MSMv4_HQ リード深度:x78.9 [解析対象領域の条件] ペアエンド少なくとも片側5リード以上でカバー)、深度(sd2.5)。 [多型セット名] ペアエンドリードのうち、少なくとも片側5リード以上でカバーされる多型のみ抽出、深度(sd2.5)。 SNP のリストは2種類存在する。 Indel 前後10bpに存在するSNPを省いたもの[MSMv4HQ.染色体.snp.tsv]。 Indel 前後10bpに存在するSNPも含むもの[MSMv4HQ. 染色体.snp2.tsv]。 ユーザーの判断で用途に分けて適宜使用する。 注)indel周りのSNPに関して定義 indelが存在する場合、deletionの開始点から終了点、insertionの挿入開始点をindelのある場所として、その開始点、終了点(insertionについては開始点=終了点)から、前後10bpをindel周辺領域としています。当該領域内に限定したsnpレートが非常に高いため、SNP を分けてリスト化している。 Indel 前後10bpに存在するSNPを省いたもの[MSMv4HQ.染色体.snp.tsv]。 Indel 前後10bpに存在するSNPも含むもの[MSMv4HQ. 染色体.snp2.tsv]。 ユーザーの判断で用途に分けて適宜使用することを推奨する。 [行の説明] SNPリストについて。 chromosome coordinates ref(mm10) MSMgenotype Insertion(ins) リストについて chromosome coordinates(start position) insert nucleotides size single read cover(-) or pair read cover(=) Deletion(del) リストについて chromosome coordinates(start position) coordinates(start position) size single read cover(-) or pair read cover(=) [補足情報1] 深度の条件(sd2.5)について: 分布によっては、下限をx2.5とると0を下回る場合があるが、解析条件における最低深度を10に設定しているため、sdの条件を満たしていたとしてもこのような多型はコールされない。 BAMおよびSamtools pileup処理による仮想.fa は後日公開する。