BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001O16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 126,172,541 - 126,192,978
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDpp10
Downstream geneLOC666998
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001O16.bB6Ng01-001O16.g
ACCDH840102DH840103
length1,2061,074
definitionDH840102|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001O16, 5' end.DH840103|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001O16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,172,541 - 126,173,769)(126,191,890 - 126,192,978)
sequence
gaattctctgttaatattctgctaaacaacaaaccagtaagttgaagaat
taggttaaagaatactccaggaggcagttaaaaggataaagaaaacagaa
aaaaagtgaaaaaaagtatatgtaaggggtatgggaaatagaaaaatcag
cattcattagtggaagtcgcagttaaaatactgaagaggggaatgtctga
ataagtaacagccgaagactctgagagctaaggaaatctgcaagcacaga
tgagaagggctcacaacactgtggattgagacttatgaacaggggaaaaa
aaatcaagtttcatcatgtaaaaagctcaaaacagagttttacaagttcc
ctgaagaaaacagcttatgttcacaaagaagtgtgtgtcaaaaacaggag
acacttaactgaacatgtatggccctcaaagccagcatttaagaaaaata
aatgggttttcagagtgccaagggctccacaattgtatccaatttaccat
ctttgaaaagagttttgaatatgactgcatcagaaaggaccaaatggaca
ataagaaaatacaaataaaggtttaaccacattcattgatgactaacatt
tatgcacataaaataatgtgtactttttctttaatccatgaatatactta
atagcaagctcatctctgaaagtttgagactagtctgatctacatagtga
tatccaggactgcccgagctatagactgagatactgttttatattttttt
ttatttaaataacatcaagttaatagataggaaaatatatatcagaacaa
aattatgaaattgggtttatgttatctacttcgttaccatcaataacgtt
aaagctggagtttgcagtaactaatggatgctatattatcagcaacatcc
tggaataatgacttcagctgtttagagaacttactgttctaatagttttt
ggtatagggctcccaggactatgttttacagaggttcacaaacatctgta
aatccagttcagagatacaacaccctcttctgacccctatgggtacccac
atacatatgactaataccatattacccaatagctaatactgatcttaacg
aaatataaatcaccatttttgtgtctagtccagctttcattccttgccaa
gctcatgactagagctacctggcgagcagtattcagcttacgattccaac
ctgctg
gaattcttttccccatcgtactcattgctattgtttagttttataataaa
attttatgtatgtatgaaggtattattttgccctcataatgaaatatttt
gatgtcaagttgctgggtgacaagagagtcttatcgcagttgtgttagga
gttatatgagtgaaatgaaatgagaaactttagctcgctctcctcaccat
tgtactgatttgaatttatcaaattgttattagttggttttacccttgag
gagatggctgttgtgctgcagaggtaccttctgttcgacatgtctgagtc
tctgatgcttaccacagtgtctcacatcatgtcagcattctgtgtgtacc
acgacagtatgcatgcacacatgaatgaatgcatatgaacaaacacacac
aggaacatggaaaaaaaaggtagggagaagtcatcttttctcagtctaat
cttttattgttgacttgtatttaatcttacactggtctttgctgctatct
aaccctcaaagctgtgagaacataattgtacacacattacataatgtata
atttactattcaggttttaagataactctgtttagtggggctggagatag
ttcagtgaataaatgtgtttgctgctgactctgatgcgctgtatccaatc
actgagactcagatggtagaaggagacaattaactcagctagtggtcctc
tgaagctcacacgtgtgcatgcaccatggtgcactcattctctcaggatc
gttgaaatattctttaaaatacaaaacttgcattccataaaaatatcctt
tttacttgcagtgtgaaacggagtttagtatattgtcaggatgttgtaca
agattttcagcatttagaaaagaaaactgcacccactttaccatccccat
tccctctgctttggaaaagcactaacttcagtctatcgctagattttgga
cactttatatgatggtctgtctgagtgtctttcatagtggctttatgtag
catattttcaggtaaagcctgtgtatcaatacatcagctaaaaagactta
accctttctcattgggggaatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_126172541_126173769
seq2: B6Ng01-001O16.b_45_1250

seq1  GAATTCTCTGTTAATATTCTGCTAAACAACAAACCAGTAAGTTGAAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTAATATTCTGCTAAACAACAAACCAGTAAGTTGAAGAAT  50

seq1  TAGGTTAAAGAATACTCCAGGAGGCAGTTAAAAGGATAAAGAAAACAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTAAAGAATACTCCAGGAGGCAGTTAAAAGGATAAAGAAAACAGAA  100

seq1  AAAAAGTGAAAAAAAGTATATGTAAGGGGTATGGGAAATAGAAAAATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTGAAAAAAAGTATATGTAAGGGGTATGGGAAATAGAAAAATCAG  150

seq1  CATTCATTAGTGGAAGTCGCAGTTAAAATACTGAAGAGGGGAATGTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTAGTGGAAGTCGCAGTTAAAATACTGAAGAGGGGAATGTCTGA  200

seq1  ATAAGTAACAGCCGAAGACTCTGAGAGCTAAGGAAATCTGCAAGCACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAACAGCCGAAGACTCTGAGAGCTAAGGAAATCTGCAAGCACAGA  250

seq1  TGAGAAGGGCTCACAACACTGTGGATTGAGACTTATGAACAGGGGAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGGCTCACAACACTGTGGATTGAGACTTATGAACAGGGGAAAAA  300

seq1  AAATCAAGTTTCATCATGTAAAAAGCTCAAAACAGAGTTTTACAAGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAGTTTCATCATGTAAAAAGCTCAAAACAGAGTTTTACAAGTTCC  350

seq1  CTGAAGAAAACAGCTTATGTTCACAAAGAAGTGTGTGTCAAAAACAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAAACAGCTTATGTTCACAAAGAAGTGTGTGTCAAAAACAGGAG  400

seq1  ACACTTAACTGAACATGTATGGCCCTCAAAGCCAGCATTTAAGAAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTAACTGAACATGTATGGCCCTCAAAGCCAGCATTTAAGAAAAATA  450

seq1  AATGGGTTTTCAGAGTGCCAAGGGCTCCACAATTGTATCCAATTTACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTTTTCAGAGTGCCAAGGGCTCCACAATTGTATCCAATTTACCAT  500

seq1  CTTTGAAAAGAGTTTTGAATATGACTGCATCAGAAAGGACCAAATGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAAGAGTTTTGAATATGACTGCATCAGAAAGGACCAAATGGACA  550

seq1  ATAAGAAAATACAAATAAAGGTTTAACCACATTCATTGATGACTAACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAAATACAAATAAAGGTTTAACCACATTCATTGATGACTAACATT  600

seq1  TATGCACATAAAATAATGTGTACTTTTTCTTTAATCCATGAATATACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACATAAAATAATGTGTACTTTTTCTTTAATCCATGAATATACTTA  650

seq1  ATAGCAAGCTCATCTCTGAAAGTTTGAGACTAGTCTGATCTACATAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAGCTCATCTCTGAAAGTTTGAGACTAGTCTGATCTACATAGTGA  700

seq1  TATCCAGGACTGCCCGAGCTATAGACTGAGATACTGTTTTATA-TTTTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATCCAGGACTGCCCGAGCTATAGACTGAGATACTGTTTTATATTTTTTT  750

seq1  TTATTTAAATAACATCAAGTTAATAGATAGGAAAATATATATCAGAACAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAATAACATCAAGTTAATAGATAGGAAAATATATATCAGAACAA  800

seq1  AATTATGAAATT-GGTTTATGTTATCTACTTCGTTACCATCAATAACGTT  848
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGAAATTGGGTTTATGTTATCTACTTCGTTACCATCAATAACGTT  850

seq1  AAAGCTGGAGTTTGCAGTAACTAATGGATGCTATATTATCAGCAACATCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGGAGTTTGCAGTAACTAATGGATGCTATATTATCAGCAACATCC  900

seq1  TGGAATAATGAC-TCAGCTGTTAAGAGAACTTACTGTTCTAATAG-TTTT  946
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGAATAATGACTTCAGCTGTTTAGAGAACTTACTGTTCTAATAGTTTTT  950

seq1  GGTATAGGGCTCCCAGGACCTATGTTTTACAGAGGTTCACAAACATCTGT  996
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGGGCTCCCAGGA-CTATGTTTTACAGAGGTTCACAAACATCTGT  999

seq1  AAATCCAGTTCCAGAGGATACAACACCCTCTTCTGACCCCTATGGGTACC  1046
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGTT-CAGA-GATACAACACCCTCTTCTGACCCCTATGGGTACC  1047

seq1  CACATACATATGACATAAATACACATATACACAAATAAAGCTAATACTGA  1096
      ||||||||||||||   ||||| |||||   | |||  ||||||||||||
seq2  CACATACATATGAC--TAATAC-CATATTACCCAAT--AGCTAATACTGA  1092

seq1  ATCCTTAAACGGAAATTAATAAAATCACCAATTTTTGTGTCTTAGTCAGG  1146
         |||||   |||||  || |||||||| ||||||||||| |||||  |
seq2  --TCTTAA--CGAAAT--AT-AAATCACC-ATTTTTGTGTC-TAGTCCAG  1133

seq1  GTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAACTGGGGAGGAA  1196
       |||| ||||||   ||| | ||||||| |   ||| | |||| ||| | 
seq2  CTTTC-ATTCCTTGCCAAGC-TCATGACTA--GAGCTACCTGGCGAGCA-  1178

seq1  AGGGTTTATTCAGCTTACATTTCCAAACTGCTG  1229
            ||||||||||||  |||||| ||||||
seq2  -----GTATTCAGCTTACGATTCCAACCTGCTG  1206

seq1: chr1_126191890_126192978
seq2: B6Ng01-001O16.g_70_1143 (reverse)

seq1  ATCATCTCCCCCAAGTGGAGAAGGGTTTAGTCTTTTTTAAGCTGATGTAT  50
      ||||| |||||||| ||   ||||||| |||||||||  |||||||||||
seq2  ATCAT-TCCCCCAA-TGAGAAAGGGTTAAGTCTTTTT--AGCTGATGTAT  46

seq1  TGATACACAGGGCTTTACCTGGAAAAATATGCTACATAAAGCCACTTATG  100
      ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGATACACA-GGCTTTACCTG--AAAATATGCTACATAAAGCCAC-TATG  92

seq1  AAAGACCACTCAGGACAAGAACCATTCATATAAAGTTGTCCAAAATCTAG  150
      ||||| |||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAAGA-CACTCA-GACA--GACCA-TCATATAAAG-TGTCCAAAATCTAG  136

seq1  CGATAGACTGAAGTTAGTGCTTTTCCAAAGCAGAGGGAATGGGGATGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAGACTGAAGTTAGTGCTTTTCCAAAGCAGAGGGAATGGGGATGGTA  186

seq1  AAGTGGGTGCAGTTTTTCTTTTCTAAATGCTGAAAATCTTGTACAACATC  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGTGCAG-TTTTCTTTTCTAAATGCTGAAAATCTTGTACAACATC  235

seq1  CTGACAATATACTAAACTCCGTTTCACACTGCAAGTAAAAAGGATATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATATACTAAACTCCGTTTCACACTGCAAGTAAAAAGGATATTTT  285

seq1  TATGGAATGCAAGTTTTGTATTTTAAAGAATATTTCAACGATCCTGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATGCAAGTTTTGTATTTTAAAGAATATTTCAACGATCCTGAGAG  335

seq1  AATGAGTGCACCATGGTGCATGCACACGTGTGAGCTTCAGAGGACCACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGCACCATGGTGCATGCACACGTGTGAGCTTCAGAGGACCACTA  385

seq1  GCTGAGTTAATTGTCTCCTTCTACCATCTGAGTCTCAGTGATTGGATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTAATTGTCTCCTTCTACCATCTGAGTCTCAGTGATTGGATACA  435

seq1  GCGCATCAGAGTCAGCAGCAAACACATTTATTCACTGAACTATCTCCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCATCAGAGTCAGCAGCAAACACATTTATTCACTGAACTATCTCCAGC  485

seq1  CCCACTAAACAGAGTTATCTTAAAACCTGAATAGTAAATTATACATTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTAAACAGAGTTATCTTAAAACCTGAATAGTAAATTATACATTATG  535

seq1  TAATGTGTGTACAATTATGTTCTCACAGCTTTGAGGGTTAGATAGCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGTGTACAATTATGTTCTCACAGCTTTGAGGGTTAGATAGCAGCA  585

seq1  AAGACCAGTGTAAGATTAAATACAAGTCAACAATAAAAGATTAGACTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAGTGTAAGATTAAATACAAGTCAACAATAAAAGATTAGACTGAG  635

seq1  AAAAGATGACTTCTCCCTACCTTTTTTTTCCATGTTCCTGTGTGTGTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATGACTTCTCCCTACCTTTTTTTTCCATGTTCCTGTGTGTGTTTG  685

seq1  TTCATATGCATTCATTCATGTGTGCATGCATACTGTCGTGGTACACACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATGCATTCATTCATGTGTGCATGCATACTGTCGTGGTACACACAG  735

seq1  AATGCTGACATGATGTGAGACACTGTGGTAAGCATCAGAGACTCAGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGACATGATGTGAGACACTGTGGTAAGCATCAGAGACTCAGACAT  785

seq1  GTCGAACAGAAGGTACCTCTGCAGCACAACAGCCATCTCCTCAAGGGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAACAGAAGGTACCTCTGCAGCACAACAGCCATCTCCTCAAGGGTAA  835

seq1  AACCAACTAATAACAATTTGATAAATTCAAATCAGTACAATGGTGAGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACTAATAACAATTTGATAAATTCAAATCAGTACAATGGTGAGGAG  885

seq1  AGCGAGCTAAAGTTTCTCATTTCATTTCACTCATATAACTCCTAACACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGCTAAAGTTTCTCATTTCATTTCACTCATATAACTCCTAACACAA  935

seq1  CTGCGATAAGACTCTCTTGTCACCCAGCAACTTGACATCAAAATATTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGATAAGACTCTCTTGTCACCCAGCAACTTGACATCAAAATATTTCA  985

seq1  TTATGAGGGCAAAATAATACCTTCATACATACATAAAATTTTATTATAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGGCAAAATAATACCTTCATACATACATAAAATTTTATTATAAA  1035

seq1  ACTAAACAATAGCAATGAGTACGATGGGGAAAAGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACAATAGCAATGAGTACGATGGGGAAAAGAATTC  1074