BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004H07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 94,615,703 - 94,783,540
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc1, Ankmy1
Upstream geneTwist2, Hdac4, LOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos
Downstream geneDusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7, Tmem16g, Hdlbp, Sept2, Farp2, Stk25, Bok, Thap4, Atg4b, Dtymk, Ing5, D2hgdh, Gal3st2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004H07.bB6Ng01-004H07.g
ACCDH841861DH841862
length1,146587
definitionDH841861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004H07, 5' end.DH841862|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004H07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,615,703 - 94,616,866)(94,782,954 - 94,783,540)
sequence
gaattctctctgtctgccatgcctcctcacccactaaggggttacctggc
atgtgggagtggccagaattcaaagaaggccgaggagctggcccaggtct
gagcacatagctctaggcagcttcagaacaaaaggagtgacagaacagtg
tcactgcggatagccagtccctccccttgtcccttctgttgggtcccaag
ggatctactggttggcaccctgagaccactccttggccaggaaagccagc
atctactttgccacctcattcaatggctgcctgaatggccgttgggcagt
gtggccaacatctttccgcttcattttgtcaccaagctcctagcaaggta
taactggggctgccctcctggcctcaaccagttcctgggcagtccctcac
cagtgccctaattccacagagtcctccagtgtcccgagtatgaatgggaa
catggctgaactatatgctcctgagccatttgtgcccctgatacttgcac
taggggccagcacccaaccttagctccctcccagctgcattgcctcctct
agaaagccctgtgggagctttgatggatgccttagtctgaactcctaagt
gaggccccatcatgccacagacagctcttgactgtcaccatggcttcaca
ccatacctctctccagggatgcagctagtctctcaggagccctgtctatg
actagacatactatccttgatctgcctcctgcacaccttctgacgtaact
tgtgtctggagaccatatgttaggcccttctgctccctcttatgcctagc
acatagtagggatgctgtatgtgtgaggcaatgcaagccatcctctttag
atgagatattcaggaagagacagagttggaagtggccccatgtagaaagt
gggccgcacgcctctagtcgagtgcgagaacatgaagctcctggcagctg
tcgcctcatctgcattatcagtaatcccatggtggtatttggtggagcca
gttgattgaccattgcccactgcagcagcagtgcttcagagagcttagat
ttggaggtcattcacagcagcctgagtcagctctgggtctaggctcttgg
tgacgatgactattcaggggagccagtatctcgctgaatcctttct
gaattctggtgggtcagaggaatgaagggtggagggagatagctcctttt
gggttctttgtcatggaaggtattgggctatccagattctagtccaatac
cagcgaagcatgttgtattgccaggaacaaggatgctcataccagctgga
acatacctgccatcctggaggggaaccgcagcaggtttgggcccagcggc
cccaaggagcagatttccaagaagatgatcatgaaggctgaggaagggga
ctataactggatttttggaatcttgagggacaaccttgcctgtgctgacg
tggctgactccaagggttacactgtgctggccgctgcggcagtaagtcct
ttttgtgtaggaacactggcctgtgggctgcctctggtggtccactctaa
cagggactgtcctcggagtcctcggagtggtccgtttatttcttcatcac
aaacctgagtgtcctttcaacaaggctgagcatgcgtactgtgtgtgtcc
tgctcattgcagccttgatgcatgtgcatgtgcttgtgtgtgcgcgcgcg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94615703_94616866
seq2: B6Ng01-004H07.b_45_1190

seq1  GAATTCTCTCTGTCTGCCATGCCTCCTCACCCACTAAGGGGTTACCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGTCTGCCATGCCTCCTCACCCACTAAGGGGTTACCTGGC  50

seq1  ATGTGGGAGTGGCCAGAATTCAAAGAAGGCCGAGGAGCTGGCCCAGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGAGTGGCCAGAATTCAAAGAAGGCCGAGGAGCTGGCCCAGGTCT  100

seq1  GAGCACATAGCTCTAGGCAGCTTCAGAACAAAAGGAGTGACAGAACAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATAGCTCTAGGCAGCTTCAGAACAAAAGGAGTGACAGAACAGTG  150

seq1  TCACTGCGGATAGCCAGTCCCTCCCCTTGTCCCTTCTGTTGGGTCCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCGGATAGCCAGTCCCTCCCCTTGTCCCTTCTGTTGGGTCCCAAG  200

seq1  GGATCTACTGGTTGGCACCCTGAGACCACTCCTTGGCCAGGAAAGCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTACTGGTTGGCACCCTGAGACCACTCCTTGGCCAGGAAAGCCAGC  250

seq1  ATCTACTTTGCCACCTCATTCAATGGCTGCCTGAATGGCCGTTGGGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTTGCCACCTCATTCAATGGCTGCCTGAATGGCCGTTGGGCAGT  300

seq1  GTGGCCAACATCTTTCCGCTTCATTTTGTCACCAAGCTCCTAGCAAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCAACATCTTTCCGCTTCATTTTGTCACCAAGCTCCTAGCAAGGTA  350

seq1  TAACTGGGGCTGCCCTCCTGGCCTCAACCAGTTCCTGGGCAGTCCCTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGGGCTGCCCTCCTGGCCTCAACCAGTTCCTGGGCAGTCCCTCAC  400

seq1  CAGTGCCCTAATTCCACAGAGTCCTCCAGTGTCCCGAGTATGAATGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCTAATTCCACAGAGTCCTCCAGTGTCCCGAGTATGAATGGGAA  450

seq1  CATGGCTGAACTATATGCTCCTGAGCCATTTGTGCCCCTGATACTTGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGAACTATATGCTCCTGAGCCATTTGTGCCCCTGATACTTGCAC  500

seq1  TAGGGGCCAGCACCCAACCTTAGCTCCCTCCCAGCTGCATTGCCTCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCCAGCACCCAACCTTAGCTCCCTCCCAGCTGCATTGCCTCCTCT  550

seq1  AGAAAGCCCTGTGGGAGCTTTGATGGATGCCTTAGTCTGAACTCCTAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCCTGTGGGAGCTTTGATGGATGCCTTAGTCTGAACTCCTAAGT  600

seq1  GAGGCCCCATCATGCCACAGACAGCTCTTGACTGTCACCATGGCTTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCCATCATGCCACAGACAGCTCTTGACTGTCACCATGGCTTCACA  650

seq1  CCATACCTCTCTCCAGGGATGCAGCTAGTCTCTCAGGAGCCCTGTCTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCTCTCTCCAGGGATGCAGCTAGTCTCTCAGGAGCCCTGTCTATG  700

seq1  ACTAGACATACTATCCTTGATCTGCCTCCTGCACACCTTCTGACGTAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACATACTATCCTTGATCTGCCTCCTGCACACCTTCTGACGTAACT  750

seq1  TGTGTCTGGAGACCATATGTTAGGCCCTTCTGCTCCCTCTTATGCCTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGGAGACCATATGTTAGGCCCTTCTGCTCCCTCTTATGCCTAGC  800

seq1  ACATAGTAGGGATGCTGTATGTGTGAGGCAATGCAAGCCATCCCTCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACATAGTAGGGATGCTGTATGTGTGAGGCAATGCAAGCCAT-CCTCTTTA  849

seq1  GATGAGATATTCAGGAAGAGACAGAGTTGGAAGTGGCCCCATGTAGAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATATTCAGGAAGAGACAGAGTTGGAAGTGGCCCCATGTAGAAAG  899

seq1  TGGGCCGCACGCCTCTAGTCGAGTGCGAGAACATGAAGCTCCTGGCAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCGCACGCCTCTAGTCGAGTGCGAGAACATGAAGCTCCTGGCAGCT  949

seq1  GTCGCCTCACCTGCATTAACCAGTAATCCCAT-GTGGTATTTGGT-GAGC  998
      ||||||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  GTCGCCTCATCTGCATT-ATCAGTAATCCCATGGTGGTATTTGGTGGAGC  998

seq1  CAGTTGATTGACCATTGCCCACTGCAGCAGCAAGTGCTTCAAGAGAGCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  
seq2  CAGTTGATTGACCATTGCCCACTGCAGCAGC-AGTGCTTC-AGAGAGC--  1044

seq1  TAAGATTTGGAGGGCCATTCACCAGCAGGCCCTGGGTCCAGCTCTGGGTC  1098
      | ||||||||| || |||||| ||||||  |||| || ||||||||||||
seq2  TTAGATTTGGA-GGTCATTCA-CAGCAG--CCTGAGT-CAGCTCTGGGTC  1089

seq1  TAGGCTCCTGTGTGAACAGAAGGGACATATCAGGGGAGCCCAGTGTATCT  1148
      ||||||| || ||||  |     |||   |||||||||||    ||||||
seq2  TAGGCTCTTG-GTGACGA----TGACTATTCAGGGGAGCC---AGTATCT  1131

seq1  CGCTGATTCTCTTTCT  1164
      |||||| || ||||||
seq2  CGCTGAATC-CTTTCT  1146

seq1: chr1_94782954_94783540
seq2: B6Ng01-004H07.g_66_652 (reverse)

seq1  GCACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCGCGCGCACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCGCGCGCACAC  50

seq1  ACAAGCACATGCACATGCATCAAGGCTGCAATGAGCAGGACACACACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACATGCACATGCATCAAGGCTGCAATGAGCAGGACACACACAGT  100

seq1  ACGCATGCTCAGCCTTGTTGAAAGGACACTCAGGTTTGTGATGAAGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGCTCAGCCTTGTTGAAAGGACACTCAGGTTTGTGATGAAGAAAT  150

seq1  AAACGGACCACTCCGAGGACTCCGAGGACAGTCCCTGTTAGAGTGGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGACCACTCCGAGGACTCCGAGGACAGTCCCTGTTAGAGTGGACCA  200

seq1  CCAGAGGCAGCCCACAGGCCAGTGTTCCTACACAAAAAGGACTTACTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGCAGCCCACAGGCCAGTGTTCCTACACAAAAAGGACTTACTGCC  250

seq1  GCAGCGGCCAGCACAGTGTAACCCTTGGAGTCAGCCACGTCAGCACAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCGGCCAGCACAGTGTAACCCTTGGAGTCAGCCACGTCAGCACAGGC  300

seq1  AAGGTTGTCCCTCAAGATTCCAAAAATCCAGTTATAGTCCCCTTCCTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGTCCCTCAAGATTCCAAAAATCCAGTTATAGTCCCCTTCCTCAG  350

seq1  CCTTCATGATCATCTTCTTGGAAATCTGCTCCTTGGGGCCGCTGGGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGATCATCTTCTTGGAAATCTGCTCCTTGGGGCCGCTGGGCCCA  400

seq1  AACCTGCTGCGGTTCCCCTCCAGGATGGCAGGTATGTTCCAGCTGGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCTGCGGTTCCCCTCCAGGATGGCAGGTATGTTCCAGCTGGTATG  450

seq1  AGCATCCTTGTTCCTGGCAATACAACATGCTTCGCTGGTATTGGACTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTTGTTCCTGGCAATACAACATGCTTCGCTGGTATTGGACTAGA  500

seq1  ATCTGGATAGCCCAATACCTTCCATGACAAAGAACCCAAAAGGAGCTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGATAGCCCAATACCTTCCATGACAAAGAACCCAAAAGGAGCTATC  550

seq1  TCCCTCCACCCTTCATTCCTCTGACCCACCAGAATTC  587
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCACCCTTCATTCCTCTGACCCACCAGAATTC  587