatgatagtgaaga
agatgtccctaagcccacagatagtggtgctagcggaagcattacaagca
aggccagtgaatccataacccagaatacgcaactgtctcagcgagggcaa
ttctgcctgcatttgatggaagggatccaatgtaatcaacctgccaggta
gctgactggtacccttggaaatggcgagtgctgacatctgcttctagatg
gttaggtgtttgatgagagggagttcaagcccatgaataaactccatcct
gctgccacggcctctttgtactggagtggctgagaaaagactggccatcc
aaaatgatgccacactctcctgctgcccatcagactctcatttgcactgg
aagctctcgcttgggattcagatgggacataactatgacccctcgtgtca
ccattggtgtgagaccatgtctgatgaaatgcaacactaaggaatgccca
cccccaagagcagcttctgaggctgtgaatgttggagaagccaacgttat
gctcaagttcgacaggtgggtctttgcctacctggccctctttgtggaag
tgcttcttcattgggagccctcactgcacgcgttcactatgattttcttg
gcagttagttttggcttcctcatgttacttgtctttacttgaaaatacgt
gctaaggccaagtttaaactggtccttggatgtggcagggtgtgtatatt
ttcacatcaataaactcgaactctgtggttcttggtcagttttaaaagtg
agatacagaggcgtgaccgacttataaagattggtcctgggtttgagacc
ttttggactctgtctctgtgttccttcagacaaaactcagcacccttccc
agcatcccactcatatcctgcctcagcagtacacaactatttggtatttc
ttgcttctatgcttctgttagtgttccatttttatgaaaggagatacttt
ttgtctccttaggggaggtacaaaccaatcaatcatagagttcttctcag
agttaaagctgagttactgacttgagaatactcaaagctggagtaccaaa
acatgcttgctgccaaggcttcggctggttcccacgtctgaggtgatgtc
atttattgtccattccctcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_46683605_46684786
seq2: B6Ng01-350B15.b_44_1200 (reverse)

seq1  TCTACCAAGTGCTACATTTGTGGCTTCCTACAATTTTAATTAAGTTATAT  50
      |||||| |||||||||  |||||||  |||||   ||||||||| |||||
seq2  TCTACC-AGTGCTACA--TGTGGCT--CTACA---TTAATTAAG-TATAT  41

seq1  CATGTTCTTTTTTAATCTACCCAAGAGAACTTTATAGTTTCTATTTGGAA  100
      |||||||  |||| |||||||||  |||   |||||| |||||||| |||
seq2  CATGTTC--TTTTCATCTACCCAGAAGA--CTTATAG-TTCTATTT-GAA  85

seq1  TTTTCCACAATTTGTAGGTTATTTGTTTACTGAGTGTTTGGGTAATTTTT  150
      |||| ||||  ||||||  |||||| ||||||||   |||||||| ||||
seq2  TTTT-CACA--TTGTAG--TATTTG-TTACTGAGGTGTTGGGTAA-TTTT  128

seq1  AGAGTTACCCTCTATTAATTTTTTATTTAACTTAATGAGTATTTGGATGC  200
      |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAG-TACCCTCTATTAATTTTT--ATTAACTTAATGAGTATTTGGATGC  175

seq1  CTTGAACTATTTTATATGAACTGACTTGTTCACGACAC-AATGTGTGTCC  249
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  C-TGAACTATTTTATATGAACTGACTTGTTCACGACACAAATGTGTGT-C  223

seq1  CCTCTTATGAAACAGTCTTTGTGCCTTTGAAACAAGCTT-CTCTACGGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTCTTATGAAACAGTCTTTGTGCCTTTGAAACAAGCTTCCTCTACGGTG  273

seq1  TGCCAAATATTGCTGAGTAGAGTGATCAGTAGTGTTCATTGGGTCAATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAATATTGCTGAGTAGAGTGATCAGTAGTGTTCATTGGGTCAATTT  323

seq1  ATTTGATAGCACGATTCAGATATTCTTTATATTTCCTGACTACTGATAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATAGCACGATTCAGATATTCTTTATATTTCCTGACTACTGATAAA  373

seq1  GGAGTATAGCCAGCCACTGGATAGCATTATTTCAGCCAGAAATGAATCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTATAGCCAGCCACTGGATAGCATTATTTCAGCCAGAAATGAATCAT  423

seq1  GCATGTGACCTGTGTCCCATAAAAACATAATGGAGTTGAGAAATCCGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGACCTGTGTCCCATAAAAACATAATGGAGTTGAGAAATCCGTGG  473

seq1  TGATGTAGCTATCAGAGTGTAACTTGTTATTCACACACTGGTGGTGATAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAGCTATCAGAGTGTAACTTGTTATTCACACACTGGTGGTGATAC  523

seq1  GATACTTGTAACAGCAAACCTACTGTGCTGACAAGCACATACGAGTCTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTGTAACAGCAAACCTACTGTGCTGACAAGCACATACGAGTCTAG  573

seq1  TAAACACAGTTATTTATAGAATATTCTAGTAATGAGAATAAATGATATGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACAGTTATTTATAGAATATTCTAGTAATGAGAATAAATGATATGT  623

seq1  TGCTAGCTTGTGTGTTTGCTGTATTATACCTTTTATCATTATTTTAGAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGCTTGTGTGTTTGCTGTATTATACCTTTTATCATTATTTTAGAGT  673

seq1  GTATACATCCCATTTATAGAAATTCTTGCTGCAAATAGCAAGTTTCCACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATCCCATTTATAGAAATTCTTGCTGCAAATAGCAAGTTTCCACA  723

seq1  TGGGTCTCATGAGCTCATCTTCCCAGCATCTCTTGATGGTACCAAGTAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTCATGAGCTCATCTTCCCAGCATCTCTTGATGGTACCAAGTAAC  773

seq1  CACATGGAGTAATTGGTGCCTACAACTAGGTTTTGTGAGCAGACTCTATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGAGTAATTGGTGCCTACAACTAGGTTTTGTGAGCAGACTCTATA  823

seq1  TTTGCACAATGACAGAATTGTCTATTGTTTTTCTAATGTCTACAAATCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACAATGACAGAATTGTCTATTGTTTTTCTAATGTCTACAAATCAG  873

seq1  AAAACATCTCATGAGTGTATCTTAATTTTGATTTGTCCTTCACTCCTGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATCTCATGAGTGTATCTTAATTTTGATTTGTCCTTCACTCCTGAT  923

seq1  AGTTCTGGTTTTGCTTTAAGTTATATAAAACTTTGTTATTAGCTATATAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGTTTTGCTTTAAGTTATATAAAACTTTGTTATTAGCTATATAA  973

seq1  AAGCTTAGGTTTATAAACCCTTTTAGCAAAACCAACTTTTAGCAAGTTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAGGTTTATAAACCCTTTTAGCAAAACCAACTTTTAGCAAGTTTT  1023

seq1  TTTTTAAAGAAAATCCATGATATTTTTGTGGTGGAAATTACTTTGTCTGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGAAAATCCATGATATTTTTGTGGTGGAAATTACTTTGTCTGA  1073

seq1  TATAATAACCACTTCCTCTCTTCCTTTTTCATAGCACCGTGGTGAAGATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAACCACTTCCTCTCTTCCTTTTTCATAGCACCGTGGTGAAGATT  1123

seq1  ACACCAAATAAATTCCACTTCACATGTGGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAATAAATTCCACTTCACATGTGGAATTC  1157

seq1: chr9_46518670_46519839
seq2: B6Ng01-350B15.g_69_1240

seq1  GAATTCCTTGATTAGAAGCAATGTTGTGAAGAGTACCATGATAGTGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATTAGAAGCAATGTTGTGAAGAGTACCATGATAGTGAAGA  50

seq1  AGATGTCCCTAAGCCCACAGATAGTGGTGCTAGCGGAAGCATTACAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCCCTAAGCCCACAGATAGTGGTGCTAGCGGAAGCATTACAAGCA  100

seq1  AGGCCAGTGAATCCATAACCCAGAATACGCAACTGTCTCAGCGAGGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGTGAATCCATAACCCAGAATACGCAACTGTCTCAGCGAGGGCAA  150

seq1  TTCTGCCTGCATTTGATGGAAGGGATCCAATGTAATCAACCTGCCAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTGCATTTGATGGAAGGGATCCAATGTAATCAACCTGCCAGGTA  200

seq1  GCTGACTGGTACCCTTGGAAATGGCGAGTGCTGACATCTGCTTCTAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGGTACCCTTGGAAATGGCGAGTGCTGACATCTGCTTCTAGATG  250

seq1  GTTAGGTGTTTGATGAGAGGGAGTTCAAGCCCATGAATAAACTCCATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTGTTTGATGAGAGGGAGTTCAAGCCCATGAATAAACTCCATCCT  300

seq1  GCTGCCACGGCCTCTTTGTACTGGAGTGGCTGAGAAAAGACTGGCCATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACGGCCTCTTTGTACTGGAGTGGCTGAGAAAAGACTGGCCATCC  350

seq1  AAAATGATGCCACACTCTCCTGCTGCCCATCAGACTCTCATTTGCACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATGCCACACTCTCCTGCTGCCCATCAGACTCTCATTTGCACTGG  400

seq1  AAGCTCTCGCTTGGGATTCAGATGGGACATAACTATGACCCCTCGTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTCGCTTGGGATTCAGATGGGACATAACTATGACCCCTCGTGTCA  450

seq1  CCATTGGTGTGAGACCATGTCTGATGAAATGCAACACTAAGGAATGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGTGTGAGACCATGTCTGATGAAATGCAACACTAAGGAATGCCCA  500

seq1  CCCCCAAGAGCAGCTTCTGAGGCTGTGAATGTTGGAGAAGCCAACGTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAAGAGCAGCTTCTGAGGCTGTGAATGTTGGAGAAGCCAACGTTAT  550

seq1  GCTCAAGTTCGACAGGTGGGTCTTTGCCTACCTGGCCCTCTTTGTGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGTTCGACAGGTGGGTCTTTGCCTACCTGGCCCTCTTTGTGGAAG  600

seq1  TGCTTCTTCATTGGGAGCCCTCACTGCACGCGTTCACTATGATTTTCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTCATTGGGAGCCCTCACTGCACGCGTTCACTATGATTTTCTTG  650

seq1  GCAGTTAGTTTTGGCTTCCTCATGTTACTTGTCTTTACTTGAAAATACGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTAGTTTTGGCTTCCTCATGTTACTTGTCTTTACTTGAAAATACGT  700

seq1  GCTAAGGCCAAGTTTAAACTGGTCCTTGGATGTGGCAGGGTGTGTATATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGGCCAAGTTTAAACTGGTCCTTGGATGTGGCAGGGTGTGTATATT  750

seq1  TTCACATCAATAAACTCGAACTCTGTGGTTCTTGGTCAGTTTTAAAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCAATAAACTCGAACTCTGTGGTTCTTGGTCAGTTTTAAAAGTG  800

seq1  AGATACAGAGGCGTGACCGACTTATAAAGATTGGTCCTGGGTTTGAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGAGGCGTGACCGACTTATAAAGATTGGTCCTGGGTTTGAGACC  850

seq1  TTTTGGACTCTGTCTCTGTGTTCCTTCAGACAAAACTCAGCACCCTTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGACTCTGTCTCTGTGTTCCTTCAGACAAAACTCAGCACCCTTCCC  900

seq1  AGCATCCCACTCATATCCTGCCTCAGCAGTACACCACTATTTGGTATTTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCATCCCACTCATATCCTGCCTCAGCAGTACACAACTATTTGGTATTTC  950

seq1  TTGCTTCTATGCTTCTGTTAGTGTTCCATTTTTATGAAAGGAGATAC-TT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGCTTCTATGCTTCTGTTAGTGTTCCATTTTTATGAAAGGAGATACTTT  1000

seq1  TTGTCTCCCTTAGGGGAGGTACCAACCCAATCAATCATAGAGTTC-TCTC  1048
      |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGTCT-CCTTAGGGGAGGTA-CAAACCAATCAATCATAGAGTTCTTCTC  1048

seq1  AGAG-TAAAGCTGAGTTAC-GACTTGAGAATACTCAAAGCTGGAGTTACA  1096
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AGAGTTAAAGCTGAGTTACTGACTTGAGAATACTCAAAGCTGGAGTACCA  1098

seq1  AAACATGCTTTGGCTGCCCAGGCTCCGGCTGGTCCCAACGTTCTGA-GTG  1145
      ||||||||||  |||||| ||||| |||||||| || ||| ||||| |||
seq2  AAACATGCTT--GCTGCCAAGGCTTCGGCTGGTTCCCACG-TCTGAGGTG  1145

seq1  ATGTCCTTTATTGTCC--TTCCTCACT  1170
      ||||| ||||||||||  | |||||||
seq2  ATGTCATTTATTGTCCATTCCCTCACT  1172